| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_012967 | 3,268,991 | 0 | T | G | 20.7% | 492.9 / 15.8 | 193 | G16G (GGT→GGG) | ispB | octaprenyl diphosphate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (52/101); new base G (40/0); total (92/101) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.52e-16 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
GGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGT > NC_012967/3268920‑3269062 | ggggCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGgt < 2:5291063/72‑1 (MQ=255) gCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGtt < 1:6190348/72‑1 (MQ=255) aaaGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATg < 1:1494667/72‑1 (MQ=255) ggggCTTTGGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACGGCGCAANATATGGCGGGTGTTAATGCGGCa < 1:5899285/70‑1 (MQ=255) ccGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCa < 2:7475471/72‑1 (MQ=255) cTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATcc < 2:142539/72‑1 (MQ=255) ttttGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATAAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCt < 2:466220/72‑1 (MQ=255) tttGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCtt < 1:3829568/72‑1 (MQ=255) ttGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTg < 2:7102348/72‑1 (MQ=255) ttGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTg < 2:6951018/72‑1 (MQ=255) ttGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGGGTTTATGGGGGAATCCTTg > 2:7336819/1‑72 (MQ=255) ttGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGGGGTAATGCGGCAATCCTTg > 2:8820519/1‑72 (MQ=255) tGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGa < 1:7124528/72‑1 (MQ=255) tGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGGGTTAATGCGGGAATTCtcgt > 2:6445611/1‑69 (MQ=255) cGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGTGGGAATCCTTGtgc > 2:1840582/1‑72 (MQ=255) ntGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGagcag < 2:3430901/71‑1 (MQ=255) aTGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGGGTTAATGCGGGAATCCCTGagcag > 1:1151304/1‑72 (MQ=255) aTGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGGGTTAATGCGGCAATACTTCtgcag > 2:4981381/1‑72 (MQ=255) tGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGGGTTAATGCGGCACACCTTGagcagc > 2:1883460/1‑72 (MQ=255) aaTTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCtt < 1:9080278/72‑1 (MQ=255) aaTTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCtt < 1:8987025/72‑1 (MQ=255) aaTTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGGGTTAATGCGGCCAACCTTGAGCAGCtt > 2:4488613/1‑72 (MQ=255) aaTTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGGGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCtt > 1:8931265/1‑72 (MQ=255) aTTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTa < 2:5553623/72‑1 (MQ=255) ttAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAAt < 1:6834578/72‑1 (MQ=255) ttAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGGGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAAt > 2:9111040/1‑72 (MQ=255) aaaaaaaaTCCATGAATTAAGCGCCGAAAATTAGGGCGGTGTTAAAGGCGCCATCCTTGAGCAGCTTAATTc < 2:5861379/70‑1 (MQ=255) gAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTcc > 1:5314756/1‑72 (MQ=255) gAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTcc < 2:8256353/72‑1 (MQ=255) gAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTcc > 1:6311204/1‑72 (MQ=255) aaaaaaTCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCg < 1:103268/72‑1 (MQ=255) aaaaaaTCAATGAGTGAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCg < 1:1993711/72‑1 (MQ=255) aaaaaTCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGa < 1:4121878/72‑1 (MQ=255) aaaaaTCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGa < 2:7967001/72‑1 (MQ=255) aaaaTCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGAc < 2:6100833/72‑1 (MQ=255) aaaTCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGGAAACCCTGAGCAGCTTAATTCCGACg > 1:2141113/1‑72 (MQ=255) aaaTCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACg < 2:7407297/72‑1 (MQ=255) aaaTCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGGGTTAAGGCGGCCATCCTTTAGCCGCTTAATTCCGACg > 1:294899/1‑72 (MQ=255) tCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTcc < 2:2608370/72‑1 (MQ=255) tCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTcc < 1:5471518/72‑1 (MQ=255) tCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGGGTTTATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTcc > 1:2999019/1‑72 (MQ=255) tCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGGGGTAATTCGGCAATCCCTGAGCAGCTTAATTCCGACGAcc > 2:6396567/1‑72 (MQ=255) cAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGGGTTAATGCGGCCATACTTTAGCAGCTTAAATCCCACCTccc > 2:8575155/1‑71 (MQ=255) cAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGGGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCa > 1:4582131/1‑72 (MQ=255) aaTGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGGGTTTATGGGGGAATCCTTGAGCAGCTTCATTTCGACGGCCaa > 2:1331797/1‑72 (MQ=255) tGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACt < 1:6414471/72‑1 (MQ=255) tGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGGGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCAAACt > 2:7202944/1‑72 (MQ=255) gAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTg < 1:8580741/72‑1 (MQ=255) gAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTg < 1:2300546/72‑1 (MQ=255) gAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGGGTTAATGGGGGAAACCTTGAGAAGCTTAATTTCCACCTCCCAccg > 1:4496428/1‑70 (MQ=255) gAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGGGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTg > 1:9128443/1‑72 (MQ=255) aGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGa > 1:6759075/1‑72 (MQ=255) aGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGGGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTCACTCCGACGTCCAACTGa > 2:7869464/1‑72 (MQ=255) gTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCCATCCTTGAGCAGCTTAATTACGACGTCCAACTGat > 2:5467864/1‑72 (MQ=255) gTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCTACGTCCAACTGat < 2:681905/72‑1 (MQ=255) tAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTTAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGatca > 1:4798762/1‑72 (MQ=255) tAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGatca < 1:7261163/72‑1 (MQ=255) aaCCGCGCAAGATATGGCGGGGGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAAATGatcaa > 1:7558414/1‑72 (MQ=255) aCCGCGTAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGatcaat > 1:7963781/1‑72 (MQ=255) aCCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGatcaat < 1:4149941/72‑1 (MQ=255) ccGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGatcaatc < 2:5949056/72‑1 (MQ=255) cgcgCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGatcaatca < 1:6570536/72‑1 (MQ=255) gcgcAAGATATGGCGGGTGTTAGTGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAg < 1:4076664/72‑1 (MQ=255) gcgcAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAg < 2:2814246/72‑1 (MQ=255) gcAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGtt < 2:661225/72‑1 (MQ=255) gcAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGtt < 1:1426388/72‑1 (MQ=255) cAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTa < 2:4184339/72‑1 (MQ=255) cAAGATATGGCGGGGGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCCTAATTCCGACGTCCCACTGATCAATCAATTa > 2:2147652/1‑72 (MQ=255) aGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAgg < 2:2047408/72‑1 (MQ=255) aGATATGGCGGGGGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAAACAAGTAgg > 2:7673484/1‑72 (MQ=255) gATATGGCGGGGGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCCACTGATCAATCAGTTAGGc > 1:3108941/1‑72 (MQ=255) atatGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAANTGATCAATCAGTTAGGCt > 1:3556163/1‑72 (MQ=255) atatGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCt < 2:5215150/72‑1 (MQ=255) atatGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCt < 1:5593366/72‑1 (MQ=255) atatGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCt > 1:345184/1‑72 (MQ=255) atatGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCt > 2:6903401/1‑72 (MQ=255) tatGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTa > 1:4717467/1‑72 (MQ=255) atGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTAt < 2:5108601/72‑1 (MQ=255) atGGCGGGGGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTAt > 1:5821185/1‑72 (MQ=255) tGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTAtt < 1:8819481/72‑1 (MQ=255) tGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTAtt > 1:2750103/1‑72 (MQ=255) tGGCGGGTGTTAATGCGGAAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTAtt < 1:3086608/72‑1 (MQ=255) ggCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTa < 1:1771967/72‑1 (MQ=255) ggCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTa > 2:3215485/1‑72 (MQ=255) ggCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTa > 2:6169287/1‑72 (MQ=255) gCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTAc < 2:3308732/72‑1 (MQ=255) gCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTAc < 1:7368006/72‑1 (MQ=255) gCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACATCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTAc > 2:435842/1‑72 (MQ=255) cGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACa > 2:6721459/1‑72 (MQ=255) cGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACa > 1:4858843/1‑72 (MQ=255) gggTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACAt > 2:7751820/1‑72 (MQ=255) gggTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACAt > 1:8350413/1‑72 (MQ=255) gggTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACAt > 1:5411768/1‑72 (MQ=255) gggTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACAt > 1:2612541/1‑72 (MQ=255) ggTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATc > 1:3733651/1‑72 (MQ=255) ggTGTNAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATc < 2:401813/72‑1 (MQ=255) tgtTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTTATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGt < 2:2723797/72‑1 (MQ=255) tgtTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGt < 1:1848148/72‑1 (MQ=255) tgtTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGt < 2:3761630/72‑1 (MQ=255) tgtTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGt < 2:869231/72‑1 (MQ=255) | GGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGT > NC_012967/3268920‑3269062 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |