Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP002094 | 1,097,000 | 0 | A | G | 39.0% | 100.7 / 41.2 | 82 | G207G (GGA→GGG) | LLNZ_05840 | 2‑dehydropantoate 2‑reductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (16/34); new base G (32/0); total (48/34) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.24e-11 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
CTATTCTGATAACATCCATTATTCAATTTACCGAAAAGCGTGCGTTAATGGGACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGATTGGGAGCAACAAAACCTGCTCACGATATGGTTGTTACAATTGTCAAAGAATTTGCGGCAGTTGCAAAACATGAGGATGTGAATCTTGATATAGATGA > CP002094/1096904‑1097098 | cTATTCTGATAACATCCATTATTCAATTTACCGAAAAGCGTGCGTTAATGGGACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGAtt > 2:1462196/1‑99 (MQ=255) tCTGATAACATCCATTATTCAATTTACCGAAAAGCGTGCGTTAATGGGACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGGTTgggg > 1:1466716/1‑98 (MQ=255) tCTGATAACATCCATTATTCAATTTACCGAAAAGCGTGCGTTAATGGGACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGATTGGGa < 1:1239904/99‑1 (MQ=255) tCTGATAACATCCATTATTCAATTTACCGAAAAGCGTGCGTTAATGGGACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGATTGGGa < 1:796669/99‑1 (MQ=255) tGATAACATCCATTATTCAATTTACCGAAAAGCGTGCGTTAATGGGACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGATTGGGAGc > 2:860031/1‑99 (MQ=255) tAACATCCATTATTCAATTTACCGAAAAGCGTGCGTTAATGGGACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGGTTGGGGGcaac > 1:505270/1‑99 (MQ=255) aCATCCATTATTCAATTTACCGAAAAGCGTGCGTTAATGGGACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGATTGGGAGcaacaa < 2:1275578/99‑1 (MQ=255) tCCATTATTCAATTTACCGAAAAGCGTGCGTTAATGGGACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGGTTGGGGGGAACaaaaa > 1:1276287/1‑98 (MQ=255) tCCATTATTCAATTTACCGAAAAGCGTGCGTTAATGGGACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGGTTGGGGGCGACaaaaa > 1:1122244/1‑98 (MQ=255) ccATTATTCAATTTACCGAAAAGCGTTGGTTAATGGGACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGATTGGGAGCAACAAAAcc < 2:1030071/99‑1 (MQ=255) attattCAATTTACCGAAAAGCGTGCGTTAATGGGACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGGTTGGGAGCAACAAAACCTg > 1:897089/1‑99 (MQ=255) attattCAATTTACCGAAAAGCGTGCGTTAATGGGACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGATTGGGAGCAACAAAACCTg < 2:186760/99‑1 (MQ=255) ttattCAATTTACCGAAAAGCGTGCGTTAATGGGACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGGTTTGGGGGAAAAAAAACTGc > 1:1318828/1‑99 (MQ=255) ttattCAATTTACCGAAAAGCGTGCGTTAATGGGACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGATTGGGAGCAACAAAACCTGc < 2:215219/99‑1 (MQ=255) ttattCAATTTACCGAAAAGCGTGCGTTAATGGGACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGAGTGGGGGGCACAAAACCTGc > 1:543884/1‑99 (MQ=255) tattCAATTTACCGAAAAGCGTGCGTTAATGGGACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGATTGGGAGCAACAAAACCTGCt < 2:1591856/99‑1 (MQ=255) attCAATTTACCGAAAAGCGTGCGTTAATGGGACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGGTTGGGGGGAAAAAAAACTGCTc > 2:1113992/1‑99 (MQ=255) ttCAATTTACCGAAAAGCGTGCGTTAATGGGACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGGTTGGGGGGAAAAAAAACTGCTCa > 1:576221/1‑99 (MQ=255) ttCAATTTACCGAAAAGCGTGCGTTAATGGGACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGATTGGGAGCAACAAAACCTGCTCa < 2:1613885/99‑1 (MQ=255) ttCAATTCACCGAAAAGCGTGCGTTAATGGGACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGATTGGGAGCATCAAAACCGGCtta < 2:1286644/99‑3 (MQ=255) tCAATTTACCGAAAAGCGTGCGTTAATGGGACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGATTGGGAGCAACAAAACCTGCTCAc < 1:860031/99‑1 (MQ=255) aaTTTACCGAAAAGCGTGCGTTAATGGGACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGATTGGGAGCAACAAAACCTGCTCACGa < 1:1344566/99‑1 (MQ=255) aTTTACCGAAAAGCGTGCGTTAATGGGACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGGTTGGGGGGAAAAAAACCCGCTCACGat > 1:1410887/1‑99 (MQ=255) tttACCGAAAAGCGTGCGTTAATGGGACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGATTGGGAGCAACAAAACCTGCTCACGata < 1:633218/99‑1 (MQ=255) tACCGAAAAGCGTGCGTTAATGGGACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGATTGGGAGCAACAAAACCTGCTCACGATATg < 2:1261916/99‑1 (MQ=255) tACCGAAAAGCGTGCGTTAATGGGACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGATTGGGAGCAACAAAACCTGCTCACGATATg < 1:1241811/99‑1 (MQ=255) aCCGAAAAGCGTGCGTTAATGGGACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGGTTGGGAGCAACAAAACCTGCTCACGATATgg > 2:1030303/1‑99 (MQ=255) ccGAAAAGCGTGCGTTAATGGGACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGGTTGGGGGGAAACAAAACTGCTCACGATATGgt > 1:1446022/1‑99 (MQ=255) gAAAAGCGTGCGTTAATGGGACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGATTGGGAGCAACAAAACCTGCTCACGATATGgttg < 1:1455194/99‑1 (MQ=255) aaaaGCGTGTGTTAATGGGACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGATTGGGAGCAACAAAAACTGCTCACGATATGgttgt > 2:605794/1‑99 (MQ=255) aaGCGTGCGTTAATGGGACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGATTGGGAGCAACAAAACCTGCTCACGATATGGTTGTTa < 1:354217/99‑1 (MQ=255) gcgtgcgtTAATGGGACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGGTTGGGGGCAACAAAACCTGCTCACGATATGGTTGTTTCa > 2:1185924/1‑99 (MQ=255) gcgtgcgtTAATGGGACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGAGTGGGAGGGAGAAAACCAGCTCACGATATGGGTGTTACa > 2:1502983/1‑99 (MQ=255) cgtgcgtTAATGGGACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGGTTGGGGGCAACAAAACCTGCTCACGATATGGTTGTTACaa > 2:200532/1‑99 (MQ=255) cgtgcgtTAATGGGACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGATTGGGAGCAACAAAACCTGCTCACGATATGGTTGTTACaa < 1:130123/99‑1 (MQ=255) gtgcgtTAATGGGACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGGTTGGGGGCAACAAAACCTGCTCACGATATAGTTGTTACAAt > 2:1178134/1‑99 (MQ=255) tgcgtTAATGGGACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGGGTGGGGGGAACAAAAACTGCCCACGATAAGGTTGGTTCAAtt > 1:626054/1‑99 (MQ=255) tgcgtTAATGGGACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGATTGGGAGCAACAAAACCTGCTCACGATATGGTTGTTACaaat > 2:816546/1‑97 (MQ=255) gtTAATGGGACAATGAATGGACTCTGCACTAGTTTGGATACTAATATGGCTGGATTGGGAGCAACAAAACCTGCTCACGATATGGTTGTTACAATTGTc < 2:171373/99‑1 (MQ=255) ttAATGGGACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGGTTGGGGGGAACAAAAACTGCTCACGATATGGGTGTTACAATTTTCa > 1:1135553/1‑99 (MQ=255) ttAATGGGACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGGTTGGGAGCAACAAAAACTGCTCACGATATGGTTGTTACAATTGTCa > 2:1360237/1‑99 (MQ=255) ttAATGGGACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGATTGGGAGCAACAAAACCTGCTCACGATATGGTTGTTACAATTGTCa > 2:1489623/1‑99 (MQ=255) tAATGGGACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGATTGGGAGCAACAAAACCTGCTCACGATATGGTTGTTACAATTGTCaa < 2:1639612/99‑1 (MQ=255) aaTGGGACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGGGTGGGGGCAACAAAAACTGCTCACGATATGGGTGTTTTAATTGTTaaa > 1:929351/1‑99 (MQ=255) aaTGGGACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGATTGGGAGCAACAAAACCTGCTCACGATATGGTTGTTACAATTGTCaaa < 2:1574807/99‑1 (MQ=255) aTGGGACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGGGTGGGGGGAACAAAAACCGCTCACGATATTGTTGTTTCAATTGTTaaaa > 1:45999/1‑98 (MQ=255) tGGGACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGGTTGGGGGCAAAAAAAACCGCTCACGATATGGTTGTTACAATTGTCaaaaa > 1:639495/1‑97 (MQ=255) tGGGACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGGGTGGGGGCAAAAAAAACTGCCCACGATATGGTTGTTTCAATTTTGaaaaa > 1:788239/1‑97 (MQ=255) gggACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGATTGGGAGCAACAAAACCTGCTCACGATATGGTTGTTACAATTGTCAAAGaa < 2:448110/99‑1 (MQ=255) gggACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGATTGGGAGCAACAAAACCTGCTCACGATATGGTTGTTACAATTGTCAAAGaa < 1:925116/99‑1 (MQ=255) cAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGGTTGGGGGGAAAAAAAACCGCTCACGAAATGGTTGTTTTAATTTTCAAAAAATTTg > 1:492042/1‑99 (MQ=255) cAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGGGTGGGGGGGACAAAAACTGCTCACGATATGGTTGTTTCAATTTTCAAAGAAattt > 1:492121/1‑98 (MQ=255) tgaatgTACTCTGTATTATTTTGGATATTAATATGGCTGGATTGGGAGCAACAAACCCTCCTCCCTTTTTGTTTTTTACTATTGTCAAAGAATTTGCgg < 2:299972/99‑1 (MQ=255) tgaatgGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGGTTGGGAGCAACAAAACCTGCTCACGATATGGTTGTTACAAATGTTAAAGAATTTTCgg > 2:1380565/1‑99 (MQ=255) atgGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGGTTGGGGGCAACAAAACCTGCTCACGATATGGTTGTTACAATTGTCAAAAAATTTTCGGCAg > 2:111433/1‑99 (MQ=255) tgGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGGTTGGGGGCAACAAAACCCGCTCACGATATGGGTTTTAAAATTTTTAAAAAAATTTGGGCAgg > 1:1079741/1‑98 (MQ=255) ggACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGGTTGGGAGCAACAAAAACTGCTCACGATATGGTTGTTACAATTTTCAAAGAATTTTCGGCAGtt > 2:367583/1‑99 (MQ=255) tGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGATTTGGAGCAACAAAACCTGCTCACGATATGGTTGTTATAATTGTCAAATAATTTTGGGCAGTTGCaaaa > 2:1124705/1‑99 (MQ=255) cACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGATTGGGAGCAACAAAACCTGCTCACGATATGGTTGTTACAATTGTCAAAGAATTTGCGGCAGTTGCAAAACa < 1:783213/99‑1 (MQ=255) cTATTTTGGATACTAATATGGCTGGGTTGGGGGGAAAAAAAACTGCTCACCATATGGTTGTTACAATTTTTAAAAAATTTTCGGGAGTTGGAAAACaag > 1:1040024/1‑97 (MQ=255) aTTTTGGATACTAATATGGCTGGATTGGGAGCAACAAAAACTGCTCACGATATGGTTGTTACAATTGTCAAAAAATTTGCGGCAGTTGCAAAACAagag > 2:1191533/1‑99 (MQ=255) tGGATACTAATATGGCTGGATTGGGAGCAACAAAACCTGCTCACGATATGGTTGTTACAATTGTCAAAGAATTTGCGGCAGTTGCAAAACATGAGGAtg < 1:544173/99‑1 (MQ=255) aTACTAATATGGCTGGGGTGGGGGGAACAAAAACTCCTCACGATATGGGTGTTTCTAATGTTAAAGAAATTGCGGGAGTTGTGAAACATTAGGGAGTGa > 1:800879/1‑99 (MQ=255) aTACTAATATGGCTGGATTGGGAGCAACAAAACCTGCTCACGATATGGTTGTTACAATTGTCAAAGAATTTGTGGCAGGTGCAAAACATGAGGATGTGa > 2:469544/1‑99 (MQ=255) tACTAATATGGCTGGGTTGGGAGCAACAAAACCTGCTCACGATATGGTTGTTACAATTGTCAAAGAATTTTCGGCAGTTGCCAAACATTAGGATGTGaa > 2:926246/1‑99 (MQ=255) tACTAATATGGCTGGGTTGGGAGCAACAAAACCTGCTCACGATATGGTTGTTACAATTGTCAAAGAATTTGCGGCAGTTGCAAAAAATGAGGATGTGaa > 2:1529503/1‑99 (MQ=255) tACTAATATGGCTGGATTGGGAGCAACAAAACCTGCTCACGATATGGTTGTTACAATTGTCAAAGAATTTGCGGCAGTTGCAAAACATGAGGATGTGaa < 1:1536573/99‑1 (MQ=255) tACTAATATGGCTGGATTGGGAGCAACAAAACCTGCTCACGATATGGTTGTTACAATTGTCAAAGAATTTGCGGCAGTTGCAAAACATGAGGATGTGaa < 2:431310/99‑1 (MQ=255) aCTAATATGGCTGGATTGGGAGCAACAAAACCTGCTCACGATATGGTTGTTACAATTGTCAAAGAATTTGCGGCAGTTGCAAAACATGAGGATGTGAAt < 1:1634386/99‑1 (MQ=255) cTAATATGGCTGGATTGGGAGCAACAAAACCTGCTCACGATATGGTTGTTACAATTGTCAAAGAATTTGCGGCAGTTGCAAAACATGAGGATGTGAATc < 2:840294/99‑1 (MQ=255) cTAATATGGCTGGATTGGGAGCAACAAAACCTGCTCACGATATGGTTGTTACAATTGTCAAAGAATTTGCGGCAGTTGCAAAACATGAGGATGTGAATc < 2:560290/99‑1 (MQ=255) tatGGCTGGATTGGGAGCAACAAAACCTGCTCACGATATGGTTGTTACAATTGTCAAAGAATTTGCGGCAGTTGCAATACATGAGGATGTGAATGTTGa > 1:782906/1‑99 (MQ=255) tatGGCTGGATTGGGAGCAACAAAACCTGCTCACGATATGGTTGTTACAATTGTCAAAGAATTTGCGGCAGTTGCAAAACATGAGGATGTGAATCTTGa < 1:296418/99‑1 (MQ=255) tatGGCTGGATTGGGAGCAACAAAACCTGCTCACGATATGGTTGTTACAATTGTCAAAGAATTTGCGGCAGTTGCAAAACATGAGGATGTGAATCTTGa < 2:470325/99‑1 (MQ=255) atGGCTGGGTTGGGAGCAAAAAAACCTGCTCACGATATGGTTGTTACAATTGTCAAAAAAATTGCGGCAGTTGCAAAACATGAGGATGTGAATATTTat > 2:1582472/1‑99 (MQ=255) tGGCTGGATTGGGGGCAACAAAACCTGCCCACGATATGGGTGTTACCATTGTCAAAGAATTTTCGGCAGGTGCAAAACATGAGGATGGGAATCTTGata > 2:1234165/1‑99 (MQ=255) aggttGGATTGGGAGCACCAAAAAGTGCTCTCTATCTGGTTTTTACAATTGTCAAAGAATTTGCGGCAGTTGCAAACCATGAGGATGTCAATCTTGata < 2:1054370/95‑1 (MQ=255) gCTGGATTGGGAGCAACAAAACCTGCTCACGATATGGTTGTTACAATTGTCAAAGAATTTGCGGCAGTTGCAAAACATGAGGATGTGAATCTTGAtata > 1:114521/1‑99 (MQ=255) gCTGGATTGGGAGCAACAAAACCTGCTCACGATATGGTTGTTACAATTGTCAAAGAATTTGCGGCAGTTGCAAAACATGAGGATGTGAATCTTGAtata < 2:929351/99‑1 (MQ=255) ggATTGGGAGCAACAAAACCTGCTCACGATATGGTTGTTACAATTGTCAAAGAATTTGCGGCAGTTGCAAAACATGAGGATGTGAATCTTGATATAGAt > 2:731165/1‑99 (MQ=255) ggATTGGGAGCAACAAAACCTGCTCACGATATGGTTGTTACAATTGTCAAAGAATTTGCGGCAGTTGCAAAACATGAGGATGTGAATCTTGATATAGAt > 2:441929/1‑99 (MQ=255) gATTGGGAGCAACAAAACCTGCTCACGATATGGTTGTTACAATTGTCAAAGAATTTGCGGCAGTTGCAAAACATGAGGATGTGAATCTTGATATAGATg > 2:398999/1‑99 (MQ=255) aTTGGGAGCAACAAAACCTGCTCACGATATGGTTGTTACAATTGTCAAAGAATTTGCGGCAGTTGCAAAACATGAGGATGTGAATCTTGATATAGATGa > 1:1387907/1‑99 (MQ=255) | CTATTCTGATAACATCCATTATTCAATTTACCGAAAAGCGTGCGTTAATGGGACAATGAATGGACTCTGCACTATTTTGGATACTAATATGGCTGGATTGGGAGCAACAAAACCTGCTCACGATATGGTTGTTACAATTGTCAAAGAATTTGCGGCAGTTGCAAAACATGAGGATGTGAATCTTGATATAGATGA > CP002094/1096904‑1097098 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 6 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |