| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP012306 | 2650038 = | 525 (1.450) | 6 (0.020) | 6/292 | 18.4 | 1.2% | intergenic (‑113/‑39) | ygiW/qseB | conserved protein/DNA‑binding response regulator in two‑component regulatory system with QseC |
| ? | AP012306 | 2650053 = | 503 (1.420) | intergenic (‑128/‑24) | ygiW/qseB | conserved protein/DNA‑binding response regulator in two‑component regulatory system with QseC | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 526 total aligned reads displayed.
GGGCCATTACTGCGATTACTGCTGCGAATTTTTTCATGTTTATTACTCCCTTTAATGTCTGTTTCCGAGCATTTAACAAGATAGTCCTTAACAACTTCTTAAGGGAAAAAAATAAAATTTAGTGCTGTACAGAGCGCGTTACAACACGGTTTACTGGCAGCAAATACGGTTATCGCAGGGATGAAAAAATGCGAATTTTACTGATAGAAGATGACATGCTGATTGGCGACGGCATCAAAACGGGCCTTAGTAAAATGGGTTTTAGCGTCGACTGGTTTACACAAGGTCGTCAGGGAAAA > AP012306/2649889‑2650187 | ggCCATTACTGCGATTACTGCTGCGAATTTTTTCATGTTTATTACTCCCTTTAATGTCTGTTTCCGAGCATTTAACAAGATAGTCCTTAACAACTTCTTAAGGGAAAAAAATAAAATTTAGTGCTGTACAGAGCGCGTTACAACACGGtt > 1:3614959/1‑150 (MQ=255) ggCCATTACTGCGATTACTGCTGCGAATTTTTTCATGTTTATTACTCCCTTTAATGTCTGTTTCCGAGCATTTAACAAGATAGTCCTTAACAACTTCTTAAGGGAAAAAAATAAAATTTAGTGCTGTACAGAGCGCGTTACAACACGGtt < 1:1526356/150‑1 (MQ=255) ccATTACTGCGATTACTGCTGCGAATTTTTTCATGTTTATTACTCCCTTTAATGTCTGTTTCCGAGCATTTAACAAGATAGTCCTTAACAACTTCTTAAGGGAAAAAAATAAAATTTAGTGCTGTACAGAGCGCGTTACAACACGGTTTa < 1:4731495/150‑1 (MQ=255) aTTACTGCGATTACTGCTGCGAATTTTTTCATGTTTATTACTCCCTTTAATGTCTGTTTCCGAGCATTTAACAAGATAGTCCTTAACAACTTCTTAAGGGAAAAAAATAAAATTTAGTGCTGTACAGAGCGCGTTACAACACGGTTTACt > 1:1748139/1‑150 (MQ=255) aTTACTGCGATTACTGCTGCGAATTTTTTCATGTTTATTACTCCCTTTAATGTCTGTTTCCGAGCATTTAACAAGATAGTCCTTAACAACTTCTTAAGGGAAAAAAATAAAATTTAGTGCTGTACAGAGCGCGTTACAACACGGTTTACt < 2:2922663/150‑1 (MQ=255) ttACTGCGATTACTGCTGCGAATTTTTTCATGTTTATTACTCCCTTTAATGTCTGTTTCCGAGCATTTAACAAGATAGTCCTTAACAACTTCTTAAGGGAAAAAAATAAAATTTAGTGCTGTACAGAGCGCGTTACAACACGGTTTACTg < 2:1196539/150‑1 (MQ=255) tACTGCGATTACTGCTGCGAATTTTTTCATGTTTATTACTCCCTTTAATGTCTGTTTCCGAGCATTTAACAAGATAGTCCTTAACAACTTCTTAAGGGAAAAAAATAAAATTTAGTGCTGTACAGAGCGCGTTACAACACGGTTTACTgg > 2:844090/1‑150 (MQ=255) tACTGCGATTACTGCTGCGAATTTTTTCATGTTTATTACTCCCTTTAATGTCTGTTTCCGAGCATTTAACAAGATAGTCCTTAACAACTTCTTAAGGGAAAAAAATAAAATTTAGTGCTGTACAGAGCGCGTTACAACACGGTTTACTgg > 2:3790944/1‑150 (MQ=255) gATTACTGCTGCGAATTTTTTCATGTTTATTACTCCCTTTAATGTCTGTTTCCGAGCATTTAACAAGATAGTCCTTAACAACTTCTTAAGGGAAAAAAATAAAATTTAGTGCTGTACAGAGCGCGTTACAACACGGTTTACTGGCAGCaa > 1:3075701/1‑150 (MQ=255) ttACTGCTGCGAATTTTTTCATGTTTATTACTCCCTTTAATGTCTGTTTCCGAGCATTTAACAAGATAGTCCTTAACAACTTCTTAAGGGAAAAAAATAAAATTTAGTGCTGTACAGAGCGCGTTACAACACGGTTTACTGGCAGCAAAt > 1:4588714/1‑150 (MQ=255) tACTGCTGCGAATTTTTTCATGTTTATTACTCCCTTTAATGTCTGTTTCCGAGCATTTAACAAGATAGTCCTTAACAACTTCTTAAGGGAAAAAAATAAAATTTAGTGCTGTACAGAGCGCGTTACAACACGGTTTACTGGCAGCAAATa > 2:899211/1‑150 (MQ=255) aCTGCTGCGAATTTTTTCATGTTTATTACTCCCTTTAATGTCTGTTTCCGAGCATTTAACAAGATAGTCCTTAACAACTTCTTAAGGGAAAAAAATAAAATTTAGTGCTGTACAGAGCGCGTTACAACACGGTTTACTGGCAGCAAATAc > 1:3205006/1‑150 (MQ=255) aCTGCTGCGAATTTTTTCATGTTTATTACTCCCTTTAATGTCTGTTTCCGAGCATTTAACAAGATAGTCCTTAACAACTTCTTAAGGGAAAAAAATAAAATTTAGTGCTGTACAGAGCGCGTTACAACACGGTTTACTGGCAGCAAATAc < 2:2123877/150‑1 (MQ=255) gctgcGAATTTTTTCATGTTTATTACTCCCTTTAATGTCTGTTTCCGAGCATTTAACAAGATAGTCCTTAACAACTTCTTAAGGGAAAAAAATAAAATTTAGTGCTGTACAGAGCGCGTTACAACACGGTTTACTGGCAGCAAATACGGt > 1:2151206/1‑150 (MQ=255) tgcGAATTTTTTCATGTTTATTACTCCCTTTAATGTCTGTTTCCGAGCATTTAACAAGATAGTCCTTAACAACTTCTTAAGGGAAAAAAATAAAATTTAGTGCTGTACAGAGCGCGTTACAACACGGTTTACTGGCAGCAAATACGGTTa < 2:3602444/150‑1 (MQ=255) gcGAATTTTTTCATGTTTATTACTCCCTTTAATGTCTGTTTCCGAGCATTTAACAAGATAGTCCTTAACAACTTCTTAAGGGAAAAAAATAAAATTTAGTGCTGTACAGAGCGCGTTACAACACGGTTTACTGGCAGCAAATACGGTTAt > 1:4432420/1‑150 (MQ=255) gcGAATTTTTTCATGTTTATTACTCCCTTTAATGTCTGTTTCCGAGCATTTAACAAGATAGTCCTTAACAACTTCTTAAGGGAAAAAAATAAAATTTAGTGCTGTACAGAGCGCGTTACAACACGGTTTACTGGCAGCAAATACGGTTAt > 2:36802/1‑150 (MQ=255) cGAATTTTTTCATGTTTATTACTCCCTTTAATGTCTGTTTCCGAGCATTTAACAAGATAGTCCTTAACAACTTCTTAAGGGAAAAAAATAAAATTTAGTGCTGTACAGAGCGCGTTACAACACGGTTTACTGGCAGCAAATACGGTTATc < 2:1768850/150‑1 (MQ=255) aaTTTTTTCATGTTTATTACTCCCTTTAATGTCTGTTTCCGAGCATTTAACAAGATAGTCCTTAACAACTTCTTAAGGGAAAAAAATAAAATTTAGTGCTGTACAGAGCGCGTTACAACACGGTTTACTGGCAGCAAATACGGTTATCGc > 2:60281/1‑150 (MQ=255) ttttttCATGTTTATTACTCCCTTTAATGTCTGTTTCCGAGCATTTAACAAGATAGTCCTTAACAACTTCTTAAGGGAAAAAAATAAAATTTAGTGCTGTACAGAGCGCGTTACAACACGGTTTACTGGCAGCAAATACGGTTATCGCAg > 2:4097174/1‑150 (MQ=255) ttttttCATGTTTATTACTCCCTTTAATGTCTGTTTCCGAGCATTTAACAAGATAGTCCTTAACAACTTCTTAAGGGAAAAAAATAAAATTTAGTGCTGTACAGAGCGCGTTACAACACGGTTTACTGGCAGCAAATACGGTTATCGCAg > 1:77159/1‑150 (MQ=255) ttttCATGTTTATTACTCCCTTTAATGTCTGTTTCCGAGCATTTAACAAGATAGTCCTTAACAACTTCTTAAGGGAAAAAAATAAAATTTAGTGCTGTACAGAGCGCGTTACAACACGGTTTACTGGCAGCAAATACGGTTATCGCAggg < 1:2655990/150‑1 (MQ=255) tttCATGTTTATTACTCCCTTTAATGTCTGTTTCCGAGCATTTAACAAGATAGTCCTTAACAACTTCTTAAGGGAAAAAAATAAAATTTAGTGCTGTACAGAGCGCGTTACAACACGGTTTACTGGCAGCAAATACGGTTATCGCAGGGa > 1:3136936/1‑150 (MQ=255) tttCATGTTTATTACTCCCTTTAATGTCTGTTTCCGAGCATTTAACAAGATAGTCCTTAACAACTTCTTAAGGGAAAAAAATAAAATTTAGTGCTGTACAGAGCGCGTTACAACACGGTTTACTGGCAGCAAATACGGTTATCGCAGGGa > 1:3561822/1‑150 (MQ=255) tCATGTTTATTACTCCCTTTAATGTCTGTTTCCGAGCATTTAACAAGATAGTCCTTAACAACTTCTTAAGGGAAAAAAATAAAATTTAGTGCTGTACAGAGCGCGTTACAACACGGTTTACTGGCAGCAAATACGGTTATCGCAGGGATg > 2:3833238/1‑150 (MQ=255) cATGTTTATTACTCCCTTTAATGTCTGTTTCCGAGCATTTAACAAGATAGTCCTTAACAACTTCTTAAGGGAAAAAAATAAAATTTAGTGCTGTACAGAGCGCGTTACAACACGGTTTACTGGCAGCAAATACGGTTATCGCAGGGATGa < 1:1863189/150‑1 (MQ=255) gTTTATTACTCCCTTTAATGTCTGTTTCCGAGCATTTAACAAGATAGTCCTTAACAACTTCTTAAGGGAAAAAAATAAAATTTAGTGCTGTACAGAGCGCGTTACAACACGGTTTACTGGCAGCAAATACGGTTATCGCAGGGATGaaaa > 1:3457564/1‑150 (MQ=255) tttATTACTCCCTTTAATGTCTGTTTCCGAGCATTTAACAAGATAGTCCTTAACAACTTCTTAAGGGAAAAAAATAAAATTTAGTGCTGTACAGAGCGCGTTACAACACGGTTTACTGGCAGCAAATACGGTTATCGCAGGGATGaaaaa < 2:4765628/150‑1 (MQ=255) tttATTACTCCCTTTAATGTCTGTTTCCGAGCATTTAACAAGATAGTCCTTAACAACTTCTTAAGGGAAAAAAATAAAATTTAGTGCTGTACAGAGCGCGTTACAACACGGTTTACTGGCAGCAAATACGGTTATCGCAGGGATGaaaaa > 1:1393588/1‑150 (MQ=255) ttattaCTCCCTTTAATGTCTGTTTCCGAGCATTTAACAAGATAGTCCTTAACAACTTCTTAAGGGAAAAAAATAAAATTTAGTGCTGTACAGAGCGCGTTACAACACGGTTTACTGGCAGCAAATACGGTTATCGCAGGGATGaaaaaa > 1:734010/1‑150 (MQ=255) tattaCTCCCTTTAATGTCTGTTTCCGAGCATTTAACAAGATAGTCCTTAACAACTTCTTAAGGGAAAAAAATAAAATTTAGTGCTGTACAGAGCGCGTTACAACACGGTTTACTGGCAGCAAATACGGTTATCGCAGGGATGAAAAAAt > 2:4492175/1‑150 (MQ=255) tattaCTCCCTTTAATGTCTGTTTCCGAGCATTTAACAAGATAGTCCTTAACAACTTCTTAAGGGAAAAAAATAAAATTTAGTGCTGTACAGAGCGCGTTACAACACGGTTTACTGGCAGCAAATACGGTTATCGCAGGGATGAAAAAAt > 1:1061918/1‑150 (MQ=255) attaCTCCCTTTAATGTCTGTTTCCGAGCATTTAACAAGATAGTCCTTAACAACTTCTTAAGGGAAAAAAATAAAATTTAGTGCTCGACAGAGCGCGTTACAACACGGTTTACGGGCAGCAAATACGGTTATCGCAGGGATGAAAAAATg > 2:4020998/1‑150 (MQ=255) 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tttAGTGCTGTACAGAGCGCGTTACAACACGGTTTACTGGCAGCAAATACGGTTATCGCAGGGATGAAAAAATGCGAATTTTACTGATAGAAGATGACATGCTGATTGGCGACTGCATCAAAACGGGCCTTAGTAAAATGGGTTTTAGCg > 2:1952296/1‑150 (MQ=255) aGTGCTGTACAGAGCGCGTTACAACACGGTTTACTGGCAGCAAATACGGTTATCGCAGGGATGAAAAAATGCGAATTTTACTGATAGAAGATGACATGCTGATTGGCGACGGCATCAAAACGGGCCTTAGTAAAATGGGTTTTAGCGTCg > 2:2489153/1‑150 (MQ=255) aGTGCTGTACAGAGCGCGTTACAACACGGTTTACTGGCAGCAAATACGGTTATCGCAGGGATGAAAAAATGCGAATTTTACTGATAGAAGATGACATGCTGATTGGCGACGGCATCAAAACGGGCCTTAGTAAAATGGGTTTTAGCGTCg > 1:1906095/1‑150 (MQ=255) aGTGCTGTACAGAGCGCGTTACAACACGGTTTACTGGCAGCAAATACGGTTATCGCAGGGATGAAAAAATGCGAATTTTACTGATAGAAGATGACATGCTGATTGGCGACGGCATCAAAACGGGCCTTAGTAAAATGGGTTTTAGCGTCg > 2:1425561/1‑150 (MQ=255) aGTGCTGTACAGAGCGCGTTACAACACGGTTTACTGGCAGCAAATACGGTTATCGCAGGGATGAAAAAATGCGAATTTTACTGATAGAAGATGACATGCTGATTGGCGACGGCATCAAAACGGGCCTTAGTAAAATGGGTTTTAGCGTCg < 1:6209/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |