| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_009004 | 1,223,557 | 2 bp→AG | intergenic (+245/+299) | LLMG_RS06320 → / ← LLMG_RS06325 | hypothetical protein/MerR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_009004 | 1,223,557 | 0 | G | A | 100.0% | 842.1 / NA | 218 | intergenic (+245/+300) | LLMG_RS06320/LLMG_RS06325 | hypothetical protein/MerR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (129/89); total (129/89) | |||||||||||
| * | NC_009004 | 1,223,558 | 0 | A | G | 99.5% | 862.5 / NA | 218 | intergenic (+246/+299) | LLMG_RS06320/LLMG_RS06325 | hypothetical protein/MerR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (129/88); total (129/89) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 219 total aligned reads displayed.
TAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAAGTGATATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATTAAGATAAGAATCTTT > NC_009004/1223419‑1223694 || gggtcGGTATTAGGGTCAGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAAtt < 1:590833/148‑1 (MQ=255) gggtcGGTATTAGGGTCAGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGACAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAAtt < 1:6921790/148‑1 (MQ=255) ggtcGGTATTAGGGTCAGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAAttt > 1:2317171/1‑148 (MQ=255) gtcGGTATTAGGGTCAGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAAtttt > 1:6214/1‑148 (MQ=255) gtcGGTATTAGGGTCAGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAAtttt < 1:9209778/148‑1 (MQ=255) ggTATTAGGGTCAGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAAt < 1:2127857/148‑1 (MQ=255) tATTAGGGTCAGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTAATAATTTTAATAc > 1:10536272/1‑148 (MQ=255) aTTAGGGTCAGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACt > 1:5447742/1‑148 (MQ=255) tAGGGTCAGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAg > 1:3981488/1‑148 (MQ=255) tAGGGTCAGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAg > 1:1824777/1‑148 (MQ=255) gggTCAGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGAc < 1:4634159/148‑1 (MQ=255) ggTCAGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGAcc > 1:752448/1‑148 (MQ=255) tCAGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTa > 1:1558143/1‑148 (MQ=255) aGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACa > 1:2021051/1‑148 (MQ=255) gTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGGCGGTATTAGGGACAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACaa < 1:4834944/148‑1 (MQ=38) tATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACaaa < 1:8065285/148‑1 (MQ=255) aTTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACaaaa < 1:6638831/148‑1 (MQ=255) gTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTtat > 1:489957/1‑148 (MQ=255) cGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCACTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAg > 1:3088183/1‑148 (MQ=255) ttGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATg > 1:9624304/1‑148 (MQ=255) ttGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATg < 1:7116568/148‑1 (MQ=255) ttGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATg > 1:10442420/1‑148 (MQ=255) tGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGCTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGc > 1:4968293/1‑148 (MQ=255) gAGGTCGATATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGCCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATACCTATGCt < 1:633526/148‑1 (MQ=37) aGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCtt < 1:7080398/148‑1 (MQ=255) aGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGACAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCtt < 1:11220430/148‑1 (MQ=255) ggTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCttt > 1:4578429/1‑148 (MQ=255) gagaGTATTGAGGTTACTATCGGGGGCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGGCCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTg < 1:7592801/145‑1 (MQ=37) tCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTgt > 1:2637569/1‑147 (MQ=255) cAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTgtg > 1:1882488/1‑146 (MQ=255) cAGTATTGAGGTTAGTATCGATGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGAAATTAAGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGTCCTACAAAAATTTATAGATATGCTTagag > 1:1720320/1‑148 (MQ=37) gTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGaa < 1:5952880/148‑1 (MQ=255) gTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGCTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTgagat > 1:4807925/1‑147 (MQ=37) tATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGaaa > 1:3041311/1‑148 (MQ=255) tATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGaaa > 1:1496200/1‑148 (MQ=255) ttGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGaaaaa > 1:3185431/1‑148 (MQ=255) tGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAg > 1:860870/1‑148 (MQ=255) tGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTAATAGCTATGCTTTGAGAAAAAg > 1:4955980/1‑148 (MQ=255) gTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCaaa > 1:6174520/1‑148 (MQ=255) tAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACt > 1:4880853/1‑148 (MQ=255) tAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACt < 1:11277030/148‑1 (MQ=255) aGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACtt > 1:5245556/1‑148 (MQ=255) tCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTc > 1:8704387/1‑148 (MQ=255) cGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCg > 1:10405100/1‑148 (MQ=255) cGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCg > 1:10824966/1‑148 (MQ=255) cGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCg > 1:8288428/1‑148 (MQ=255) ggTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTaa > 1:4364332/1‑148 (MQ=255) gTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTaaa < 1:10047654/148‑1 (MQ=255) gTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGata < 1:7352083/148‑1 (MQ=255) gTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGata < 1:7845354/148‑1 (MQ=255) gTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGata > 1:3598127/1‑148 (MQ=255) tATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGGAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGatat > 1:2782550/1‑148 (MQ=255) aTTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGAtata > 1:8568061/1‑148 (MQ=255) aTTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGAATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGTAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGAtata > 1:6620190/1‑148 (MQ=25) tGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATAcc < 1:6081379/148‑1 (MQ=255) gAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCt < 1:7165427/148‑1 (MQ=255) ggTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTaa > 1:8165885/1‑148 (MQ=255) gTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTaaa > 1:387323/1‑148 (MQ=255) gTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTaaa > 1:8961860/1‑148 (MQ=255) gTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTaaa > 1:2501371/1‑148 (MQ=255) gTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTaaa > 1:1154284/1‑148 (MQ=255) gTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAAt < 1:4318429/148‑1 (MQ=255) ttAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATgag < 1:1746359/148‑1 (MQ=255) tAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATgaga > 1:9694251/1‑148 (MQ=255) tAGGGTTAGTATTAGGGTCGGAATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGTGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATgaga > 1:2221082/1‑148 (MQ=25) ggTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGagagag < 1:5562961/148‑1 (MQ=255) ggTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGagagag > 1:7900412/1‑148 (MQ=255) ggTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGagagag < 1:8478945/148‑1 (MQ=255) gTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGc > 1:6474059/1‑148 (MQ=255) ttAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAATAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCg > 1:9327994/1‑148 (MQ=255) tAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGt > 1:9754110/1‑148 (MQ=255) tATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGttat < 1:10698710/148‑1 (MQ=255) aTTATGGTCGGTTTTAGGGTCAGTATTAAGGCCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGttatt < 1:11028055/148‑1 (MQ=25) aTTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGttatt > 1:2807149/1‑148 (MQ=255) ttAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGttatta > 1:517036/1‑148 (MQ=255) aGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTattatt < 1:2952528/148‑1 (MQ=255) cGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAAt < 1:5217308/148‑1 (MQ=255) ggTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATc > 1:5870119/1‑148 (MQ=255) gTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCg > 1:7310265/1‑148 (MQ=255) tATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGt < 1:6314798/148‑1 (MQ=255) tATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGt > 1:11073471/1‑148 (MQ=255) tAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTaa > 1:8838417/1‑148 (MQ=255) ggtcagtattaaggtcagtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAAt < 1:7723864/148‑1 (MQ=255) gtcagtattaaggtcagtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAAtt > 1:4644474/1‑148 (MQ=255) agtattaaggtcagtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATtaag < 1:7666154/148‑1 (MQ=255) gtattaaggtcagtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATtaaga > 1:8752396/1‑148 (MQ=255) tattaaggtcagtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATtaagat < 1:28735/148‑1 (MQ=255) tattaaggtcagtatt‑aaGTAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTATTTCGTAAAGATATATCTAAAAAATGAGAGAGCGATATTATTTTCATTGTTAAAATtaagat < 1:778812/148‑1 (MQ=255) attaaggtcagtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATtaagata > 1:10772719/1‑148 (MQ=255) taaggtcagtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATtaagataag > 1:8409169/1‑148 (MQ=255) taaggtcagtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATtaagataag > 1:562320/1‑148 (MQ=255) taaggtcagtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATtaagataag > 1:11415818/1‑148 (MQ=255) taaggtcagtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATtaagataag > 1:9666452/1‑148 (MQ=255) aggtcagtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATTAAGATAAGaa > 1:9554918/1‑148 (MQ=255) gtcagtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATTAAGATAAGAATc > 1:3493851/1‑148 (MQ=255) cagtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATTAAGATAAGAATCtt < 1:3387797/148‑1 (MQ=255) cagtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATTAAGATAAGAATCtt < 1:5574454/148‑1 (MQ=255) cagtattaaA‑TAATATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATTAAGATAAGAATCtt < 1:4232442/148‑1 (MQ=255) agtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATTAAGATAAGAATCttt < 1:8929558/148‑1 (MQ=255) agtattaaA‑TAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATTAAGATAAGAATCttt > 1:713539/1‑148 (MQ=255) || TAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAGGGTCGGTATTGAGGTCAGTATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAAGTGATATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAGAGAGCGTTATTATTTTAATCGTTAAAATTAAGATAAGAATCTTT > NC_009004/1223419‑1223694 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |