Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AP012306 | 2,326,979 | 0 | A | C | 21.1% | 686.7 / 15.3 | 273 | intergenic (‑5/+68) | gshA/yqaA | gamma‑glutamate‑cysteine ligase/conserved inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (127/86); new base C (0/57); total (127/146) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.45e-19 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 334 total aligned reads displayed.
CTAATGCTTCAGGATGACCTGTTGTTGCCAGTGTGCCATCAGCATTAACACGCAAAGTTTCGCGCTCCAGCCCACGCTGTATCCCCTTTAACGCCTGAGGATGTTTTTCCAGCCAGGCCAGCGCCTGTGATACGTCCGGGATCAAATTGACCTCCCGCCTGTCAAAATCGTTTTAATTAGCATAACTGTAATGGTGACCATATGTGCAGGCCTACAATTAGTGCCACCACATCATGCCCTGAACGGTCGCTGCTGCAACTGCAACATAGCGTAACGCTTTACCAAGGCACAAAAAAAA > AP012306/2326830‑2327127 | tAATGCTTCAGGATGACCTGTTGTTGCCAGTGTGCCATCAGCATTAACACGCAAAGTTTCGCGCTCCAGCCCACGCTGTATCCCCTTTAACGCCTGAGGATGTTTTTCCAGCCAGGCCAGCGCCTGTGATACGTCCGGGATCAAATTGAc < 2:1727411/150‑1 (MQ=255) tGCTTCAGGATGACCTGTTGTTGCCAGTGTGCCATCAGCATTAACACGCAAAGTTTCGCGCTCCAGCCCACGCTGTATCCCCTTTAACGCCTGAGGATGTTTTTCCAGCCAGGCCAGCGCCTGTGATACGTCCGGGATCAAATTGACCTc < 1:3943207/150‑1 (MQ=255) gCTTCAGGATGACCTGTTGTTGCCAGTGTGCCATCAGCATTAACACGCAAAGTTTCGCGCTCCAGCCCACGCTGTATCCCCTTTAACGCCTGAGGATGTTTTTCCAGCCAGGCCAGCGCCTGTGATACGTCCGGGATCAAATTGACCTcc > 2:159334/1‑150 (MQ=255) cTTCAGGATGACCTGTTGTTGCCAGTGTGCCATCAGCATTAACACGCAAAGTTTCGCGCTCCAGCCCACGCTGTATCCCCTTTAACGCCTGAGGATGTTTTTCCAGCCAGGCCAGCGCCTGTGATACGTCCGGGATCAAATTGACCTccc > 1:2607876/1‑150 (MQ=255) cTTCAGGATGACCTGTTGTTGCCAGTGTGCCATCAGCATTAACACGCAAAGTTTCGCGCTCCAGCCCACGCTGTATCCCCTTTAACGCCTGAGGATGTTTTTCCAGCCAGGCCAGCGCCTGTGATACGTCCGGGATCAAATTGACCTccc < 1:1754442/150‑1 (MQ=255) ttCAGGATGACCTGTTGTTGCCAGTGTGCCATCAGCATTAACACGCAAAGTTTCGCGCTCCAGCCCACGCTGTATCCCCTTTAACGCCTGAGGACGTTTTTCCAGCCAGGCCAGCGCCTGTGATACGTCCGGGATCAAATTGACCTCCCg > 1:4676203/1‑150 (MQ=255) cAGGATGACCTGTTGTTGCCAGTGTGCCATCAGCATTAACACGCAAAGTTTCGCGCTCCAGCCCACGCTGTATCCCCTTTAACGCCTGAGGATGTTTTTCCAGCCAGGCCAGCGCCTGTGATACGTCCGGGATCAAATTGCCCTCCCGcc < 2:621867/150‑1 (MQ=255) aGGATGACCTGTTGTTGCCAGTGTGCCATCAGCATTAACACGCAAAGTTTCGCGCTCCAGCCCACGCTGTATCCCCTTTAACGCCTGAGGATGTTTTTCCAGCCAGGCCAGCGCCTGTGATACGTCCGGGATCAAATTGACCTCCCGCCt < 2:4231554/150‑1 (MQ=255) gATGACCTGTTGTTGCCAGTGTGCCATCAGCATTAACACGCAAAGTTTCGCGCTCCAGCCCACGCTGTATCCCCTTTAACGCCTGAGGATGTTTTTCCAGCCAGGCCAGCGCCTGTGATACGTCCGGGATCAAATTGACCTCCCGCCTGt > 1:509499/1‑150 (MQ=255) tGACCTGTTGTTGCCAGTGTGCCATCAGCATTAACACGCAAAGTTTCGCGCTCCAGCCCACGCTGTATCCCCTTTAACGCCTGAGGATGTTTTTCCAGCCAGGCCAGCGCCTGTGATACGTCCGGGATCAAATTGACCTCCCGCCTTTCa < 2:3036877/150‑1 (MQ=255) tgttgtTGCCAGTGTGCCATCAGCATTAACACGCAAAGTTTCGCGCTCCAGCCCACGCTGTATCCCCTTTAACGCCTGAGGATGTTTTTCCAGCCAGGCCAGCGCCTGTGATACGTCCGGGATCAAATTGCCCTCCCGCCTGTCAAAATc < 1:3459447/150‑1 (MQ=255) tgttgtTGCCAGTGTGCCATCAGCATTAACACGCAAAGTTTCGCGCTCCAGCCCACGCTGTATCCCCTTTAACGCCTGAGGATGTTTTTCCAGCCAGGCCAGCGCCTGTGATACGTCCGGGATCAAATTGACCTCCCGCCTGTCAAAATc < 1:1654075/150‑1 (MQ=255) gttgttGCCAGTGTGCCATCAGCATTAACACGCAAAGTTTCGCGCTCCAGCCCACGCTGTATCCCCTTTAACGCCTGAGGATGTTTTTCCAGCCAGGCCAGCGCCTGTGATACGTCCGGGATCAAATTGACCTCCCGCCTGTCAAAATCg > 1:4038321/1‑150 (MQ=255) cAGTGTGCCATCTGCTTTAACACGCAAGGTTGCGCGCTCCAGCCCACGCTATACCCCATTAAACGCTGGAGGATTTTTTCCCTGCCAGGCCAGGGCCTGTAATACCTCCGGGATCAAATTGACCCCCCGCCTGTCAAAATCGTTTTAAtt < 2:3185610/150‑1 (MQ=255) cAGTGTGCCATCAGCATTAACACGCAAATTTTCGCGCCCCAGCCCCCGCTGTACCCCTTTTAACGCCGGAGGATTTTTTCCCAGCCAGGCCAGCGCTTGTGATACGTCCGGGATCAAATTGCCCTCCCGCCTGTCAAAATCGTTTTAAtt < 2:2812643/150‑1 (MQ=255) cAGTGTGCCATCAGCATTAACACGCAAAGTTTCGCGCTCCAGCCCACGCTGTATCCCCTTTAACGCCTGAGGATGTTTTTCCAGCCAGGCCAGCGCCTGTGATACGTCCGGGATCAAATTGACCTCCCGCCTGTCAAAATCGTTTTAAtt < 1:884934/150‑1 (MQ=255) aaGTGTGCCATCAGCATCAACCCGCAAAGTTTCGCGCCCCACCCCACGCTGTATCCCTTTTAACGCCTGGGGATTTTTTTCCACCCGGCCCAGCGCCTGTGATACGTCCGGGATCAAATTGACCTCCCGCCTGTCAAAATCGTTTTAAtt < 2:4327772/149‑1 (MQ=255) aGTGTGCCATCAGCATTAACACGCAAAGTTTCGCGCTCCAGCCCACGCTGTATCCCCTTTAACGCCTGAGGATGTTTTTCCAGCCAGGCCAGCGCCTGTGATACGTCCGGGATCAAATTGACCTCCCGCCTGTCAAAATCGTTTTAATTa < 1:2663259/150‑1 (MQ=255) aGTGTGCCATCAGCATTAACACGCAAAGTTTCGCGCTCCAGCCCACGCTGTATCCCCTTTAACGCCTGAGGATGTTTTTCCAGCCAGGCCAGCGCCTGTGATACGTCCGGGATCAAATTGACCTCCCGCCTGTCAAAATCGTTTTAATTa > 1:2425345/1‑150 (MQ=255) aGTGTGCCATCAGCATTAACACGAAAAGTTTCGCGCCCCAGCCCACGCTGTATCCCCTTTACCGCCTGAGGATGTTTTTCCAGCCAGGCCAGCGCCTGTGATACGTCCGGGATAAAATTGACCTCCCGCCTGTCAAAATCGTTTTAATTa < 2:1924617/150‑1 (MQ=255) gtgtGCCATCAGCATTAACACGCAAAGTTTCGCGCTCCAGCCCACGCTGTATCCCCTTTAACGCCTGAGGATGTTTTTCCAGCCAGGCCAGCGCCTGTGATACGTCCGGGATCAAATTGACCTCCCGCCTGTCAAAATCGTTTTAATTAg < 1:3082414/150‑1 (MQ=255) gCCATCAGCATTAACCCGCAAAGTTTCGCGCTCCAGCCCACGCTGTATCCCCTTTAACGCCTGAGGATGTTTTCCCAGCCAGGCCAGCGCCTGTGATACGTCCGGGATAAAATTGACCTCCCGCCTGTCAAAATCGTTTTAATTAGCATa < 2:4501360/150‑1 (MQ=255) gCCATCAGCATTAACACGCAAAGTTTCGCGCTCCAGCCCACGCTGTATCCCCTTTAACGCCTGAGGATGTTTTTCCAGCCAGGCCAGCGCCTGTGATACGTCCGGGATCAAATTGACCTCCCGCCTGTCAAAATCGTTTTAATTAGCATa > 1:2827625/1‑150 (MQ=255) 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aTCAGCATTAACACGCAAAGTTCCGCCCCCCAGCCCACGCTGTATCCCCTTTAACGCCTGAGGATTTTTTCCCAGCCAGGCCAGCGCCTGTTATACGTCCGGGATAAAATTGCCCTCCCGCCTGTCAAAATCGTTTTAATTAGCATAACt < 2:2230626/150‑1 (MQ=255) gCATTAACACGAAAAGTTTCGCGCTCCAGCCCACGCTGTATCCCCTTTACCGCCTGAGGATGTTTTTCCAGCCAGGCCAGCGCTTGTGATACGTCCGGGATCAAATTGACCTCCCGCCTGTCAAAATCGTTTTAATTAGCATAACTGTaa < 2:921995/150‑1 (MQ=255) aTTAACACGCAAAGTTTCGCGCTCCAGCCCACGCTGTACCCCCTTTAACGCCTGAGGATGTTTTTCCAGCCAGGCCAGCGCCTGTGATACGTCGGGAATAAAATTGCCCTCCCGCCTGTCAAAATCGTTTTAATTAGCATAACTGTAATg < 2:3078747/150‑1 (MQ=255) cacGCAAAGTTTCGCGCTCCAGCCCACGCTGTATCCCCTTTAACGCCTGAGGATGTTTTTCCAGCCAGGCCAGCGCCTGTGATACGTCCGGGATAAAATTGACCTCCCGCCTGTCAAAATCGTTTTAATTAGCATAACTGTAATGGTGAc < 1:2992663/150‑1 (MQ=255) cGCAAAGTTTCGCGCTCCAGCCCACGCTGTATCCCCTTTACCGCCTGAGGATGTTTTTCCAGCCAGGCCAGCGCCTGTGATACGTCCGGGATCAAATTGCCCTCCCGCCTGTCAAAATCGTTTTAATTAGCATAACTGTAATGGTGACCa < 2:411304/150‑1 (MQ=255) 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ttGCCCTCCCGCCTGTCAAAATCGTTTTAATTAGCATAACTGTAATGGTGACCATATGTGCAGGCCTACAATTAGTGCCACCACATCATGCCCTGAACGGTCGCTGCTGCAACTGCAACATAGCGTAACGCTTTACCAAGGCACaaaaaa < 1:3579819/150‑1 (MQ=255) tGACCTCCCGCCTGTCAAAATCGTTTTAATTAGCATAACTGTAATGGTGACCATATGTGCAGGCCTACAATTAGTGCCACCACATCATGCCCTGAACGGTCGCTGCTGCAACTGCAACATAGCGTAACGCTTTACCAAGGCACaaaaaaa > 1:1438444/1‑150 (MQ=255) | CTAATGCTTCAGGATGACCTGTTGTTGCCAGTGTGCCATCAGCATTAACACGCAAAGTTTCGCGCTCCAGCCCACGCTGTATCCCCTTTAACGCCTGAGGATGTTTTTCCAGCCAGGCCAGCGCCTGTGATACGTCCGGGATCAAATTGACCTCCCGCCTGTCAAAATCGTTTTAATTAGCATAACTGTAATGGTGACCATATGTGCAGGCCTACAATTAGTGCCACCACATCATGCCCTGAACGGTCGCTGCTGCAACTGCAACATAGCGTAACGCTTTACCAAGGCACAAAAAAAA > AP012306/2326830‑2327127 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |