| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_012967 | 375,729 | 0 | T | C | 32.6% | 200.5 / 51.9 | 136 | L219P (CTG→CCG) | aroM | AroM family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (35/54); new base C (43/0); total (82/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.74e-13 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 177 total aligned reads displayed.
ACGTCATCGCGATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGCGCCTCTGGCCCCTATAGTGAAGTAGATGTTC > NC_012967/375658‑375800 | aCGTCATCGCGATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACggct > 1:6046898/1‑72 (MQ=255) catCATCGCGTTTAACGGAAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACggctg < 2:8137347/70‑1 (MQ=255) cGTCATCGCGATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACggctg < 2:7900682/72‑1 (MQ=255) cGTCATCGCGATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACggctg < 2:8801722/72‑1 (MQ=255) cGTCATCGCGATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACggctg < 2:3906527/72‑1 (MQ=255) tCATCGCGATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCAcggccggc > 2:8627313/1‑72 (MQ=255) tCATCGCGATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACggctggc < 2:5612721/72‑1 (MQ=255) cATCGCGATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACggctggct < 1:9154730/72‑1 (MQ=255) cATCGCGATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACggctggct < 2:3125749/72‑1 (MQ=255) aTCGCGATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGgctggctg < 2:67600/72‑1 (MQ=255) tCGCGATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGc < 1:3839874/72‑1 (MQ=255) cgcgATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCg < 1:8341542/72‑1 (MQ=255) gcgATTTAGTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCgg < 2:8085097/72‑1 (MQ=255) gcgATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCgg > 2:2567738/1‑72 (MQ=255) cgATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGa > 2:8351976/1‑72 (MQ=255) cgATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGa < 2:8963648/72‑1 (MQ=255) cgATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGa > 2:8306158/1‑72 (MQ=255) gATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGaa > 1:4787641/1‑72 (MQ=255) aTTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTCGCTGCGGAAt > 2:1986455/1‑72 (MQ=255) tttACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGGAtt > 1:8352232/1‑72 (MQ=255) tttACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGAAtt > 1:716112/1‑72 (MQ=255) tACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTAc > 2:7056467/1‑72 (MQ=255) tACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTAc < 1:3235534/72‑1 (MQ=255) aCTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACt < 2:661905/72‑1 (MQ=255) aCTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACt > 2:2920043/1‑72 (MQ=255) aCTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACt < 2:7620586/72‑1 (MQ=255) aCTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGGAATACt > 1:2134212/1‑72 (MQ=255) cTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGGATTTCTg > 2:5058202/1‑72 (MQ=255) tGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTgg > 1:1271350/1‑72 (MQ=255) tGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTgg > 1:8739938/1‑72 (MQ=255) tGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTgg > 1:7386186/1‑72 (MQ=255) gCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGgt > 1:6558496/1‑72 (MQ=255) gCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGgt > 2:7107217/1‑72 (MQ=255) cAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGgtg < 2:4921179/72‑1 (MQ=255) aaaaaCAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGgtgt < 2:2984959/72‑1 (MQ=255) aaaaCAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGAATTACTGgtgca > 1:6812105/1‑70 (MQ=255) aaaCAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGGTGTaa < 1:7875346/72‑1 (MQ=255) aaaCAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGGTGTaa > 1:8502448/1‑72 (MQ=255) aaCAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGGTGTAAt < 1:4652044/72‑1 (MQ=255) aaCAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGGATTACTTGTGTAAt > 2:1434748/1‑72 (MQ=255) aaCAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGAATTACTGGTGTAAt > 2:8776828/1‑72 (MQ=255) aaCAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGAATTACTGGTGTAAt > 2:6931655/1‑72 (MQ=255) aaCAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGAATTACTGGTGTAAt > 1:4451092/1‑72 (MQ=255) cAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGGTGTAAttt < 1:6352503/72‑1 (MQ=255) cAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGGTGTAAttt > 1:8705957/1‑72 (MQ=255) aGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGGATTAATGGTGTAAtttt > 2:1606093/1‑72 (MQ=255) aGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGAATTACTGGTGTAAtttt > 2:6121296/1‑72 (MQ=255) cTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGc < 2:1772166/72‑1 (MQ=255) cTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGc < 2:6760904/72‑1 (MQ=255) cTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCGAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGAATTACTGGTGTAAtttttc > 1:5886174/1‑70 (MQ=255) tCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCg > 2:7369886/1‑72 (MQ=255) tCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCg > 1:8807453/1‑72 (MQ=255) tCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCTACTGCGCAATTACTGGTGTAATTTTTCg > 1:1245528/1‑72 (MQ=255) tCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGGATTACTGGTGTAATTTTGCg > 1:3433183/1‑72 (MQ=255) cGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGt < 1:4203312/72‑1 (MQ=255) cGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGt < 1:7939579/72‑1 (MQ=255) gATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTg < 1:4781701/72‑1 (MQ=255) gATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTg > 1:6921735/1‑72 (MQ=255) gATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTg > 1:2647558/1‑72 (MQ=255) aTGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGa < 1:2214944/72‑1 (MQ=255) aTGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGa > 2:1545603/1‑72 (MQ=255) tGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGAc < 1:2050901/72‑1 (MQ=255) gTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTACGGAATTACTGGTGTAATCTTGCGTGAca < 1:541939/72‑1 (MQ=255) tCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGAcagc < 2:3461165/72‑1 (MQ=255) tCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGAcagc > 1:8646538/1‑72 (MQ=255) tCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGAcagc < 2:5447332/72‑1 (MQ=255) tCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTTCGTGAaagc > 2:3663182/1‑72 (MQ=255) tCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGAcagc > 1:8131935/1‑72 (MQ=255) ccTGTTTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGAcagcc < 2:4179885/72‑1 (MQ=255) cTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGAcagcca > 2:8547247/1‑72 (MQ=255) cTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGAcagcca > 1:710089/1‑72 (MQ=255) cTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGAcagcca > 1:5163556/1‑72 (MQ=255) cTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCCGCCGGATTTCTGGTGTAATTTTTCGTTAcaggcc > 1:3166727/1‑69 (MQ=255) tGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCCGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGAcagccag > 1:9005427/1‑72 (MQ=255) gTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGAcagccagc < 2:8662321/72‑1 (MQ=255) gTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGAcagccagc < 2:7145018/72‑1 (MQ=255) gTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGCATTACTGGTGTAATTTTGCGTGAcagccagc > 2:7872384/1‑72 (MQ=255) tCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGGATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAgcg > 1:7608942/1‑72 (MQ=255) tCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGACTTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAgcg > 1:289308/1‑72 (MQ=255) cTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGCATTACTGGTGTAATTTTGCGTGCCCGCCAgcgc > 1:1779159/1‑72 (MQ=255) ttGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGGATTACTGGTGTCATTTTGCGTGACAGCCCGCGcc > 1:2137165/1‑72 (MQ=255) tGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGCGCct > 2:4493033/1‑72 (MQ=255) gCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGCGCctc > 1:8255813/1‑72 (MQ=255) cTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGCGCctct > 2:9212769/1‑72 (MQ=255) tGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGCGCCTCTg > 2:2538576/1‑72 (MQ=255) tGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGCGCCTCTg > 2:4835061/1‑72 (MQ=255) gTCTAACGTATTGATTGCACGGCAGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGGCAGCGCCTCCgg > 2:5339402/1‑72 (MQ=255) tAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGGATTACTGGGGTAATTTTGCGTGACAGCCAGCGCCTCTGGgcc > 1:3693640/1‑72 (MQ=255) tAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGCGCCTCTGGccc > 2:2168363/1‑72 (MQ=255) gTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCGGCGCCTCTGGCCCCtat > 1:3649212/1‑72 (MQ=255) gTATTGATTGCACAGCCGGCTGCGGGATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCCGCGCCTCTGGccccctc > 1:3710428/1‑69 (MQ=255) tATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGCGCCTCTGGCCCCtata > 1:7446440/1‑72 (MQ=255) tgattgCACGGCCGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGCGCCTCTGGCCCCTATAGTg > 1:6710605/1‑72 (MQ=255) gattgCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGCGCCTCTGGCCCCTATAGTGa > 1:5617164/1‑72 (MQ=255) gattgCACGGCCGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGCGCCTCTGGCCCCTATAGTGa > 2:5716867/1‑72 (MQ=255) attgCACGGCCGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGCGCCTCTGGCCCCTATAGTGaa > 2:4548786/1‑72 (MQ=255) gCACGGCTGGCGGGGAATTTACTGGTGTATTTTGGCGGGACAGCCAGCGCCTCTGGCCCCTATAGTGAAGTa < 1:7175333/72‑1 (MQ=255) gCACGGCCGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGCGCCTCTGGCCCCTATAGTGAAGTa > 1:4335383/1‑72 (MQ=255) tggctgCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGCGCCTCTGGCCCCTATAGTGAAGTAGATGTTc > 1:4312213/1‑72 (MQ=255) tggctgCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGCGCCTCTGGCCCCTATAGTGAAGTAGATGTTc > 2:822329/1‑72 (MQ=255) | ACGTCATCGCGATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGCGCCTCTGGCCCCTATAGTGAAGTAGATGTTC > NC_012967/375658‑375800 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |