| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,493,435 | (T)6→7 | intergenic (‑187/‑440) | insG ← / → yjhB | IS4 transposase/putative transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,493,429 | 1 | . | T | 95.9% | 1173.1 / 42.5 | 316 | intergenic (‑181/‑446) | insG/yjhB | IS4 transposase/putative transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (6/7); new base T (142/159); total (148/168) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 353 total aligned reads displayed.
GATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTG‑TTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGAACGGA > CP009273/4493280‑4493573 | gATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTg > 2:209175/1‑150 (MQ=255) ttCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTG‑tt > 2:2669758/1‑150 (MQ=255) gtCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTG‑tt > 2:2818218/2‑150 (MQ=255) ttACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTG‑tttt‑t > 1:3795576/1‑150 (MQ=255) tACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCACTTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTG‑tttt‑tt < 2:631681/150‑1 (MQ=255) acacAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTG‑tttt‑ttt < 1:1844942/150‑2 (MQ=255) cacaGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTG‑tttt‑tttg > 2:471228/1‑148 (MQ=255) cacaGCCACTGGATCGGTCAACTGATCATAAACTGATCGGCATTACTCTTGGTACTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCGCAATTTGTGACATCAGTAACAGAACGCGAATTGGTATGTTGATTGCTTG‑ttat‑tatg > 1:812707/1‑147 (MQ=255) caGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTG‑tttt‑tttgat < 2:4132115/150‑5 (MQ=255) gCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCt > 1:5281353/1‑150 (MQ=255) gCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCt < 2:4105318/150‑1 (MQ=255) cACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTgg < 1:896377/150‑1 (MQ=255) tGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGtat < 2:3259204/150‑1 (MQ=255) ggATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGtata > 2:153512/1‑150 (MQ=255) gATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATaa > 1:4706320/1‑150 (MQ=255) cGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAg > 1:2739584/1‑150 (MQ=255) cGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGATTGTAACTACCTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACCTCAGGAAACAACCGCGATTTGTTATGTGGAGTGCTGGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATACCAg < 2:571037/150‑1 (MQ=255) ggTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAgt > 2:3000319/1‑149 (MQ=255) ggTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAgg > 2:3624332/1‑150 (MQ=255) ggTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAgg > 2:20219/1‑150 (MQ=255) gTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGt > 1:3613776/1‑150 (MQ=255) aaCTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGtata < 1:204820/150‑1 (MQ=255) aCTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATaa > 1:1224626/1‑150 (MQ=255) aCTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATaa > 1:1037558/1‑150 (MQ=255) aCTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATaa > 1:4461971/1‑150 (MQ=255) cTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATaaa > 2:2304771/1‑150 (MQ=255) tCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGta > 2:1912581/1‑150 (MQ=255) tCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGta < 2:3756037/150‑1 (MQ=255) ccTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGtat > 1:2508896/1‑150 (MQ=255) tAACTGAGCGGCATTAATCGTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAACAATATGCTCAAGGTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTG‑TTTT‑TTGGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACa > 2:2345978/1‑150 (MQ=39) ccTGATCGGAATGCATCTTGGTTCGGGTGTTTGTAACTAACTATCAGCTACTAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAACCGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATATAGGTATCCAGa < 2:449475/149‑1 (MQ=255) gATAGGAATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTCACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATTTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGaaaa < 2:2459267/150‑1 (MQ=39) aTCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAg < 2:1616171/150‑1 (MQ=255) aTCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAg < 1:3590428/150‑1 (MQ=255) ggCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCaa < 1:238390/150‑1 (MQ=255) aTTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGa < 2:2169643/150‑1 (MQ=255) ttAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACATAAAAGCAAAGaa > 2:5379514/1‑150 (MQ=255) ttAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGaa < 2:668768/150‑1 (MQ=255) aTCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTAAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATa < 2:1845951/150‑1 (MQ=255) ttGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTg > 1:4530585/1‑150 (MQ=255) tGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGc < 2:112060/150‑1 (MQ=255) gTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCaa < 1:1525863/150‑1 (MQ=255) ttCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCaaa < 2:3113873/150‑1 (MQ=255) tCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAg > 2:4820542/1‑150 (MQ=255) tCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAg > 1:2296532/1‑150 (MQ=255) cTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAACAGCAAAGAAATAATGCAAAgg > 2:5042303/1‑150 (MQ=255) cTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAgg < 2:2232265/150‑1 (MQ=255) cTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAgg > 1:3423584/1‑150 (MQ=255) tGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGa < 1:4982241/150‑1 (MQ=255) ggTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCGGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGaa < 2:784648/150‑1 (MQ=255) tgtTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGaaaa < 1:3894262/150‑1 (MQ=255) tttGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACa < 2:4280806/150‑1 (MQ=255) tAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCta < 1:2082581/150‑1 (MQ=255) cAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATaa < 1:2931855/150‑1 (MQ=255) aCTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGt < 1:5421404/150‑1 (MQ=255) tATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTaa < 1:1991080/150‑1 (MQ=255) tATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTG‑TTTTGTT‑GATCTGGTATAAAAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAATCAGCTATCTCGTac > 2:1214418/1‑149 (MQ=255) aTCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATCACGTAAg > 2:5446915/1‑150 (MQ=255) aTCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAg < 2:2578137/150‑1 (MQ=255) aTCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTGGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAg > 1:3264830/1‑150 (MQ=255) aTCAGCTACAAAAATATGCTCAAATTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAg < 2:694475/150‑1 (MQ=255) aGCTACAAACATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTa < 1:5000196/150‑1 (MQ=255) tACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAg > 1:2906573/1‑150 (MQ=255) cAAAAATATGCTCAATTTGTGTCATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGta < 2:4401133/150‑1 (MQ=255) aaaaaTATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGtaa > 1:63946/1‑150 (MQ=255) aaaaaTATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGtaa > 2:3307720/1‑150 (MQ=255) aaaaaTATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTAGAACGTAAGCTAAAGtaa > 1:5067523/1‑150 (MQ=255) aaTATGCTCACTTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGtaataa < 1:3219638/150‑1 (MQ=255) aaTATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGtaataa < 1:1441938/150‑1 (MQ=255) aaTATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGtaataa < 1:1783175/150‑1 (MQ=255) atatGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAAc < 1:4248756/150‑1 (MQ=255) atatGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAAc < 2:137700/150‑1 (MQ=255) cTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCtctc > 1:1665/1‑150 (MQ=255) tCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCa > 1:4875701/1‑150 (MQ=255) tCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTAGAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTTAGCTAAAGTAATAACCTCTCa < 2:3715762/150‑1 (MQ=255) aaTTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGt < 2:1137001/150‑1 (MQ=255) tttGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCt < 2:5094841/150‑1 (MQ=255) tttGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCt > 2:742809/1‑150 (MQ=255) tttGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTAGGTCt > 2:4619370/1‑150 (MQ=255) tgtgACATCAGTAACAAAACGAGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGAAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCttt < 2:3931969/150‑1 (MQ=255) tCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCAtt < 1:4183978/150‑1 (MQ=255) cAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCAttt > 1:1974116/1‑150 (MQ=255) cAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTAAttt > 1:5254364/1‑150 (MQ=255) gTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCATCATTTGa > 2:3908304/1‑150 (MQ=255) ttaaCGCGTTTTGTTATGTGGTTTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATATAGGTATACAGACAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTTATGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGTAg < 2:2728143/148‑1 (MQ=255) cgTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGtt > 2:346315/1‑150 (MQ=255) gTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGttt > 2:3314303/1‑150 (MQ=255) gTTATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTc > 1:4748596/1‑150 (MQ=255) ttATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCa < 1:3085223/150‑1 (MQ=255) taaTGTCGATTGCTTGCTTTA‑TT‑GATCTGGTATACCAGGTATAACGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCa < 1:5345281/148‑1 (MQ=255) tATGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCaa > 2:4320790/1‑150 (MQ=255) aTGTGGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAAc > 2:1177343/1‑150 (MQ=255) gtgGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCt < 1:1876696/150‑1 (MQ=255) gtgGATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGCTCTACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGATATACCGTAAGCTAAAGTAATACCCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATGCAACCt < 2:4946806/150‑1 (MQ=255) gATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGaa < 2:2851636/150‑1 (MQ=255) gATTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTAGACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGaa < 2:4417469/150‑1 (MQ=255) aTTGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGAAc > 2:5302719/1‑150 (MQ=255) tGCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGAACgg < 1:3393502/150‑1 (MQ=255) gCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGAACGGa > 1:4046529/1‑150 (MQ=255) gCTTGTTTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGAACGGa < 1:5321888/150‑1 (MQ=255) | GATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTG‑TTTT‑TT‑GATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGAACGGA > CP009273/4493280‑4493573 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |