| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP009273 | 372,879 | 0 | G | T | 51.7% | 395.3 / inf | 663 | intergenic (+112/+112) | yaiL/frmB | DUF2058 family protein/S‑formylglutathione hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (173/146); new base T (158/184); total (331/332) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.31e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.58e-02 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 673 total aligned reads displayed.
ATGCCGACTTCAAAGTGCCTGATGATTTGATGTGGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAGTGTAGACCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAGTCGTGCGC‑CATGCCTGATGCGACGCTTTGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGCTTACGGGCGAAGTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAGTCGTGCTATTATCAACGCATATTCAGTTTATTGGCGTGGTAGGCAATAT > CP009273/372730‑373028 | aTGCCGACTTCAAAGTGCCTGATGATTTGATGTGGTAAACATAGAAAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAGTGTAGACCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAg > 2:5801728/1‑150 (MQ=255) cGACTTCAAAGTGCCTGATGATTTGATGTGGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAGTGTAGACCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAGTCGt > 1:424503/1‑150 (MQ=255) gACTTCAAAGTGCCTGATGATTTGATGTGGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGGTGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAGTGTAGACCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAGTCGTg > 1:5819105/1‑150 (MQ=255) 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ccGGCAGTCGTGCGC‑CATGCCTGATGCGACGCTTTGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGCTTACGGGCGAAGTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAGTCGTGCTATTATCAACGCATATTCAGTTTATTGGCGTGGTAgg > 1:5109444/1‑150 (MQ=255) ccGGCAGTCGTGCGC‑CATGCCTGATGCGACGCTTTGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGCTTACGGGCGAAGTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAGTCGTGCTATTATCAACGCATATTCAGTTTATTGGCGTGGTAgg > 1:568467/1‑150 (MQ=255) | ATGCCGACTTCAAAGTGCCTGATGATTTGATGTGGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAGTGTAGACCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAGTCGTGCGC‑CATGCCTGATGCGACGCTTTGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGCTTACGGGCGAAGTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAGTCGTGCTATTATCAACGCATATTCAGTTTATTGGCGTGGTAGGCAATAT > CP009273/372730‑373028 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |