Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AP012306 | 3,182,861 | 0 | A | C | 29.8% | 309.2 / 24.9 | 131 | L198F (TTA→TTC) | yiaN | predicted transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (79/13); new base C (0/39); total (79/52) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.90e-22 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 198 total aligned reads displayed.
ATTATTCCCCCTTCCATTCCGTTTATTATCTTCGGCGTTTCCAGCGGATTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGCGGGCATTGCCCCTGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGAT‑GCTTACCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGTTTCGCTCCGGCCTG‑TTTACCCCTACCGAAGCCGGGGCCGTTGCTGCTTTCTATGC > AP012306/3182712‑3183010 | attattCCCCCTTCCATTCCGTTTATTATCTTCGGCGTTTCCAGCGGATTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGCGGGCATTGCCCCTGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGAT‑GCTTACCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑a < 1:3651456/150‑1 (MQ=255) ttattCCCCCTTCCATTCCGTTTATTATCTTCGGCGTTTCCAGCGGATTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGCGGGCATTGCCCCTGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGAT‑GCTTACCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑Ac < 2:3536643/150‑1 (MQ=255) ccccTTCCATTCCGTTTATTATCTTCGGCGTTTCCAGCGGATTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGCGGGCATTTCCCCCCGCATGATGATTGGGGCAACGCTGGT‑GCTTACCTGGTGGGGGGAGGCCAGACGCCCTTATTTT‑Tcccccc > 2:3238211/1‑148 (MQ=255) ccccTTCCACTCCGTTTATTATCTTCGGCGTTTCCAGCGGATTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGCGGGCGTTGCCCCCGGCCTGGTGATGGGGGCAACGCTGAT‑GCTTACCTGGTGGTGGGAGGCCAGACGCCCTTATTTT‑Tcccccc > 2:85701/1‑148 (MQ=255) ttCCATTCCGTTTATTATCTTCGGCGTTTCCAGCGGATTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGCGGGCATTGCCCCTGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGAT‑GCTTACCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑ACCCCGCCAGCa < 1:1536280/150‑1 (MQ=255) cATTCCGTTTATTATCTTCGGCGTTTCCAGCGGATTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGCGGGGTTTGCCCCCTGCATGATGATGGGGGCAACGCTGTT‑GCTTACCTGGTGGTGGGAGGGCAGTCG‑CCTTTATTT‑TTCCCCCCCGCaaaa > 2:766771/1‑150 (MQ=255) aTTCCGTTTATTATCTTCGGCGTTTCCAGCGGATTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGCGGGCATTGCCCCGGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGAT‑GCTTACCTGGTGGGGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑CCCCCGCCAGCaaaaa < 2:148286/150‑1 (MQ=255) ccGTTTATTATCTTCGGCGTTTCCAGGGGATTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGCGGGCATTGCCCCTGGCATGATGAGGGGCGCAACGCTGAT‑GCTTCCCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCa < 1:1438940/150‑1 (MQ=255) cGTTTATTATCTTCGGCGTTTCCAGCGGATTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGCGGGCATTTCCCCCGGCATGGTGATGGGGGCCACGCTGAT‑GCTTTCCTGGTGGTGGGGGGGCAGGCG‑CCTTAATTT‑ACCCCGCCCCCAAAAAACaa > 2:2408319/1‑150 (MQ=255) tttATTATCTGGGGCGTTTCGGGGGGATTCTCCATGAGTAGGCTGTTTAGGGCGGGCATGGCCGCTGGGATGATGGGGGGCGCAGCGCTGAT‑GTTTCCGGGGGGGGGGCGGGCCAGTCG‑CTTTAATTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACg < 2:3098353/150‑1 (MQ=255) ttattaTCTTCGGCGTTTCCAGCGGATTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGCGGGCATTTCCCCCCGCGTGATGATGGGGGCAACGCTGAT‑GCTTTCCTGGGGGGGGGAGGGCCGTCG‑CCCTTATTT‑TTCCCCCCCCCaaaaaaaaaaaa > 2:3035184/1‑143 (MQ=255) tattatCTTCGGCTTTTCCAGCGGATTATCCACCAGTAAGCTTTTTAGGGCGGGCATTCCCCCTGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGAT‑GCTTCCCTGGTGGGGGCAGGCCAGTCG‑CTTTAATTT‑CCCCCGCCAGCAAAAAGCAACGAt < 2:1087527/150‑1 (MQ=255) tattatCTTCGGCTTTCCCAGCGGATTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGCGGGCATTGCCCCTGGCATGATGAGGGGCGCAACGCTGAT‑GCTTCCCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑CCCCCGCCAGCAAAAAGCAACGAt < 1:553889/150‑1 (MQ=255) tatCTGCGGCTTTCCCGGGGGATTACCCATCAGTAAGCTGTTTAGGGCGGGCATTGCCCCTGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGAT‑CCTTACCGGGGGGGGGCAGCCCAGCCG‑CTTTATTTT‑CCCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCa < 2:2015127/150‑1 (MQ=255) tCTTCGGTGTGCCCGGCGGATTATCCTTCAGTAGGCTTTTTTGGGCGGGCTTTGCCCCTGGAAGGATGGTGGCCGCAACCGTGTT‑GCTTACGTGGGGGGGGGGGGCCAGTCG‑CTTTAATTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAgg < 2:3995359/150‑1 (MQ=255) ttCGGCGTTTCCAGCGGATTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGCGGGCATTGCCCCCGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGAT‑GCTTTCCTGGTGGGGGGGGGGCAGGCG‑CCTTTATTT‑AACCCCCCCGCAAAAAACAACGATGCAGGaa > 2:2917209/1‑150 (MQ=255) cGGCGTTTCCAGCGGATTACCCATCAGTAAGCTGTTTATGGCGGGCATTGCCCCGGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGAT‑GCTTCCCTGGTGGTGGCGGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑CCCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAAt < 2:2827173/150‑1 (MQ=255) ggCGTTTCCAGCGGATTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGCGGGCCTTGCCCCCGGCCTGTTGTTGGGGGCAACGCTGGT‑GCTTACCTGGTGGTGGGGGGCGCGACG‑CCTTTATTT‑ACCCCCCCCCCAAAAAAAAACGAGGAACGaaagt > 2:2499555/1‑148 (MQ=255) ttCCAGCGGATTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGCGGGCAATTTCCCCGGCCCGATGATGGGCGCGACACCGAT‑GATTTCCTGGTGGGGGCAGGCCAGTCG‑CCCTAATTT‑TTCCCCCCCCCAAAAAACAACGATACAGGAAAACTGGcc > 2:4102727/1‑149 (MQ=255) tCCAGCGGATTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGCGGGGATTGCCCCCGGCGTGATGATGGGGGCAAAGCTGGT‑GCTTTCCTTGTGGGGGGGGGCCCGTCG‑CCTTAATTT‑TCCCCCCCAACCAAAAACAAAGAAGCAGGAAAACttggcg > 2:1502444/1‑145 (MQ=255) cAGCGGATTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGCGGGGATTGGCCCTGGGAGGATGAAGGGGGGAAAGCTGAG‑GGTTACCTGGGGGGGGGAGGGGGGGGG‑GCTTAATTT‑TACCCGCCCGCAAAAAAAAAAGATGGCGGAAAAATGGGActc > 2:2429940/1‑150 (MQ=255) aGCGGATTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGCGGGCATTGCCCCCGGCATGATGATGGGGGCAACGCTGAT‑GGTTACCTGGTGGGGGGAGGCCCGGCG‑CCTTAATTT‑TCCCCCCCAGCAAAAAACAAAGATGCAGGAAATCTGGGActct > 2:1741159/1‑150 (MQ=255) ggATTACCCATCAGGAAGCTGTTTAGGGGGGGCTTTCCCCCTGGCATGATGATGGGCCCAACGCTGAT‑GCTTACGTGGTGGTGGAAGGCCAGTCC‑CCTTAATTT‑CCCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCtttt < 2:415183/150‑1 (MQ=255) aTTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGCGGGGATTGCCCCCGGCATGATGATTGGCGCAAAGCTGAT‑GCTTACCTTGTGGGGGCAGGCCAGGCG‑CCCTAATTT‑ACCCCGCCCGCCAAAAACAACCAAGCAGGAAAACTTGCACTCtttttt > 2:227717/1‑148 (MQ=255) aTTATCCAACAGTAAGCTGTTTATGGCGGGAATTGCCCCTGGCTTGATGATGGGGGCAACGCTGAT‑GCTTACCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CTTTATTTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGt < 2:2437195/150‑1 (MQ=255) aTTACCCAGCAGTAGCCTGTTTATGGCGGTCTTTGCCCCTGCCATGATGAGGGGCTCATCGC‑GATGGCTTACCGGGGGGGGGCAGGCCGGTCG‑CTTTAATTT‑CCCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGt < 2:2803755/150‑1 (MQ=255) ttATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGCGGGCATTTCCCCCGGCATGATGATTGGGGCAACGCTGAT‑GCTTTCCTGGTGGGGGCAGGCCAGTCG‑CCCTAATTT‑TCCCCCCCAGCAAAAAACAACGATGCAGGAAAACTGGCACTCttttttt > 2:2528875/1‑147 (MQ=255) tacccATCAGTAAGCTGTTTATGGCGGGCATTGCCCCTGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGAT‑GCTTCCCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CTTTAATTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGtct < 1:3736377/147‑1 (MQ=255) tATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGCGGGCATTGCCCCTGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGAT‑GCTTACCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑CCCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGtct < 1:2375945/150‑1 (MQ=255) tATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGCGGGCATTGCCCCCGGCATGATGATGGGGGCAACGCTGAT‑GCTTTCCTGGTGGGGGGAGGCCAGTCG‑CCTTTATTT‑TTCCCCCCCGCAAAAAACAACGATGCAGGGAATCTGGCACTCTTTTTtct > 2:591512/1‑150 (MQ=255) cAGTAAGTGTTTTATGGGGGCCATGCCCCCGGGCAGGATGAGGGGCGAACCGCTGAT‑GCTTACCTGGTGGGGGCGGCCCAGTCG‑CTTTAATTT‑CCCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTAt < 2:870861/150‑1 (MQ=255) cAGTAAGCTGTTTATGGCGGGCATTGCCCCCGGCATGATGATGGGGGCAACGCTGAT‑TGTTTCCTTGTGGGGGGAGGCCCGTCG‑CCTTTATTT‑TACCCCCCCGCAAAAAACAACGATGGAGGGAAACTGGCACTCTTTTTTTTCCGGTAt > 2:3805977/1‑150 (MQ=255) agttGTTTATGGCGGGCATGCCCCCTGGAATGATGAGGGGCACAACGCTGAT‑CCTTCCCTGGTGGTGGAAGGCAAGTCG‑CCTTAATTT‑CCCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTggg < 2:2236846/147‑1 (MQ=255) cctttttAGGGCGGGCATTGCCCCTGGCATGATGAGGGGCGCAACGCTGAT‑GCTTACTTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑CCCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGgc < 2:1787624/146‑1 (MQ=255) ttttTGGCCCGCTTTCCCCCTGCCATGATCATGGGCTCAGCGCTGAT‑CTTTCCCTGGTGGTGGCCGCCCCGCCC‑CCTTTATTC‑CCCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTg < 2:4133175/150‑1 (MQ=255) tttGTGGCGGGCTTTGCCCCTGGCATGATGATGGCCGCAACGCTGAG‑GCTTACCTGGTGGTGGCGGGCCAGTCG‑CTTTAATTT‑CCCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTg < 2:2671307/150‑1 (MQ=255) aTGGCGGGCATTGCCCTGGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGAT‑GCTTACCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGttt < 2:1822931/150‑1 (MQ=255) ggCGGGCATTGCCCCTGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGAT‑GCTTACCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGACGCTGTttct > 1:4194964/1‑150 (MQ=255) gCGGGCATTGCCCCTGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGAT‑GCTTACCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTttctt > 2:3648092/1‑150 (MQ=255) gggCTTTGCCCCTGGCATGATGATGGGCGAAACGTGGAT‑GCTTCCCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CTTTATTTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTcc < 2:902512/150‑1 (MQ=255) gggCATTGCCCCTGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGAT‑GCTTACCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTcc > 1:2328551/1‑150 (MQ=255) ccatgcccccTGGCATGATGGTGGGCCCAACGCTGGT‑GCTTCCCTGGTGGGGGCAGGCGAGTCG‑CTTTAATTT‑CCCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAg < 2:2940140/144‑1 (MQ=255) cATTGCCCCTGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGAT‑GCTTACCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGt > 2:1029378/1‑150 (MQ=255) cATTGCCCCTGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGAT‑GCTTACCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGt > 1:1689956/1‑150 (MQ=255) gCCCCTGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGAT‑GCTTACCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGtcatc > 2:824748/1‑150 (MQ=255) gCCCCTGGCATGAGGGGGGGCGCAACGCTGAT‑GCTTCCCTGGTGGGGGCGGGCCGGTCG‑CCTTAATTT‑CCCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGtcatc < 2:610180/150‑1 (MQ=255) cccTGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGAT‑GCTTACCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTcatcat > 1:617364/1‑150 (MQ=255) cccTGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGAT‑GCTTACCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTcatcat > 2:2183120/1‑150 (MQ=255) ccTGGCATGATGATGGGCGAACCGCTGAT‑GCTTACCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CTTTAATTT‑CCCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCatt < 1:1272181/150‑1 (MQ=255) ggCATGATGATGGGCGCAACGCTGAT‑GCTTACCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCattatt > 1:4129546/1‑150 (MQ=255) ggCATGATGATGGGCGCAACGCTGAT‑GCTTACCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCattatt > 1:1648940/1‑150 (MQ=255) gCATGATGAGGGGCGCAACGCTGAT‑GCTTCCCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑CCCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTg < 1:3466529/150‑1 (MQ=255) tgatgatgGGCGCAACGCTGAT‑GCTTACCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCg > 2:39789/1‑150 (MQ=255) gatgatgGGCGCAACGCTGAT‑GCTTACCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCgg > 1:3288397/1‑150 (MQ=255) atgatgGGCGCAACGCTGAT‑GCTTACCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCggg > 1:2302028/1‑150 (MQ=255) agaatgGGCGCAGCGCTGAG‑GCTTACCTGGGGGTGGCAGGCCAGCCG‑CCTTAATTT‑TCCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCggg < 1:4052099/147‑1 (MQ=255) tgatgGGCGCAACGCTGAT‑GCTTACCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑CCCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGt < 1:3363946/150‑1 (MQ=255) tgatgGGCGCAACGCTGAT‑GCTTACCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCgggg > 1:1742909/1‑149 (MQ=255) atgGGCGCAACGCTGAT‑GCTTACCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑ACCCCGCCAGCGAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGgtt > 2:1696464/1‑150 (MQ=255) atgGGCGCAACGCTGAT‑GCTTACCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGttt > 2:3561961/1‑150 (MQ=255) atgGGCGCAACGCTGAT‑GCTTACCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGgtt > 2:3912546/1‑150 (MQ=255) tgGGCGCAACGCTGAT‑GCTTACCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGTTTc > 1:2936470/1‑150 (MQ=255) gggCGCAACGCTGAT‑GCTTACCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CTTTAATTT‑CCCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGTTTCg < 1:726756/150‑1 (MQ=255) gggCGCAACGCTGAT‑GCTTACCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGgtttg > 2:848399/1‑148 (MQ=255) cgcAACGCTGAT‑GCTTACCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGTCGGAGTTTGCTc > 1:2270801/1‑150 (MQ=255) cgcAACGCTGAT‑GCTTACCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGGTtctctc > 2:598342/1‑150 (MQ=255) gcAACGCTGAT‑GCTTACCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGGTTTGCTcc > 1:699361/1‑150 (MQ=255) cAACGCTGAT‑GCTTCCCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CTTTATTTT‑CCCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGTTTCGCTCCg < 1:3486101/150‑1 (MQ=255) cAACGCTGAT‑GCTTACCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGTTTCGCTCCg > 1:3858272/1‑150 (MQ=255) cAACGCTGAT‑GCTTACCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGGTTTGCTCCg > 1:3910011/1‑150 (MQ=255) aaaCGTTGAT‑TCTTCCGTGGTGTCGGCAGGCCGGTCG‑CTTTAATTG‑CCCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGTTTCGCTCCg < 2:2144089/149‑1 (MQ=255) aaCGCTGAT‑GCTTACCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGGTTTGTTcccg > 2:2769971/1‑148 (MQ=255) aCGCTGAT‑GCTTACCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGGTTTGCTCCCGc > 2:187565/1‑150 (MQ=255) gCTGAT‑GCTTACCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGTTTCGCTCCGGccc > 1:3428301/1‑149 (MQ=255) gCTGAT‑GCTTACCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGGTTTGCTcccggct > 1:659130/1‑145 (MQ=255) gCTGAT‑GCTTACCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGGTTCGCTCCCGccc > 1:2566786/1‑149 (MQ=255) tGAT‑GCTTCCCGGGTGGGGGCGGGCCAGTCG‑CTTTAATTT‑CCCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGTTTCGCTCCGGCCTG‑t < 1:2046986/150‑1 (MQ=255) tGAT‑GCTTACCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGTTTCTTGCCGGCCCG‑t > 2:955566/1‑150 (MQ=255) gAT‑GCTTCCCGGGGGGTGGCAGGCCGTTCG‑CTTTAATTT‑CCCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGTTTCGCTCCGGCCTG‑tt < 2:1774425/150‑1 (MQ=255) aT‑GCTTACCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑CCCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGTTTCGCTCCGGCCTG‑ttt < 1:2601280/150‑1 (MQ=255) aT‑GCTTACCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGTTTTGGTCCGCCCCG‑ttt > 2:1577088/1‑150 (MQ=255) aT‑GCTTACCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGTTTTCCTCCCGCCCG‑ttt > 1:1053817/1‑150 (MQ=255) t‑GCTTACCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGGTTTTCTCCGGCCCG‑tttt > 2:3610749/1‑149 (MQ=255) gccgtACCTGGGGGTGGCAGCCCAGTCG‑CTTAAATTA‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGTTTCGCTCCGGCCTG‑TTTa < 2:3179207/146‑1 (MQ=255) cTTACCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGGTTTTCTCCCGCCTC‑TTTTcc > 2:3352229/1‑150 (MQ=255) ttACCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGTTTCGCTCCGGCCTG‑TTTAccc < 1:93314/150‑1 (MQ=255) tACCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGGTTTGCTCCCGCCCG‑tttttccc > 2:3192149/1‑145 (MQ=255) cccTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑CCCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGTTTCGCTCCGGCCTG‑TTTACCCCt < 1:1147637/149‑1 (MQ=255) ccTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGATTTTGCTCCGGCCCG‑TTTACCCCTa > 1:2320348/1‑150 (MQ=255) ggtggtggCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGGTTTGCTCCGGGCTG‑TTTATCCCCACCg > 1:2913550/1‑150 (MQ=255) gtggCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGTATCGCTCCCGCCCC‑TTTTCCCCCTCCGAAGc > 1:3313039/1‑150 (MQ=255) aGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGGTTTTCTCCCGGCCG‑TTTTTCCCCACCCAAACCcggg > 1:2990811/1‑150 (MQ=255) ggCCAGTCC‑CCTAAATTT‑CCCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGTTTCGCTCCGGCCTG‑TTTACCCCTACCGAAGCCGGGGc < 1:3504008/150‑1 (MQ=255) cccttccccTTAATTTCCCCCCGCCAGAAAAAAGCAACGAGGCAGAAAATCGGGCCCTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTTTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGGGGGTTTCGCTCCGGCCTG‑TTTCCCCCTACCGAAGCCGGGGcc < 2:2034706/143‑1 (MQ=255) cG‑CCTTAATTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGTTTCGCTCCCGCCTG‑TTTTCCCCCCCCCAAGCCCGGGCCgctgct > 1:108370/1‑150 (MQ=255) ttAATTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGGTTTGCTCCCGCCTG‑TTTTCCCCCACCCAAGCCCGGGGCGCTGCTGCtt > 1:2720544/1‑150 (MQ=255) ttt‑ACCCAGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGTTTCGCTCCGGCCTG‑TTTACCCCTACCGAAGCCGGGGCCGTTGCTGCTTTCTa < 2:193870/150‑1 (MQ=255) tt‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGGTTGCCGCCGGCCCGTTTTACCCCT‑CCGAAACCCGGGCCGGTGCTGCttttttt > 1:635577/1‑146 (MQ=255) t‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGTTTCGCTCCGGCCTG‑TTTACCCCTACCGAAGCCGGGGCCGTTGCTGCTTTCTATg < 2:2570543/150‑1 (MQ=255) aCCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGCATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGGTTTTCTCCGGCCCGTTTTTCCCCTCCCCAA‑CCGGGGGCGGTGCGGttttttttgt > 2:1779069/1‑144 (MQ=255) | ATTATTCCCCCTTCCATTCCGTTTATTATCTTCGGCGTTTCCAGCGGATTATCCATCAGTAAGCTGTTTATGGCGGGCATTGCCCCTGGCATGATGATGGGCGCAACGCTGAT‑GCTTACCTGGTGGTGGCAGGCCAGTCG‑CCTTAATTT‑ACCCCGCCAGCAAAAAGCAACGATGCAGGAAATCTGGCACTCTTTTGTCTCCGGTATCTGGGCGCTGTTTCTTCCAGTCATCATTATTGGCGGGTTTCGCTCCGGCCTG‑TTTACCCCTACCGAAGCCGGGGCCGTTGCTGCTTTCTATGC > AP012306/3182712‑3183010 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |