Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 243,234 | 0 | G | T | 73.2% | 2767.5 / inf | 1387 | S12S (TCG→TCT) | yafL | putative lipoprotein and C40 family peptidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (175/196); new base T (519/496); total (694/693) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.03e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 1399 total aligned reads displayed.
TTACATAATTAACTGAAATATATATGTTAATTTTATAATAATGGTTTATTAAGTTTGTTCAGAAACGATCCGGGATACACTGCAACATTAAAGCATGACCAGCCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCGGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCCACCACATCACATATCTCTTTCAGCTACGCCGCCCGCCAGCGGATGCAAAACCGTGCGCGTTTATTAAAACAGTACCAAACTCATCTGAAAAAGCAGGCCAGCT > CP009273/243085‑243382 | cATAATTAACTGAAATATATATGTTAATTTTATAATAATGGTTTATTAAGTTTGTTCAGAAACGATCCGGGATACACTGCAACATTAAAGCATGACCAGCCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCGGGa < 2:2344452/150‑1 (MQ=255) attaTTAACTTAAATATATATGTTAATTTTATAATTATGGTTTATTAAGTTTGTTCAGAAACGTTCCGGTATACACTGCAACATTAAAGCATGTACAGCGTTTATTGAGTATTTCATTGCAGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGAt < 1:1826808/147‑1 (MQ=255) aTAATTAACTGAAATATATATGTTAATTTTATAATAATGGTTTATTAAGTTTGTTCAGAAACGATCCGGGATACACTGCAACATTAAAGCATGACCAGCCCTTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCGGGAt > 2:343963/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |