| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,493,435 | (T)6→7 | intergenic (‑187/‑440) | insG ← / → yjhB | IS4 transposase/putative transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,493,429 | 1 | . | T | 95.7% | 1244.3 / 43.4 | 332 | intergenic (‑181/‑446) | insG/yjhB | IS4 transposase/putative transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (4/10); new base T (152/163); total (156/176) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 370 total aligned reads displayed.
GATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTG‑TTT‑T‑TTGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGAACGGA > CP009273/4493280‑4493573 | gATTCTTACCCAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGAGTTTGTAACAAACTATCAGCGACAAAAATATGCTCAATTTGGGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTg < 1:4151852/150‑1 (MQ=255)gATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTg > 2:2958502/1‑150 (MQ=255) ttCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTG‑tt < 2:2169623/150‑1 (MQ=255) ttCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTG‑tt < 1:584366/150‑1 (MQ=255) tCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTG‑ttt > 2:3711209/1‑150 (MQ=255) tACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTG‑ttt‑t‑tt < 1:2049825/150‑1 (MQ=255) tACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTG‑ttt‑t‑tt < 2:6582238/150‑1 (MQ=255) acacAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTG‑ttt‑t‑ttt < 1:1894560/150‑2 (MQ=255) 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tCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTT‑T‑TTGATCTGGTATAACa > 2:2686245/1‑150 (MQ=255) tCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTT‑T‑TTGATCTGGTATAACAGGta < 1:5908902/150‑1 (MQ=255) tCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTGTGTTATGTGGATTGCTTGTTTT‑T‑TTGATCTGGTATAACAGGta < 2:879780/150‑1 (MQ=255) cTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTT‑T‑TTGATCTGGTATAACAGGTATaaa < 2:5878824/150‑1 (MQ=255) gATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTT‑T‑TTGATCTGGTATAACAGGTATAAAgg < 1:2326410/150‑1 (MQ=255) 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cAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGATTGTTTT‑T‑TTGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCAttt < 2:5651940/150‑1 (MQ=255) gTAACAAAACGCGTTTTTTTATGTGGATTGCTTGTTTT‑T‑TTGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGa < 2:6007014/150‑1 (MQ=255) tAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTT‑T‑TTGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGAc > 2:2630647/1‑150 (MQ=255) aaCAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTT‑T‑TTGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACg > 1:2906425/1‑150 (MQ=255) aaCGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTT‑T‑TTGATCTGGTATAACAGGTATACAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAggg > 2:773665/1‑150 (MQ=255) aaCGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTT‑T‑TTGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAggg < 1:1998712/150‑1 (MQ=255) aaCGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTT‑T‑TTGATCTGGTATAAAAGGTATAATGGTATACAGAATAGCAATGAAATACTGCAATGGAAAACAGCTATAACGTTAGCGGAAGTAATAACCTCTCGGTCTGTCCTCTTGTGACGTAggg > 2:4867438/1‑150 (MQ=255) ttGTTATGTGGATTGCTTGTTTT‑T‑TTGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTAt > 2:2554424/1‑150 (MQ=255) gTTATGTGGATTGCTTGTTTT‑T‑TTGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTc > 2:2270962/1‑150 (MQ=255) ttATGTGGATTGCCTGTTTT‑T‑TTGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCATCATTTGAACAAGGGAGTTTTATTCa > 1:5195423/1‑150 (MQ=255) aTGTGGATTGCTTGTTTT‑T‑TTGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTACTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAAc > 2:4674746/1‑150 (MQ=255) gtgGATTGCTTGTTTT‑T‑TTGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCt > 2:3384244/1‑150 (MQ=255) gtgGATGGCTAGTTTT‑T‑TTGATCTGGTATACCAGGGATACAGGTATACAGAACAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATCACGTAAGCTAAAGTAATACCCTCTCAGTCTTTCCTCCTTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCt < 2:6387525/150‑1 (MQ=255) tgGATTGCTTGTTTT‑T‑TTGATCTGGTGTAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGG‑AAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGa > 2:1878070/1‑150 (MQ=255) tgGATTGCTTGTTTT‑T‑TTGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTg > 2:2223981/1‑150 (MQ=255) gATTGCTTGTTTT‑T‑TTGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGaa < 1:2123688/150‑1 (MQ=255) aTTGCTTGTTTT‑T‑TTGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGAAc < 2:4095152/150‑1 (MQ=255) ttGCTTGTTTT‑T‑TTGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGAACg < 1:4075204/150‑1 (MQ=255) gCTTGTTTT‑T‑TTGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGAACGGa < 1:3122078/150‑1 (MQ=255) gCTTGTTTT‑T‑TTGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGAACGGa > 1:5482469/1‑150 (MQ=255) gCTTGTTTT‑T‑TTGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGAACGGa < 1:2427243/150‑1 (MQ=255) gCTTGTTTT‑T‑TTGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGAACGGa < 2:4340945/150‑1 (MQ=255) | GATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTG‑TTT‑T‑TTGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGAACGGA > CP009273/4493280‑4493573 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |