| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP002094 | 1,224,391 | 2 bp→AG | intergenic (+244/+299) | LLNZ_06440 → / ← LLNZ_06445 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP002094 | 1,224,391 | 0 | G | A | 98.7% | 297.9 / ‑3.3 | 78 | intergenic (+244/+300) | LLNZ_06440/LLNZ_06445 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (34/43); total (35/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.10e-01 | |||||||||||
| * | CP002094 | 1,224,392 | 0 | A | G | 100.0% | 318.6 / NA | 78 | intergenic (+245/+299) | LLNZ_06440/LLNZ_06445 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (35/43); total (35/43) | |||||||||||
TATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATGATATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGC‑AAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGA > CP002094/1224299‑1224483 || tATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGtatta < 1:751278/99‑1 (MQ=255)tATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGtatta < 2:1193174/99‑1 (MQ=255) aTTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGtattat < 2:416567/99‑1 (MQ=255) aTTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGtattat < 1:1307482/99‑1 (MQ=255) ttGAGGTTAGTATCGGGGACAGTATTGAGGGCAGCATTAGGGTTAGGATTAGGGACGGTATTAGGGTCAGTATTTAGGTCCGTATTAAATAGTattatt > 1:1584878/1‑99 (MQ=21) gAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTaa < 1:87038/99‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTaa > 2:55434/1‑99 (MQ=255) gTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTNNATAGTATTATTAATTTTAAt > 2:314044/1‑99 (MQ=255) gTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAAt < 1:983814/99‑1 (MQ=255) tATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATa > 1:113338/1‑99 (MQ=255) aTCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATAc < 1:1436623/99‑1 (MQ=255) cGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTTTTAATTTTTATACTa > 1:1041204/1‑99 (MQ=21) ggggTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAg < 2:1442197/99‑1 (MQ=255) ggTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGAc < 1:25220/99‑1 (MQ=255) ggTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGAc > 2:464089/1‑99 (MQ=255) gTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGAcc > 2:594719/1‑99 (MQ=255) tCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCt > 1:192056/1‑99 (MQ=255) tGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACaaaaa < 2:906941/99‑1 (MQ=255) gAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAAt < 1:628681/99‑1 (MQ=255) aGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAAtt > 2:136059/1‑99 (MQ=255) gttaGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTta > 1:226817/4‑99 (MQ=25) aGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAg < 1:615350/99‑1 (MQ=255) gTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGc < 2:962670/99‑1 (MQ=255) gTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGc > 1:612380/1‑99 (MQ=255) gTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGc > 1:733917/1‑99 (MQ=255) aTTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTa < 1:997039/99‑1 (MQ=255) aGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGc < 1:1587405/99‑1 (MQ=255) ttAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTg > 1:594975/1‑99 (MQ=255) ttAGTATTAGGGCCGGGATTAGGGTCAGTATTAAGGGCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTg > 2:736792/1‑99 (MQ=25) aGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTgag < 1:1113917/99‑1 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2:294011/99‑1 (MQ=255) ttAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGC‑AAACttttt < 2:1594344/99‑1 (MQ=255) gtcagtattaaggtcagtattaaATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGC‑AAACTTTTTCGTaa < 1:594719/99‑1 (MQ=255) gtcagtattaaggtcagtattaaATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGC‑AAACTTTTTCGTaa > 1:1356072/1‑99 (MQ=255) tcagtattaaggtcagtattaaATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGC‑AAACTTTTTCGTaaa < 1:1305456/99‑1 (MQ=255) agtattaaggtcagtattaaATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAACAAAACTTTTTTTTaaaa > 1:1434060/1‑98 (MQ=25) gtattaaggtcagtattaaATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGC‑AAACTTTTTCGTAAAGat > 1:850380/1‑99 (MQ=255) tattaaggtcagtattaaATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGC‑AAACTTTTTCGTAAAGata > 1:936732/1‑99 (MQ=255) 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2:1518085/99‑1 (MQ=255) ttaaATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGC‑AAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATga < 1:209675/99‑1 (MQ=255) || TATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATGATATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGC‑AAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGA > CP002094/1224299‑1224483 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |