| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | AP012306 | 1,135,328 | A→G | N18D (AAC→GAC) | topA → | DNA topoisomerase I, omega subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | AP012306 | 1,135,328 | 0 | A | G | 93.6% | 1182.0 / 48.8 | 328 | N18D (AAC→GAC) | topA | DNA topoisomerase I, omega subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (6/15); new base G (125/182); total (131/197) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.32e-01 | |||||||||||
Only 100 of 344 total aligned reads displayed.
CCGCAGAGAGCGAGTCCATATCGGTAACTCGTTGCCAGTGGAAGGTTTATCAACGTGCGACGCATTCCTGGAAGAATCAAATTAGGTAAGGTGAATATGGGTAAAGCTCTTGTCATCGTTGAGTCCCCGGCAAAAGCCAAAACGATCAACAAGTATCTGGGTAGTGACTACGTGGTGAAATCCAGCGTCGGTCACATCCGCGATTTGCCGACCAGTGGCTCAGCTGCCAAAAAGAGTGCCGACTCTACCTCCACCAAGACGGCTAAAAAGCCTAAAAAGGATGAACGTGGCGCT > AP012306/1135181‑1135474 | cAGAGAGCGAGTCCATATCGGTAACTCGTTGCCAGTGGAAGGTTTATCAACGTGCGACGCATTCCTGGAAGAATCAAATTAGGTAAGGTGAATATGGGTAAAGCTCTTGTCATCGTTGAGTCCCCGGCAAAAGCCAAAACGATCGACAAg < 2:1312254/150‑1 (MQ=255) gagagCGAGTCCATATCGGTAACTCGTTGCCAGTGGAAGGTTTATCAACGTGCGACGCATTCCTGGAAGAATCAAATTAGGTAAGGTGAATATGGGTAAAGCTCTTGTCATCGTTGAGTCCCCGGCAAAAGCCAAAACGATCGACAATTa < 2:3591873/150‑1 (MQ=255) gagagCGAGTCCATATCGGTAACTCGTTGCCAGTGGAAGGTTTATCAACGTGCGACGCATTCCTGGAAGAATCAAATTAGGTAAGGTGAATATGGGTAAAGCTCTTGTCATCGTTGAGTCCCCGGCAAAAGCCAAAACGATCGACAAGTa > 1:1101636/1‑150 (MQ=255) 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cGTTGAGTCCCCGGCAAAAGCCAAAACGATCGACAAGTATCTGGGTAGTGACTACGTGGTGAAATCCAGCGTCGGTCACATCCGCGATTTGCCGACCAGTGGCTCAGCTGCCAAAAAGAGTGCCGACTCTACCTCCACCAAGACGGCTaa > 1:2714515/1‑150 (MQ=255) gTTGAGTCCCCGGCAAAAGCCAAAACGATCGACAAGTATCTGGGTAGTGACTACGTGGTGAAATCCAGCGTCGGTCACATCCGCGATTTGCCGACCAGTGGCTCAGCTGCCAAAAAGAGTGCCGACTCTACCTCCACCAAGACGGCTaaa > 1:1972542/1‑150 (MQ=255) ctGAGTCCCCGGCAAAAGCCAAAACGAACGACAAGTATCTGGGTCGTGACTACGTGGTGAAATCCAGAGTCGCTCACCTCCGCGATTTGCCGACCAGTGGCAAAGCTGCCAAAAAAAGTGCCGACTCTACCTCCCCCAAGACGGCTaaaa < 2:1109939/149‑1 (MQ=255) aGTCCCCGGCAAAAGCCAAAACGATCGACAAGTATCTGGGTAGTGACTACGTGGTGAAATCCAGCGTCGGTCACATCCGCGATTTGCCGACCAGTGGCTCAGCTGCCAAAAAGAGTGCCGACTCTACCTCCACCAAGACGGCTAAAAAGc > 2:851352/1‑150 (MQ=255) cccGGCAAAAGCCAAAACGATCGACAAGTATCTGGGTAGTGACTACGTGGTGAAATCCAGCGTCGGTCACATCCGCGATTTGCCGACCAGTGGCTCAGCTGCCAAAAAGAGTGCCGACTCTACCTCCACCAAGACGGCTAAAAAGCCTaa < 2:1813942/150‑1 (MQ=255) cccGGCAAAAGCCAAAACGATCGACAAGTATCTGGGTAGTGACTACGTGGTGAAATCCAGCGTCGGTCACATCCGCGATTTGCCGACCAGTGGCTCAGCTGCCAAAAAGAGTGCCGACTCTACCTCCACCAAGACGGCTAAAAAGCCTaa < 1:1598270/150‑1 (MQ=255) cccGGCAAAAGCCAAAACGATCGACAAGTATCTGGGTAGTGACTACGTGGTGAAATCCAGCGTCGGTCACATCCGCGATTTGCCGACCAGTGGCTCAGCTGCCAAAAAGAGTGCCGACTCTACCTCCACCAAGACGGCTAAAAAGCCTaa < 2:3768859/150‑1 (MQ=255) ccGGCAAAAGCCAAAACGATCGACAAGTATCTGGGTAGTGACTACGTGGTGAAATCCAGCGTCGGTCACATCCGCGATTTGCCGACCAGTGGCTCAGCTGCCAAAAAGAGTGCCGACTCTACCTCCACCAAGACGGCTAAAAAGCCTaaa < 1:96562/150‑1 (MQ=255) cAAAAGCCAAAACGATCGACAAGTATCTGGGTAGTGACTACGTGGTGAAATCCAGCGTCGGTCACATCCGCGATTTGCCGACCAGTGGCTCAGCTGCCAAAAAGAGTGCCGACTCTTCCTCCACCAAGACGGCTAAAAAGCCTAAAAAgg < 1:2305390/150‑1 (MQ=255) cAAAAGCCAAAACGATCGACAAGTATCTGGGTAGTGACTACGTGGTGAAATCCAGCGTCGGTCACATCCGCGATTTGCCGACCAGTGGCTCAGCTGCCAAAAAGAGGGCCGACTCTACCTCCACCAAGACGGCTAAAAAGCCTAAAAAgg > 2:573912/1‑150 (MQ=255) aaaaGCCAAAACGATCGACAAGTATCTGGGTAGTGACTACGTGGTGAAATCCAGCGTCGGTCACATCCGCGATTTGCCGACCAGTGGCTCAGCTGCCAAAAAGAGTGCCGACTCTACCTCCACCAAGACGGCTAAAAAGCCTAAAAAGGa < 2:3287236/150‑1 (MQ=255) aaaaGCCAAAACGATCGACAAGTATCTGGGTAGTGACTACGTGGTGAAATCCAGCGTCGGTCACATCCGCGATTTGCCGACCAGTGGCTCAGCTGCCAAAAAGAGTGCCGACTCTACCTCCACCAAGACGGCTAAAAAGCCTAAAAAGGa < 2:2974287/150‑1 (MQ=255) aaaaGCCAAAACGATCGACAAGTATCTGGGTAGTGACTACGTGGTGAAATCCAGCGTCGGTCACATCCGCGATTTGCCGACCAGTGGCTCAGCTGCCAAAAAGAGTGCCGACTCTACCTCCACCAAGACGGCTAAAAAGCCTAAAAAGGa < 2:4064372/150‑1 (MQ=255) aGCCAAAACGATCAACAAGTATCTGGGTAGTGACTACGTGGTGAAATCCAGCGTCGGTCACATCCGCGATTTGCCGACCAGTGGCTCAGCTGCCAAAAAGAGTGCCGACTCTACCTCCACCAAGACGGCTAAAAAGCCTCAAAAGGATGa > 1:3406637/1‑150 (MQ=255) ccAAAACGATCGACAAGTATCTGGGTAGTGACTACGTGGTGAAATCCAGCGTCGGTCACATCCGCGATTTGCCGACCAGTGGCTCAGCTGCCAAAAAGAGTGCCGACTCTACCTCCACCAAGACGGCTAAAAAGCCTAAAAAGGATGAAc < 1:4076097/150‑1 (MQ=255) cAAAACGATCGACAAGTATCTGGGTAGTGACTACGTGGTGAAATCCAGCGTCGGTCACATCCGCGATTTGCCGACCAGTGGCTCAGCTGCCAAAAAGAGTGCCGACTCTACCTCCACCAAGACGGCTAAAAAGCCTAAAAAGGATGAACg > 1:389797/1‑150 (MQ=255) gATCGACAAGTATCTGGGTAGTGACTACGTGGTGAAATCCAGCGTCGGTCACATCCGCGATTTGCCGACCAGTGGCTCAGCTGCCAAAAAGAGTGCCGACTCTACCTCCACCAAGACGGCTAAAAAGCCTAAAAAGGATGAACGTGgcgc < 2:277176/150‑1 (MQ=255) | CCGCAGAGAGCGAGTCCATATCGGTAACTCGTTGCCAGTGGAAGGTTTATCAACGTGCGACGCATTCCTGGAAGAATCAAATTAGGTAAGGTGAATATGGGTAAAGCTCTTGTCATCGTTGAGTCCCCGGCAAAAGCCAAAACGATCAACAAGTATCTGGGTAGTGACTACGTGGTGAAATCCAGCGTCGGTCACATCCGCGATTTGCCGACCAGTGGCTCAGCTGCCAAAAAGAGTGCCGACTCTACCTCCACCAAGACGGCTAAAAAGCCTAAAAAGGATGAACGTGGCGCT > AP012306/1135181‑1135474 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |