| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP002094 | 1,203,499 | 0 | T | C | 41.1% | 68.4 / 28.6 | 57 | E169G (GAA→GGA) | LLNZ_06335 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/4); new base C (0/23); total (29/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.54e-12 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AAGTTCAGAAATGGCTAAGAGTTGCTTAAGTGGGAA‑C‑TTGAATTCTCGTCGGAGTTCACAGACCACTCGGGATTTT‑CCCTCTTGTGTTGTTCCTGCCATAATCTCCTCAGCCTTTTTAAATATTCAACTTCCATTCTTAAATTAAGATTGTCGTTTTGAAGCCTAGCAAGTTCTTGCTCTGTTTCA > CP002094/1203409‑1203594 | aaGTTCAGAAATGGCTAAGAGTTGCTTAAGTGGGAA‑C‑TTGAATTCTCGTCGGAGTTCACAGACCACTCGGGATTTT‑CCCTCTTGTGTTGTTCCTGCCAt > 2:40502/1‑99 (MQ=32) cAGAAATGGCTAAGAGTTGCTTAAGTGGGAA‑C‑TTGAATTCTCGTCGGAGTTCACAGACCACTCGGGATTTT‑CCCTCTTGTGTTGTTCCTGCCATAAtct > 2:938957/1‑99 (MQ=33) aaaTGGCTAAGAGTTGCTTAAGTGGGAA‑C‑TTGAATTCTCGTCGGAGTTCACAGACCACTCGGGATTTT‑CCCTCTTGTGTTGTTCCTGCCATAATctcct > 2:1394048/1‑99 (MQ=33) aaaTGGCTAAGAGTTGCTTAAGTGGGAA‑C‑TTGAATTCTCGTCGGAGTTCACAGACCACTCGGGATTTT‑CCCTCTTGTGTTGTTCCTGCCATAATctcct > 1:542673/1‑99 (MQ=33) aaTGGCTAAGAGTTGCTTAAGTGGGAA‑C‑TTGAATTCTCGTCGGAGTTCACAGCCCCCTGGGGATTTT‑CCCTCTTGTTTTGTCCCTGCCATAATctcctc < 2:1007131/99‑1 (MQ=11) gggCTAAGAGTTGCTTAGGTGGGAA‑C‑TTAAATTCTCGTCGGAGTTCCCAGACCGCTCGGGATTTT‑CCCTTTTGTGTTGTCCCTGCCATAATCTCCTCAg < 2:334504/98‑1 (MQ=11) ggttAAGAGTTGTTAAAGGGGGAA‑C‑TTAATTTCTCGTGGGGTTTCACAGCCCCCTCGGTTTTTC‑CCCTCTTGTGTTTTCCCTGCCATAATCTCCTCAGc < 1:1022235/96‑1 (MQ=255) ttAAGAGTTGCTTAAGTGGGAA‑C‑TTGAATTCTCGTCGGAGTTCACAGACCACTGGGGTTTTT‑CCCTCTTGTGTTGTTCCTGCCATAATCTCCTCAGCCt < 2:216571/98‑1 (MQ=255) cTAAGAGTTGCTTAAGTGGGAA‑C‑TTAAATTCTCGTCGGATTTCACAGCCCACTCGGGTTTTC‑CCCTCTTGTGTTGTCCCTGCCATAATCTCCTCAGCCt < 2:336724/99‑1 (MQ=11) tAAGGGTTGC‑TAAGGGGGAA‑CTTTAAATTTTCGTCGTAGTCCCCAGCCCCCGGGGGTTTTC‑CCCTTTTGTTTTTTCCCTGCCATAATCTCCTCAGCCtt < 1:327834/99‑1 (MQ=255) tAAGAGTTGCTTAAGTGGGAA‑C‑TTGAATTCTCGTCGGAGTTCACAGACCACTCGGGATTTT‑CCCTCTTGTGTTTTTTCTGCCCTAATCTCCTCAGCCtt > 1:1339489/1‑99 (MQ=255) aaGAGTTGCTTAAGTGGGAA‑C‑TTGAATTCTCGTCGGAGTTCACAGACCACTCGGGATTTT‑CCCTCTTGTGTTGTTCCTGCCATAATCTCCTCAGCCttt > 2:643293/1‑99 (MQ=37) agagTTGCTTAAGTGGGAA‑T‑TTTAATTCTCGTCGGAGTTCACAGACCTCTCGGATTTTT‑CCCTTTTGTGTTGTCCCTGCCATAATCTCCTCAGCCtttt < 2:29652/99‑1 (MQ=11) agagTTGCTTAAGTGGGAA‑C‑TTGAATTCTCGTCGGAGTTCACAGACCACTCGGGATTTT‑CCCCCTTGTGTTGTTTCTGCCATAATCTCCTCAGCCtttt > 1:906231/1‑99 (MQ=255) gttgttTAAGTGGGAA‑C‑TTGAATTCTCGTCGGAGTTCACAGCCCCCTCGGTTTTTT‑CCCTCTTGTGTTTTCCCTGCCATAATCTCCTCAGCCTTTTTaa < 2:1074845/99‑1 (MQ=11) gttAAGGGGGAAGT‑TTAAATTCTCGGGGGATTCCACACCCCACTCGGTTTTTC‑CCCTTTTGTGTTTTCCCTGCCATAATCTCCTCAGCCTTTTTAAata < 1:1052624/98‑1 (MQ=255) gTGGGAA‑C‑TTGAATTCTCGTCGGAGTTCACAGACCACTCGGGATTTT‑CCCTCTTGTGTTGTTCCTGCCATAATCTCCTCAGCCTTTTTAAATATTCAAc > 1:697352/1‑99 (MQ=37) gTGGGAA‑C‑TTGAATTCTCGTCGGAGTTCACAGACCACTCGGGATTTT‑CCCTCTTGTGTTGTTCCTGCCATAATCTCCTCAGCCTTTTTAAATATTCAAc > 2:386300/1‑99 (MQ=37) gTGGGAA‑C‑TTGAATTCTCGTCGGAGTTCACAGACCACTCGGGATTTT‑CCCTCTTGTGTTGTTCCTGCCATAATCTCCTCAGCCTTTTTAAATATTCAAc > 2:456685/1‑99 (MQ=37) gTGGAAA‑C‑TTAATTCCTCGCCGGAGTCCCCACCCCCCTGGGTTTTTT‑CCCTTTTTTGTTTTCCCTGCCATAATCTCCTCAGCCTTTTTAAATATTCAAc < 1:1045467/99‑1 (MQ=9) tGGGAA‑C‑TTGAATTCTCGTCGGAGTTCACAGACCACTCGGGATTTT‑CCCTCTTGTGTTGTTCCTGCCATAATCTCCTCAGCCTTTTTAAATATTCAACt > 2:979630/1‑99 (MQ=37) ggggAT‑C‑TTGAGTTCTCGTAGGGAGTCACAGCCCGCGCGTGTTTTT‑CCCTTTTTTTTTGCTCCTGCCATAATCTCCTCAGCCTTTTTAAATATTCAACt < 1:938957/98‑1 (MQ=2) gggAA‑C‑TTGAATTCTCGTCGGAGTTCACAGACCACTCGGGATTTT‑CCCTCTTGTGTTGTTCCTGCCATAATCTCCTCAGCCTTTTTAAATATTCAACtt > 1:1557955/1‑99 (MQ=37) gAA‑C‑TTGAATTCTCGTCGGAGTTCACAGACCACTCGGGATTTT‑CCCTCTTGTGTTGTTCCTGCCATAATCTCCTCAGCCTTTTTAAATATTCAACTTcc > 2:1553630/1‑99 (MQ=37) a‑C‑TTGAATTCTCGTCGGAGTTCACAGACCACTCGGGATTTT‑CCCTCTTGTGTTGTTCCTGCCATAATCTCCTCAGCCTTTTTAAATATTCAACTTCCAt > 1:797927/1‑99 (MQ=37) a‑C‑TTGAATTCTCGTCGGAGTTCACAGACCACTCGGGATTTT‑CCCTCTTGTGTTGTTCCTGCCATAATCTCCTCAGCCTTTTTAAATATTCAACTTCCAt > 1:1083682/1‑99 (MQ=37) a‑C‑TTGAATTCTCGTCGGAGTTCACAGACCACTCGGGATTTT‑CCCTCTTGTGTTGTTCCTGCCATAATCTCCTCAGCCTTTTTAAATATTCAACTTCCAt > 2:944140/1‑99 (MQ=37) c‑TTGACTTCTCGTCGGATTCCACAGCCCCCTCGGGATTTT‑CCCTTTTGTGTTGTCCCTGCCATAATCTCCTCAGCCTTTTTAAATATTCAACTTCCAtt < 1:785525/99‑1 (MQ=14) ttGATTTCTCGTGGGATTCCACAGCCCACTGGGTTTTTC‑CCCTTTTGTTTTGTCCCTGCCATAATCTCCTCAGCCTTTTTAAATATTCAACTTCCATTc < 2:398480/99‑1 (MQ=14) gAATTCTCGCCGGCGTACACACCCCCCGCGTTTTTTT‑CCCTCTTGTTTTCTCCCTGCCATAATCTCCTCAGCCTTTTTAAATATTCAACTTCCATTCtt < 1:1625690/99‑1 (MQ=2) tcgGAGTTCACAGACCACTCGGGATTTT‑CCCTCTTGTGTTGTTCCTGCCATAATCTCCTCAGCCTTTTTAAATATTCAACTTCCATTCTTAAATTAAGa > 2:650818/1‑99 (MQ=37) tcgGAGTTCACAGACCACTCGGGATTTT‑CCCTCTTGTGTTGTTCCTGCCATAATCTCCTCAGCCTTTTTAAATATTCAACTTCCATTCTTAAATTAAGa > 2:463553/1‑99 (MQ=37) tcgGAGTTCACAGACCACTCGGGATTTT‑CCCTCTTGTGTTGTTCCTGCCATAATCTCCTCAGCCTTTTTAAATATTCAACTTCCATTCTTAAATTAAGa > 2:426224/1‑99 (MQ=38) tcgGAGTTCACAGACCACTCGGGATTTT‑CCCTCTTGTGTTGTTCCTGCCATAATCTCCTCAGCCTTTTCAAATATTCAACTTCCATTCTTAAATTAAGa > 2:1365744/1‑99 (MQ=37) tgTTCACACCCCCCTCGGTTTTTC‑CCCTTTTGTGTTTTCCCTGCCATAATCTCCTCAGCCTTTTTAAATATTCAACTTCCATTCTTAAATTAAGATTGt < 1:1408593/98‑1 (MQ=14) aGTTCACAGCCCCCGCGGTTTTTT‑CCCTTTTGTGTTGTCCCTGCCATAATCTCCTCAGCCTTTTTAAATATTCAACTTCCATTCTTAAATTAAGATTGt < 1:1158467/99‑1 (MQ=14) gTTCACAGACCACTCGGGATTTT‑CCCTCTTGTGTTTTTTCTGCCATAATCTCCTCAGCCTTTTTAAATATTCAACTTCCCTTCTTAAATTAAAATTGtt > 1:1455532/1‑98 (MQ=11) ttCACAGACCACTCGGGATTTT‑CCCTCTTGTGTTGTTCCTGCCATAATCTCCTCAGCCTTTTTAAATATTCAACTTCCATTCTTAAATTAAGATTGTCg > 2:1336777/1‑99 (MQ=38) ttCACACCCCCCTCGGGTTTTC‑CCCTTTTGTGTTGTCCCTGCCATAATCTCCTCAGCCTTTTTAAATATTCAACTTCCATTCTTAAATTAAGATTGTCg < 2:1621636/99‑1 (MQ=11) gACCACTCGGGATTTT‑CCCTCTTGTGTTGTTCCTGCCATAATCTCCTCAGCCTTTTTAAATATTCAACTTCCATTCTTAAATTAAGATTGTCGTTTTGa > 2:1291748/1‑99 (MQ=39) gACCACTCGGGATTTT‑CCCTCTTGTGTTGTTCCTGCCATAATCTCCTCAGCCTTTTTAAATATTCAACTTCCATTCTTAAATTAAGATTGTCGTTTTGa > 2:165900/1‑99 (MQ=39) gACCACTCGGGATTTT‑CCCTCTTGTGTTGTTCCTGCCATAATCTCCTCAGACTTTTTAAATATTCAACTTCCATTCTTAAATTAAGATTGTCGTTTTGa > 1:1585900/1‑99 (MQ=37) cTCGGGTTTTTCCCCTTGTGTGTTTTCCCTGCCATAATCTCCTCAGCCTTTTTAAATATTCAACTTCCATTCTTAAATTAAGATTGTCGTTTTGAAGcc < 1:682246/99‑1 (MQ=11) gggTTTTT‑CCTTTTTTTTTTGTCCCTGCCATAATCTCCTCAGCCTTTTTAAATATTCAACTTCCATTCTTAAATTAAGATTGTCGTTTTGAAGCCTAGc < 2:611424/99‑1 (MQ=11) gggTTTTT‑CCCTTTTCTTTTTCCCCTGCCATAATCTCCTCAGCCTTTTTAAATATTCAACTTCCATTCTTAAATTAAGATTGTCGTTTTGAAGCCTAGc < 1:837431/99‑1 (MQ=11) gATTTT‑CCCTCTTGTGTTGTTCCTGCCATAATCTCCTCAGCCTTTTTAAATATTCAACTTCCATTCTTAAATTAAGATTGTCGTTTTGCAGCCTAGCaa > 2:201484/1‑99 (MQ=37) gATTTT‑CCCTCTTGTGTTGTTCCTGCCATAATCTCCTCAGCCTTTTTAAATATTCAACTTCCATTCTTAAATTAAGATTGTCGTTTTGAAGCCTAGCaa > 1:422286/1‑99 (MQ=39) ttt‑CCTTTTTTTGTTTTCCCTGCCATAATCTCCTCAGCCTTTTTAAATATTCAACTTCCATTCTTAAATTAAGATTGTCGTTTTGAAGCCTAGCAAGtt < 2:1298663/99‑1 (MQ=11) tt‑CCCTCTTGTGTTGTTCCTGCCATAATCTCCTCAGCCTTTTTAAATATTCAACTTCCATTCTTAAATTAAGATTGTCGTTTTGAAGCCTAGCAAGTTc > 1:833734/1‑99 (MQ=39) tccccTCTTGTGTTTCCCCTGCCATAATCTCCTCAGCCTTTTTAAATATTCAACTTCCATTCTTAAATTAAGATTGTCGTTTTGAAGCCTAGCAAGTTc < 1:1544504/97‑1 (MQ=11) cccTCTTGTGTTGTCCCTGCCATAATCTCCTCAGCCTTTTTAAATATTCAACTTCCATTCTTAAATTAAGATTGTCGTTTTGAAGCCTAGCAAGTTCtt < 2:760125/99‑1 (MQ=255) cttttGTTTTTTGCCTGCCATAATCTCCTCAGCCTTTTTAAATATTCAACTTCCATTCTTAAATTAAGATTGTCGTTTTGAAGCCTAGCAAGTTCTTGc < 1:1626199/96‑1 (MQ=11) ttttGTTTTTTTCCTGCCATAATCTCCTCAGCCTTTTTAAATATTCAACTTCCATTCTTAAATTAAGATTGTCGTTTTGAAGCCTAGCAAGTTCTTGct < 1:1646128/97‑1 (MQ=255) ttttGTGTTGTTCCTGCCATAATCTCCTCAGCCTTTTTAAATATTCAACTTCCATTCTTAAATTAAGATTGTCGTTTTGAAGCCTAGCAAGTTCTTGct < 2:943878/97‑1 (MQ=38) tttGTTTTTTCCCTGCCATAATCTCCTCAGCCTTTTTAAATATTCAACTTCCATTCTTAAATTAAGATTGTCGTTTTGAAGCCTAGCAAGTTCTTGctc < 2:1566694/98‑1 (MQ=11) tgtgTTGTTCCTGCCATAATCTCCTCAGCCTTTTTAAATATTCAACTTCCATTCTTAAATTAAGATTGTCGTTTTGAAGCCTAGCAAGTTCTTGCTCTg > 2:158775/1‑99 (MQ=39) tgttgtCCCTGCCATAATCTCCTCAGCCTTTTTAAATATTCAACTTCCATTCTTAAATTAAGATTGTCGTTTTGAAGCCTAGCAAGTTCTTGCTCTGtt < 2:360591/99‑1 (MQ=37) tttgttCCTGCCATAATCTCCTCAGCCTTTTTAAATATTCAACTTCCATTCTTAAATTAAGATTGTCGTTTTGAAGCCTAGCAAGTTCTTGCTCTGttt < 1:632416/98‑1 (MQ=37) gttgttCCTGCCATAATCTCCTCAGCCTTTTTAAATATTCAACTTCCATTCTTAAATTAAGATTGTCGTTTTGAAGCCTAGCAAGTTCTTGCTCTGttt > 1:1137340/1‑99 (MQ=39) gattCCTGCCATAATCTCCTCAGCCTTTTTAAATATTCAACTTCCATTCTTAAATTAAGATTGTCGTTTTGAAGCCTAGCAAGTTCTTGCTCTGTttca < 2:1199295/97‑1 (MQ=37) | AAGTTCAGAAATGGCTAAGAGTTGCTTAAGTGGGAA‑C‑TTGAATTCTCGTCGGAGTTCACAGACCACTCGGGATTTT‑CCCTCTTGTGTTGTTCCTGCCATAATCTCCTCAGCCTTTTTAAATATTCAACTTCCATTCTTAAATTAAGATTGTCGTTTTGAAGCCTAGCAAGTTCTTGCTCTGTTTCA > CP002094/1203409‑1203594 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 6 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |