Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_012967 | 3,174,256 | 0 | T | G | 20.9% | 318.3 / 16.2 | 129 | T175P (ACC→CCC) | ygjV | YgjV family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (36/66); new base G (27/0); total (63/66) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.03e-10 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 175 total aligned reads displayed.
AAGACGGTCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCA‑TCCGCCAGAAACGGATGATATTCAGGCCATTCA > NC_012967/3174185‑3174327 | aagaCGGTCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGt < 1:6494785/72‑1 (MQ=255) gaCGGTCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGttt < 2:6248889/72‑1 (MQ=255) gaCGGTCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAACCCCCTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGttt < 2:6926111/72‑1 (MQ=255) ggTCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGgttttt > 1:6244848/1‑70 (MQ=255) ggTCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGTTTtct > 1:4276551/1‑72 (MQ=255) tcgtcTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGTTTTctct < 2:7451234/72‑1 (MQ=255) cgtcTGGCAAATGGCGCCCTGCGTAATTATTTGCTTACCCCTTTTCG‑TCGGGGGG‑GGGG‑GGGGTTTTCTCTa < 1:2884552/72‑1 (MQ=255) cgtcTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTACCCCCTTTCG‑TCTAGGGC‑GGGG‑GGGGTTTTCTCTa < 2:6163941/72‑1 (MQ=255) cgtcTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGGTTTctctt > 2:6209521/1‑71 (MQ=255) gtcTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGTTTTCTCTAc < 2:8453086/72‑1 (MQ=255) gtcTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGGTTTCTCTAc > 2:6447250/1‑72 (MQ=255) tGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGTTTTCTCTAC‑ttt < 1:6897762/72‑1 (MQ=255) tGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGTTTTCTCTAC‑ttt < 2:8615358/72‑1 (MQ=255) tGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGTTTTCTCTAC‑ttt < 2:9039698/72‑1 (MQ=255) ggCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGGTTTCTCTAC‑TTTa > 2:4077635/1‑72 (MQ=255) gaaaaTAGCGCCTTGTTTNATTATTTGCTTACCCCCTTTCG‑TCTAGGGG‑GGGG‑GGGGTTTTCTCTAC‑TTTaa < 1:3560858/70‑1 (MQ=255) gaaaaTAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAACCCCTTTCG‑TCTAGGGG‑GGGG‑GGGGTTTTCTCTAC‑TTTaa < 1:8260614/70‑1 (MQ=255) gCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGGTTTTTTTTC‑tttta > 1:1562339/1‑70 (MQ=255) cAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGTTTTTTCTTC‑TTTaaa > 2:347127/1‑72 (MQ=255) aaaTAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGTTTTTTCTAC‑TTTTAAc > 1:1439146/1‑72 (MQ=255) aaaTAGCGCCCTCCGTAATTAATTGCTTAACCCCTTTCG‑TCTATGGCGGGGN‑GGGGGTTTTTCTCC‑TTTaat > 1:3499874/1‑71 (MQ=255) aTAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGGTTTTTCTTC‑TTTTAAccg > 1:5935375/1‑70 (MQ=255) tAGCGCCGTGTGTAATTAATTGCTTACCCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGa < 2:6716132/72‑1 (MQ=255) aGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGG‑GGGGGTTTTTTTACTTTTAAACgat > 2:5916693/1‑70 (MQ=255) aGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGG‑GGGGGTTTTTCTAA‑TTTTAACgggt > 1:2494588/1‑70 (MQ=255) aGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGAt < 1:8658979/72‑1 (MQ=255) aGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGGTTTCTCTAC‑TTTAAAAgggt > 1:3781847/1‑70 (MQ=255) aGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGCTTTTTTTAT‑TTTAAACGGAt > 1:4294468/1‑72 (MQ=255) gcgcCTTGCGTAATTAATTGCTTAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GTGA‑GGGGTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATc < 1:389536/72‑1 (MQ=255) gcgcCCTGCGTAATTAATTGCTTACCCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATc < 2:6308538/72‑1 (MQ=255) cgcCTTGCGTAATTAATTGCTTAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCa < 2:6765969/72‑1 (MQ=255) gcCCTGCGTAATTAATTGCTTAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCaa > 1:1835685/1‑72 (MQ=255) gcCCTGCGTAATTAATTGCTTAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGGTTTCTCTAC‑TTTAAACGGAttac > 2:1726476/1‑69 (MQ=255) gcCCTGATTAATTATTTGCTTACCCCCTTTGT‑TCTTGGGG‑GGGG‑GGGGTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCaa < 1:6201500/72‑1 (MQ=255) ccccTGTGTATTTATTTTCTTACCCCCTTTCG‑TCTGGGGG‑GGGG‑GGGGTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCaa < 1:2828932/71‑1 (MQ=255) ccatGCGTATTTATTTGCTTACCCCCTTTCG‑TCTAGGGC‑GGGG‑GGGGTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCAAt < 1:4972266/69‑1 (MQ=255) ccTGCGTAATTAATGGCTTAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCAAtt < 1:4522859/72‑1 (MQ=255) tgtgTAATGATTTGCTAACCCCTTTTCG‑TCGAGGGG‑GGGG‑GGGGTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCAATTcc < 2:3085993/69‑1 (MQ=255) tGCGTAATTAATTGCTTAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGAGGGGGTTTTTTTTCT‑TTTAAAGGGACAAATTc > 2:5192294/1‑72 (MQ=255) tGCGTAATTAATTGCTTAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGGTTTTTCTTCTTTTAAAAGAATCATTTc > 2:4144063/1‑72 (MQ=255) tGCGTAATTAATTGCTTAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGGTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCCAtttc > 1:7681994/1‑70 (MQ=255) gCGTAATTAATTGCTTAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCAATTtcc > 1:2229306/1‑72 (MQ=255) gCGTAATTAATTGCTTAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGGTTTTTCTAC‑TTTTAACGGATCAATTtcc > 1:6162423/1‑72 (MQ=255) gCGTAATTAATTGCTTAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGGTTTTTCTAC‑TTTTAACGGATCAATTccc > 1:7835504/1‑72 (MQ=255) gCGTAATTAATCGCTTAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCAATTccc < 2:6103346/72‑1 (MQ=255) tgTAATTAATTGCTTAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGG‑GGGGGTTTTTTTTC‑TTTTAAAGGGTCAAATtccc > 2:1212428/2‑72 (MQ=255) gTAATTAATTGCTTAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCAATTCCCCt < 1:2800248/72‑1 (MQ=255) taattaatTGCTTAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGGTTTTTTTAC‑TTTTAAAGGATCAATTtcccct > 2:8161249/1‑70 (MQ=255) taattaatTGCTTAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGGTTTTTCTAC‑TTTTAACGGATCAATTCCCCtt > 2:4936893/1‑72 (MQ=255) aattatttGCTACCCCCCTTGCG‑TCGGGGGG‑GGGG‑GGGGTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCAATTCCCCttt < 1:8478621/72‑1 (MQ=255) tttaattGC‑TAACCCCTTTTGTTTTGGGGC‑GGGG‑GGGGTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCAATTCCCCtttt < 2:2705387/71‑1 (MQ=255) ttaattGCTTAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGGTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTc > 1:7097237/1‑72 (MQ=255) taattGCTTAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGTTTTTTTTAT‑TTTAAAAGGCTCAATTCCCCtttttt > 1:7112886/1‑70 (MQ=255) taattGCTTAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGTTTTCTCTTC‑TTTAAAAGGGTCAATTCCCCTTTTCt > 1:6063341/1‑72 (MQ=255) taattGCTTAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGGTTTTTCTAC‑TTTAAACGGATCAATTCCCCcttttt > 2:2670231/1‑70 (MQ=255) aattGCTTAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTg > 1:9117762/1‑72 (MQ=255) attGCTTAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGc > 1:6997903/1‑72 (MQ=255) tgtttACCCCGTTGCG‑TCGAGGGG‑GGGG‑GGGGTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCA‑t < 2:5595036/69‑1 (MQ=255) gCTTACCCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCA‑Tc < 1:8578130/72‑1 (MQ=255) gCTTAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCA‑Tc < 1:7250314/72‑1 (MQ=255) cTTACCCCTTTTCG‑TTTATGGG‑GGGA‑GGGGTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCA‑Tcc < 2:4393762/72‑1 (MQ=255) cTTACCCCCTTTCG‑TGTTGGGG‑GGGG‑GGGGTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCA‑Tcc < 2:7871745/72‑1 (MQ=255) cTTAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGGTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCAAATCCCCTTTTTTGCA‑tac > 1:8390333/1‑70 (MQ=255) ttAACCCCTTTCGTTCGGGGGG‑GGGG‑GGGTTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCA‑Tcc < 2:7984472/72‑1 (MQ=255) ttAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGG‑GGGGTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCA‑TCCg < 2:1792952/72‑1 (MQ=255) ttAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGGTTTTTCTAC‑TTTAAACGGATGAATTCTCCTTTTCTGCC‑TCCg > 2:5912660/1‑72 (MQ=255) ttAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGGTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCA‑TCCg > 1:4792027/1‑72 (MQ=255) aaCCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGGTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTTCA‑TCCGcc > 1:7199850/1‑72 (MQ=255) ccccTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCA‑TCCGCCAg > 1:4944329/1‑72 (MQ=255) ccccTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGGTTTTTCTAC‑TTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTTCA‑TCCGCCAg > 2:333506/1‑72 (MQ=255) ccttttCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGTTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCA‑TCCGCCAGa < 2:3781173/69‑1 (MQ=255) cTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCA‑TCCGCCAGaaa < 1:8558553/72‑1 (MQ=255) ttCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCA‑TCCGCCAGAAACg > 1:7367874/1‑72 (MQ=255) g‑TCTATGGC‑GGGG‑GGGGGTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCA‑TCCCCCCGAAAAGgat > 2:2467539/1‑72 (MQ=255) g‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGGTTTTTCTAC‑TTTTAAAGGGTCAACTCCCCCTTTTTGCACTCCCCCACAAACggg > 2:2067558/1‑71 (MQ=255) g‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGGTTTCTCTAC‑TTTAACAGGATCAATTCCCCTTTTCTGCA‑TCCGCCCGAAACGgaa > 2:7207691/1‑71 (MQ=255) gcgggC‑GGGG‑GGGGTTTTCTCTNC‑TTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCA‑TCCGCCAGAAACGgatgat < 1:4058469/69‑1 (MQ=255) tGGC‑GGGG‑GGGGTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCA‑TCCGCCAGAAACGGATGatat < 1:7387693/72‑1 (MQ=255) ggC‑GGGT‑GGGGTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCA‑TGCGCCAGAAACGGATGATAtt < 2:1988492/72‑1 (MQ=255) ggC‑GGGA‑GGGGTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCA‑TCCGCCAGAAACGGATGATAtt > 1:5057184/1‑72 (MQ=255) gC‑GGGA‑GGGGTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCA‑TCCGCCAGAAACGGATGATATTc > 1:2311867/1‑72 (MQ=255) gC‑GGGA‑GGGGTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCA‑TCCGCCAGAAACGGATGATATTc > 1:4733295/1‑72 (MQ=255) gC‑GGGA‑GGGGTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCA‑TCCGCCAGAAACGGATGATATTc > 1:5367414/1‑72 (MQ=255) gggggg‑ggggTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCA‑TCCGCCAGAAACGGATGATATTc < 1:2076183/70‑1 (MQ=255) c‑GGGG‑GGGGTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCA‑TCCGCCAGAAACGGATGATATTCa < 1:273854/72‑1 (MQ=255) gggA‑GGGGTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGNA‑TGCGCCAGAAACGGATGATNTTCAg > 2:1004181/1‑72 (MQ=255) gggA‑GGGGTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCA‑TCCGCCAGAAACGGATGATATTCAg < 1:385545/72‑1 (MQ=255) gggA‑GGGGTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCA‑TCCGCCAGAAACGGATGATATTCAg > 2:2175783/1‑72 (MQ=255) gggA‑GGGGTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCA‑TCCGCCAGAAACGGATGATATTCAg > 1:8119100/1‑72 (MQ=255) gA‑GGGGTTTTCTCTGC‑TTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCA‑TCCGCCAGAAACGGATGATATTCAGGc < 2:7506985/72‑1 (MQ=255) gA‑GGGGTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCC‑TCCGCCAGAAACGGGTGCTATTTAGGc > 1:1063283/1‑72 (MQ=255) gA‑GGGGTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCA‑TCCGCCAGAAACGGATGATATTCAGGc > 1:1986277/1‑72 (MQ=255) gA‑GGGGTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCA‑TCCGCCAGAAACGGATGACATTCAggg > 2:5650629/1‑71 (MQ=255) ggggTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCA‑TCCGCCAGAAACGGATGATATTCAGGCCa < 1:6497493/72‑1 (MQ=255) ggggTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCA‑TCCGCCAGAAACGGATGATATTCAGGCCa > 2:3488033/1‑72 (MQ=255) gggTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATGAATTCCCCTTTTCTGCA‑TCCGCCAGAAACGGATGATATTCAGGCCAt > 2:5686811/1‑72 (MQ=255) ggTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCA‑TCCGCCAGAAACGGATGATATTCAGGGCAtt > 1:1128138/1‑72 (MQ=255) ggTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCA‑TCCGCCAGAAACGGATGATATTCAGGCCAtt > 2:5869562/1‑72 (MQ=255) tttttCTCTAC‑TTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCA‑TCCGCCAGAAACGGATGATATTCAGGCCATTc < 1:5637063/71‑1 (MQ=255) ttttttCTAC‑TTTAAACGGATAAATCCCCCTTTTCTGCA‑TCCGCCAGATACGGATGATATTCAGGCCATTCa < 1:5370788/72‑1 (MQ=255) | AAGACGGTCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAACCCCTTTCG‑TCTATGGC‑GGGA‑GGGGTTTTCTCTAC‑TTTAAACGGATCAATTCCCCTTTTCTGCA‑TCCGCCAGAAACGGATGATATTCAGGCCATTCA > NC_012967/3174185‑3174327 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |