| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_012967 | 375,729 | 0 | T | C | 45.5% | 94.4 / 80.3 | 126 | L219P (CTG→CCG) | aroM | AroM family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/42); new base C (56/0); total (84/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.18e-15 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.47e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 174 total aligned reads displayed.
ACGTCATCGCGATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGC‑GCCTCTGGCCCCTATAGTGAAGTAGATGTTC > NC_012967/375658‑375800 | aCGTCATCGCGATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACggct < 2:3658494/72‑1 (MQ=255)aCGTCATCGCGATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACggct < 2:1418714/72‑1 (MQ=255)aCGTCATCGCGATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACggct < 1:634313/72‑1 (MQ=255) cGTCATCGCGATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACggctg > 2:2838875/1‑72 (MQ=255) gTCATCGCGATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACggctgg > 1:6507060/1‑72 (MQ=255) gTCATCGCGATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACggatgg > 2:3832531/1‑72 (MQ=255) tCATCGCGATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCAcggccggc > 1:673648/1‑72 (MQ=255) cATCGCGATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTNTTGATTGCACggccggct > 1:3374476/1‑72 (MQ=255) cATCGCGATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACggctggct < 1:3080024/72‑1 (MQ=255) cATCGCGATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACggctggct < 2:7774280/72‑1 (MQ=255) cATCGCGATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACggctggct < 2:1113969/72‑1 (MQ=255) cATCGCGATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTACTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACggccggct > 2:1553715/1‑72 (MQ=255) aTCGCGATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGgctggctg < 2:7936948/72‑1 (MQ=255) aTCGCGATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGgctggctg < 1:2995839/72‑1 (MQ=255) tCGCGATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCGGGCTGc > 1:4719634/1‑72 (MQ=255) tCGCGATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGc > 2:455642/1‑72 (MQ=255) cgcgATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCg < 1:3626347/72‑1 (MQ=255) cgcgATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCCGcc > 2:3456698/1‑71 (MQ=255) gcgATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCgg > 1:1795348/1‑72 (MQ=255) gcgATTTACTGCAAAAACAGCTCAATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACAGCTGGCTGCgg < 1:6971914/72‑1 (MQ=255) cgATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACTGCTGGCTGCGGa > 1:556463/1‑72 (MQ=255) cgATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCggg > 2:6060034/1‑71 (MQ=255) cgATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGa > 2:4307992/1‑72 (MQ=255) gATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTATAACGTATTGATTGCAGTGCTGGGTGGGGaa > 2:2407787/1‑72 (MQ=255) aTTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAAt < 2:7028070/72‑1 (MQ=255) aTTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAAt < 2:8629285/72‑1 (MQ=255) aTTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAAt > 1:5663981/1‑72 (MQ=255) aTTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAAt < 1:1305168/72‑1 (MQ=255) tttACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAAtt < 1:1890613/72‑1 (MQ=255) ttACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGAATTa > 1:8680469/1‑72 (MQ=255) tACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTAc < 1:104686/72‑1 (MQ=255) aCTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACt < 2:1512818/72‑1 (MQ=255) aCTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGAATTACt > 1:6183423/1‑72 (MQ=255) aCTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGAATTACt > 2:8194195/1‑72 (MQ=255) cTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCATGGCTGGCTGCGGAATTACTg < 2:7127374/72‑1 (MQ=255) cTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTg < 1:3090227/72‑1 (MQ=255) tGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTgg < 1:8422591/72‑1 (MQ=255) tGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCAGGCTGCGGGATTACTgg > 1:3491791/1‑72 (MQ=255) gCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGgt < 1:1387229/72‑1 (MQ=255) gCAAAAACAGCTCGATCTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGAATTACTGgt > 1:2582081/1‑72 (MQ=255) aaaaaCAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTAATGgtgt > 1:2790774/1‑72 (MQ=255) aaaaaCAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCGCGCTGCGGAGTTCCTGgtgt > 1:4285146/1‑72 (MQ=255) aaaCAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGGTGTaa < 1:5986703/72‑1 (MQ=255) aaaCAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGGATTACTGGGGTaa > 2:5142587/1‑72 (MQ=255) aaaCAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGAATTACTCGTGTaa > 2:1963154/1‑72 (MQ=255) aaCAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGAATTAATGGTTTAAt > 2:5330977/1‑72 (MQ=255) aCAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGGTGTAAtt > 1:6822963/1‑72 (MQ=255) cAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGGTGTAAttt < 1:1436717/72‑1 (MQ=255) aGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGACTTACTGGGGTTAtttt > 2:3493871/1‑72 (MQ=255) aGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGGTGTAAtttt < 2:4385256/72‑1 (MQ=255) gCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTg > 1:6967203/1‑72 (MQ=255) cTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGc > 2:8752303/1‑72 (MQ=255) tCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCg > 1:1678367/1‑72 (MQ=255) cGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGt < 2:6107206/72‑1 (MQ=255) cGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGGATTACTGGTGTAATTTTTCGt > 1:591617/1‑72 (MQ=255) cGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGGATTACTGGTGTAATTTTGCGt > 1:5488536/1‑72 (MQ=255) cGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGt > 1:6541786/1‑72 (MQ=255) gATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGGGGGATTTCTTGTTTAATTTTTCGtt > 1:3302270/1‑71 (MQ=255) gATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTg > 1:232895/1‑72 (MQ=255) aTGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGa < 2:2995441/72‑1 (MQ=255) tGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGAc < 2:6992918/72‑1 (MQ=255) tGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGAc > 2:7230427/1‑72 (MQ=255) tGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGAc < 1:6589571/72‑1 (MQ=255) tGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGAc > 1:2141727/1‑72 (MQ=255) gTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGAca < 2:640619/72‑1 (MQ=255) ttCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGAcag < 1:1113606/72‑1 (MQ=255) tCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGAcagc < 1:5797985/72‑1 (MQ=255) tCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGAcagc > 1:4814724/1‑72 (MQ=255) tCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGAATTACTGGNGTAATTTTTCGTGAcagc > 1:3415251/1‑72 (MQ=255) ccTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGAcagcc < 1:6248209/72‑1 (MQ=255) ccTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGAcagcc > 2:4620049/1‑72 (MQ=255) ccTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGAcagcc > 2:7676033/1‑72 (MQ=255) ccTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGAcagcc > 1:8207490/1‑72 (MQ=255) cTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGAcagcca > 2:4758812/1‑72 (MQ=255) tGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGAcagccag > 1:7191305/1‑72 (MQ=255) gTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGTGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGAcagccagc < 1:4878408/72‑1 (MQ=255) ttGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGGATTACTGGTGTAATTTTGCGTGGCAGCCNGC‑Gcc > 2:3372096/1‑72 (MQ=255) ttGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCCGCCGGATTACTGGCGTAATTTTGCCTGACCGCCCGC‑Gcc > 1:1870014/1‑72 (MQ=255) gCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGC‑GCctc < 2:8500149/72‑1 (MQ=255) tGTCTAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGGATTACTGGTGTAATTTTTCGTGACAGCCAGC‑GGCTCTg > 2:5216925/1‑72 (MQ=255) cTAACGTATTGATTGCACGGCAGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGC‑GCCTCCGGcc > 2:1240428/1‑72 (MQ=255) tAACGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGC‑GCCTCTGGccc > 2:2216569/1‑72 (MQ=255) aaCGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGC‑GCCTCTGGcccc > 1:244879/1‑72 (MQ=255) aaCGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGC‑GGCTCTGGcccc > 1:5037284/1‑72 (MQ=255) cGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGGATTACTGGGGTAATTTTGCCTGGCAGCCAGC‑GCCTCTCGcgccgc > 2:3274413/1‑70 (MQ=255) cGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGGAATTCTGGGGTAATTTTGCGTGAAAACCAGCGGCCCCTGGccccc > 2:1083584/1‑71 (MQ=255) cGTATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGC‑GCCCCTGTCCCCtg > 2:6345736/1‑71 (MQ=255) tATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGC‑GCCTCTGGCCCCtata > 2:2262106/1‑72 (MQ=255) tATTGATTGCACGGCCGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGC‑GCCTCTGGCCCCtata > 1:4050089/1‑72 (MQ=255) attgattgCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGC‑GCCTCTGGCCCCTCTAg > 2:8433017/1‑72 (MQ=255) attgattgCACGGCCGGCTGCGGGAATACTGGTGTAATTTTGCGTGGCAGCCAGC‑GCCCCTGGCCCCcatat > 1:526852/1‑71 (MQ=255) tggattgCAGGCGTGGCGGCGGAATTATTGGTGTATTTTTGGGTGACGGCCAGC‑GCCTCTGGCCCCTATAGt < 2:2276931/70‑1 (MQ=255) tgattgCACGGCCGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGC‑GCCTCTGGCCCCTATAGTg > 2:6717390/1‑72 (MQ=255) gattgCACGGCCGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGC‑GCCTCTGGCCCCTATAGTGa > 2:5739830/1‑72 (MQ=255) tgCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGC‑GCCTCTGGCCCCTATAGTGAAGt < 1:6645184/72‑1 (MQ=255) tgCACGGCCGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCTTGACAGCCAGC‑GCCTCTGGCCCCTATAGTGAAGt > 1:4436538/1‑72 (MQ=255) gCACGGCCGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGC‑GCCTCTGGCCCCTATAGTGAAGTa > 1:8427343/1‑72 (MQ=255) cACGGCCGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGAACGCCAGC‑GCCTCTGGCCCCTATAGTGAAGTAg > 2:6598209/1‑72 (MQ=255) tggctgCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGC‑GCCTCTGGCCCCTATAGTGAAGTAGATGTTc > 2:1701650/1‑72 (MQ=255) tggctgCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGC‑GCCTCTGGCCCCTATAGTGAAGTAGATGTTc > 1:6348605/1‑72 (MQ=255) | ACGTCATCGCGATTTACTGCAAAAACAGCTCGATGTTCCTGTCTTGCTGTCTAACGTATTGATTGCACGGCTGGCTGCGGAATTACTGGTGTAATTTTGCGTGACAGCCAGC‑GCCTCTGGCCCCTATAGTGAAGTAGATGTTC > NC_012967/375658‑375800 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |