| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_012967 | 3,174,256 | 0 | T | G | 28.3% | 249.7 / 41.4 | 159 | T175P (ACC→CCC) | ygjV | YgjV family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (39/75); new base G (45/0); total (84/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.50e-16 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 222 total aligned reads displayed.
AAGACGGTCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAACCCC‑TTTCGTCTATGGCGGGAGGGGTTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGATATTCAGGCCATTCA > NC_012967/3174185‑3174327 | aagaCGGTCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAACCCC‑TTTCGTCTATGGCGGGAGGGGt < 2:6073021/72‑1 (MQ=255) agaCGGTCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAACCCC‑TTTCGTCTATGGCGGGAGGGGtt < 2:7501921/72‑1 (MQ=255) gaCGGTCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAACCCC‑TTTCGTCTATGGCGGGGGGGGgtt > 2:7534196/1‑72 (MQ=255) aCGGTCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAACCCC‑TTTCGTCTATGGCGGGAGGGGtttt < 1:1377133/72‑1 (MQ=255) aCGGTCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAACCCC‑TTTCGTCTATGGCGGGAGGGGtttt < 2:2912560/72‑1 (MQ=255) aCGGTCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAACCCC‑TTTCGTCTATGGCGGGAGGGGgttt > 2:3465098/1‑72 (MQ=255) cGGTCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAACCCC‑TTTCGTCTATGGCTGGAGGGGTTTtc < 2:5076106/72‑1 (MQ=255) ggTCGTCTGGCAAATAGCGCCGTGCGTATTTAATTGCTTACCCCT‑TTTCGTCTATGGGGGGGGGGGTTTtct < 2:1070007/72‑1 (MQ=255) gtcgtcTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAACCCC‑TTTCGTCTATGGCGGGGGGGGTTTtctt > 2:1796473/1‑71 (MQ=255) cgtcAGGCAAATCGCGCCCTGCTTAATTAATTGCTTACCCCC‑TTTCGTCTATGGCGGGAGGGGTTTTCTCTa < 2:5707401/72‑1 (MQ=255) gtcTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAACCCC‑TTTCGTCTATGGCGGGAGGGGTTTTCTCTAc > 2:8463724/1‑72 (MQ=255) tcTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAACCCC‑TTTCGTCTATGGCGGGAGGGGTTTTCTCTACt < 2:7974019/72‑1 (MQ=255) tcTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAACCCC‑TTTCGTCTATGGCGGGAGAGGTTTTCTCTACt > 1:400769/1‑72 (MQ=255) tGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAACCCC‑TTTCGTCTATGGCGGGGGGGGGTTTTTTTTCttt > 1:5247660/1‑72 (MQ=255) ggaaaaTAGCGCCCTGCTTAATTAATTGCTTACCCCC‑TTTCGTCTAGGGCGGGAGGGGTTTTCTCTACTTTa < 1:2504646/69‑1 (MQ=255) gCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAACCCC‑TTTCGTCTATGGCGGGGGGGGTTTTCTCTACTTTaa < 2:6725664/72‑1 (MQ=255) cAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAACCCC‑TTTCGTCTATGGCGGGAGGGGGTTTCTCTACTTTaaa > 2:8385550/1‑72 (MQ=255) aaTCGCGCCCTGTGTAATTAATTTCTTACCCCC‑TTTCGTGTGGGGCGGGGGGGGTTTTCTCTACTTTAAACg < 2:5139875/72‑1 (MQ=255) aaTCGCGCCCTGCTTAATTAATTGCTTACCCCC‑TTTCGGCTATGGGGGGGGGGGTTTTCTCTACTTTAAACg < 2:8051103/72‑1 (MQ=255) aaTAGCGCCCTGCGTAATTATTTTCTTACCCCC‑TTTCGTCTGGGGGGGGGGGGGTTTTCTCTACTTTAAACg < 1:5167681/72‑1 (MQ=255) aaTAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAACCCC‑TTTCGTCTATGGCGGGAGGGGGTTTCTCTACTTTTAACg > 1:7959832/1‑72 (MQ=255) aGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAACCCC‑TTTCGTCTAGGGCGGGGGGGGTTTTCTCTACTTTAAACGGAt < 1:6769016/72‑1 (MQ=255) gcCCTGCGTAATTAATTGCTTAACCCC‑TTTCGTCTATGGCGGGGGGGGTTTTCTCTACTTTAAACGGGTC‑aa > 1:8379032/1‑72 (MQ=255) gcCCTGCGTAATTAATTGCTTAACCCC‑TTTCGTCTATGGCGGGAGGGGGTTTTTCTACTTTTAAAGGGTC‑aa > 1:7510670/1‑72 (MQ=255) cccTGCGTAATTAATTGCTTAACCCC‑TTTCGTCTATGGCGGGAGGGGTTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AAt < 1:6702032/72‑1 (MQ=255) ccTGCGTAATTAATTGCTTAACCCC‑TTTCGTCTATGGCGGGAGGGGGTTTCTCTAATTTTAAACGATC‑AAtt > 1:7212257/1‑72 (MQ=255) cTGCGTAATTAATTGCTTAACCCC‑TTTCGTCTATGGCGGGGGGGGGTTTTTTTTCTTTTAAAGGGTC‑AATTc > 2:4022093/1‑72 (MQ=255) cTGCGTAATTAATTGCTTAACCCC‑TTTCGTCTATGGCGGGAGGGGGTTTTTCTACTTTAAAACGATC‑CATTc > 2:6967026/1‑72 (MQ=255) cTGCGTAATTAATTGCTTAACCCC‑TTTCGTCTATGGCGGGAGGGGGTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTc > 1:8423002/1‑72 (MQ=255) gCGTAATTAATTGCTTAACCCC‑TTTCGTCTATGGCGGGAGGGGGTTTCTCTACTTTTAAAGGACA‑CATTccc > 2:2522107/1‑72 (MQ=255) gCGTAATTAATTCCTTACCCCC‑TTTCGTCTATGGCGGGAGGGGTTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTccc < 1:4476782/72‑1 (MQ=255) cGTAATTAATTGCTTAACCCC‑TTTCGTCTATGGCGGGAGGGGTTTTCTCTACTTTAAACTGATC‑AATTcccc < 2:5892043/72‑1 (MQ=255) gTAATTAATTGCTTAACCCC‑TTTCGTCTATGGCTGGAGGGGTTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCt < 2:4423460/72‑1 (MQ=255) gTAATTAATTGCTTAACCCC‑TTTCGTCTATGGCGGGAGGGGTTTTCTCTACTTTAAACGGATT‑AATTCCCCt < 1:381519/72‑1 (MQ=255) taattaatTGCTTAACCCC‑TTTCGTCTATGGCGGGAGGGGTTTTTTCTCCTTTTAACGGAGC‑AATTCCCCtt > 1:3549329/1‑72 (MQ=255) taattaatTGCTTAACCAC‑TTTCGGCTATGGCGGGAGGGGTTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCtt < 1:2236669/72‑1 (MQ=255) aattaattGCTTAACCCC‑TTTCGTCTATGGCGGGAGTGGTTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCttt < 2:7867338/72‑1 (MQ=255) atttatttCCTAACCCCTTTTCGTTTTGGGCGGGGGGGGTTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCttt < 1:1566356/72‑1 (MQ=255) attaattGCTTNACCCC‑TTTCGTCTATGGCGGGAGGGGGTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCttnt > 1:859056/1‑72 (MQ=255) attaattGCTTACCCCC‑TTTCGTCTATGGCGGGAGGGGTTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCtttt < 2:8267407/72‑1 (MQ=255) attaattGCTTAACCCC‑TTTCGTCTATGGCGGGAGGGGTTTTCTCTACTTTAAACGGATA‑AATTCCCCtttt > 1:3356111/1‑72 (MQ=255) attaattGCTTAACCCC‑TTTCGTCTATGGCGGGAGGGGGTTTTTCTCCTTTTAACGGGTCAAATTCCCCttt > 1:3113224/1‑72 (MQ=255) attaattGCTTAACCCC‑TTTCGTCTATGGCGGGAGGGGGTTTTTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCcttt > 2:8010931/1‑72 (MQ=255) attaattGCTTAACCCC‑TTTCGTCTATGGCGGGAGGGGGGTTCTTTACTTTTAACCGGAC‑CATTCCCCcttt > 1:325195/1‑72 (MQ=255) attaattGCTTAACCAC‑TNTCGTCTATGGCGGGAGGGGTTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCtttt < 1:2928073/72‑1 (MQ=255) ttaattTCTTCCCCCC‑TTTCGTCTAGGGCGGGGGGGGTTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTc < 1:4587021/72‑1 (MQ=255) ttaattGCTTAACCCC‑TTTCGTCTATGGCGGGAGGGGTTTTCTCTACTTTAAACTGATC‑AATTCCCCTTTTc < 2:6330836/72‑1 (MQ=255) tgaattGCTTAACCCC‑TTTCGTCTATGGCGGGAGGGGTTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTc < 1:6913335/70‑1 (MQ=255) taattTCTTACCCCCTTTTCGTCTAGGGCGCGAGGGGTTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTc < 2:572544/72‑1 (MQ=255) aattGCTTACCCCC‑TTGCGTCGGGGGGGGGGGGGGTTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTg < 1:7304305/72‑1 (MQ=255) aattGCTTAACCCC‑TTTCGTCTATGGCGGGAGGGGTTTTTTCTACTTTAAAAGGATC‑AATTCCCCTTTTCTg > 2:3712053/1‑72 (MQ=255) aattGCTTAACCCC‑TTTCGTCTATGGCGGGAGGGGTTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCtt > 2:4179998/1‑71 (MQ=255) aattGCTTAACCCC‑TTTCGTCTATGGCGGGAGGGGGTTTCTCTACTTTAAAAGGATT‑AATTTCCCCTTTCtn > 1:1020743/1‑71 (MQ=255) tttcTTACCCCC‑TTTCGTCTGGGGGGGGGGGGGTTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCa < 1:421689/69‑1 (MQ=255) tcacTTAACCCT‑TTTCTTGTTTGCGGGGTGGGGTTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCa < 1:1541213/69‑1 (MQ=255) gCTTACCCCC‑TTTCTTCTATGGGGGGAGGGNTTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATc < 2:537446/72‑1 (MQ=255) cTTAACCCC‑TTTCGTCTATGGCGGGGGGGGGTTTTTTTACTTTAAACGGATC‑AAATTCCCCTTTCTTCAtac > 2:4767608/1‑70 (MQ=255) cTTAACCCC‑TTTCGTCTATGGCGGGAGGGGTTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATcc > 1:7275298/1‑72 (MQ=255) cTTAACCCC‑TTTCGTCTATGGCGGGAGGGGTTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATcc < 2:3835575/72‑1 (MQ=255) ttcaCCCC‑TTTCGTCTAGGGGGGGAGGGGTTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATCCg < 2:4971475/69‑1 (MQ=255) ttAACCCC‑TTTCGTCTATGGCGGGAGGGGGTTTCTCTACTTTAAAAGGATC‑AATTCCCCCTTTCTGCCTccc > 1:5803348/1‑71 (MQ=255) aaCCCC‑TTTCGTCTATGGCGGGAGGGGGTTTTTCTACTTTTAACGGATC‑AATTCCCCCTTTCTGCCTCCGcc > 2:2047257/1‑72 (MQ=255) aaCCCC‑TTTCGTCTATGGCGGGAGGGGGTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑ACTTCCCCTTTTctccctccatc > 1:5329947/1‑69 (MQ=255) ccccc‑TTCCCTCTGGGGCGGGGGGGGTTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCa < 1:2382492/71‑1 (MQ=255) cccc‑TTTCGTCTATGGCGGGAGGGGGTTTTTCTACTTTAAAAGGATC‑AAATTCCCTCTTTTTCCTCCGcccg > 2:625831/1‑70 (MQ=255) cccc‑TTTCGTCTATGGCGGGAGGGGGTTTCTCTACTTTTAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTTCATCCGCCAg > 1:2485650/1‑72 (MQ=255) cccc‑TTTCGTCTAGGGGGGGAGGGGTTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCCGCATCCGCCAg < 1:6965651/72‑1 (MQ=255) cc‑TTTCGTCTATGGCGGGAGGGGGTTTTTCTACTTTAAAAGGGTC‑AATTTCCCTTTTCTGCATCCGCCACaa > 1:7745176/1‑72 (MQ=255) cc‑TTTCGTCTATGGCGGGAGGGGGTTTCTCTACTTTTAACGGATC‑CATTCCCCCTTTTTTGATTCGCCCGaa > 1:4959323/1‑72 (MQ=255) tttCGTCTATGGCGGGAGGGGGTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAAc > 1:6129037/1‑72 (MQ=255) cGTCTATGGCGGGGGGGGTTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGga < 1:5975816/72‑1 (MQ=255) cGTCTATGGCGGGAGGGGGTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCCGAAACggg > 1:2747539/1‑71 (MQ=255) gTCTATGGCGGGAGGGGTTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGgat > 2:7943684/1‑72 (MQ=255) gTCTATGGCGGGAGGGGGTTTTTCTTCTTTTAAAGGGTC‑AATTCCCCCTTTCTTCCTTCGCCAGAAACGgat > 2:1525677/1‑72 (MQ=255) tCTATGGCGGGAGGTGTTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGGAACGgatg > 1:1914246/1‑72 (MQ=255) tGGCGNGAGGGGGTTTCTCTACTTTAAACGGATA‑AATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGatat < 2:3356133/72‑1 (MQ=255) tGGCGGGAGGGGTTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGatat > 1:6187320/1‑72 (MQ=255) ggCGGGGGGGGGTTTTTCTACTTTTAACGGATC‑AATTCCCCTTTTTTTCATCCGCCAGAAACGGAGGATAtt > 2:1755817/1‑72 (MQ=255) ggCGGGAGGGGTTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGATAtt < 1:4147808/72‑1 (MQ=255) ggCGGGAGGGGTTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGATAtt < 2:2207314/72‑1 (MQ=255) ggCGGGAGGGGTTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGATAtt < 2:6194172/72‑1 (MQ=255) ggCGGGAGGGGGTTTCTCTACCTTAAAAGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCCTCCGCCAGAAACGGACGATAtt > 2:6432041/1‑72 (MQ=255) gggggtgggtTTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGATATTc < 2:5657093/70‑1 (MQ=255) ggggggggGTTTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGATATTc < 2:1351373/70‑1 (MQ=255) ggggggggGCTTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGATATTc < 1:5136215/70‑1 (MQ=255) gggggggggTTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGATATTCa < 1:4696484/71‑1 (MQ=255) gggggggGTTTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGATATTCa < 1:705955/71‑1 (MQ=255) cGGGAGGGGTTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGATATTCa < 2:5353713/72‑1 (MQ=255) ggggggggTTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGATATTCAg < 2:1650155/72‑1 (MQ=255) gggAGGGGTTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGATATTCAg > 2:5850659/1‑72 (MQ=255) gggAGGGGTTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGATATTCAg > 2:823538/1‑72 (MQ=255) gggAGGGGTTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGATATTCAg < 2:6576278/72‑1 (MQ=255) ggAGGGGTTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGATATTCAgg > 1:6300897/1‑72 (MQ=255) aGGGGTTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGATATTCAGGcc > 2:6630111/1‑72 (MQ=255) ggggTTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGATATTCAGGCCa < 2:6780902/72‑1 (MQ=255) gggTTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGATATTCAGGCCAt > 2:4819699/1‑72 (MQ=255) ggTTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGATATTCAGGCCAtt > 2:7220050/1‑72 (MQ=255) ggTTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGATATTCAGGCCAtt < 1:6472733/72‑1 (MQ=255) cgTTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGATATTCAGGCCAtt < 2:3399500/71‑1 (MQ=255) gTTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGATATTCAGGCCATTc < 2:292928/72‑1 (MQ=255) | AAGACGGTCGTCTGGCAAATAGCGCCCTGCGTAATTAATTGCTTAACCCC‑TTTCGTCTATGGCGGGAGGGGTTTTCTCTACTTTAAACGGATC‑AATTCCCCTTTTCTGCATCCGCCAGAAACGGATGATATTCAGGCCATTCA > NC_012967/3174185‑3174327 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |