| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC | AP012306 | 2,936,477 | (CCA)4→3 | coding (62‑64/870 nt) | prkB → | predicted phosphoribulokinase |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP012306 | 2936470 = | 1 (0.000) | 288 (0.800) | 173/278 | 0.5 | 99.7% | coding (55/870 nt) | prkB | predicted phosphoribulokinase |
| ? | AP012306 | = 2936466 | 1 (0.000) | coding (51/870 nt) | prkB | predicted phosphoribulokinase | |||||
Only 100 of 322 total aligned reads displayed.
GGGGCCGAAGTAGCTGATATGCCGCCCGGCGTCGCGCGCTTTGCGGATCGCCATGTCCATTTCCGGGCGGGTGTAACGGTGAAAACTGTCGCCTTCCACCTCAGCTGCATGCAGATTTAACTGCGCGAATATTTTACGAAACGCGAGGCTGGTGGTGGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AP012306/2936628‑2936470‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tggtggtggtCCCCGCGCCGCTGGATCCTGTTACCGCAATGACCGGATGTTTGGCAGACATAGTAACTCCATGACTTAGCTATCATTATTATCTCGTCCGCCGACGGTTGCAGGTTATTCGCGAAACTGACTGCGCGGCATAATATTGACCGTTTCGTG < AP012306/2936466‑2936318 GGGCCGAAGTAGCTGATATGCCGCCCGGCGTCGCGCGCTTTGCGGATCGCCATGTCCATTTCCGGGCGGGTGTAACGGTGAAAACTGTCGCCTTCCACCTCAGCTGCATGCAGATTTAACTGCGCGAATATTTTACGAAACGCGAGGCTG < 2:3114132/150‑1 GGGCCGAAGTAGCTGATATGCCGCCCGGCGTCGCGCGCTTTGCGGATCGCCATGTCCATTTCCGGGCGGGTGTAACGGTGAAAACTGTCGCCTTCCACCTCAGCTGCATGCAGATTTAACTGCGCGAATATTTTACGAAACGCGAGGCTG > 1:3065070/1‑150 CCGAAGTAGCTGATATGCCGCCCGGCGTCGGGCGCTTTGCGGATCGCCATGTCAATTTGCGGGGGGGGGTAACGGTGAAAACTGTCGCCTTCCACCTGAGCTGCATGCAGATTTAACTGCGCGAATATTTTACGAAAAGCGGGGCTGGTG > 2:4764510/1‑150 CCGAAGTAGCTGATATGCCGCCCGGCGTCGCGCGCTTTGCGGATCGCCATGTCCATTTCCGGGCGGGTGTAACGGTGAAAACTGTCGCCTTCCACCTCAGCTGCATGCAGATTTAACTGCGCGAATATTTTACGAAACGCGAGGCTGGTG < 1:698196/150‑1 TAGCTGATATGCCGCCCGGCGTCGCGCGCTTTGCGGATCGCCATGTCCATTTCCGGGCGGGTGTAACGGTGAAAACTGTCGCCTTCCACCTCAGCTGCATGCAGATTTAACTGCGCGAATATTTTACGAAACGCGAGGCTGGTGGTGGTC > 1:954263/1‑150 GCTGATATGCCGCCCGGCGTCGCGCGCTTTGCGGATCGCCATGTCCATTTCCGGGCGGGTGTAACGGTGAAAACTGTCGCCTTCCACCTCAGCTGCATGCAGATTTAACTGCGCGAATATTTTACGAAACGCGAGGCTGGTGGTGGTCCC < 1:2583638/150‑1 TGATATGCCGCCCGGCGTCGCGCGCTTTGCGGATCGCCATGTCCATTTCCGGGCGGGTGTAACGGTGAAAACTGTCGCCTTCCACCTCAGCTGCATGCAGATTTAACTGCGCGAATATTTTACGAAACGCGAGGCTGGTGGTGGTCCCCG < 2:1402841/150‑1 TGATATGCCGCCCGGCGTCGCGCGCTTTGCGGATCGCCATGTCCATTTCCGGGCGGGTGTAACGGTGAAAACTGTCGCCTTCCACCTCAGCTGCATGCAGATTTAACTGCGCGAATATTTTACGAAACGCGAGGCTGGTGGTGGTCCCCG < 1:3896596/150‑1 TGATATGCCGCCCGGCGTCGCGCGCTTTGCGGATCGCCATGTCCATTTCCGGGCGGGTGTAACGGTGAAAACTGTCGCCTTCCACCTCAGCTGCATGCAGATTTAACTGCGCGAATATTTTACGAAACGCGAGGCTGGTGGTGGTCCCCG < 2:2404277/150‑1 GATATGCCGCCCGGCGTCGCGCGCTTTGCGGATCGCCATGTCCATTTCCGGGCGGGTGTAACGGTGAAAACTGTCGCCTTCCACCTCAGCTGCATGCAGATTTAACTGCGCGAATATTTTACGAAACGCGAGGCTGGTGGTGGTCCCCGC > 1:4601239/1‑150 ATGCCGCCCGGCGTCGCGCGCTTTGCGGATCGCCATGTCCATTTCCGGGCGGGTGTAACGGTGAAAACTGTCGCCTTCCACCTCAGCTGCATGCAGATTTAACTGCGCGAATATTTTACGAAACGCGAGGCTGGTGGTGGTCCCCGCGCC < 2:712701/150‑1 CCGGCGTCGCGCGCTTTGCGGATCGCCATGTCCATTTCCGGGCGGGTGTAACGGTGAAAACTGTCGCCTTCCACCTCAGCTGCATGCAGATTTAACTGCGCGAATATTTTACGAAACGCGAGGCTGGTGGTGGTCCCCGCGCCGCTGGAT < 1:74969/150‑1 CGGCGTCGCGCGCTTTGCGGATCGCCATGTCCATTTCCGGGCGGGGGTAACGGTGAAAACTGTCGCCTTCCACCTCAGCTGCATGCAGATTTAACTGCGCGAATATTTTACGAAACGCGAGGCTGGTGGTGGTCCCCGCGCCGCTGGATC > 1:4146627/1‑150 GGCGTCGCGCGCTTTGCGGATCGCCATGTCCATTTCCGGGCGGGTGTAACGGTGAAAACTGTCGCCTTCCACCTCAGCTGCATGCAGATTTAACTGCGCGAATATTTTACGAAACGCGAGGCTGGTGGTGGTCCCCGCGCCGCTGGATCC < 1:4496143/150‑1 GTCGCGCGCTTTGCGGATCGCCATGTCCATTTCCGGGCGGGTGTAACGGTGAAAACTGTCGCCTTCCACCTCAGCTGCATGCAGATTTAACTGCGCGAATATTTTACGAAACGCGAGGCTGGTGGTGGTCCCCGCGCCGCTGGATCCTGT > 1:423577/1‑150 GCGCTTTGCGGATCGCCATGTCCATTTCCGGGCGGGTGTAACGGTGAAAACTGTCGCCTTCCACCTCAGCTGCATGCAGATTTAACTGCGCGAATATTTTACGAAACGCGAGGCTGGTGGTGGTCCCCGCGCCGCTGGATCCTGTTACCG > 1:4035578/1‑150 GCGGATCGCCATGTCCATTTCCGGGCGGGTGTAACGGTGAAAACTGTCGCCTTCCACCTCAGCTGCATGCAGATTTAACTGCGCGAATATTTTACGAAACGCGAGGCTGGTGGTGGTCCCCGCGCCGCTGGATCCTGTTACCGCAATGAC > 1:2030450/1‑150 GGATCGCCATGTCCATTTCCGGGCGGGTGCAACGGGGAAAACTGTCGCCTTCCACCTCAGCTGCCTGCAGATTTAACTGCGCGAATATTTTACGAAACGCTAGGCTGGTGGTGGTCCCCGCGCCGCTCGATCCTGTTACCGCAATGACCG > 2:1945787/1‑150 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2:2898178/1‑150 CATTTCCGGGCGGGTGTAACGGTGAAAACTGTCGCCTTCCACCTCAGCTGCATGCAGATTTAACTGCGCGAATATTTTACGAAACGCGAGGCTGGTGGTGGTCCCCGCGCCGCTGGAGCCTGTTACCGCAATGACCGGATGTTTGGCAGA > 2:4198312/1‑150 CGGGTGTAACGGTGAAAACTGTCGCCTTCCACCTCAGCTGCATGCAGATTTAACTGCGCGAATATTTTACGAAACGCGAGGCTGGTGGTGGTCCCCGCGCCGCTGGATCCTGTTACCGCAATGACCGGATGTTTGGCAGACATAGTAACT > 1:4101745/1‑150 GGTGTAACGGTGAAAACTGTCGCCTTCCACCTCAGCTGCATGCAGATTTAACTGCGCGAATATTTTACGAAACGCGAGGCTGGTGGTGGTCCCCGCGCCGCTGGATCCTGTTACCGCAATGACCGGATGTTTGGCAGACATAGTAACTCC > 2:1005100/1‑150 GGTGTAACGGTGAAAACTGTCGCCTTCCACCTCAGCTGCATGCAGATTTAACTGCGCGAATATTTTACGAAACGCGAGGCTGGTGGTGGTCCCCGCGCCGCTGGATCCTGTTACCGCAATGACCGGATGTTTGGCAGACATAGTAACTCC < 1:1221489/150‑1 GTGTAACGGTGAAAACTGTCGCCTTCCACCTCAGCTGCATGCAGATTTAACTGCGCGAATATTTTACGAAACGCGAGGCTGGTGGTGGTCCCCGCGCCGCTGGATCCTGTTACCGCAATGACCGGATGTTTGGCAGACATAGTAACTCCA < 1:3158698/150‑1 GTGTAACGGTGAAAACTGTCGCCTTCCACCTCAGCTGCATGCAGATTTAACTGCGCGAATATTTTACGAAACGCGAGGCTGGTGGTGGTCCCCGCGCCGCTGGATCCTGTTACCGCAATGACCGGATGTTTGGCAGACATAGTAACTCCA < 2:3345632/150‑1 TGTAACGGTGAAAACTGTCGCCTTCCACCTCAGCTGCATGCAGATTTAACTGCGCGAATATTTTACGAAACGCGAGGCTGGTGGTGGTCCCCGCGCCGCTGGATCCTGTTACCGCAATGACCGGATGTTTGGCAGACATAGTAACTCCAT < 2:3379444/150‑1 GTAACGGTGAAAACTGTCGCCTTCCACCTCAGCTGCATGCAGATTTAACTGCGCGAATATTTTACGAAACGCGAGGCTGGTGGTGGTCCCCGCGCCGCTGGATCCTGTTACCGCAATGACCGGATGTTTGGCAGACATAGTAACTCCATG > 1:2848625/1‑150 AACGGTGAAAACTGTCGCCTTCCACCTCAGCTGCATGCAGATTTAACTGCGCGAATATTTTACGAAACGCGAGGCTGGTGGTGGTCCCCGCGCCGCTGGATCCTGTTACCGCAATGACCGGATGTTTGGCAGACATAGTAACTCCATGAC > 1:496472/1‑150 AACGGTGAAAACTGTCGCCTTCCACCTCAGCTGCATGCAGATTTAACTGCGCGAATATTTTACGAAACGCGAGGCTGGTGGTGGTCCCCGCGCCGCTGGATCCTGTTACCGCAATGACCGGATGTTTGGCAGACATAGTAACTCCATGAC < 2:1210850/150‑1 ACGGTGAAAACTGTCGCCTTCCACCTCAGCTGCATGCAGATTTAACTGCGCGAATATTTTACGAAACGCGAGGCTGGTGGTGGTCCCCGCGCCGCTGGATCCTGTTACCGCAATGACCGGATGTTTGGCAGACATAGTAACTCCATGACT < 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1:686164/150‑1 ACGAAACGCGAGGCTGGTGGTGGTCCCCGCGCCGCTGGATCCTGTTACCGCAATGACCGGATGTTTGGCAGACATAGTAACTCCATGACTTAGCTATCATTATTATCTCGTCCGCCGACGGTTGCAGGTTATTCGCGAAACTGACTGCGC < 1:3823721/150‑1 CGAAACGCGAGGCTGGTGGTGGTCCCCGCGCCGCTGGATCCTGTTACCGCAATGACCGGATGTTTGGCAGACATAGTAACTCCATGACTTAGCTATCATTATTATCTCGTCCGCCGACGGTTGCAGGTTATTCGCGAAACTGACTGCGCG > 2:2961843/1‑150 AAACGCGAGGCTGGTGGTGGTCCCCGCGCCGCTGGATCCTGTTACCGCAATGACCGGATGTTTGGCAGACATAGTAACTCCATGACTTAGCTATCATTATTATCTCGTCCGCCGACGGTTGCAGGTTATTCGCGAAACTGACTGCGCGGC > 1:840420/1‑150 AAACGCGAGGCTGGTGGTGGTCCCCGCGCCGCTGGATCCTGTTACCGCAATGACCGGATGTTTGGCAGACATAGTAACTCCATGACTTAGCTATCATTATTATCTCGTCCGCCGACGGTTGCAGGTTATTCGCGAAACTGACTGCGCGGC < 1:2944415/150‑1 ACGCGAGGCTGGTGGTGGTCCCCGCGCCGCTGGATCCTGTTACCGCAATGACCGGATGTTTGGCAGACATAGTAACTCCATGACTTAGCTATCATTATTATCTCGTCCGCCGACGGTTGCAGGTTATTCGCGAAACTGACTGCGCGGCAT > 2:2166959/1‑150 CGCGAGGCTGGTGGTGGTCCCCGCGCCGCTGGATCCTGTTACCGCAATGACCGGATGTTTGGCAGACATAGTAACTCCATGACTTAGCTATCATTATTATCTCGTCCGCCGACGGTTGCAGGTTATTCGCGAAACTGACTGCGCGGCATA < 2:4843577/150‑1 GCGAGGCTGGTGGTGGTCCCCGCGCCGCTGGATCCTGTTACCGCAATGACCGGATGTTTGGCAGACATAGTAACTCCATGACTTAGCTATCATTATTATCTCGTCCGCCGACGGTTGCAGGTTATTCGCGAAACTGACTGCGCGGCATAA > 1:1542573/1‑150 GCGAGGCTGGTGGTGGTCCCCGCGCCGCTGGATCCTGTTACCGCAATGACCGGATGTTTGGCAGACATAGTAACTCCATGACTTAGCTATCATTATTATCTCGTCCGCCGACGGTTGCAGGTTATTCGCGAAACTGACTGCGCGGCATAA < 1:3279761/150‑1 GCGAGGCTGGTGGTGGTCCCCGCGCCGCTGGATCCTGTTACCGCAATGACCGGATGTTTGGCAGACATAGTAACTCCATGACTTAGCTATCATTATTATCTCGTCCGCCGACGGTTGCAGGTTATTCGCGAAACTGACTGCGCGGCATAA > 1:4299110/1‑150 CGAGGCTGGTGGTGGTCCCCGCGCCGCTGGATCCTGTTACCGCAATGACCGGATGTTTGGCAGACATAGTAACTCCATGACTTAGCTATCATTATTATCTCGTCCGCCGACGGTTGCAGGTTATTCGCGAAACTGACTGCGCGGCATAAT > 1:5154004/1‑150 GAGGCTGGTGGTGGTCCCCGCGCCGCTGGATCCTGTTACCGCAATGACCGGATGTTTGGCAGACATAGTAACTCCATGACTTAGCTATCATTATTATCTCGTCCGCCGACGGTTGCAGGTTATTCGCGAAACTGACTGCGCGGCATAATA < 2:3852398/150‑1 GGCTGGTGGTGGTCCCCGCGCCGCTGGATCCTGTTACCGCAATGACCGGATGTTTGGCAGACATAGTAACTCCATGACTTAGCTATCATTATTATCTCGTCCGCCGACGGTTGCAGGTTATTCGCGAAACTGACTGCGCGGCATAATATT > 1:2708301/1‑150 CTGGTGGTGGTCCCCGCGCCGCTGGATCCTGTTACCGCAATGACCGGATGTTTGGCAGACATAGTAACTCCATGACTTAGCTATCATTATTATCTCGTCCGCCGACGGTTGCAGGTTATTCGCGAAACTGACTGCGCGGCATAATATTGA > 1:3834589/1‑150 TGGTGGTGGTCCCCGCGCCGCTGGATCCTGTTACCGCAATGACCGGATGTTTGGCAGACATAGTAACTCCATGACTTAGCTATCATTATTATCTCGTCCGCCGACGGTTGCAGGTTATTCGCGAAACTGACTGCGCGGCATAATATTGAC > 2:3940342/1‑150 TGGTGGTGGTCCCCGCGCCGCTGGATCCTGTTACCGCAATGACCGGATGTTTGGCAGACATAGTAACTCCATGACTTAGCTATCATTATTATCTCGTCCGCCGACGGTTGCAGGTTATTCGCGAAACTGACTGCGCGGCATAATATTGAC > 2:2071599/1‑150 tgaTGGTCCCCGCGCCGCTGGATCCTGTTACCGCAATGACCGGATGTTTGGCAGACATAGTAACTCCATGACTTAGCTATCATTATTATCTCGTCCGCCGACGGTTGCAGGTTATTCGCGAAACTGACTGCGCGGCATAATATTGACCGT > 1:1864569/4‑150 TGGTCCCCGCGCCGCTGGATCCTGTTACCGCAATGACCGGATGTTTGGCAGACATAGTAACTCCATGACTTAGCTATCATTATTATCTCGTCCGCCGACGGTTGCAGGTTATTCGCGAAACTGACTGCGCGGCATAATATTGACCGTTTC > 2:3130048/1‑150 GGTCCCCGCGCCGCTGGATCCTGTTACCGCAATGACCGGATGTTTGGCAGACATAGTAACTCCATGACTTAGCTATCATTATTATCTCGTCCGCCGACGGTTGCAGGTTATTCGCGAAACTGACTGCGCGGCATAATATTGACCGTTTCG > 2:3621471/1‑150 GTCCCCGCGCCGCTGGATCCTGTTACCGCAATGACCGGATGTTTGGCAGACATAGTAACTCCATGACTTAGCTATCATTATTATCTCGTCCGCCGACGGTTGCAGGTTATTCGCGAAACTGACTGCGCGGCATAATATTGACCGTTTCGT > 2:4514916/1‑150 GTCCCCGCGCCGCTGGATCCTGTTACCGCAATGACCGGATGTTTGGCAGACATAGTAACTCCATGACTTAGCTATCATTATTATCTCGTCCGCCGACGGTTGCAGGTTATTCGCGAAACTGACTGCGCGGCATAATATTGACCGTTTCGT < 2:1318118/150‑1 TCCCCGCGCCGCTGGATCCTGTTACCGCAATGACCGGATGTTTGGCAGACATAGTAACTCCATGACTTAGCTATCATTATTATCTCGTCCGCCGACGGTTGCAGGTTATTCGCGAAACTGACTGCGCGGCATAATATTGACCGTTTCGTG < 1:2168371/150‑1 GGGGCCGAAGTAGCTGATATGCCGCCCGGCGTCGCGCGCTTTGCGGATCGCCATGTCCATTTCCGGGCGGGTGTAACGGTGAAAACTGTCGCCTTCCACCTCAGCTGCATGCAGATTTAACTGCGCGAATATTTTACGAAACGCGAGGCTGGTGGTGGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AP012306/2936628‑2936470‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tggtggtggtCCCCGCGCCGCTGGATCCTGTTACCGCAATGACCGGATGTTTGGCAGACATAGTAACTCCATGACTTAGCTATCATTATTATCTCGTCCGCCGACGGTTGCAGGTTATTCGCGAAACTGACTGCGCGGCATAATATTGACCGTTTCGTG < AP012306/2936466‑2936318 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |