Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_017635	4,110,754	G→T	V8L (GTG→TTG)	tnaC →	tryptophanase leader peptide

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_017635	4,110,754	0	G	T	100.0%	304.1 / NA	83	V8L (GTG→TTG)	tnaC	tryptophanase leader peptide
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base T (50/33);  total (50/33)

CGTGTCTTTCGAGGATAAGTGCATTATGAATATCTTACATATATGTGTGACCTCAAAATGGTTCAATATCGACAATAAGATTGTCGATCACCG  >  NC_017635/4110708‑4110800                                               |                                               cGTGTCTTTCGAGGATAAGTGCATTATGAATATCTTACATATATGTTTGa                                             >  1:1427925/1‑50 (MQ=255)  gtgtCTTTCGAGGATAAGTGCATTATGAATATCTTACATATAtgtttg                                              <  2:1473065/48‑1 (MQ=255)  gtgtCTTTCGAGGATAAGTGCATTATGAATATCTTACATATAtgtttg                                              <  2:534042/48‑1 (MQ=255)  gtgtCTTTCGAGGATAAGTGCATTATGAATATCTTACATATAtgtttg                                              <  2:793823/48‑1 (MQ=255)   tgtCTTTCGAGGATAAGTGCATTATGAATATCTTACATATATGTTTGAcc                                           >  1:1852342/1‑50 (MQ=255)    gtCTTTCGAGGATAAGTGCATTATGAATATCTTACATATATGTTTGACCt                                          >  2:1329272/1‑50 (MQ=255)     tCTTTCGAGGATAAGTGCATTATGAATATCTTACATATATGTTTGACCTc                                         <  1:1985266/50‑1 (MQ=255)       tttCGAGGATAAGTGCATTATGAATATCTTACATATATGTTTGACCTCa                                        >  1:1841252/1‑49 (MQ=255)        ttCGAGGATAAGTGCATTATGAATATCTTACATATATGTTTGACCTCaa                                       >  2:1943051/1‑49 (MQ=255)         tCGAGGATAAGTGCATTATGAATATCTTACATATATGTTTGACCTCaaaa                                     >  2:218673/1‑50 (MQ=255)         tCGAGGATAAGTGCATTATGAATATCTTACATATATGTTTGACCTCaaa                                      <  1:245376/49‑1 (MQ=255)         tCGAGGATAAGTGCATTATGAATATCTTACATATATGTTTGACCTCaa                                       <  2:1609263/48‑1 (MQ=255)          cGAGGATAAGTGCATTATGAATATCTTACATATATGTTTGACCTCaaaa                                     <  1:1236309/49‑1 (MQ=255)          cGAGGATAAGTGCATTATGAATATCTTACATATATGTTTGACCTCaaaa                                     <  1:175725/49‑1 (MQ=255)          cGAGGATAAGTGCATTATGAATATCTTACATATATGTTTGACCTCAAAAt                                    >  2:1725573/1‑50 (MQ=255)           gAGGATAAGTGCATTATGAATATCTTACATATATGTTTGACCTCAAAAt                                    <  1:273920/49‑1 (MQ=255)           gAGGATAAGTGCATTATGAATATCTTACATATATGTTTGACCTCAAAATg                                   <  1:1771057/50‑1 (MQ=255)            aGGATAAGTGCATTATGAATATCTTACATATATGTTTGACCTCAAAATgg                                  >  1:274017/1‑50 (MQ=255)            aGGATAAGTGCATTATGAATATCTTACATATATGTTTGACCTCAAAATgg                                  <  1:1389914/50‑1 (MQ=255)            aGGATAAGTGCATTATGAATATCTTACATATATGTTTGACCTCAAAATgg                                  >  1:539653/1‑50 (MQ=255)              gATAAGTGCATTATGAATATCTTACATATATGTTTGACCTCAAAATGGtt                                >  1:961532/1‑50 (MQ=255)              gATAAGTGCATTATGAATATCTTACATATATGTTTGACCTCAAAATGGtt                                >  1:1037341/1‑50 (MQ=255)              gATAAGTGCATTATGAATATCTTACATATATGTTTGACCTCAAAATGGtt                                >  2:569064/1‑50 (MQ=255)               aTAAGTGCATTATGAATATCTTACATATATGTTTGACCTCAAAATGGtt                                >  2:56943/1‑49 (MQ=255)               aTAAGTGCATTATGAATATCTTACATATATGTTTGACCTCAAAATGGTTc                               <  1:119473/50‑1 (MQ=255)                tAAGTGCATTATGAATATCTTACATATATGTTTGACCTCAAAATGGTTc                               >  1:514696/1‑49 (MQ=255)                tAAGTGCATTATGAATATCTTACATATATGTTTGACCTCAAAATGGTTc                               >  2:1404259/1‑49 (MQ=255)                 aaGTGCATTATGAATATCTTACATATATGTTTGACCTCAAAATGGTTCaa                             >  1:362943/1‑50 (MQ=255)                  aGTGCATTATGAATATCTTACATATATGTTTGACCTCAAAATGGTTCaa                             <  1:1961764/49‑1 (MQ=255)                  aGTGCATTATGAATATCTTACATATATGTTTGACCTCAAAATGGTTCAat                            <  1:1474686/50‑1 (MQ=255)                   gTGCATTATGAATATCTTACATATATGTTTGACCTCAAAATGGTTCAata                           <  2:695664/50‑1 (MQ=255)                    tGCATTATGAATATCTTACATATATGTTTGACCTCAAAATGGTTCAatat                          <  2:1949511/50‑1 (MQ=255)                     gCATTATGAATATCTTACATATATGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATc                         >  1:1697779/1‑50 (MQ=255)                      cATTATGAATATCTTACATATATGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATc                         >  2:2076781/1‑49 (MQ=255)                      cATTATGAATATCTTACATATATGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATc                         <  1:1183825/49‑1 (MQ=255)                      cATTATGAATATCTTACATATATGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATc                         >  2:43471/1‑49 (MQ=255)                      cATTATGAATATCTTACATATATGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATc                         >  1:1983260/1‑49 (MQ=255)                      cATTATGAATATCTTACATATATGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATc                         >  1:1948026/1‑49 (MQ=255)                      cATTATGAATATCTTACATATATGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATc                         >  2:76519/1‑49 (MQ=255)                      cATTATGAATATCTTACATATATGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATc                         <  1:1399532/49‑1 (MQ=255)                      cATTATGAATATCTTACATATATGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATCg                        <  1:1225698/50‑1 (MQ=255)                       aTTATGAATATCTTACATATATGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATCGa                       <  2:812014/50‑1 (MQ=255)                       aTTATGAATATCTTACATATATGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATCGa                       >  2:1466381/1‑50 (MQ=255)                       aTTATGAATATCTTACATATATGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATCGa                       >  2:2040534/1‑50 (MQ=255)                         tATGAGTATCTTACATATATGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATCGAc                      >  1:891945/1‑49 (MQ=39)                           tGAATATCTTACATATATGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATCGACaa                    >  2:245917/1‑49 (MQ=255)                           tGAATATCTTACATATATGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATCGACaa                    >  2:223532/1‑49 (MQ=255)                           tGAATATCTTACATATATGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATCGACAAt                   <  1:207704/50‑1 (MQ=255)                            gAATATCTTACATATATGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATCGACAAt                   >  1:1179893/1‑49 (MQ=255)                            gAATATCTTACATATATGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATCGACAAt                   >  1:486869/1‑49 (MQ=255)                             aaTATCTTACATATATGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATCGACAAt                   >  2:1667189/1‑48 (MQ=255)                             aaTATCTTACATATATGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATCGACAAt                   >  1:166999/1‑48 (MQ=255)                             aaTATCTTACATATATGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATCGACAATaa                 <  1:624212/50‑1 (MQ=255)                              atatCTTACATATATGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATCGACAAt                   >  2:486096/1‑47 (MQ=255)                              atatCTTACATATATGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATCGACAATAAg                <  2:1071158/50‑1 (MQ=255)                               tatCTTACATATATGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATCGACAAt                   >  1:120980/1‑46 (MQ=255)                                atCTTACATATATGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATCGACAATAAGAt              >  2:1070863/1‑50 (MQ=255)                                atCTTACATATATGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATCGACAATAAGAt              >  2:874581/1‑50 (MQ=255)                                atCTTACATATATGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATCGACAATAAGAt              >  1:1409603/1‑50 (MQ=255)                                atCTTACATATATGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATCGACAATAAGAt              >  1:1928161/1‑50 (MQ=255)                                 tCTTACATATATGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATCGACAATAAGAtt             >  1:1488146/1‑50 (MQ=255)                                 tCTTACATATATGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATCGACAATAAGAt              <  2:427408/49‑1 (MQ=255)                                 tCTTACATATATGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATCGACAATAAGAt              <  2:978100/49‑1 (MQ=255)                                  cTTACATATATGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATCGACAATAAGATTg            >  2:807837/1‑50 (MQ=255)                                  cTTACATATATGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATCGACAATAAGATTg            >  2:627200/1‑50 (MQ=255)                                  cTTACATATATGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATCGACAATAAGATTg            >  1:774702/1‑50 (MQ=255)                                     aCATATATGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATCGACAATAAGATTg            <  1:1191298/47‑1 (MQ=255)                                     aCATATATGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATCGACAATAAGATTGt           <  1:909972/48‑1 (MQ=255)                                     aCATATATGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATCGACAATAAGATTGTc          <  2:1922504/49‑1 (MQ=255)                                     aCATATATGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATCGACAATAAGATTGTc          >  2:374784/1‑49 (MQ=255)                                     aCATATATGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATCGACAATAAGATTGTc          <  2:482251/49‑1 (MQ=255)                                     aCATATATGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATCGACAATAAGATTGTc          <  1:320520/49‑1 (MQ=255)                                      cATATATGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATCGACAATAAGATTGTCg         <  1:1671295/49‑1 (MQ=255)                                       atatatGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATCGACAATAAGATTGTCGAt       >  2:1812232/1‑50 (MQ=255)                                       atatatGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATCGACAATAAGATTGTCGAt       >  1:1981501/1‑50 (MQ=255)                                       atatatGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATCGACAATAAGATTGTCGAt       >  1:311832/1‑50 (MQ=255)                                       atatatGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATCGACAATAAGATTGTCGAt       >  2:1691940/1‑50 (MQ=255)                                        tatatGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATCGACAATAAGATTGTCGAt       >  1:799131/1‑49 (MQ=255)                                        tatatGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATCGACAATAAGATTGTCGATc      <  1:915912/50‑1 (MQ=255)                                        tatatGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATCGACAATAAGATTGTCGATc      <  1:1894959/50‑1 (MQ=255)                                        tatatGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATCGACAATAAGATTGTCGATc      <  2:1738727/50‑1 (MQ=255)                                         atatGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATCGACAATAAGATTGTCGATCa     >  2:1437963/1‑50 (MQ=255)                                         atatGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATCGACAATAAGATTGTCGATCa     >  1:1009538/1‑50 (MQ=255)                                          tatGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATCGACAATAAGATTGTCGATCa     <  1:1351876/49‑1 (MQ=255)                                          tatGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATCGACAATAAGATTGTCGATCAc    <  2:1174732/50‑1 (MQ=255)                                          tatGTTTGACCTCAAAATGGTTCAATATCGACAATAAGATTGTCGATCAc    >  1:1284155/1‑50 (MQ=255)                                            tgtttgCCCTCAAAATGGTTCAATATCGACAATAAGATTGTCGATCACCg  <  2:585155/50‑1 (MQ=255)                                            tgtttgACCTCAAAATGGTTCAATATCGACAATAAGATTGTCGATCAcc   <  1:590414/49‑1 (MQ=255)                                            tgtttgACCTCAAAATGGTTCAATATCGACAATAAGATTGTCGATCAcc   <  1:265824/49‑1 (MQ=255)                                            tgtttgACCTCAAAATGGTTCAATATCGACAATAAGATTGTCGATCAcc   <  1:1963236/49‑1 (MQ=255)                                               |                                               CGTGTCTTTCGAGGATAAGTGCATTATGAATATCTTACATATATGTGTGACCTCAAAATGGTTCAATATCGACAATAAGATTGTCGATCACCG  >  NC_017635/4110708‑4110800

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑