| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_012967 | 1,881,721 | G→T | G21* (GGA→TGA) | manY → | PTS mannose transporter subunit IIC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_012967 | 1,881,721 | 0 | G | T | 99.6% | 735.0 / ‑3.3 | 247 | G21* (GGA→TGA) | manY | PTS mannose transporter subunit IIC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base T (145/100); total (147/100) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.03e-01 | |||||||||||
Only 100 of 253 total aligned reads displayed.
GAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTT > NC_012967/1881653‑1881789 | gaAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGTGAt > 2:582517/1‑72 (MQ=255)gaAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGTGAt > 1:5760492/1‑72 (MQ=255)gaAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGTGAt > 1:2339390/1‑72 (MQ=255)gaAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGAAGGTATGTGAt > 1:2387603/1‑72 (MQ=255) aaGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTNTATCGCAGGTATGTGATc > 2:698845/1‑72 (MQ=255) aaGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGTGATc > 2:231265/1‑72 (MQ=255) aGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGTGATCa > 1:4862152/1‑72 (MQ=255) aGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGTGATCa < 2:791188/72‑1 (MQ=255) gTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGTGATCaa > 2:6072059/1‑72 (MQ=255) tACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGTGATCAAt > 1:8061224/1‑72 (MQ=255) tACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGTGATCAAt > 2:7412165/1‑72 (MQ=255) aCAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGTGATCAATc < 2:4421006/72‑1 (MQ=255) aCAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGTGATCAATc > 1:8129256/1‑72 (MQ=255) aaTGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGTGATCAATCCt < 1:2831946/72‑1 (MQ=255) aaTGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGTGATCAATCCt > 2:5405153/1‑72 (MQ=255) aTGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGTGATCAATCCTc > 2:3622011/1‑72 (MQ=255) tGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGTGATCAATCCTCg < 1:3592831/72‑1 (MQ=255) ggAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGTGATCAATCCTCGa > 1:4595066/1‑72 (MQ=255) agaTTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGTGATCAATCCTCGATg < 1:2123553/72‑1 (MQ=255) gaTTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGTGATCAATCCTCGATGa > 1:3791131/1‑72 (MQ=255) gaTTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGGATGTGATCAATCCTCGATGa > 2:3593308/1‑72 (MQ=255) ttACCACTCTTCAAATTGCGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGTGATCAATCCTCGATGAAt > 2:2747572/1‑72 (MQ=255) aCCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGTGATCAATCCTCGATGAAttt < 2:6731793/72‑1 (MQ=255) ccACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGTGATCAATCCTCGATGAATTTc > 2:2422540/1‑72 (MQ=255) cACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGTGATCAATCCTCGATGAATTTCa < 1:6013444/72‑1 (MQ=255) cACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGTGATCAATCCTCGATGAATTTCa < 1:2046411/72‑1 (MQ=255) cACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGNAGCCTGTATCGCAGGTATGTGATCAATCCTCGATGAGTTTCa > 2:744950/1‑72 (MQ=255) aCTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGTGATCAATCCTCGATGAATTTCAg > 2:2787857/1‑72 (MQ=255) ctctTCAAATTGTGCTGGTATTTTTCGTAGCNNNNNTCGCAGGTATGTGATCAATCCTCGATGAATTTCAGt > 1:6135346/1‑72 (MQ=255) ttCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGTGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTc > 1:6971503/1‑72 (MQ=255) ttCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGTGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTc < 2:5211326/72‑1 (MQ=255) ttCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGNNNNNCAGGTATGTGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTc > 1:2735329/1‑72 (MQ=255) tccaaTTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGTGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCa > 2:6700712/4‑72 (MQ=255) tCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGTGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCa < 2:8568764/72‑1 (MQ=255) aaTTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGTGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCg > 2:658619/1‑72 (MQ=255) aaTTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGTGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCg > 1:3940175/1‑72 (MQ=255) aaTTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGTGATCAATCCTCGATGAAGTTCAGTTTCACCg < 1:3444587/72‑1 (MQ=255) aTTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGTGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGt > 1:1045719/1‑72 (MQ=255) 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aTCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGTGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCgtgt > 1:4944659/1‑72 (MQ=255) aTCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGTGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCgtgt < 2:7262443/72‑1 (MQ=255) tCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGTGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTa > 1:2012857/1‑72 (MQ=255) gTAGCCTGTATCGCAGGTATGTGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTAcc < 2:4966929/72‑1 (MQ=255) gTAGCCTGTATCGCAGGTATGTGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTAcc > 2:6876013/1‑72 (MQ=255) tAGCCTGTATCGCAGGTATGTGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTAccc > 2:4662421/1‑72 (MQ=255) aGCCTGTATCGCAGGTATGTGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCt < 2:3800969/72‑1 (MQ=255) gCCTGTATCGCAGGTATGTGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCtg > 2:5933771/1‑72 (MQ=255) gCCTGTATCGCAGGTATGTGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCtg < 2:6321402/72‑1 (MQ=255) gCCTGTATCGCAGGTATGTGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCtg > 2:8381771/1‑72 (MQ=255) 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tCGCAGGTATGTGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTa < 2:1252553/72‑1 (MQ=255) tCGCAGGTATGTGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTa > 1:7110043/1‑72 (MQ=255) cGCAGGTATGTGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTAt > 1:8395278/1‑72 (MQ=255) cGCAGGTATGTGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTAt > 1:6674836/1‑72 (MQ=255) gCATGTATGTGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATc > 1:3301226/1‑72 (MQ=255) gCAGGTATGTGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGTTATc > 1:6450534/1‑72 (MQ=255) gCAGGTATGTGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATc < 2:5534487/72‑1 (MQ=255) cAGGTATGTGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCg > 1:8602328/1‑72 (MQ=255) aGGTATGTGATCAATCCTCGATGAATTTNAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGGATCGt > 2:3211718/1‑72 (MQ=255) aGGTATGTGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGt > 1:4318617/1‑72 (MQ=255) 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tATGCGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCt > 2:1531729/1‑72 (MQ=255) aTGTGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGTGTATCGTTCtt < 2:1003172/72‑1 (MQ=255) | GAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTT > NC_012967/1881653‑1881789 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |