| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 372,887 | 1 | . | T | 43.8% | 1073.9 / inf | 555 | intergenic (+120/+104) | yaiL/frmB | DUF2058 family protein/S‑formylglutathione hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (160/152); new base T (114/129); total (274/281) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.66e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 653 total aligned reads displayed.
TTCAAAGTGCCTGATGATTTGATGTGGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAGTGTAGACCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAGTCGTGCGC‑CATGCCTGATGCGACGCTTTGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGCTTACGGGCGAAGTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAGTCGTGCTATTATCAACGCATATTCAGTTTATTGGCGTGGTAGGCAATATGCTCGCC > CP009273/372738‑373035 | ttCAAAGTGCCTGATGATTTGATGTGGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAGTGTAGACCGGATAAGACGTTTACGCCGCATCCGGCATTTGTgcgc > 2:3813150/1‑150 (MQ=255) tCAAAGTGCCTGATGATTTGATGTGGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAGTGTAGACCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAGTCGTGCGc‑c > 2:4032555/1‑150 (MQ=255) acaGTGCCTGATGATTTGAAGTGGTACACATAGATAACTCTCGCTCAGATGCCTGATGCGACGCAATGCGCGTCTTATCAGGCCAACGGATTATGGGCGAAGTGTAGACCGGATAAGACGTTTACGCCGCATCCGGCAATTGTgcgctga < 2:3074325/148‑4 (MQ=25) 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tGCCAGATGATTTGATGTGGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGATTATGGGCGAAGTGTAGACCGGATAAGACGTTTACGCCGCATCCGGCATTTGTgcgctgatgcc < 2:4058071/150‑8 (MQ=21) ccTGATGATTTGATGTGGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAGTGTAGACCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAGTCGTGCGC‑CATGCCTGa > 1:961865/1‑150 (MQ=255) cTGATGATTTGATGTGGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAGTGTAGACCGGATAAGACGTTTACGCCGCATCCGGCATTTGTGCGCTGATGCCTGa < 1:2897551/150‑1 (MQ=21) cTGATGATTTGATGTGGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAGTGTAGACCGGATAAGACGTTTACGCCGCATCCGGCATTTGTGCGCTGATGCCTGa < 2:2497004/150‑1 (MQ=21) cTGATGATTTGATGTGGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAGTGTAGACCGGATAAGACGTTTACGCCGCATCCGGCATTTGTGCGCTGATGCCTGa < 2:5123143/150‑1 (MQ=21) 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tttGATGTGGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAGTGTAGACCGGATAAGACGTTTACGCCGCATCCGGCATTTGTGCGCTGATGCCTGATGCGACg > 2:2764710/1‑150 (MQ=21) gATGTGGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAGTGTAGACCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAGTCGTGCGC‑CATGCCTGATGCGACGCttt < 2:768127/150‑1 (MQ=255) gATGTGGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAGTGTAGACCGGATAAGACGTTTACGCCGCATCCGGCATTTGTGCGCTGATGCCTGATGCGACGCtg < 1:4458295/150‑2 (MQ=21) gATGTGGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAGTGTAGACCGGATAAGACGTTTACGCCGCATCCGGCATTTGTGCGCTGATGCCTGATGCGACGCtg < 1:2818602/150‑2 (MQ=21) tgGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAGTGTAGACCGGATAAGACGTTTACGCCGCATCCGGCATTTGTGCGCTGATGCCTGATGCGACGCtgacgc > 1:1432258/1‑145 (MQ=21) 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tCGTGCGC‑CATGCCTGATGCGACGCTTTGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGCTTACGGGCGAAGTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAGTCGTGCTATTATCAACGCATATTCAGTTTATTGGCGTGGTAGGCAATATg > 1:5505474/1‑150 (MQ=255) tGCGC‑CATGCCAGATGCGACGCTTTGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGCTTACGGGCGAAGTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAGTCGTGCTATTATCAACGCATATTCAGTTTATTGGCGTGGTAGGCAATATGCTc < 2:4601319/150‑1 (MQ=255) | TTCAAAGTGCCTGATGATTTGATGTGGTAAACATAGATAAGTCGTGCGCAGATGCCTGATGCGACGCTATGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGTTTATGGGCGAAGTGTAGACCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAGTCGTGCGC‑CATGCCTGATGCGACGCTTTGCGCGTCTTATCAGGCCTACGGCTTACGGGCGAAGTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAGTCGTGCTATTATCAACGCATATTCAGTTTATTGGCGTGGTAGGCAATATGCTCGCC > CP009273/372738‑373035 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |