Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | AP012306 | 1,486,241 | G→A | intergenic (‑2088/‑492) | thrS ← / → yniD | threonyl‑tRNA synthetase/predicted protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AP012306 | 1,486,241 | 0 | G | A | 99.8% | 1651.7 / ‑4.7 | 421 | intergenic (‑2088/‑492) | thrS/yniD | threonyl‑tRNA synthetase/predicted protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (223/196); total (223/198) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.69e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.74e-01 |
Only 100 of 427 total aligned reads displayed.
CCAATAGCACAAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCGCCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCTTATATATCGACGCTGGGTGCTTTTGCA > AP012306/1486094‑1486387 | ccAATAGCACAAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGAGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGATCCAGGATTATACGCCGCAATGGATAATAATCACCCTGTGTGTGGCACACGGGTCCTCTGTAAAATTAATGGTATCAcc > 2:2057753/1‑150 (MQ=255) cAATAGCACAAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCt > 1:1961313/1‑150 (MQ=255) aaTAGCACAAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCtt < 1:318972/150‑1 (MQ=255) tAGCACAAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCTTTa > 2:3545459/1‑150 (MQ=255) acaAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATa > 2:3680106/1‑150 (MQ=255) acaAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATa < 1:1653430/150‑1 (MQ=255) caAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATAc < 1:1114712/150‑1 (MQ=255) caAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATAc > 2:3469629/1‑150 (MQ=255) aaGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATACa > 2:3843935/1‑150 (MQ=255) gagCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATACAAg < 1:3372008/150‑1 (MQ=255) agCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGt > 1:2473747/1‑150 (MQ=255) ttAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGc > 2:1783038/1‑150 (MQ=255) aaaaaCTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTa > 2:3655903/1‑150 (MQ=255) 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ctctctAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCTTATATATCg < 1:879740/150‑1 (MQ=255) ctctAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCTTATATATCGAc > 2:3121367/1‑150 (MQ=255) ctctAAAATTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCTTATATATCGAc > 1:1364627/1‑150 (MQ=255) aaaTTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCTTATATATCGACGCTgg > 2:475245/1‑150 (MQ=255) aaTTAATGGCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCTTATATATCGACGCTggg > 1:1786232/1‑150 (MQ=255) 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ggCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCTTATATATCGACGCTGGGTGCtttt < 2:2496146/150‑1 (MQ=255) gCATCACCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCTTATATATCGACGCTGGGTGCTTTTg > 1:2564159/1‑150 (MQ=255) | CCAATAGCACAAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCGCCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAAGGGTAATGAAGACGTCGTGTTATCTTATATATCGACGCTGGGTGCTTTTGCA > AP012306/1486094‑1486387 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |