| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_012967 | 3,174,256 | 0 | T | G | 26.9% | 173.8 / 14.0 | 94 | T175P (ACC→CCC) | ygjV | YgjV family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/40); new base G (25/0); total (54/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.42e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
AAGACGGTCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAA‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑TTTTCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGATATTCAGGCCATTCA > NC_012967/3174185‑3174327 | aagaCGGTCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAA‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑t > 1:28849/1‑72 (MQ=255)aagaCGGTCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAA‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑t < 1:900448/72‑1 (MQ=255) agaCGGTCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAA‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑tt < 2:515511/72‑1 (MQ=255) agaCGGTCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAA‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑tt < 2:1331889/72‑1 (MQ=255) agaCGGTCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAA‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑tt < 1:3998254/72‑1 (MQ=255) aCGTTCGTCGGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAA‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑tttt < 2:3014708/72‑1 (MQ=255) cGGTCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAA‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑ATTtc > 2:1201004/1‑72 (MQ=255) ggTCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAA‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGGGGGG‑GTTtct > 2:5344375/1‑72 (MQ=255) ggTCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAA‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑tttttt > 2:4761736/1‑70 (MQ=255) gtcgtcTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAA‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑TTTtctc < 2:4846747/72‑1 (MQ=255) gtcgtcTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAA‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑GTTtttc > 2:2736939/1‑72 (MQ=255) gtcTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAA‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑GTTTttcttg > 1:1159860/1‑70 (MQ=255) gtcTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAA‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑GTTTttcttc > 1:4430814/1‑70 (MQ=255) cTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAA‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑GTTTCTCTACtt > 1:4844451/1‑72 (MQ=255) tGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAC‑CCCCTTT‑CGTCTAGGGC‑GGGAGGGG‑TTTTCTCTACttt < 1:3983790/72‑1 (MQ=255) tGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAA‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑TTTTTTTTTCttt > 2:2153132/1‑72 (MQ=255) tGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAA‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑TGTTTTCTACttt > 1:5654416/1‑72 (MQ=255) tGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAA‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑GTTTTTTTTCttt > 1:5699341/1‑72 (MQ=255) tGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAA‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑GTTTCTCTACttt > 1:184511/1‑72 (MQ=255) cAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAA‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑GTTTTTTTTCTTTtaa > 2:699889/1‑72 (MQ=255) aaaTAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAA‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑GTTTTTCTACTTTTAAc > 2:5495123/1‑72 (MQ=255) aaaTAGCGCCCTGCATAGTTAATTGCTTAC‑CCCCTAT‑CGTCTAGGGG‑GGGGGGGG‑TTTTCTCTACTTTAAAc < 2:2819728/72‑1 (MQ=255) tAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAA‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑GTTTTTCTACTTTTAACggg > 1:2046697/1‑71 (MQ=255) aGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAA‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑GTTTCTCTACTTTAAACGGAt > 2:6586429/1‑72 (MQ=255) gcgcCCTGCTTAATTAATTGCTTAC‑CCCCTTT‑CGTCTAGGGC‑GGGGGGGG‑TTTTCTCTACTTTAAACGGATc < 1:5589994/72‑1 (MQ=255) gcgcCCTGCGTAATTAATTGCTTAA‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑GTTTTTCTACTTTAAACGGATc > 2:2017622/1‑72 (MQ=255) cgcCCTGCGTAATTAATTGCTTAA‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑TTTTCTCTACTTTAAACGGATCa < 1:4482011/72‑1 (MQ=255) gcCCTGCGTAATTAATTGCTTAA‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑TTTTTTCTACTTTAAACTGATCaa > 2:1381204/1‑72 (MQ=255) gcCCTGCGTAATTAATTGCTTAA‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑GTTTTTCTACTTTAAACGGATCaa > 2:6605393/1‑72 (MQ=255) ccTGCGTAATTAATTGCTTAA‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑GTTTTTTCACTTTAAAAGTAGCAAtt > 2:2663603/1‑72 (MQ=255) ccTGCGTAATTAATTGCTTAA‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑GTTTTTCTACTTTTAACGGATCaaat > 2:6142504/1‑70 (MQ=255) ccTGCGTAATTAATTGCTTAA‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑GTTTCTCTACTTTTAAAGGATCAAtt > 1:1859985/1‑72 (MQ=255) cTGCGTAATTAATTGCTTAA‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑GTTTCTCTACTTTAAACGGATCAAATc > 2:4701182/1‑72 (MQ=255) tGCGTAATTAATTGCTTAC‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑TTTTCTCTACTTTAAACGGATCAATTcc < 1:2847342/72‑1 (MQ=255) tGCGTAATTAATGTCTTAC‑CCCCTTG‑CGTCTATGGG‑GGGGGGGG‑TTTTCTCTACTTTAAACGGATCAATTcc < 1:4833025/72‑1 (MQ=255) gCGTAATTAATTGCTTAA‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑TTTTCTCTACTTTAAACGGAt < 2:3668878/64‑1 (MQ=255) gCGTAATTAATTGCTTAA‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑TTTTCTCTACTTTAAACGGAt > 1:3668880/1‑64 (MQ=255) gTAATTAATTGCTTAA‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑GTTTCTCTACTTTAAACGGATCAAATCCCCt > 2:1932944/1‑72 (MQ=255) ataattaatTGCTTAA‑CCCCTTT‑CGTCTAGGGC‑GGGAGGGG‑TTTTCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCt < 1:6099078/71‑1 (MQ=255) aattaattGCTTAC‑CCCTTTT‑CGTCTAGGGG‑GGGGGGGG‑TTTTCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCttt < 1:1813033/72‑1 (MQ=255) aattaattGCTTAA‑CCCCTTT‑CGTCTATGGCGGGGGGGGG‑TTTTTTTTTCTTTAATC‑GATCACATCCCCctt > 2:1005543/1‑72 (MQ=255) aattaattGCTTAA‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑TTTTCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCttt < 2:5969210/72‑1 (MQ=255) aattaattGCTTAA‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑TTTTCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCttt < 2:5559625/72‑1 (MQ=255) aattaattGCTTAA‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑GTTTTTCTACTTTTAACGGATCAATTCCCCttt > 1:5554110/1‑72 (MQ=255) aattaattGCTTAA‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑GTTTCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCttt > 1:5033976/1‑72 (MQ=255) attaattGCTTAC‑CCCCTTT‑CTGCTATGGC‑GGGAGGGG‑TTTTCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCtttt < 1:5321610/72‑1 (MQ=255) attaattGCTTAC‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑TTTTCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCtttt < 2:5604330/72‑1 (MQ=255) ttaatgGCTGAC‑CCCCTTT‑CGTCTATGGG‑GGGGGGGG‑TTTTCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTc < 2:4802567/72‑1 (MQ=255) ataattGGCTAACCCCCTTT‑CGTCTGTGGG‑GGGAGGGG‑TTTTCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCtttt < 1:5308328/71‑1 (MQ=255) taattGCTTAA‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑TTTTCTCTACTTTAAACTGATCAATTCCCCTTTTCt > 1:6600340/1‑72 (MQ=255) taattGCTTAA‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑GTTTCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCt > 1:3230151/1‑72 (MQ=255) atttGCTTAC‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑TTTTCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTg < 2:4397304/70‑1 (MQ=255) ttGCTTAA‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑TTTTTTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCa > 1:4885833/1‑72 (MQ=255) gCTTAA‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑GTTTTTCTACTTTTAACGGGTCAATTCCCCCTTTCTGctta > 2:2940500/1‑69 (MQ=255) cTTAA‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑TTTTCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATcc > 1:5180921/1‑72 (MQ=255) cTTAA‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑GTTTCTCTACTTTAAACGGATCAATTACCCTTTTCTTCAttc > 1:1700073/1‑70 (MQ=255) ttAA‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑GTTTCTCTACTTTAAACGGATCCATTCCCCTTTTCTGCATCCg > 1:5216610/1‑72 (MQ=255) tAA‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑TTTTTTCTTCTTTTAAAGGATCAATTTCCCTTTTCTTCATCCGc > 2:2658810/1‑72 (MQ=255) tAA‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑GTTTCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGc > 2:5871280/1‑72 (MQ=255) aaa‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑TTTTCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGc < 1:2043462/71‑1 (MQ=255) a‑CCCCTTT‑CGTGTAGGGG‑GGGGGGGG‑TTTTCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCa < 1:3173261/72‑1 (MQ=255) ccccTTTGCGTCTAGGGC‑GGGAGGGG‑TTTTCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCa < 2:5383406/72‑1 (MQ=255) cccTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑TTTTCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTTCATCCGCCAGa > 2:4666512/1‑72 (MQ=255) cccTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑GTTTTTTTTCTTTTAAAGGGTCAAATTCCCTTTTTTTCATCcccccca > 2:2148501/1‑69 (MQ=255) ccTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑TTTTCTCTTTTTTAAAGAGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCTCCAgca > 1:5977786/1‑70 (MQ=255) ccTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑GTTTCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGaa > 1:6375252/1‑72 (MQ=255) cTTG‑CGTCTGGGGG‑GGGAGGGG‑TTTTCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGaaa < 2:2081992/72‑1 (MQ=255) tt‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑TTTTCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTTCATCCGCCCGAAACg > 1:1498839/1‑72 (MQ=255) t‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑GTTTTTCTACNTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACgg > 2:329874/1‑72 (MQ=255) cGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑GTTTTTCTACTTTAAACGGAGCAATTCCCCTTTTCTGCACCCGCCAGAAACGga > 2:6477415/1‑72 (MQ=255) gTCTATGGC‑GGGAGGGG‑TTTTCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCAGCCAGAAACGgat < 1:6533078/72‑1 (MQ=255) gTCTATGGC‑GGGAGGGG‑GTTTCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTTCCTTCGCCAGAAAAgggn > 2:2467432/1‑70 (MQ=255) tCTATGGC‑GGGAGGGG‑TTTTCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGgatg > 2:6652891/1‑72 (MQ=255) tCTATGGC‑GGGAGGGG‑TTTTCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAAAGgaag > 1:1948856/1‑70 (MQ=255) cTATGGC‑GGGAGGGG‑GTTTCTCTTCTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGACACggagga > 2:2987760/1‑72 (MQ=255) aTGGC‑GGGAGGGG‑TTTTCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGata > 1:4607385/1‑72 (MQ=255) ggC‑GGGAGGGG‑TTTTCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCCCCAGAAACGGATGATAtt > 1:3009675/1‑72 (MQ=255) gC‑GGGAGTGT‑TTTTCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGATATTc < 1:6422/72‑1 (MQ=255) c‑GGGAGGGG‑CTTTCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGATATTCa > 1:4886448/1‑72 (MQ=255) gggAGGGGTTTTTCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGATATTCa < 1:2749760/72‑1 (MQ=255) gggAGGGG‑TTTTCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGATATTCat > 1:3949110/1‑71 (MQ=255) gggAGGGG‑TTTTCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGATATTCAg > 1:1106524/1‑72 (MQ=255) gggAGGGG‑TTTTCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGATATTCAg > 1:1392676/1‑72 (MQ=255) gggAGGGG‑TTTTCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGATATTCAg > 1:4868912/1‑72 (MQ=255) gAGGGG‑TTTTCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGATATTCAGGc > 2:4212867/1‑72 (MQ=255) gAGGGG‑TTTTCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGATATTCAGGc > 1:304107/1‑72 (MQ=255) gAGGGG‑TTTTCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGATATTCAGGc > 2:6520653/1‑72 (MQ=255) aGGGG‑TTTTCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGATATTCAGGcc > 2:2481345/1‑72 (MQ=255) gggg‑TTTTCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGATATTCAGGCCa > 1:3075512/1‑72 (MQ=255) ggag‑TTTTCTCTACTTGAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGATATTCAGGCCa < 1:858794/69‑1 (MQ=255) ggg‑TTTTCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGATATTCAGGCCAt < 2:5341560/72‑1 (MQ=255) ggg‑TTTTCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGATATTCAGGCCAt > 2:1024976/1‑72 (MQ=255) gg‑TTTTCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGATATTCAGGCCNtt > 2:543777/1‑72 (MQ=255) gg‑TTTTCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGATATTCAGGCCAtt > 2:6220170/1‑72 (MQ=255) gtttttCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGATATTCAGGCCAtt < 1:5761485/70‑1 (MQ=255) g‑TTTTCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGATATTCAGGCCATTc > 2:5236295/1‑72 (MQ=255) ttttCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGATATTCAGGCCATTCa < 1:4112180/72‑1 (MQ=255) ttttCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGATATTCAGGCCATTCa > 2:5699294/1‑72 (MQ=255) ttttCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGATATTCAGGCCATTCa < 1:1017038/72‑1 (MQ=255) ttttCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGATAATCAGGCCATTCa > 1:2314005/1‑72 (MQ=255) | AAGACGGTCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAA‑CCCCTTT‑CGTCTATGGC‑GGGAGGGG‑TTTTCTCTACTTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGATATTCAGGCCATTCA > NC_012967/3174185‑3174327 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |