| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_009004 | 1,942,730 | C→A | intergenic (‑61/+328) | LLMG_RS09805 ← / ← tenA | SLC13 family permease/thiaminase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_009004 | 1,942,730 | 0 | C | A | 99.6% | 2589.9 / NA | 672 | intergenic (‑61/+328) | LLMG_RS09805/tenA | SLC13 family permease/thiaminase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/3); new base A (298/369); total (298/374) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 672 total aligned reads displayed.
TCAGAAAAACTTTGTCCACTAGAAACCAGTTTTTAATGGCCGTCCAGATTTTTTGGTATTCGCGCTGAGTAGCTGAATGTTCCACTACTTCTCCTAACTAGCATATAAAATTTTGCACCACAATAAATTATAACATCTAAAGATACCAGTGACAAGCTTTTTCTCACTTAAAAGCGAATTATTTTCAAGTGAACATCTTGACTCAATAGATTCATTATTTTGACGAGATAATCATTTTAAAATTTTATATTTCACAAAACAAAAAATCCCCCTGACTAGGAGGGATCTGA > NC_009004/1942585‑1942874 | tCAGAAAAACTTTGTCCACTAGAAACCAGTTTTTAATGGCCGTCCAGATTTTTTGGTATTCGCGCTGAGTAGCTGAATGTTCCACTACTTCTCCTAACTAGCATATAAAATTTTGCACCACAATAAATTATAACATCTAAAGATAACa > 1:1345883/1‑148 (MQ=255) cAGAAAAACTTTGTCCACTAGAAACCAGTTTTTAATGGCCGTCCAGATTTTTTGGTATTCGCGCTGAGTAGCTGAATGTTCCACTACTTCTCCTAACTAGCATATAAAATTTTGCACCACAATAAATTATAACATCTAAAGATAACAg < 1:7856952/148‑1 (MQ=255) aCTTTGTCCACTAGAAACCAGTTTTTAATGGCCGTCCAGATTTTTTGGTATTCGCGCTGAGTAGCTGAATGTTCCACTACTTCTCCTAACTAGCATATAAAATTTTGCACCACAATAAATTATAACATCTAAAGATAACAGTGACAAg < 1:3697642/148‑1 (MQ=255) cTTTGTCCACTAGAAACCAGTTTTTAATGGCCGTCCAGATTTTTTGGTATTCGCGCTGAGTAGCTGAATGTTCCACTACTTCTCCTAACTAGCATATAAAATTTTGCACCACAATAAATTATAACATCTAAAGATAACAGTGACAAGc > 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tCGCGCTGAGTAGCTGAATGTTCCACTACTTCTCCTAACTAGCATATAAAATTTTGCACCACAATAAATTATAACATCTAAAGATAACAGTGACAAGCTTTTTCTCACTTAAAAGCGAATTATTTTCAAGTGAACATCTTGACTCAAt > 1:10835384/1‑148 (MQ=255) tCGCGCTGAGTAGCTGAATGTTCCACTACTTCTCCTAACTAGCATATAAAATTTTGCACCACAATAAATTATAACATCTAAAGATAACAGTGACAAGCTTTTTCTCACTTAAAAGCGAATTATTTTCAAGTGAACATCTTGACTCAAt < 1:2067976/148‑1 (MQ=255) gcgcTGAGTAGCTGAATGTTCCACTACTTCTCCTAACTAGCATATAAAATTTTGCACCACAATAAATTATAACATCTAAAGATAACAGTGACAAGCTTTTTCTCACTTAAAAGCGAATTATTTTCAAGTGAACATCTTGACTCAATAg < 1:1105431/148‑1 (MQ=255) tgcTGAGTAGCTGAATGATCCACTACTTCTCCTAACTAGCATATAAAATGTTGCACCACAATAATTTATAACATCTAAAGATAACAGTGACAAGCTTTTTCTCACTTAAAAGCGAATTATTTTCAAGTGAACATCTTGACTCAATAGa < 1:8913217/147‑1 (MQ=255) cgcTGAGTAGCTGAATGTTCCACTACTTCTCCTAACTAGCATATAAAATTTTGCACCACAATATATTATAACATCTAAAGATAACAGTGACAAGCTTTTTCTCACTTAAAAGCGAATTATTTTCAAGTGAACATCTTGACCCAATAGa < 1:8550700/148‑1 (MQ=255) 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ttATAACATCTAAAGATAACAGTGACAAGCTTTTTCTCACTTAAAAGCGAATTATTTTCAAGTGAACATCTTGACTCAATAGATTCATTATTTTGACGAGATAATCATTTTAAAATTTTATATTTCACAAAACAAAAAATCCCCCTGa < 1:1726989/148‑1 (MQ=255) ataACATCTAAAGATAACAGTGACAAGCTTTTTCTCACTTAAAAGCGAATTATTTTCAAGTGAACATCTTGACTCAATAGATTCATTATTTTGACGAGATAATCATTTTAAAATTTTATATTTCACAAAACACATAATCCCCCTGACt < 1:3927166/148‑1 (MQ=255) taACATCTAAAGATAACAGTGCCAAGCTTTTTCTCACTTAAAAGCGAATTATTTTCAAGTGAACATCTTGACTCAATAGATTCATTATTTTGACGAGATAATCATTTTAAAATTTTATATTTCACAAAACAAAAAATCCCCCTGACTa > 1:3105072/1‑148 (MQ=255) taACATCTAAAGATAACAGTGACAAGCTTTTTCTCACTTAAAAGCGAATTATTTTCAAGTGAACATCTTGACTCAATAGATTCATTATTTTGACGAGATAATCATTTTAAAATTTTATATTTCACAAAACAAAAAATCCCCCTGACTa > 1:6430951/1‑148 (MQ=255) cATCTAAAGATAACAGTGACAAGCTTTTTCTCACTTAAAAGCGAATTATTTTCAAGTGAACATCTTGACTCAATAGATTCATTATTTTGACGAGATAATCATTTTAAAATTTTATATTTCACAAAACAAAAAATCCCCCTGACTagga > 1:9302999/1‑148 (MQ=255) aTCTAAAGATAACAGTGACAAGCTATTTCTCACTTAAAAGCGAATTATTTTCAAGTGAACATCTTGACTCAATAGATTCATTATTTTGACGAGATAATCATTTTAAAATTTTATATTTCACAAAACAAAAAATCCCCCTGACTaggag < 1:5648338/148‑1 (MQ=255) tCTAAAGATAACAGTGACAAGCTTTTTCTCACTTAAAAGCGAATTATTTTCAAGTGAACATCTTGACTCAATAGATTCATTATTTTGACGAGATAATCATTTTAAAATTTTATATTTCACAAAACAAAAAATCCCCCTGACTaggagg > 1:226027/1‑148 (MQ=255) tAAAGATAACAGTGACAAGCTTTTTCTCACTTAAAAGCGAATTATTTTCAAGTGAACATCTTGACTCAATAGATTCATTATTTTGACGAGATAATCATTTTAAAATTTTATATTTCACAAAACAAAAAATCCCCCTGACTAGGAGGGa > 1:8617379/1‑148 (MQ=255) tAAAGATAACAGTGACAAGCTTTTTCTCACTTAAAAGCGAATTATTTTCAAGTGAACATCTTGACTCAATAGATTCATTATTTTGACGAGATAATCATTTTAAAATTTTATATTTCACAAAACAAAAAATCCCCCTGACTAGGAGGGa < 1:2544617/148‑1 (MQ=255) aaGATAACAGTGACAAGCTTTTTCTCACTTAAAAGCGAATTATTTTCAAGTGAACATCTTGACTCAATAGATTCATTATTTTGACGAGATAATCATTTTAAAATTTTATATTTCACAAAACAAAAAATCCCCCTGACTAGGAGGGATc > 1:10913866/1‑148 (MQ=255) aTAACAGTGACAAGCTTTTTCTCACTTAAAAGCGAATTATTTTCAAGTGAACATCTTGACTCAATAGATTCATTATTTTGACGAGATAATCATTTTAAAATTTTATATTTCACAAAACAAAAAATCCCCCTGACTAGGAGGGATCTga > 1:9861138/1‑148 (MQ=255) | TCAGAAAAACTTTGTCCACTAGAAACCAGTTTTTAATGGCCGTCCAGATTTTTTGGTATTCGCGCTGAGTAGCTGAATGTTCCACTACTTCTCCTAACTAGCATATAAAATTTTGCACCACAATAAATTATAACATCTAAAGATACCAGTGACAAGCTTTTTCTCACTTAAAAGCGAATTATTTTCAAGTGAACATCTTGACTCAATAGATTCATTATTTTGACGAGATAATCATTTTAAAATTTTATATTTCACAAAACAAAAAATCCCCCTGACTAGGAGGGATCTGA > NC_009004/1942585‑1942874 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |