Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 580,799 | 0 | T | C | 46.5% | 241.3 / inf | 511 | R97R (CGA→CGG) | ompT | DLP12 prophage; outer membrane protease VII (outer membrane protein 3b) |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.03e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 511 total aligned reads displayed.
GGTAATTGGGTTCGTTGAGGAGCCAGCCTTTGATATTCAGATCAAATTCGTTGGCATAATTGAGTTGTGTATCAGGGTGTCTACTTTCATCCGTCCAGGTTCCGGGGTTACTGGAATCCATCCAGTCCTGATCGACCATATTGCCACCTCGGCTGCCGAGAGTTGTCCAGCCAGCAGCCCCGATAGATATCTGGGGCATCAAATCCCAATTAATTGCACCTTTAATAATTGCAGCGTTATTGAATTTCCAGTCGAGTTGACTGACTTTTCGGCCTCCTTCTTCGGCTAGATAAACAC > CP009273/580651‑580947 | aTTGGGTTCGTTGAGGAGCCAGCCTTTGATATTCAGATCAAATTCGTTGGCATAATTGAGTTGTGTATCAGGGTGTCTACTTTCATCCGTCCAGGTTCCGGGGTTACTGGAATCCATCCAGTCCTGATCGACCATATTGCCACCTCGGCt > 1:6126370/1‑150 (MQ=255) aaaaccagccTTTAACGTTCAAATCAAATTCGTTGGCATAATTAAGACGTGTATCAGGATGCCTGCTTTCATCTGTCCATGTTCCGGGAGTCCCGGAATCCATCCAGTCCTGATCAACCATATTCCCCCCCCGACTATTGAGAGTGGTcc > 1:2746986/5‑150 (MQ=255) gccagccTTTGATATTCAGATCAAATTCGTTGGCATAATTGAGTTGTGTATCAGGGTGTCTACTTTCATCCGTCCAGGTTCCGGGGTTACTGGAATCCATCCAGTCCTGATCGACCATATTGCCACCTCGGCTGCCGAGAGTTGTccagc < 2:5325536/150‑1 (MQ=255) accagccTTTAACGTTCAAATCAAATTCGTTGGCATAATTAAGACGTGTATCAGGATGCCTGCTTTCATCTGTCCATGTTCCGGGAGTCCCGGAATCCATCCAGTCCTGATCAACCATATTCCCCCCCCGACTATTGAGAGTGGTccagc > 1:1921332/2‑150 (MQ=255) ccagccTTTGATATTCAGATCAAATTCGTTGGCATAATTGAGTTGTGTATCAGGGTGTCTACTTTCATCCGTCCAGGTTCCGGGGTTACTGGAATCCATCCAGTCCTGATCGACCATATTGCCACCTCGGCTGCCGAGAGTTGTccagcc > 1:1342230/1‑150 (MQ=255) ccagccTTTAACGTTCAAATCAAATTCGTTGGCATAATTAAGACGTGTATCAGGATGCCTGCTTTCATCTGTCCATGTTCCGGGAGTCCCGGAATCCATCCAGTCCTGATCAACCATATTCCCCCCCCGACTATTGAGAGTGGTccagcc < 1:5654789/150‑1 (MQ=255) ccagccTTTAACGTTCAAATCAAATTCGTTGGCATAATTAAGACGTGTATCAGGATGCCTGCTTTCATCTGTCCATGTTCCGGGAGTCCCGGAATCCATCCAGTCCTGATCAACCATATTCCCCCCCCGACTATTGAGAGTGGTccagcc > 1:1649101/1‑150 (MQ=255) ccagccTTTAACGTTCAAATCAAATTCGTTGGCATAATTAAGACGTGTATCAGGATGCCTGCTTTCATCTGTCCATGTTCCGGGAGTCCCGGAATCCATCCAGTCCTGATCAACCATATTCCCCCCCCGACTATTGAGAGTGGTccagcc < 2:1886439/150‑1 (MQ=255) cagccTTTGATATTCAGATCAAATTCGTTGGCATAATTGAGTTGTGTATCAGGGTGTCTACTTTCATCCGTCCAGGTTCCGGGGTTACTGGAATCCATCCAGTCCTGATCGACCATATTGCCACCTCGGCTGCCGAGAGTTGTccagcca > 2:665249/1‑150 (MQ=255) agccTTTGATATTCAGATCAAATTCGTTGGCATAATTGAGTTGTGTATCAGGGTGTCTACTTTCATCCGTCCAGGTTCCGGGGTTACTGGAATCCATCCAGTCCTGATCGACCATATTGCCACCTCGGCTGCCGAGAGTTGTccagccag > 2:3052578/1‑150 (MQ=255) agccTTTGATATTCAGATCAAATTCGTTGGCATAATTGAGTTGTGTATCAGGGTGTCTACTTTCATCCGTCCAGGTTCCGGGGTTACTGGAATCCATCCAGTCCTGATCGACCATATTGCCACCTCGGCTGCCGAGAGTTGTccagccag < 2:5208250/150‑1 (MQ=255) agccTTTAACGTTCAAATCAAATTCGTTGGCATAATTAAGACGTGTATCAGGATGCCTGCTTTCATCTGTCCATGTTCCGGGAGTCCCGGAATCCATCCAGTCCTGATCAACCATATTCCCCCCCCGACTATTGAGAGTGGTccagccag > 1:2392238/1‑150 (MQ=255) ccTTTGATATTCAGATCAAATTCGTTGGCATAATTGAGTTGTGTATCAGGGTGTCTACTTTCATCCGTCCAGGTTCCGGGGTTACTGGAATCCATCCAGTCCTGATCGACCATATTGCCACCTCGGCTGCCGAGAGTTGTCCAGCcagca < 2:118074/150‑1 (MQ=255) ccTTTGATATTCAGATCAAATTCGTTGGCATAATTGAGTTGTGTATCAGGGTGTCTACTTTCATCCGTCCAGGTTCCGGGGTTACTGGAATCCATCCAGTCCTGATCGACCATATTGCCACCTCGGCTGCCGAGAGTTGTCCAGCcagca > 1:2425056/1‑150 (MQ=255) tttaacgttCAAATCAAATTCGTTGGCATAATTAAGACGTGTATCAGGATGCCTGCTTTCATCTGTCCATGTTCCGGGAGTCCCGGAATCCATCCAGTCCTGATCAACCATATTCCCCCCCCGACTATTGAGAGTGGTCCAGCCagctgc > 1:620435/8‑150 (MQ=255) tttaacgttCAAATCAAATTCGTTGGCATAATTAAGACGTGTATCAGGATGCCTGCTTTCATCTGTCCATGTTCCGGGAGTCCCGGAATCCATCCAGTCCTGATCAACCATATTCCCCCCCCGACTATTGAGAGTGGTCCAGCCagctgc > 2:2999920/8‑150 (MQ=255) tttaacgttCAAATCAAATTCGTTGGCATAATTAAGACGTGTATCAGGATGCCTGCTTTCATCTGTCCATGTTCCGGGAGTCCCGGAATCCATCCAGTCCTGATCAACCATATTCCCCCCCCGACTATTGAGAGTGGTCCAGCCagctgc > 1:2210302/8‑150 (MQ=255) tttaacgttCAAATCAAATTCGTTGGCATAATTAAGACGTGTATCAGGATGCCTGCTTTCATCTGTCCATGTTCCGGGAGTCCCGGAATCCATCCAGTCCTGATCAACCATATTCCCCCCCCGACTAGTGAGAGTGGTCCAGCCagctgc > 2:1341838/8‑150 (MQ=255) 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caaaTCAAATTCGTTGGCATAATTAAGACGTGTATCAGGATGCCTGCTTTCATCTGTCCATGTTCCGGGAGTCCCGGAATCCATCCAGTCCTGATCAACCATATTCCCCCCCCGACTATTGAGAGTGGTCCAGCCAGCTGCACCaacaga > 1:3254543/4‑150 (MQ=255) caaaTCAAATTCGTTGGCATAATTAAGACGTGTATCAGGATGCCTGCTTTCATCTGTCCATGTTCCGGGAGTCCCGGAATCCATCCAGTCCTGATCAACCATATTCCCCCCCCGACTATTGAGAGTGGTCCAGCCAGCTGCACCaacaga < 1:4794034/147‑1 (MQ=255) aaTCAAATTCGTTGGCATAATTAAGACGTGTATCAGGATGCCTGCTTTCATCTGTCCATGTTCCGGGAGTCCCGGAATCCATCCAGTCCTGATCAACCATATTCCCCCCCCGACTATTGAGAGTGGTCCAGCCAGCTGCACCaacagata < 1:1775303/149‑1 (MQ=255) aTCAAATTCGTTGGCATAATTAAGACGTGTATCAGGATGCCTGCTTTCATCTGTCCATGTTCCGGGAGTCCCGGAATCCATCCAGTCCTGATCAACCATATTCCCCCCCCGACTATTGAGAGTGGTCCAGCCAGCTGCACCaacagataa > 1:1840191/1‑149 (MQ=255) tCAAATTCGTTGGCATAATTGAGTTGTGTATCAGGGTGTCTACTTTCATCCGTCCAGGTTCCGGGGTTACTGGAATCCATCCAGTCCTGATCGACCATATTGCCACCTCGGCTGCCGAGAGTTGTCCAGCCAGCAGCCCCGATAGATATc < 1:4650647/150‑1 (MQ=255) 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tcccggAATCCATCCAGTCCTGATCAACCATATTCCCCCCCCGACTATTGAGAGTGGTCCAGCCAGCTGCACCAACAGATAACCATGGATTCAGCTCCCAGTTAACGGCGCCTTTAAGAATGGCGGCGTTACTGTATTTCCAGTCCAGtt > 2:2355264/5‑150 (MQ=255) cccggAATCCATCCAGTCCTGATCAACCATATTCCCCCCCCGACTATTGAGAGTGGTCCAGCCAGCTGCACCAACAGATAACCATGGATTCAGCTCCCAGTTAACGGCGCCTTTAAGAATGGCGGCGTTACTGTATTTCCAGTCCAGTtg > 1:3457485/4‑150 (MQ=255) tGGAATCCATCCAGTCCTGATCGACCATATTGCCACCTCGGCTGCCGAGAGTTGTCCAGCCAGCAGCCCCGATAGATATCTGGGGCATCAAATCCCAATTAATTGCACCTTTAATAATTGCAGCGTTATTGAATTTCCAGTCGAGTtgac > 2:2558316/1‑150 (MQ=255) atccatccAGTCCTGATCGACCATATTGCCACCTCGGCTGCCGAGAGTTGTCCAGCCAGCAGCCCCGATAGATATCTGGGGCATCAAATCCCAATTAATTGCACCTTTAATAATTGCAGCGTTATTGAATTTCCAGTCGAGTtgactgac > 1:3595716/1‑150 (MQ=255) tccaGTCCTGATCGACCATATTGCCACCTCGGCTGCCGAGAGTTGTCCAGCCAGCAGCCCCGATAGATATCTGGGGCATCAAATCCCAATTAATTGCACCTTTAATAATTGCAGCGTTATTGAATTTCCAGTCGAGTTGGCTGACTTTTc > 2:4908903/1‑150 (MQ=255) aTCGACCATATTGCCACCTCGGCTGCCGAGAGTTGTCCAGCCAGCAGCCCCGATAGATATCTGGGGCATCAAATCCCAATTAATTGCACCTTTAATAATTGCAGCGTTATTGAATTTCCAGTCGAGTTGACTGACTTTTCGGCCTCcttc > 1:1238847/1‑150 (MQ=255) aCCATATTGCCACCTCGGCTGCCGAGAGTTGTCCAGCCAGCAGCCCCGATAGATATCTGGGGCATCAAATCCCAATTAATTGCACCTTTAATAATTGCAGCGTTATTGAATTTCCAGTCGAGTTGACTGACTTTTCGGCCTCCTTCTTCg < 1:2851506/150‑1 (MQ=255) atatTGCCACCTCGGCTGCCGAGAGTTGTCCAGCCAGCAGCCCCGATAGATATCTGGGGCATCAAATCCCAATTAATTGCACCTTTAATAATTGCAGCGTTATTGAATTTCCAGTCGAGTTGACTGACTTTTCGGCCTCCTTCTTCGGCt > 2:4285935/1‑150 (MQ=255) atTGCCACCTCGGCTGCCGAGAGTTGTCCAGCCAGCAGCCCCGATAGATATCTGGGGCATCAAATCCCAATTAATTGCACCTTTAATAATTGCAGCGTTATTGATTTTCCAGTCGAGTTGACTGACTTTTCGGCCTCCTTCTTCGGCTAg > 1:4033633/1‑150 (MQ=255) atTGCCACCTCGGCTGCCGAGAGTTGTCCAGCCAGCAGCCCCGATAGATATCTGGGGCATCAAATCCCAATTAATTGCACCTTTAATAATTGCAGCGTTATTGAATTTCCAGTCGAGTTGACTGACTTTTCGGCCTCCTTCTTCGGCTAg < 1:5258888/150‑1 (MQ=255) 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ccTCGGCTGCCGAGAGTTGTCCAGCCAGCAGCCCCGATAGATATCTGGGGCATCAAATCCCAATTAATTGCACCTTTAATAATTGCAGCGTTATTGAATTTCCAGTCGAGTTGACTGACTTTTCGGCCTCCTTCTTCGGCTAGATAAaca < 1:1141820/150‑1 (MQ=255) cTCGGCTGCCGAGAGTTGTCCAGCCAGCAGCCCCGATAGATATCTGGGGCATCAAATCCCAATTAATTGCACCTTTAATAATTGCAGCGTTATTGAATTTCCAGTCGAGTTGACTGACTTTTCGGCCTCCTTCTTCGGCTAGATAAacac > 2:154858/1‑150 (MQ=255) | GGTAATTGGGTTCGTTGAGGAGCCAGCCTTTGATATTCAGATCAAATTCGTTGGCATAATTGAGTTGTGTATCAGGGTGTCTACTTTCATCCGTCCAGGTTCCGGGGTTACTGGAATCCATCCAGTCCTGATCGACCATATTGCCACCTCGGCTGCCGAGAGTTGTCCAGCCAGCAGCCCCGATAGATATCTGGGGCATCAAATCCCAATTAATTGCACCTTTAATAATTGCAGCGTTATTGAATTTCCAGTCGAGTTGACTGACTTTTCGGCCTCCTTCTTCGGCTAGATAAACAC > CP009273/580651‑580947 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |