| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,493,435 | (T)6→7 | intergenic (‑187/‑440) | insG ← / → yjhB | IS4 transposase/putative transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,493,429 | 1 | . | T | 96.4% | 1235.8 / 37.7 | 333 | intergenic (‑181/‑446) | insG/yjhB | IS4 transposase/putative transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (6/6); new base T (158/159); total (164/169) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 358 total aligned reads displayed.
GGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTG‑T‑TT‑TTTGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGAACGGAC > CP009273/4493279‑4493574 | gATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAAGTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTG‑t > 2:5374924/1‑151 (MQ=255) aTTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTG‑t‑t < 2:2508936/151‑1 (MQ=255) ttCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTG‑t‑tt > 1:2809367/1‑151 (MQ=255) tCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTG‑t‑tt‑t > 2:1938934/1‑151 (MQ=255) cTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTG‑t‑tt‑tt > 2:1116554/1‑151 (MQ=255) tACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTG‑t‑tt‑tttt > 1:1946766/1‑150 (MQ=255) tACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTG‑t‑tt‑tttt < 2:2774385/151‑2 (MQ=255) acacAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTG‑t‑tt‑ttttg > 1:2190684/1‑149 (MQ=255) cTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑TT‑TTTGATCTGGtat > 1:2436189/1‑151 (MQ=255) ctCGGTCACCTGATCCTACCCAGCTCGGCACTAATCATGGTTCAGGTGATGGTACCACACTATCAGCTCCACCAATATGCTCACTCTGTGACAACAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGAGTGCGTG‑T‑TTATTTCATCGGGTATAACa < 2:4765074/150‑1 (MQ=255) aTCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑TT‑TTTGATCTGGTATAACa > 2:1902285/1‑151 (MQ=255) aTCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑TT‑TTTGATCTGGTATAACa < 1:5566593/151‑1 (MQ=255) aTCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCGACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑TT‑TTTGATCTGGTATAACa < 1:1615554/151‑1 (MQ=255) aTCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGATTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑TT‑TTTGATCTGGTATAACa < 1:3751306/151‑1 (MQ=255) cGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑TT‑TTTGATCTGGTATAACAgg < 1:3159350/151‑1 (MQ=255) cGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑TT‑TTTGATCTGGTATAACAgg > 1:3303799/1‑151 (MQ=255) ggTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑TT‑TTTGATCTGGTATAACAGGt < 1:1364377/151‑1 (MQ=255) ggTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑TT‑TTTGATCTGGTATAACAGGt > 1:3441085/1‑151 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |