Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
MC JC | AP012306 | 1,322,972 | Δ2,926 bp | [yneK]–marC | [yneK], ydeA, marC |
Missing coverage evidence... | ||||||||||
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seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
* | * | ÷ | AP012306 | 1322972 | 1325897 | 2926 | 476 [0] | [1] 474 | [yneK]–marC | [yneK],ydeA,marC |
New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AP012306 | = 1322971 | 0 (0.000) | 471 (1.300) | 228/298 | 0.0 | 99.9% | coding (382/1116 nt) | yneK | predicted protein |
? | AP012306 | 1325898 = | 1 (0.000) | intergenic (‑163/‑49) | marC/marR | predicted transporter/DNA‑binding transcriptional repressor |
Only 100 of 474 total aligned reads displayed.
GTGTATCTGGGTTATCAGCGAAAAGTATAAGGGGTAAACAAGGATAAAGTGTCACTCTTTAGCTAGCCTTGCATCGCATTGAACAAAACTTGAACCGATTTAGCAAAACGTGGCATCGGTCAATTCATTCATTTGACTTATACTTGCCTGGGCAATATTATCCCCTGCAACTAATTACTTGCCAGGGCAACTAATGTGAAAAGTACCAGCGATCTGTTCAATGAAATTATTCCATTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTC > AP012306/1325752‑1326047 | gctatacaatgaaaaggttcagtttaaactcacttatcccgccaggaatggaagacacaaagaaaatattgaatttcaggtagtaataaatttaagccctatttatttagataattttcgccatgatggagaaattaatattttttCCTg < 2:2972541‑M2/4‑1 (MQ=255) acaatgaaaaggttcagtttaaactcacttatcccgccaggaatggaagacacaaagaaaatattgaatttcaggtagtaataaatttaagccctatttatttagataattttcgccatgatggagaaattaatattttttCCTGGGCaa > 1:4040045‑M2/142‑150 (MQ=255) atgaaaaggttcagtttaaactcacttatcccgccaggaatggaagacacaaagaaaatattgaatttcaggtagtaataaatttaagccctatttatttagataattttcgccatgatggagaaattaatattttttCCTGGGCAatat > 1:4083341‑M2/139‑150 (MQ=255) 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tttaaactcacttatcccgccaggaatggaagacacaaagaaaatattgaatttcaggtagtaataaatttaagccctatttatttagataattttcgccatgatggagaaattaatattttttCCTGGGCAATATTATCCCCTGCAACt < 2:2382916‑M2/26‑1 (MQ=255) tttaaactcacttatcccgccaggaatggaagacacaaagaaaatattgaatttcaggtagtaataaatttaagccctatttatttagataattttcgccatgatggagaaattaatattttttCCTGGGCAATATTATCCCCTGCAACt > 1:2293505‑M2/125‑150 (MQ=255) actcacttatcccgccaggaatggaagacacaaagaaaatattgaatttcaggtagtaataaatttaagccctatttatttagataattttcgccatgatggagaaattaatattttttCCTGGGCAATATTATCCCCTGCAACTAATTa < 1:4753303‑M2/31‑1 (MQ=255) tcacttatcccgccaggaatggaagacacaaagaaaatattgaatttcaggtagtaataaatttaagccctatttatttagataattttcgccatgatggagaaattaatattttttCCTGGGCAATATTATCCCCTGCAACTAATTACt > 2:4327393‑M2/118‑150 (MQ=255) cacttatcccgccaggaatggaagacacaaagaaaatattgaatttcaggtagtaataaatttaagccctatttatttagataattttcgccatgatggagaaattaatattttttCCTGGGCAATATTATCCCCTGCAACTAATTACtt < 1:1335290‑M2/34‑1 (MQ=255) 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atggagaaattaatattttttCCTGGGCAATATTATCCCCTGCAACTAATTACTTGCCAGGGCAACTAATGTGAAAAGTACCAGCGATCTGTTCAATGAAATTATTCCATTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCg > 2:3588485‑M2/22‑150 (MQ=255) tggagaaattaatattttttCCTGGGCAATATTATCCCCTGCAACTAATTACTTGCCAGGGCAACTAATGTGAAAAGTACCAGCGATCTGTTCAATGTAATTATTCCATTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGc > 2:2657811‑M2/21‑150 (MQ=255) tggagaaattaatattttttCCTGGGCAATATTATCCCCTGCAACTAATTACTTGCCAGGGCAACTAATGTGAAAAGTACCAGCGATCTGTTCAATGAAATTATTCCATTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGc > 2:1308143‑M2/21‑150 (MQ=255) agaaattaatattttttCCTGGGCAATATTATCCCCTGCAACTAACTACTTGCCAGGGCAACTAATGTGAAAAGTACCAGCGATCTGTTCAATGAAATTATTCCATTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTg < 2:2863907‑M2/133‑1 (MQ=255) gaaattaatattttttCCTGGGCAATATTATCCCCTGCAACTAATTACTTGCCAGGGCAACTAATGTGAAAAGTACCAGCGATCTGTTCAATGAAATTATTCCATTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGc > 2:3059066‑M2/17‑150 (MQ=255) aattaatattttttCCTGGGCAATATTATCCCCTGCAACTAATTACTTGCCAGGGCAACTAATGTGAAAAGTACCAGCGATCTGTTCAATGAAATTATTCCATTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCtt > 2:3851633‑M2/15‑150 (MQ=255) attaatattttttCCTGGGCAATATTATCCCCTGCAACTAATTACTTGCCAGGGCAACTAATGTGAAAAGTACCAGCGATCTGTTCAATGAAATTATTCCATTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTa < 2:872006‑M2/137‑1 (MQ=255) taatattttttCCTGGGCAATATTATCCCCTGCAACTAATTACTTGCCAGGGCAACTAATGTGAAAAGTACCAGCGATCTGTTCAATGAAATTATTCCATTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAAc > 1:1136737‑M2/12‑150 (MQ=255) aatattttttCCTGGGCAATATTATCCCCTGCAACTAATTACTTGCCAGGGCAACTAATGTGAAAAGTACCAGCGATCTGTTCAATGAAATTATTCCATTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACg < 2:530823‑M2/140‑1 (MQ=255) tattttttCCTGGGCAATATTATCCCCTGCAACTAATTACTTGCCAGGGCAACTAATGTGAAAAGTACCAGCGATCTGTTCAATGAAATTATTCCATTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAg > 2:1935390‑M2/9‑150 (MQ=255) tttCCTGGGCAATATTATCCCCTGCAACTAATTACTTGCCAGGGCAACTAATGTGAAAAGTACCAGCGATCTGTTCAATGAAATTATTCCATTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCt > 2:754383‑M2/4‑150 (MQ=255) ttCCTGGGCAATATTATCCCCTGCAACTAATTACTTGCCAGGGCAACTAATGTGAAAAGTACCAGCGATCTGTTCAATGAAATTATTCCATTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTg > 1:9592‑M2/3‑150 (MQ=255) | GTGTATCTGGGTTATCAGCGAAAAGTATAAGGGGTAAACAAGGATAAAGTGTCACTCTTTAGCTAGCCTTGCATCGCATTGAACAAAACTTGAACCGATTTAGCAAAACGTGGCATCGGTCAATTCATTCATTTGACTTATACTTGCCTGGGCAATATTATCCCCTGCAACTAATTACTTGCCAGGGCAACTAATGTGAAAAGTACCAGCGATCTGTTCAATGAAATTATTCCATTGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTC > AP012306/1325752‑1326047 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |