| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_012967 | 375,729 | 0 | T | C | 33.1% | 206.5 / 51.6 | 135 | L219P (CTG→CCG) | aroM | AroM family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (31/58); new base C (44/0); total (77/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-15 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 185 total aligned reads displayed.
ACGTCATCGCGATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGC‑TGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGCGCCTCTGGCCCCTATAGTGAAGTAGATGTTC > NC_012967/375658‑375800 | cGTCATCGCGATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACggctg > 1:7677361/1‑72 (MQ=255) cGTCATCGCGATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACggctg > 2:6195779/1‑72 (MQ=255) gTCATCGCGATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTACTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACggctgg < 1:3975832/72‑1 (MQ=255) gaTCGCGATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACggctggc‑t < 2:3448953/71‑1 (MQ=255) aTCGCGATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGgccggc‑tg > 1:1652280/1‑72 (MQ=255) tCGCGATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTTATTGCACGGCTGGC‑TGc < 2:2316110/72‑1 (MQ=255) cgcgATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGAACGGCTGGC‑TGCg < 1:6646966/72‑1 (MQ=255) gcgATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGC‑TGCgg < 2:8965049/72‑1 (MQ=255) gcgATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGC‑TGCgg > 1:5536361/1‑72 (MQ=255) gcgATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGC‑TGCgg > 1:2169509/1‑72 (MQ=255) gcgATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCACGC‑TGCgg > 2:5672277/1‑72 (MQ=255) cgATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGC‑TGCGGa < 2:6247293/72‑1 (MQ=255) cgATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGC‑CGCggg > 1:3389727/1‑71 (MQ=255) cgATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGATGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGC‑TGCGGa < 1:1793547/72‑1 (MQ=255) gATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGC‑TGCGGaa < 2:8700326/72‑1 (MQ=255) gATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCTGA‑TGCGGaa > 2:357857/1‑72 (MQ=255) gATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGATGGC‑TGCGGaa > 2:9442982/1‑72 (MQ=255) gATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCNGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGC‑TGCggta > 2:481929/1‑70 (MQ=255) aTTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGC‑TGCGGAAt > 1:7189399/1‑72 (MQ=255) tttACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGC‑TGCGGAAtt < 2:1131750/72‑1 (MQ=255) tttACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGC‑TGCGGAAtt < 1:8942665/72‑1 (MQ=255) tttACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGACGGC‑TGCGGGAtt > 1:5643868/1‑72 (MQ=255) ttACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGC‑TGCGGAATTa > 1:5147195/1‑72 (MQ=255) tACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGC‑TGCGGAATTAc > 1:9912395/1‑72 (MQ=255) aCTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGC‑TGCGGAATTACt > 1:4266370/1‑72 (MQ=255) cTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGC‑TGCGGAATTACTg < 1:5056360/72‑1 (MQ=255) cTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCAGGC‑TGCGGAATTACTg > 1:270136/1‑72 (MQ=255) tGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGC‑TGCGGAATTACTgg < 2:7844493/72‑1 (MQ=255) tGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGC‑TGCGGAATTACTgg < 1:1284510/72‑1 (MQ=255) tGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGC‑TGCGGAATTACTgg < 1:3870998/72‑1 (MQ=255) gCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGC‑TGCGGAATTACTGgt > 1:8369443/1‑72 (MQ=255) cAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGC‑TGCGGAATTACTGgtg > 2:7080067/1‑72 (MQ=255) cAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGC‑TGCGGAATTACTGgtg < 1:4146422/72‑1 (MQ=255) aaaaaCAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGNACGGCCGGC‑TGCGGGATTACTGgggt > 1:674348/1‑72 (MQ=255) aaaaaCAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGC‑TGCGGAATTACTGgtgt < 2:2197041/72‑1 (MQ=255) aaaaaCAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGC‑TGCGGACTTCCTGgtgt > 1:360168/1‑72 (MQ=255) aaaaaCAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCGGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGC‑TGCGGAATTACTGgtgt < 1:1000723/72‑1 (MQ=255) aaaaCAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGC‑TGCGGAATTACTGGTGTa < 1:2885176/72‑1 (MQ=255) aaCAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTNACGTATTGATTGCACGGCTTGC‑TGCGGAATTACTGGTGTAAt > 2:491940/1‑72 (MQ=255) aaCAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGC‑TGCGGAATTACTGGTGTAAt > 2:6908896/1‑72 (MQ=255) aCAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGC‑TGCGGAATTACTGGTGTAAtt > 1:7802893/1‑72 (MQ=255) aCAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGC‑TGCGGAATTACTGGTGTAAtt < 2:6405934/72‑1 (MQ=255) cAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGC‑TGCGGAATTACTGGTGTAAttt < 1:7944291/72‑1 (MQ=255) cAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGC‑TGCGGAATTACTGGTGTAAttt > 2:8176367/1‑72 (MQ=255) cAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGC‑TGCGGAATTACTGGTGTAAttt < 2:329402/72‑1 (MQ=255) cAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGC‑TGCGGAATTACTGGTGTAAttt < 2:5002523/72‑1 (MQ=255) cAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGC‑TGCGGGATTACTGGTGTAAttt > 2:4975118/1‑72 (MQ=255) aGCTCGATGTTCGTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGC‑TGCGGAATTACTGGTGTAAtttt < 1:2149987/72‑1 (MQ=255) aGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGC‑TGCGGAATTACTGGTGTNAtttt > 2:435278/1‑72 (MQ=255) gCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGC‑TGTCGAATTACTGGTGTAATTTTg > 2:7685216/1‑72 (MQ=255) gCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGC‑TGCGGAATTACTGGTGTAATTTTg > 2:7364708/1‑72 (MQ=255) cTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGC‑TGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGc > 1:6541209/1‑72 (MQ=255) tCGATGTTCATGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGC‑TGCGGGATTACTGGTGTAATTTTTCg > 2:6476499/1‑72 (MQ=255) cGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGC‑TGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGt < 1:1522917/72‑1 (MQ=255) cGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGC‑TGCGGGATTACTGGTGTAATTTTGCGt > 2:132224/1‑72 (MQ=255) cGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCCGCTTGCGGAATTATTGGGTTATtttttgc > 2:1182536/1‑69 (MQ=255) aTGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGC‑TGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGa < 2:9104901/72‑1 (MQ=255) tGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGC‑TGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGAc > 2:9637387/1‑72 (MQ=255) tGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGC‑TGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGAc < 1:8634602/72‑1 (MQ=255) gTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGC‑TGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGAca < 1:1664407/72‑1 (MQ=255) gTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGC‑TGCGGGATTACCGGCGGTATTTTGCGTGAca > 1:1747099/1‑72 (MQ=255) tCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGC‑TGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGAcagc < 1:2657092/72‑1 (MQ=255) tCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGC‑TGCGGAATTACTGGTTTAATTTTTCGTGAcagc > 2:2642455/1‑72 (MQ=255) ccTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGC‑TGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGAcagcc < 2:6097894/72‑1 (MQ=255) gtGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGC‑TGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGAcagcca < 2:8912013/71‑1 (MQ=255) cTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGC‑TGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGAcagcca > 1:276222/1‑72 (MQ=255) tGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGC‑TGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGAcagccag < 1:4826579/72‑1 (MQ=255) tGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGC‑TGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGAcagccag < 1:3022254/72‑1 (MQ=255) gTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGC‑TGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGAcagccagc > 2:8541291/1‑72 (MQ=255) gTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGC‑TGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGAcagccagc < 1:2261704/72‑1 (MQ=255) gTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGC‑TGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGAcagccagc > 2:7955183/1‑72 (MQ=255) tCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGC‑TGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAgcg < 1:4829918/72‑1 (MQ=255) tCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGC‑TGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAgcg > 1:57648/1‑72 (MQ=255) cTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGC‑TGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAgcgc < 2:6328265/72‑1 (MQ=255) cTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGC‑TGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAgcgc > 2:8043543/1‑72 (MQ=255) tGCTGTCTAACGTACTGATTGCACGGCCGGC‑TGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGCGCct > 1:9561647/1‑72 (MQ=255) cTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGC‑TGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGCGCctct > 1:464145/1‑72 (MQ=255) tGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGC‑TGCGGAATTACTGGTGTAACTTTGCGTGACAGCCAGCGCCTCTg > 2:5746421/1‑72 (MQ=255) tGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGC‑TGCGGGATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGCGCctccg > 1:1988248/1‑70 (MQ=255) cTAACGTATTGATTGCACGGCGGGC‑TGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCTTGACCGCCCACGCCTCTGGcc > 1:9407526/1‑72 (MQ=255) cTAACGTATTGATTGCACGGCCGGC‑TGCGGAATTATTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGCGCCCCTCGcc > 2:8542904/1‑72 (MQ=255) aCGTATTGATTGCACGGCCGGC‑TGCGGGATTACTGGTGTAATTTTTCGTGACAGCCAGCGGCTCTTGCCCCt > 2:3396742/1‑72 (MQ=255) cGTATTGATTGCACGGCCGGC‑TGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGCGCCTCTGGCCCCta > 1:26391/1‑72 (MQ=255) cGTATTGATTGCACGGCCGGC‑TGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGCGACNGCCAGCGCCCCCGGccccca > 1:3729079/1‑70 (MQ=255) tATTGATTGCACTGCTGGC‑TGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGCGCCTCTGGCCCCtata > 1:5270600/1‑72 (MQ=255) ttgattgCACGGCCGGC‑TGCGGAATTCCTTGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGCGCCTCTGGCCCCTATAGt > 1:5395180/1‑72 (MQ=255) ttgatggCGGGGCGGGC‑TGCGGAATTGCTGTTGTATTTTTGCGTGACGGCCAGCGCCTCTGGCCCCTATAGt < 1:9234765/72‑1 (MQ=255) gattgCACTGCTGGC‑TGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGCGCCTCTGGCCCCTATAGTGa > 1:9339532/1‑72 (MQ=255) gattgCACGGCCGGC‑TGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGCGCCTCTGGCCCCTATAGTGa > 1:3310807/1‑72 (MQ=255) ttgCACGGCCGGC‑TGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGCGCCTCTGGCCCCTATAGTGAAg > 1:9786746/1‑72 (MQ=255) tgCACNGCCGGC‑CTCGGAATTACTGGTGTAATTTTTCGTTTCAGCCAGCCGCCCTGGGCCCTACTGTGGAGt > 2:534756/1‑72 (MQ=255) tgCACGGCTGGC‑TGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGCGCCTCTGGGCCCCATAGTGAAGt > 2:9856100/1‑72 (MQ=255) gCACGGCCGGC‑TGCGGGATTACTGGTGTAATTTTTCGTGACAGCCAGCGCCTCTGGCCCCTACAGTGaaaca > 2:8297566/1‑69 (MQ=255) cACGGCTGGC‑TGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGCGCCTCTGGCCCCTATAGTGAAGTAg > 2:9479530/1‑72 (MQ=255) cACGGCCGGC‑TGCGGAATTACTGGGGTAATTTTGCGTGACAGCCAGCGCCCCCCGCCCCTTTAGTGAAGTAg > 2:5854741/1‑72 (MQ=255) ggctggc‑tGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGCGCCTCTGGCGCCTATAGTGAAGGAGATg > 2:2905991/1‑72 (MQ=255) ggctggc‑tGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGCGCCTCTGGCCCCTATAGTGAAGTAGATg > 2:6767384/1‑72 (MQ=255) gctggc‑tgCGGAATTACTGGTGTAATTTTGAGTGACAGCCAGCGCCTCTGGCCCCTATAGTGAAGTAGATGt > 2:1786094/1‑72 (MQ=255) ctggc‑tgCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGCGCCTCTGGCCCCTATAGTGAAGTAGATGtt > 2:4494117/1‑72 (MQ=255) tggc‑tgCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGCGCCTCTGGCCCCTATAGTGAAGTAGATGTTc > 2:6714877/1‑72 (MQ=255) | ACGTCATCGCGATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGC‑TGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGCGCCTCTGGCCCCTATAGTGAAGTAGATGTTC > NC_012967/375658‑375800 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |