Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_017635	3,179,423	(A)7→8	intergenic (+11/‑71)	yqeI → / → ECW_RS15855	transcriptional regulator/hypothetical protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_017635	3,179,416	1	.	A	100.0%	196.7 / NA	55	intergenic (+4/‑78)	yqeI/ECW_RS15855	transcriptional regulator/hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base . (0/0);  new base A (17/38);  total (17/38)

GCAGACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATT  >  NC_017635/3179368‑3179460                                                  |                                             gCAGACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATtat                                               <  2:1912210/49‑1 (MQ=255)   aGACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTTATTAT‑aa                                            >  1:278887/1‑49 (MQ=255)   aGACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑aa                                            >  2:1006908/1‑49 (MQ=255)    gACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑aaaa                                          <  2:629463/50‑1 (MQ=255)     aCTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGAGATTGATTAT‑aaaa                                          >  1:1180705/1‑49 (MQ=255)        gTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑aaaaaaaa                                      >  1:205277/1‑49 (MQ=255)        gTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑aaaaaaaa                                      >  1:1122877/1‑49 (MQ=255)         tttAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑aaaaaaaac                                     <  2:1298285/50‑3 (MQ=255)         tttAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑aaaaaaaac                                     <  1:566755/50‑3 (MQ=255)         tttAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑aaaaaaaac                                     >  2:1941579/1‑48 (MQ=255)         tttAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑aaaaaaa                                       <  2:685243/48‑1 (MQ=255)         tttAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑aaaaaaa                                       <  1:1531091/48‑1 (MQ=255)             aCCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACttat                                  <  1:610274/50‑1 (MQ=39)             aCCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACttat                                  <  2:1917558/50‑1 (MQ=39)              cccTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACttat                                  >  1:632171/1‑49 (MQ=38)               ccTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACttatta                                <  1:1652740/50‑1 (MQ=39)               ccTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACttatta                                <  1:393114/50‑1 (MQ=39)                cTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTtattat                               <  2:2061112/50‑1 (MQ=39)                  gTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTattatt                              >  2:357370/1‑49 (MQ=38)                   tCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTattatt                              <  2:1725792/48‑1 (MQ=38)                   tCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTattatt                              <  2:1553296/48‑1 (MQ=38)                   tCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTattatt                              <  1:1453121/48‑1 (MQ=38)                   tCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTAttattta                            <  2:1220992/50‑1 (MQ=39)                   tCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTAttattt                             <  2:964125/49‑1 (MQ=38)                   tCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTAttattt                             <  1:1590562/49‑1 (MQ=38)                    cTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTAttatttat                           >  2:144619/1‑50 (MQ=39)                    cTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTAttatttat                           >  1:1114255/1‑50 (MQ=39)                    cTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTAttatttat                           >  2:1969970/1‑50 (MQ=39)                      tACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTatttattt                         >  1:1718348/1‑50 (MQ=39)                       aCCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTAttatttat                           <  1:303842/47‑1 (MQ=38)                       aCCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTAttatttat                           <  1:701423/47‑1 (MQ=38)                       aCCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTatttattt                         <  1:1940156/49‑1 (MQ=38)                        ccGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTAtttt                        <  2:1369816/49‑1 (MQ=38)                        ccGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTAtttt                        <  1:111363/49‑1 (MQ=38)                        ccGTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTa                       <  1:1757749/50‑1 (MQ=39)                        ccGAGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTa                       <  2:1659849/50‑1 (MQ=38)                          gTGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGt                     >  2:1091605/1‑50 (MQ=39)                           tGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGtt                    <  1:1018388/50‑1 (MQ=39)                           tGAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGtt                    <  1:167136/50‑1 (MQ=39)                            gAGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGttt                   >  2:791883/1‑50 (MQ=39)                             aGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGtttt                  <  1:1310880/50‑1 (MQ=39)                             aGGTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGttt                   <  2:1222776/49‑1 (MQ=38)                              ggTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGttttt                 <  2:1789820/50‑1 (MQ=39)                              ggTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGttttt                 <  2:769928/50‑1 (MQ=39)                              ggTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGttttt                 <  1:1293388/50‑1 (MQ=39)                               gTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTa                <  1:2075077/50‑1 (MQ=39)                               gTTAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTa                <  1:1846465/50‑1 (MQ=39)                                ttAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTAt               <  2:987833/50‑1 (MQ=39)                                ttAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTAt               >  1:1226634/1‑50 (MQ=39)                                ttAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTAt               <  1:1806427/50‑1 (MQ=39)                                 tAATCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTAt               >  2:1644205/1‑49 (MQ=39)                                  aaTCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTAt               >  2:1576086/1‑48 (MQ=255)                                  aaTCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTAt               >  1:1400555/1‑48 (MQ=255)                                   aTCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCa             <  2:1461138/49‑1 (MQ=255)                                   aTCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCa             <  2:669799/49‑1 (MQ=255)                                   aTCGTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAg            <  2:169497/50‑1 (MQ=255)                                      gTGATTGATTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTg          <  2:327196/49‑1 (MQ=255)                                       tgattgatTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTggg        <  2:1074911/50‑1 (MQ=255)                                       tgattgatTATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTggg        >  2:1665033/1‑50 (MQ=255)                                         attgattATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGtt      >  1:1169506/1‑50 (MQ=255)                                           tgattATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTa    >  1:1167685/1‑50 (MQ=255)                                            gattATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTa    <  1:350885/49‑1 (MQ=255)                                            gattATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTa    <  2:1348726/49‑1 (MQ=255)                                            gattATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTa    <  2:942452/49‑1 (MQ=255)                                             attATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTAtt  >  2:468766/1‑50 (MQ=255)                                             attATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTAtt  >  1:392693/1‑50 (MQ=255)                                             attATAAAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTAtt  <  1:535121/50‑1 (MQ=255)                                                  |                                             GCAGACTGTTTAACCCTGTCTTACCGTGAGGTTAATCGTGATTGATTAT‑AAAAAAACTTATTATTTATTTTAGTTTTTATCAGTGGGTTTATT  >  NC_017635/3179368‑3179460

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑