| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_012967 | 158,008 | 0 | C | T | 22.5% | 198.0 / 26.2 | 89 | G88E (GGA→GAA) | htrE | Yad fimbria usher protein HtrE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (31/38); new base T (20/0); total (51/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.08e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
TTATATCGGGAGAATTTATATGAAACTGCAATAAATTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTCCTTCAATTTCAAT‑AAATGTAATGCTTTGGTTAATAATAGGTTGATCGTTGACATAAACACTGAGGTCGTAC > NC_012967/157937‑158079 | ttatATCGGGAGAATTTATATGAAACTGCAATAAATTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTc < 2:4658534/72‑1 (MQ=255) tataTCGGGAGAATTTATATGAAACTGCAATAAATTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTcc < 2:9494997/72‑1 (MQ=255) tataTCGGGAGAATTTATATGAAACTGCAATAAATTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTcc < 1:6027662/72‑1 (MQ=255) tataTCGGGAGAATTTATATGAAACTGCAATAAATTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTcc < 2:7744533/72‑1 (MQ=255) atatCGGGAGAATTTATATGAAACTGCAATAAATTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTCCt < 2:1490233/72‑1 (MQ=255) atatCGGGAGAATTTATATGAAACTGCAATAAATTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTCCt < 2:2972689/72‑1 (MQ=255) atCGGGAGAATTTATATGAAACTGCAATAAATTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTttcttc > 2:9424298/1‑72 (MQ=255) tCGGGAGAATTTATATGAAACTGCAATAAATTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTTCttta > 1:5539092/1‑70 (MQ=255) cGGGAGAATTTATATGAAACTGCAATAAATTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑GTTTTTTTTTTCCttca > 1:8466194/1‑72 (MQ=255) cGGGAGAATTTATATGAAACTGCAATAAATTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTCCttcaa < 2:2659585/72‑1 (MQ=255) gggAGAATTTATATGAAACTGCAATAAATTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTCCttcaat < 2:757590/72‑1 (MQ=255) ggAGAATTTATATGAAACTGCAATAAATTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTTCttcaatt > 1:9872965/1‑72 (MQ=255) ggAGAATTTATATGAAACTGCAATAAATTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTCCttcaatt < 2:8975528/72‑1 (MQ=255) ggAGAATTTATATGAAACTGCAATAAATTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTCCttcaatt < 2:2092683/72‑1 (MQ=255) ggAGAATTTATATGAAACTGCAATAAATTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTGCCttcaatt < 1:427050/72‑1 (MQ=255) gagaATTTATATGAAACTGCAATAAATTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTCCttcaattt < 2:7466165/72‑1 (MQ=255) naaTTTATATGAAACTGCAATAAATTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTCCttcaatttca < 1:1138804/71‑1 (MQ=255) aaTTTATATGAAACTGCAATAAATTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTTCttcaattttca > 2:151716/1‑69 (MQ=255) tttATATGAAACTGCAATAAATTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTCCTTCAATTTCAAT‑a > 1:9892543/1‑72 (MQ=255) tttATATGAAACTGCAATAAATTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTCCTTCAATTTCAAT‑a < 1:2755216/72‑1 (MQ=255) tataTGAAACTGCAATAAATTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTCCCTCAATTTTCAT‑aaa > 1:4166974/1‑72 (MQ=255) atatGAAACTGCAATAAATTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGCGG‑TTTTTTTTTCTTTCATTTTC‑AT‑AAAt > 2:2846326/1‑72 (MQ=255) atatGAAACTGCAATAAATTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTCCTTCAATTTCAAT‑AAAt < 2:4756555/72‑1 (MQ=255) tatGAAACTGCAATAAATTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTTCTTTCATTTTAAT‑aaaat > 2:8099149/1‑70 (MQ=255) tatGAAACTGCAATAAATTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTTCTTCTATTTTAAT‑AAATg > 2:8604824/1‑72 (MQ=255) atGAAACTGCAATAAATTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTCCTTCAATTTCAAT‑AAATGt < 1:6242463/72‑1 (MQ=255) tGAAACTGCAATAAATTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTTCTTTAATTTTAAT‑AAAtttt > 2:6953290/1‑69 (MQ=255) tGAAACTGCAATAAATTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTCCTTCAATTTCAAT‑AAATGTa < 1:1909230/72‑1 (MQ=255) tGAAACTGCAATAAATTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTCCTTCAAATTCAAT‑AAATGTa < 1:3957773/72‑1 (MQ=255) gAAACTGCAATAAATTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTTCTTCAATTTTAAT‑AAATGtta > 1:4651824/1‑70 (MQ=255) aaaCTGCAATAAATTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTTCTTCAATTTCAAT‑AAATGTAAt > 2:5067884/1‑72 (MQ=255) aaaCTGCAATAAATTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTCCTTCAATTTCAAT‑AAATGTAAt < 2:8293083/72‑1 (MQ=255) aaCTGCAATAAATTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTTCTTTCATTTTCAT‑AAAAGTAAtt > 2:5478425/1‑71 (MQ=255) aaCTGCAATAAATTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTTCCTTAATTTTTAT‑AAAATTAATg > 2:3015145/1‑72 (MQ=255) aaCTGCAATAAATTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTCCTTCAATTTCAAT‑AAATGTAATg < 2:5227793/72‑1 (MQ=255) aCTGCAATAAATTCTTAAGTGTGATACAGGCTTTTTC‑G‑TTTTTTTTTTCCTCCATTTTCAT‑AAAAGTaaatc > 2:1650286/1‑69 (MQ=255) aCTGCAATAAATTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑GTTTTTTTTTCTTCTATTTCAAT‑AAATGTAAttc > 2:6564899/1‑70 (MQ=255) cTGCAATAAATTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTCCTTCAACTTCAAA‑AAATTTAATGCt > 2:7215566/1‑72 (MQ=255) tGCAATAAATTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑GTTTTTTTTTTCTTTCAATTTAAAT‑AAATTTAATgtn > 1:1144774/1‑70 (MQ=255) gCAATAAATTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTTCTTCAATTTTAAT‑AAATGTAATGCttc > 1:618749/1‑71 (MQ=255) cAATAAATTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTCCTTCAATTTCAAT‑AAATGTAATGCTTTg > 1:1874483/1‑72 (MQ=255) aaTAAATTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTCCTTCAATTTCAAT‑AAATGTAATGCTTTgg < 1:7820028/72‑1 (MQ=255) aTAAATTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTCCTTCAATTTCAAT‑AAATGTAATGCTTTGGt < 1:4604158/72‑1 (MQ=255) tAAATTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTCCTTCAATTTCAAT‑AAATGTAATGCTTTGGtt < 1:5156844/72‑1 (MQ=255) tAAATTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTCCTTCAATTTCAAT‑AAATGTAATGCTTTGGtt < 1:2844800/72‑1 (MQ=255) aaaTTCTTAAGTGTGATNCAGGCTTGTGC‑G‑GTTTTTTTTTCTTTAATTTTAAT‑AAATTTAATGCTTTTGttt > 1:876482/1‑71 (MQ=255) aaaTTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTCCTTCAATTTCAAT‑AAATGTAATGCTTTGGTta < 2:9406448/72‑1 (MQ=255) aaTTCTTAAGTGTGATACATGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTCCTTCAATTTCAAT‑AAATGTAATGCTTTGGTtaa > 1:4409810/1‑72 (MQ=255) aaTTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTCCTTCAATTTCAAT‑AAATTTAATGCGTTTGTtaa > 1:107169/1‑72 (MQ=255) aaTTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTCCTTCAATTTCAAT‑AAATGTAATGCTTTGGTtaa > 1:8309444/1‑72 (MQ=255) aTTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTCCTTCAATTTCAAT‑AAATGTAATGCTTTGGTtaat > 1:7564969/1‑72 (MQ=255) aTTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑GTTTTTTTTTCTTTCATTTTAAT‑AAATATAATCATTTGGTttat > 2:5304980/1‑72 (MQ=255) ttCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTTCTTTAATTTTAAT‑AAAAGTAATGTTTTTGTttata > 1:3361683/1‑72 (MQ=255) tCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGG‑G‑TTTTTTTTTTCTTCCAATTTAAT‑AAAAGTAATGCTTTTGGtaatta > 2:9328954/1‑70 (MQ=255) tCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTTCTTTAATTTTAAT‑AAATGTAATGCTTTTGTttataa > 1:5743990/1‑72 (MQ=255) ttAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTCNTTCAATTTCAAT‑AAATGTAATGCTTTGGTTTataata > 1:536733/1‑72 (MQ=255) ttAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTCCTTCAATTTTAAT‑AAATGTAATGCTTTTGTTTataata > 1:9253504/1‑72 (MQ=255) ttAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTCCTTCAATTTCAAT‑AAATGTAATGCTTTGGTTAataata < 2:9836360/72‑1 (MQ=255) ttAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑GTTTTTTTTCCTTTAAATTCAATAAAATGT‑ATATTTTGGTTAattata > 1:2810468/1‑72 (MQ=255) tAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑GTTTTTTTTTTCCTTCATTTTAATA‑AAATTTATTGTTTTGGTtaatataa > 1:5181844/1‑69 (MQ=255) aGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTCCTTCAATTTCAAT‑AAATGTAATGCTTTGGTTAATAATAGGt > 1:6748569/1‑72 (MQ=255) gtgATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTCCTTTAATTTCAAT‑AAATGTAATGCTTTGGTTAATAATAGGttta > 1:9275867/1‑70 (MQ=255) gtgATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTCCTTCAATTTCAAT‑AAATGTAATGCTTTGGTTAATAATAGGTTGa < 1:8643215/72‑1 (MQ=255) tgATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTCCTTCAATTTCAAT‑AAATGTAATGCTTTGGTTAATAATAGGTTGAt > 1:7106168/1‑72 (MQ=255) gATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTCCTTCAATTTCAAT‑AAATGTAATGCTTTTGTTAATAATAGGTTGATc > 1:2406415/1‑72 (MQ=255) 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gCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTCCTTCAATTTCAAT‑AAATGTAATGCTTTGGTTAATAATAGGTTGATCGTTTACa > 1:246391/1‑72 (MQ=255) gCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTCCTTCAATTTCAAT‑AAATGTAATGCTTTGGTTAATAATAGGTTGATCGTTGACa > 1:2654340/1‑72 (MQ=255) cTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTCCTTCAATTTCAAT‑AAATGTAATGCTTTGGTTAATAATAGGTTGATCGTTGACAt > 2:6314925/1‑72 (MQ=255) cTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTCCTTCAATTTCAAT‑AAATGTAATGCTTTGGTTAATAATAGGTTGATCGTTGACAt > 2:4244255/1‑72 (MQ=255) ttGTGC‑G‑TTTTTTTTTCCTTCAATTTCAAT‑AAATGTAATGCTTTGGTTAATAATAGGTTGATCGTTGACATa > 2:4660648/1‑72 (MQ=255) ttGTGC‑G‑TTTTTTTTTCCTTCAATTTCAAT‑AAATGTAATGCTTTGGTTAATAATAGGTTGATCGTTGACATa > 1:5597842/1‑72 (MQ=255) ttGTGC‑G‑TTTTTTTTTCCTTCAACTTCAAT‑AAATGTAATGCTTTGGTTAATAATAGGTTTATCGTTGACATa > 2:1377131/1‑72 (MQ=255) tgtgC‑G‑TTTTTTTTTTCTTCAATTTTAAT‑AAATGTAATGCTTTTGTTAATAATAGGTTTATCGTTGTCATaa > 2:25046/1‑72 (MQ=255) gtgC‑G‑TTTTTTTTTCCTTCAATTTCAAT‑AAATGTAATGCTTTGGTTAATAATAGGTTGATCGTTGACATaaa > 1:2630024/1‑72 (MQ=255) g‑TTTTTTTTTCCTTCAATTTCAAT‑AAATGTAATGCTTTGGTTAATAATAGGTTGATCGTTGACATAAACACt > 2:15743/1‑72 (MQ=255) tttttCCTTCAATTTCAAT‑AAATGTAATGCTTTGGTTAATAATAGGTTNATCGTTGACATAAACACTGAGGt < 1:6353296/72‑1 (MQ=255) ttttCCTTCAATTTCAAT‑AAATGTAATGCTTTGGTTAATAATAGGTTGATCGTTGACATAAACACTGAGGTc < 1:2700096/72‑1 (MQ=255) ttttCCTTCAATTTCAAT‑AAATGTAATGCTTTGGTTAATAATAGGTTGATCGTTGACATAAACACTGAGGTc < 1:5345562/72‑1 (MQ=255) ttCCTTCAATTTCAAT‑AAATGTAATGCTTTGGTTAATAATAGGTTGATCGTTGACATAAACACTGAGGTCGt < 2:6240428/72‑1 (MQ=255) tCCTTCAATTTCAAT‑AAATGTAATGCTTTGGTTAATAATAGGTTGATCGTTGACATAAACACTGAGGTCGTa < 1:4039309/72‑1 (MQ=255) ccNTCAATTTCAAT‑AAATGTAATGCTTTGGTTAATAATAGGTCGATCGTTGACATAAACACTGAGGTCGTAc < 2:814384/72‑1 (MQ=255) | TTATATCGGGAGAATTTATATGAAACTGCAATAAATTCTTAAGTGTGATACAGGCTTGTGC‑G‑TTTTTTTTTCCTTCAATTTCAAT‑AAATGTAATGCTTTGGTTAATAATAGGTTGATCGTTGACATAAACACTGAGGTCGTAC > NC_012967/157937‑158079 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |