Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AP012306 | 3,324,433 | 0 | T | A | 22.1% | 506.7 / 68.2 | 199 | intergenic (+2/+52) | yieF/yieG | chromate reductase, Class I, flavoprotein/predicted inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (119/36); new base A (0/44); total (119/80) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.34e-22 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 241 total aligned reads displayed.
GGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGA‑TTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGATTTTAGTGAGCGTCGATAAAGACAATCTTCAGGATAAACAGCAGCGCAACGATGATTACGCACGGGCTTAGATCACGCAGACGTCCGGTACCGATTTTC > AP012306/3324284‑3324581 | ggTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGA‑TTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCtaaat < 1:3898628/150‑1 (MQ=255) ggTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGA‑TTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCtaaat < 1:297502/150‑1 (MQ=255) gTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGA‑TTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCtaaata < 2:1827451/150‑1 (MQ=255) tgatgaACACGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGA‑TTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCCTTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCtaaataa < 2:1090035/150‑1 (MQ=255) tgatgaACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGA‑TTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCtaaataa < 2:3680850/150‑1 (MQ=255) atgaACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGA‑TTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATaaaa < 1:1693812/150‑1 (MQ=255) atgaACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGA‑TTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATaaaa > 1:3258446/1‑150 (MQ=255) tgaACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGA‑TTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATaaaaa > 2:1018294/1‑150 (MQ=255) gaACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGA‑TTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATaaaaaa < 1:1048004/150‑1 (MQ=255) gaACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGA‑TTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATaaaaaa > 2:2855369/1‑150 (MQ=255) gaACAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGA‑TTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATaaaaaa < 1:2833416/150‑1 (MQ=255) aaCAAGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGA‑TTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAAc < 2:3112611/150‑1 (MQ=255) aGCCGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGA‑TTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGc > 1:4113078/1‑150 (MQ=255) ccGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGA‑TTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCTGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCa > 1:3858024/1‑150 (MQ=255) cGGAATTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGA‑TTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAg < 2:831920/150‑1 (MQ=255) aTTTATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGA‑TTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAAt > 2:2148619/1‑150 (MQ=255) ttATGGGCGGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGA‑TTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGCTAACATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATca > 1:2291824/1‑150 (MQ=255) aggggCGGCGTGATTCAAAAAAAAGTTAATCCGCAAACCGGAGAAGTGA‑TTGATCGGGGTACGCTGGACCGCCTGACCGGAAAATTGACCGCTTTTGGAGATTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAAAAAAAAACCCGCCAGCAATcatg < 2:1618127/148‑1 (MQ=255) 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ttCAGAACAAAGTTGACCCGCAAACCGGAGAAGTGA‑TTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCAAAAAAAAAACCCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGtttt < 2:615886/150‑1 (MQ=255) cAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGA‑TTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGGTTTTa > 1:4010144/1‑150 (MQ=255) aaaaCAAAGTTGACCCGCAAACGGGAGAAGTTA‑TTGATCGGGGTACGCTGGCCCCCCTGCCGGGGAAATTGACCGCATTTGGTGATTTTATTCGGGGAGTTAAGATAAAAAAAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTaa < 2:815800/148‑1 (MQ=255) aGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGA‑TTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTaa > 1:898237/1‑150 (MQ=255) aaaaaaGTTGATCCGCAAACGGGAGAAGTGA‑TTGATCGGGGTACGCGGGACCACCGGACCGGGAAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTTTTCAGGGATTAAAAATCAAAAAAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAAcg < 2:307513/147‑1 (MQ=255) aaCAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGA‑TTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTTAct > 2:554819/1‑149 (MQ=255) aCAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGA‑TTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAAcgc > 1:2440280/1‑150 (MQ=255) aaGTTGACCCGAAACCCGGAGAAGTGT‑TTGATCAGGGTACGCTGGACCCCCTGACGGGGAAATTGACCGATTTTGGTGATTTTATTCAGGGAGTTAAGATCAAAAAAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCt < 2:4120502/150‑1 (MQ=255) gTTGACCCGAAAACCGGAGAGGTGA‑TTGATCGGGGTACGGGGGACCACCTGACCGGGAAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATCCAGCGAGTAAAGATAAAAAAAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTAt < 2:1931377/150‑1 (MQ=255) tGATCCGCAAACCGGAGAAGTGA‑TTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGCTTTTAACGCGCTATCg > 1:254496/1‑150 (MQ=255) gATCCGAAAACCGGAGAA‑TGATTTGATCGGGTTAGGCTGGACCCCCTGACCGGGCATTGGCCCGCATTGGGTGATTTTATTCAGCGATTAAAAATATAAAAAAAAACCCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGa < 2:1711122/150‑1 (MQ=255) aTCCGCAAACCGGAGAAGTGA‑TTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAAAGCGCTATCgct > 2:248382/1‑148 (MQ=255) ccGCAAACCGGAGAAGTGA‑TTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGAttt > 2:1860352/1‑150 (MQ=255) cAAACCGGAGAAGTGA‑TTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGATTTTAg > 1:367723/1‑150 (MQ=255) agaAGTGA‑TTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAAAGCGCTATCGATTTTAGTGAGCGTc > 2:2499775/1‑150 (MQ=255) gaAGTGG‑TTGATCAGGGTACGCTGGCCCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCCTGGCGGGGTTTTACAACGCTTTCGGCTTTAGTGAGCGttg > 2:400427/1‑148 (MQ=255) gaAGTGA‑TTGATCAGGGTACGCTGGACCTCCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGGGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGGTTTTAACGCGCGAACGGTTTTAGGGAGGGTCg > 2:1689034/1‑150 (MQ=255) aaGTGA‑TTGATCAGGGTACGTTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCGGGGAGTTAAGATCTAAAAAAAAACCCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGATTTTAGTGAGCGTCGa < 2:3799678/150‑1 (MQ=255) aGTGA‑TTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGATTTTAGTGAGCGTCGAt > 1:3602972/1‑150 (MQ=255) tga‑ttgatCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGATTTTAGTGAGCGTCGATaa > 1:3817907/1‑150 (MQ=255) ga‑ttgatCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGATTTTAGTGAGCGTCGATaaa > 1:74415/1‑150 (MQ=255) ga‑ttgatCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGGTTTTAACGCGCTATCGATTTTAGTGAGCGTCGATaaa > 2:3215887/1‑150 (MQ=255) gatCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGACTTTAGTGAGCGTCGATAAAGACa > 1:2734518/1‑150 (MQ=255) gatCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGGTTTTAACGCGCTATCGATTTTAGTGAGCGTCGATAAAGACa > 2:2842639/1‑150 (MQ=255) tcggggTCCGCTGGCCCCCCTGCCCGGGAAATTGACCACTTTTGGTGATTTTATTCAGCGTTTAAAGATCTAAAAAAAAACCCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGATTTTAGTGAGCGTCGATAAAGACAAt < 2:2052211/147‑1 (MQ=255) tCAGGGTACGCTGGCCCCCCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGATTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAAAAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGATTTTAGTGAGCGTCGATAAAGACAAt < 1:2553368/150‑1 (MQ=255) tCAGGGTACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGATTTTAGTGAGCGTCGATAAAGACAAt > 2:3585041/1‑150 (MQ=255) cggggTCCGGTGGACCACCTGACCGGGAAATTGACCGCTTTTGGTGATTTTATTCAGGGAGTTAAGATCTAAAAAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGATTTTAGTGAGCGTCGATAAAGACAATc < 2:3280377/148‑1 (MQ=255) cggggTCCGCGGGACCGCTTCACCGGACAATTGACCGCATTTGGTGGTTTTATTCAGCGATTTAAGATCAAAATAAAAACCCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGATTTTAGTGAGCGTCGATAAAGACAATc < 2:1332510/148‑1 (MQ=255) gggTACGTTGGCCCACCTGAAGGGGAAATTGACCGTATTTGGTGAGTTTATGCCGCGAGTTAAGCTATAAAAAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGATTTTAGTGAGCGTCGATAAAGACAATCtt < 2:2246796/150‑1 (MQ=255) gTACGCTGGCCCCCCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGATTTAAGATCTAAAAAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGATTTTAGTGAGCGTCGATAAAGACAATCTTCa < 2:3496955/150‑1 (MQ=255) tACGTTGGACCACCTGACAGGGAAATTGACCGCATTTGGTGATTTTATTCAGGGAGTTAAGATCTAAAAAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGATTTTAGTGAGCGTCGATAAAGACAATCTTCAg < 2:3556357/150‑1 (MQ=255) tACGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGATTTTAGTGAGCGTCGATAAAGACAATCTTCaa > 2:2458858/1‑149 (MQ=255) aCGCTGGACCACCTGACCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGATTTTAGTGAGCGTCGATAAAGACAATCTTCAgg > 2:4062773/1‑150 (MQ=255) cGCTGGCCCACCTGCCCGGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGATATAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGATTTTAGTGAGCGTCGATAAAGACAATCTTCAGGa < 2:3420110/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |