Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP0020941,013,6860TG38.0% 140.0 / 50.6 94G216G (GGT→GGG) LLNZ_05425glycine betaine‑binding periplasmic protein precursor
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (12/45);  new base G (35/0);  total (49/45)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.87e-15
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold.

TGAATTAGTTGAAGCAGCAGATTCATTTGGTTCGACTGCCCGTCAGAAGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGTGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGTCGTTATTGCCTCTATGATTGGTGCACCTGGTTTAGGTCGTGGAGTACTAGCTGCTGTTCAATC  >  CP002094/1013590‑1013784
                                                                                                |                                                                                                  
tGAATTAGTTGAAGCAGCAGATTCATTTGGTTCGACTGCCCGTCAGAAGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGgtgt                                                                                                  <  2:182338/99‑1 (MQ=255)
 gAATTAGTTGAAGCAGCAGATTCATTTGGTTCGACTGCCCGTCAGAAGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGTGtt                                                                                                 <  2:100183/99‑1 (MQ=255)
 gAATTAGTTGAAGCAGCAGATTCATTTGGTTCGACTGCCCGTCAGAAGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGTGtt                                                                                                 <  1:1106075/99‑1 (MQ=255)
  aaTTAGTTGAAGCAGCAGATTCATTTGGTTCGACTGCCCGTCAGAAGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGGGTTa                                                                                                >  2:1026061/1‑99 (MQ=255)
   aTTAGTTGAAGCAGCAGATTTATTTGGTTCGACTGCCCGTCAGAAGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGTGTTaa                                                                                               <  1:902874/99‑1 (MQ=255)
   aTTAGTTGAAGCAGCAGATTCATTTGGTTCGACTGCCCGTCAGAAGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGGGTTaa                                                                                               >  2:992513/1‑99 (MQ=255)
    ttAGTTGAAGCAGCAGATTCATTTGGTTCGACTGCCCGTCAGAAGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGGGTTAAc                                                                                              >  2:1469069/1‑99 (MQ=255)
    ttAGTTGAAGCAGCAGATTCATTTGGTTCGACTGCCCGTCAGAAGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGGGTTAAc                                                                                              >  1:1337529/1‑99 (MQ=255)
        ttGAAGCAGCAGATTCATTTGGTTCGACTGCCCGTCAGAAGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGTGTTAACCaaa                                                                                          <  1:18207/99‑1 (MQ=255)
        ttGAAGCAGCAGATTCATTTGGTTCGACTGCCCGTCAGAAGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGTGTTAACCaaa                                                                                          <  2:16338/99‑1 (MQ=255)
        ttGAAGCAGCAGATTCATTTGGTTCGACTGCCCGTCAGAAGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGGGTTTAACaaa                                                                                          >  1:1065818/1‑99 (MQ=255)
           aaGCAACAGTTTCATTTGGTTCGACTGCCCGGCAGAAGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGTGTTAACCAAACaa                                                                                       <  1:554255/99‑1 (MQ=255)
            agcagcAGATTCATTTGGTTCGACTGCCCGTCAGAAGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGTGTTAACCAAACAAt                                                                                      <  1:1264058/99‑1 (MQ=255)
            agcagcAGATTCATTTGGTTCGACTGCCCGTCAGAAGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGTGTTAACCAAACAAt                                                                                      <  2:22951/99‑1 (MQ=255)
              cagcagATTCATTTGGTTCGACTGCCCGTCAGAAGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGGGGTAACCAAACAAtaa                                                                                    >  2:1351135/1‑97 (MQ=255)
                gcagATTCATTTGGTTCGACTGCCCGTCAGAAGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGGGTTAAACAAACAAATATg                                                                                  >  2:736661/1‑99 (MQ=255)
                 cagATTCATTTGGTTCGACTGCCCGTCAGAAGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGTGTTAACCAAACAATTATGt                                                                                 <  2:759401/99‑1 (MQ=255)
                 cagATTCATTTGGTTCGACTGCCCGTCAGAAGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGTGTTAACCAAACAATTATGt                                                                                 <  2:657694/99‑1 (MQ=255)
                 cagATTCATTTGGTTCGACTGCCCGTCAGAAGCTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGGGCTTACCAACAAAATATGt                                                                                 >  2:80957/1‑99 (MQ=255)
                    aTTCATTTGGTTCGACTGCCCGTCAGAAGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGGGGTTACCAAACAATTATGTTgg                                                                              >  1:367878/1‑99 (MQ=255)
                        aTTTGGTTCGACTGCCCGTCAGAAGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGGGTTAACCAAACAAATATGTTTGctct                                                                          >  1:1299981/1‑99 (MQ=255)
                          ttGGTTCGACTGCCCGTCAGAAGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGGGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCttt                                                                        >  2:312440/1‑99 (MQ=255)
                           tGGTTCGACTGCCCGTCAGAAGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGTGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTc                                                                       <  2:451713/99‑1 (MQ=255)
                            ggTTCGACTGCCCGTCAGAAGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGTGTTAACCAAACAATTATGTTTGCTCTTTCt                                                                      >  2:315437/1‑99 (MQ=255)
                             gTTCGACTGCCCGTCAGAAGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGTGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTa                                                                     <  2:162988/99‑1 (MQ=255)
                             gTTCGACTGCCCGTCAGAAGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGTGTTAAACAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTa                                                                     >  2:11376/1‑99 (MQ=255)
                             gTTCGACTGCCCGTCAGAAGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGGGTTTACCAAAAAATTATGTTGGCTCtttttt                                                                     >  1:390442/1‑96 (MQ=255)
                               tCGACTGCCCGTCAGAAGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGTGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATg                                                                   <  2:136970/99‑1 (MQ=255)
                                 gACTGCCCGTCAGAAGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGTGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGt                                                                 <  1:489479/99‑1 (MQ=255)
                                 gACTGCCCGTCAGAAGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGTGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGt                                                                 <  2:7453/99‑1 (MQ=255)
                                 gACTGCCCGTCAGAAGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGTGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGt                                                                 <  1:638367/99‑1 (MQ=255)
                                 gACTGCCCGTCAGAAGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGTGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGt                                                                 <  1:860659/99‑1 (MQ=255)
                                 gACTGCCCGTCAGAAGCTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGTGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGt                                                                 <  1:195072/99‑1 (MQ=255)
                                  aCTGCCCGTCAGAAGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGGGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTTTGGTc                                                                >  2:24219/1‑99 (MQ=255)
                                   cTGCCCGTCAGAAGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGTGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGTCg                                                               <  1:1020220/99‑1 (MQ=255)
                                   cTGCCCGTCAGAAGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGTGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGTCg                                                               <  2:214310/99‑1 (MQ=255)
                                   cTGCCCGTCAGAAGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGTGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGTCg                                                               <  1:884476/99‑1 (MQ=255)
                                    tGCCCGTCAGAAGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGTGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGTCGt                                                              <  2:531701/99‑1 (MQ=255)
                                     gCCCGTCAGAAGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGGGTTAACCAAACAAATATTTTTGGTCTTTCTTTTGTCGtt                                                             >  1:665850/1‑99 (MQ=255)
                                       ccGTCAGAAGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGTGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGTCGTTAt                                                           <  1:1102339/99‑1 (MQ=255)
                                       ccGTCAGAAGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGTGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGTCGTTAt                                                           <  2:1443431/99‑1 (MQ=255)
                                       ccGTCAGAAGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGTGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGTCGTTAt                                                           <  1:1642941/99‑1 (MQ=255)
                                        cGTCAGAAGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGTGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGTCGTTAtt                                                          <  2:177188/99‑1 (MQ=255)
                                         gTCAGAAGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGTGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGTCGTTATTg                                                         <  2:1533362/99‑1 (MQ=255)
                                         gTCAGAAGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGTGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGTCGTTATTg                                                         <  1:106021/99‑1 (MQ=255)
                                          tCAGAAGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGTGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGTCGTTATTGc                                                        <  2:622471/99‑1 (MQ=255)
                                             gAAGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGTGTTAACCAAAAAATTATGTTTGGTCTTTTTATGGTCGATTTTGCctc                                                     >  2:1605888/1‑99 (MQ=255)
                                             gAAGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGGGTTAAACAAACAAATATGTTGGGTCTTTTTTTGGTCGTTTTTTCctc                                                     >  1:1193821/1‑99 (MQ=255)
                                             gAAGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGAGTTAACCCAACAATTATGTTGGCTCTTTTTATTTTCGTTATTGActc                                                     >  2:209035/1‑99 (MQ=255)
                                              aaGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGTGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGTCGTTATTGCctct                                                    <  1:420135/99‑1 (MQ=255)
                                              aaGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGGGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGTTGTTTTTGCctct                                                    >  2:1230646/1‑99 (MQ=255)
                                               aGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGTGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGTCGTTATTGCCTCTa                                                   <  1:956687/99‑1 (MQ=255)
                                               aGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGTGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGTCGTTATTGCCTCTa                                                   <  2:1046330/99‑1 (MQ=255)
                                                gTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGTGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGTCGTTATTGCCTCTAt                                                  <  1:1222391/99‑1 (MQ=255)
                                                gTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGGGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGTCGTTATTGCCTCTAt                                                  >  2:987456/1‑99 (MQ=255)
                                                 ttATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGGGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGTCGTTATTGCCTCTATg                                                 >  2:1186233/1‑99 (MQ=255)
                                                  tATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGTGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGTCGTTATTGCCTCTATGa                                                <  2:1101019/99‑1 (MQ=255)
                                                  tATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGTGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGTCGTTATTGCCTCTATGa                                                <  1:474250/99‑1 (MQ=255)
                                                      tAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGTGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGTCGTTATTGCCTCTATGATTgg                                            <  1:1000029/99‑1 (MQ=255)
                                                      tAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGGGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTTTGGTCGTTATTGCCTCTATGATTgg                                            >  2:433661/1‑99 (MQ=255)
                                                        aaTTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGGGTTAACCAAACAATTATGTTGGGTCTTTCTTTGGTCGTTATTTCCTCTATGATTGGTg                                          >  1:253637/1‑99 (MQ=255)
                                                          ttGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGTGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGTCGTTATTGCCTCTATGATTGGTGCa                                        <  2:560508/99‑1 (MQ=255)
                                                          ttGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGCGTTTAACAAAGAAATTGGTTGGGTCCTTCTTTTGCGGTTATTGACTCTAAGATTGGTGcg                                        >  2:1575669/1‑98 (MQ=255)
                                                              aaTTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGTGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGTCGTTATTGCCTCTATGATTGGTGCACCTg                                    <  2:823705/99‑1 (MQ=255)
                                                              aaTTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGTCTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGTCGTTATTGCCTCTATGATTGGTGCACCTg                                    <  1:533237/99‑1 (MQ=255)
                                                              aaTTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGGGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTTTATGGTCGTTATTGCCTCTATGATTGGTGCAcccg                                    >  1:1099569/1‑97 (MQ=255)
                                                              aaTTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGGGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTTTATGGTCGTTATTGCCTCTATGATTGGTGCACCTg                                    >  2:1095470/1‑99 (MQ=255)
                                                              aaTTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGGGTTAAACAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTTTGGTCGTTATTGCCTCTATGATTTGTGTACCTg                                    >  1:566818/1‑99 (MQ=255)
                                                               aTTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGGGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGTCGTTTTTTCCTCTTTGATTTGTGGACCTgg                                   >  2:323382/1‑99 (MQ=255)
                                                                tttCCTTTAGCTAAAGGAACAGTTATGGCTGGGGTTAAACCAACAAATATGTTGGCTCTTTCTATGGTCGTTTTTGCCTCTATGTTTGGGGCACCTGGt                                  >  1:1237618/1‑99 (MQ=255)
                                                                tttCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGTGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGTCGTTATTGCCTCTATGATTGGTGCACCTGGt                                  >  2:212620/1‑99 (MQ=255)
                                                                tttCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGGGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGTCGTTATTTCCTCTATGATTTGTGCACCTGGt                                  >  2:738172/1‑99 (MQ=255)
                                                                tttCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGGGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGTCGTTATTGCCTCTATGATTGGTGCACCTGGt                                  >  2:1507287/1‑99 (MQ=255)
                                                                       tAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGGGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTTTGGTGGTTATTGCCTCTATTATTGGTGCACCCGGTTTTGGTc                           >  1:895452/1‑99 (MQ=255)
                                                                       tAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGGGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGTCGTTATTGCCTCTATGATTGGTGCACCTGGTTTAGGTc                           >  2:1305009/1‑99 (MQ=255)
                                                                       tAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGGGTTAAACAAACAATTTTGTTGGCTCTTTTTTTTGTCGGTTTTTCCTCTTTGATTGGTGGACCTGGGTTTGGTc                           >  1:1355660/1‑99 (MQ=255)
                                                                          cTAAAGGAACAATTATGGCTGGGGTTAACCAAACAATTATGTTTGGTCTTTCTATGGTCGTTTTTTGCTCTTTGGTTGTTGCGCCTGGGTTTGGGCggg                        >  2:320359/1‑97 (MQ=255)
                                                                               ggAACAATTATGGCTGGTGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGTCGTTATTGCCTCTATGATTGGTGCACCTGGTTTAGGTCGTGGAGTa                   <  1:747743/99‑1 (MQ=255)
                                                                               ggAACAATTATGGCTGGGGTTAACCAAACAATTATGTTTGCTCTTTCTATGGTCGTTATTGCCTCTATGATTGGTGCACCTGGGTTAGGTCGTGGAGTa                   >  2:1177182/1‑99 (MQ=255)
                                                                                gAACAATTATGGCTGGTGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGTCGTTATTGCCTCTATGATTGGTGCACCTGGTTTAGGTCGTGGAGTAc                  <  1:1655266/99‑1 (MQ=255)
                                                                                gAACAATTATGGCTGGGGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGTCGTTATTGCCTCTATGATTGGTGCACCTGGTTTAGGTCGTGGAGTAc                  >  2:140903/1‑99 (MQ=255)
                                                                                 aaCAATTATGGCTGGTGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATTGTCGTTATTGCCTCTATGATTGGTGCACCTGGTTTAGGTCGTGGAGTACt                 >  2:199508/1‑99 (MQ=255)
                                                                                 aaCAATTATGGCTGGTGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGTCGTTATTGCCTCTATGATTGGTGCACCTGGTTTAGGTCGTGGAGTACt                 <  2:554485/99‑1 (MQ=255)
                                                                                  aCAATTATGGCTGGTGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGTCGTTATTGCCTCTATGATTGGTGCACCTGGTTTAGGTCGTGGAGTACTa                <  1:1142848/99‑1 (MQ=255)
                                                                                  aCAATTATGGCTGGGGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTTTGGTCGTTATTGCCTCTATGATTGGTGCACCTGGGTTAGGGCGTGGGGTACTa                >  2:1367299/1‑99 (MQ=255)
                                                                                   cAATTATGGCTGGTGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGTCGTTATTGCCTCTATGATTGGTGCACCTGGTTTAGGTCGTGGAGTACTAg               <  1:1635734/99‑1 (MQ=255)
                                                                                   cAATTATGGCTGGGGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGGCGTTATTGCCTCTTTGATTGGTGCACCTGGTTTAGGGCGCGGAGTACTAg               >  2:611049/1‑99 (MQ=255)
                                                                                       tATGGCTGGTGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGTCGTTATTGCCTCTATGATTGGTGCACCTGGTTTAGGTCGTGGAGTACTAgctgc           <  2:1357660/99‑1 (MQ=255)
                                                                                         tGGCTGGTGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGTCGTTATTGCCTCTATGATTGGTGCACCTGGTTTAGGTCGTGGAGTACTAGctgctg         >  2:601375/1‑99 (MQ=255)
                                                                                         tGGCTGGTGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGTCGTTATTGCCTCTATGATTGGTGCACCTGGGTTAGGTCGTGGGGTACTAGcggctg         >  1:992303/1‑99 (MQ=255)
                                                                                           gCTGGTGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGTCGTTATTGCCTCTATGATTGGTGCACCTGGTTTAGGTCGTGGAGTACTAGCTGCTGtt       >  2:551780/1‑99 (MQ=255)
                                                                                           gCTGGTGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGCCGTTATTTCCTCTATGATTTGTGCTCCTGGTTTAGGTCGTGGAGTACTTGCTGCTGtt       >  2:925958/1‑99 (MQ=255)
                                                                                            cTGGTGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGTCGTTATTGCCTCTATGATTGGTGCACCTGGTTTAGGTCGTGGAGTACTAGCTGCTGTTc      >  1:73945/1‑99 (MQ=255)
                                                                                            cTGGTGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGTCGTTATTGCCTCTATGATTGGTGCACCTGGTTTAGGTCGTGGAGTACTAGCTGCTGTTc      >  2:701225/1‑99 (MQ=255)
                                                                                              ggTGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGTCGTTATTGCCTCTATGATTGGTGCACCTGGTTTAGGTCGTGGAGTACTAGCTGCTGTTCaa    >  1:653214/1‑99 (MQ=255)
                                                                                               gtgtTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGTCGTTATTGCCTCTATGATTGGTGCACCTGGTTTAGGTCGTGGAGTACTAGCTGCTGTTCAAt   <  2:964612/99‑1 (MQ=255)
                                                                                               gtgtTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGTCGTTATTGCCTCTATGATTGGTGCACCTGGTTTAGGTCGTGGAGGACTAGCTGCTGTTCAAt   >  1:228234/1‑99 (MQ=255)
                                                                                                tgtTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGTCGTTATTGCCTCTATGATTGGTGCGCCTGGTTTAGGTCGTGGAGTACTAGCTGCTGTTCAATc  <  2:342330/99‑1 (MQ=255)
                                                                                                |                                                                                                  
TGAATTAGTTGAAGCAGCAGATTCATTTGGTTCGACTGCCCGTCAGAAGTTATTTAAATTGGAATTTCCTTTAGCTAAAGGAACAATTATGGCTGGTGTTAACCAAACAATTATGTTGGCTCTTTCTATGGTCGTTATTGCCTCTATGATTGGTGCACCTGGTTTAGGTCGTGGAGTACTAGCTGCTGTTCAATC  >  CP002094/1013590‑1013784

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 6 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑