Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,493,435 | (T)6→7 | intergenic (‑187/‑440) | insG ← / → yjhB | IS4 transposase/putative transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,493,429 | 1 | . | T | 97.0% | 1054.1 / 21.4 | 270 | intergenic (‑181/‑446) | insG/yjhB | IS4 transposase/putative transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (4/4); new base T (122/137); total (126/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 289 total aligned reads displayed.
GATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTG‑T‑TTT‑TTGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGAACGGAC > CP009273/4493280‑4493574 | gATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTg < 1:5400363/150‑1 (MQ=255) cTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTG‑t‑ttt > 1:285608/1‑150 (MQ=255) tACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTG‑t‑ttt‑tt < 2:3722552/150‑1 (MQ=255) caGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTG‑t‑ttt‑tttgat < 1:5770287/150‑5 (MQ=255) ccACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑TTT‑TTGATCTg < 1:1160709/150‑1 (MQ=255) aCTGGATCGGTCAACTGATCCTTCACTGATCGGCATTACTCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑TTT‑TTGATCTGGt < 1:2959150/150‑1 (MQ=255) cTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑TTT‑TTGATCTGGta > 1:59399/1‑150 (MQ=255) ggATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑TTT‑TTGATCTGGtata > 2:2919775/1‑150 (MQ=255) gATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑TTT‑TTGATCTGGTATaa < 2:3156866/150‑1 (MQ=255) aTCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑TTT‑TTGATCTGGTATAAc < 1:3874165/150‑1 (MQ=255) aTCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑TTT‑TTGATCTGGTATAAc < 1:26363/150‑1 (MQ=255) ggTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑TTT‑TTGATCTGGTATAACAgg > 2:1690703/1‑150 (MQ=255) ggTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑TTT‑TTGATCTGGTATAACAgg > 1:4124650/1‑150 (MQ=255) tCAACTGATCCTAAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑TTT‑TTGATCTGGTATACCAGGta < 2:1090279/150‑1 (MQ=255) aCTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑TTT‑TTGATCTGGTATAACAGGTATaa > 2:3210160/1‑150 (MQ=255) aCTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑TTT‑TTGATCTGGTATAACAGGTATaa > 2:5587051/1‑150 (MQ=255) cTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑TTT‑TTGATCTGGTATAACAGGTATaaa < 1:960937/150‑1 (MQ=255) tGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑TTT‑TTGATCTGGTATAACAGGTATAAAg < 1:2994451/150‑1 (MQ=255) 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gCTTG‑T‑TTTATTGATCTGGTATAACAGGAAAAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTATATTCAACCTGAACGGa < 2:4577401/150‑1 (MQ=255) cTTG‑T‑TTTGTTGATCTGGTATAACATGTATAAAGTTATACAGAAAATCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGGAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCATTCCTCCTTAGACGAAGGGAGTTTGATTCAACCTGAACGGAc > 2:4317742/1‑150 (MQ=255) | GATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTG‑T‑TTT‑TTGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGAACGGAC > CP009273/4493280‑4493574 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |