| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP012306 | 644310 = | 439 (1.310) | 35 (0.110) +GAG |
14/292 | 10.7 | 8.2% | noncoding (1/76 nt) | lysQ | tRNA‑Lys |
| ? | AP012306 | = 2073420 | 364 (1.080) | noncoding (76/76 nt) | valU | tRNA‑Val | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CAAAAAAGCGCCTTTAGGGCGCTTTTTTACATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AP012306/644417‑644310‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCCCGCTGTGTGGAGTCGCATTATAGGGAGAGTTCAAAATGAGTCAACGCATTTTCTAAAGAAATTGTTCGTTCG < AP012306/2073420‑2073272 ||||| CAAAACAGCGCCTTTGGGGTCGTTTTTTACATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGACCCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGGGCTAACGCCCCG‑G‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCT < 2:1871320/150‑1 CCTTTAGGGCGCTTTTTAAAATTGGGGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGCCCCG‑A‑GTGGGGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAG < 2:4469159/150‑1 CTTTAGGGCGCTTTTTTACATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑‑C‑TTGGGGGGTTATGACGGGTTCATAACGCCGGCCCCCTCCTTGTAAAGGAGGa > 2:2639083/1‑149 TAGGGCGCTTTTTTACATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑‑‑GTGGGGGGTGATGACGGGTTCAAACCTCCGGCCCCCGCCTTGTAAAGGAGGAGCc > 2:3862375/1‑149 ttgTTTTTAAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑A‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCC < 2:3448454/147‑1 GCTTTTTAAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑A‑GTGGTGGGTGATGACGGTATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCC < 2:3869933/150‑1 CTTTTTAAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑A‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCA < 2:2546479/150‑1 TTTACATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑‑‑TTGGGGGGTTATGACGGGTTCGTACCTCCGGCCCCCTCCTTGTAAAGGAGGAGCTCTCCCAGCTGA > 2:3424525/1‑150 aaaATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGACCCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGCCCCG‑A‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAG < 2:287002/147‑1 aaaATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGACCCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑A‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAG < 2:402734/147‑1 aaATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCACCTGAGCTAACGACCCG‑A‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGC < 1:3677329/148‑1 aatgGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCGGGGACAAATTGATAAAAGGTCAACTGCTCTACCAACGGAGCTAACGACCCG‑A‑GTGGGGGGGGAGGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCT < 2:1539041/146‑1 aATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑A‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCT < 1:1125823/149‑1 CATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑A‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCT < 1:2280032/150‑1 ATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑A‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTA < 2:341088/150‑1 ATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑A‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTA < 1:1248423/150‑1 TTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGACCCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACGGAGCTAACG‑CCCG‑G‑GTGGTGGGTGATGAGGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAAT < 1:295238/150‑1 TTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGCCCCG‑A‑GTGGTGGGTGATGAGGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAA < 1:1531374/150‑1 TTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑A‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAA < 2:2640250/150‑1 TGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑A‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAAT < 2:3675530/150‑1 TGGTGGGTCGTGAAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGCCACCTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑A‑GTGGTGGGTGATGAGGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAAT < 2:1762309/150‑1 gggGGGTCGTGAAGGATTCGAACCTGGGACAAATTGATAAAAAGTAAACTGCTCTACCACCTGAGCTAACG‑CCCG‑G‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCA < 2:390732/147‑1 GGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑A‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATC < 1:1652054/150‑1 ggGGGTCGTGCGGGATTCGACCCTGCGACCAATTGATAAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGCCCCG‑G‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCA < 2:3367441/148‑1 GTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGCCCCG‑A‑GTGGTGGGTGATGCCGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCA < 1:3819600/150‑1 GTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCGG‑A‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCA < 1:2577856/150‑1 GTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑A‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCA < 1:4014593/150‑1 GTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑A‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCA < 2:31559/150‑1 TGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTCCCAACTGAGCTAACGACCCG‑A‑GTGGTGGGTGAGGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCAC < 1:1007814/150‑1 GGGTGGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑A‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACC < 1:1124040/150‑1 GGTCGTGCAGGATTCGACCCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑A‑GTGGTGGGTGATGCCGGGATCGACCCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCC < 2:1336916/150‑1 GGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑A‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCC < 2:3506761/150‑1 tgtTTAAAATTCAATTGCTACACGAAGTGAGCTAAAGAACGG‑AGGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCCCGCTGTGTGGAGTCGCATTATAGGGAGA < 2:1385262/147‑1 AAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAA‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCCCGCTGTGTGGAGTCGCATTATAGGGAGAGTTCA > 1:282693/1‑150 CTCCACCAACGGAGCTACCGACAGA‑AGGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCCCGCTGTGTGGAGTCGCATTATAGGGAGAGTTCAAAATGAGTCAAC < 2:1164359/150‑1 aaagaaA‑GTGGTGGGTGATGACGGGACCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCCCGCTGTGTGGAGTCGCATTATAGGGAGAGTTCAAAATGAGTCAACGCATTTTCTAAAGAAATTGT < 2:3516839/144‑1 gGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCCCGCTGTGTGGAGTCGCATTATAGGGAGAGTTCAAAATGAGTCAACGCATTTTCTAAAGAAATTGTTCGTTC < 2:1590265/149‑1 GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCCCGCCGTGTGGTGTCGCATTATAGGGAGAGTTCAAAATGAGTCAACGCATTTTCTAAAGAAATTGTTCGTTCG > 2:2257335/1‑150 ||||| CAAAAAAGCGCCTTTAGGGCGCTTTTTTACATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AP012306/644417‑644310‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCCCGCTGTGTGGAGTCGCATTATAGGGAGAGTTCAAAATGAGTCAACGCATTTTCTAAAGAAATTGTTCGTTCG < AP012306/2073420‑2073272 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |