| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP009273 | 3,081,838 | G→A | A66T (GCA→ACA) | galP → | galactose/proton symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 3,081,838 | 0 | G | A | 99.2% | 464.5 / NA | 125 | A66T (GCA→ACA) | galP | galactose/proton symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (67/56); total (67/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
TACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGATATCGGTGTAATTGCTGGCGCACTGCCGTTTATTGCAGATGAATTCCAGATTACTTCGCACACGCAAGAATGGGTCGTAAGCTCCATGATGTTCGGTGCGGCAGTCGGTGCGGTGGGCAGCGGCTGGCTCTCCTTTAAACTCGGGCGCAAAAAGAGCCTGATGATCGGCGCAATTTTGTTTGTTGCCGGTTCGCTGTTCTCTGCGGCTGCGCCAAACGTTGAAGTACTGATTCTTTCCCGCGTTCTACTGGGGCTGGCGGTGGGTGTGGCCTCTTATACCGCACCGCTGTACCTCTCTGAAATTGCGCCGGAAAAAATTCGTGGCAGTATGATCTCGATGTAT‑CAGTTGATGATCACTATCGGGATCCTCGGTGCTTATCTTTCT > NZ_CP009273/3081556‑3082122 | tACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGATATCGGTGTAATTGCTGGCGCACTGCCGTTTATTGCAGATGAATTCCAGATTACTTCGCACACGCATGCATGGGACGTAAGCTCCATGAGTTTCGGTGCCACAGtgg > 2:93588/1‑287 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |