Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,493,435 | (T)6→7 | intergenic (‑187/‑440) | insG ← / → yjhB | IS4 transposase/putative transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,493,429 | 1 | . | T | 96.2% | 1181.4 / 35.2 | 315 | intergenic (‑181/‑446) | insG/yjhB | IS4 transposase/putative transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/9); new base T (155/146); total (159/156) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.37e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 342 total aligned reads displayed.
GGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTG‑T‑TTTT‑TGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGAACGGAC > CP009273/4493279‑4493574 | ggATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCGTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTg < 2:4900903/151‑1 (MQ=255) aTTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTG‑t‑t > 2:6213005/1‑151 (MQ=255) tCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTTGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTG‑t‑ttt < 2:2874585/151‑1 (MQ=255) cTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTG‑t‑tttt > 2:4516459/1‑151 (MQ=255) cTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTG‑t‑tttt < 1:153220/151‑1 (MQ=255) tACACAGCCACTGGATCGGTCTTCTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTG‑t‑tttt‑tt < 2:1286337/151‑2 (MQ=255) tACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTG‑t‑tttt‑tt < 1:3344173/151‑2 (MQ=255) tACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTATGGTGTTTGTTTCATACTATCAGCTACAAAAATATGATCATTTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTG‑t‑tttt‑tt < 1:543527/151‑2 (MQ=255) acaGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCGTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAACTATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTG‑t‑tttt‑ttgat < 1:3499075/151‑5 (MQ=255) aGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑TTTT‑TGATCt < 1:5060186/151‑1 (MQ=255) cACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑TTTT‑TGATCTGGt < 1:5356566/151‑1 (MQ=255) gATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑TTTT‑TGATCTGGTATAAc > 2:2746698/1‑151 (MQ=255) gATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑TTTT‑TGATCTGGTATAAc > 2:5882088/1‑151 (MQ=255) cGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑TTTT‑TGATCTGGTATAACAgg < 1:2103999/151‑1 (MQ=255) ggTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑TTTT‑TGATCTGGTATAACAGGt < 1:5803973/151‑1 (MQ=255) gTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑TTTT‑TGATCTGGTATAACAGGta < 2:4422484/151‑1 (MQ=255) tCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑TTTT‑TGATCTGGTATAACAGGtat < 1:5749742/151‑1 (MQ=255) cAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑TTTT‑TGATCTGGTATAACAGGtata > 2:390022/1‑151 (MQ=255) cAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑TTTT‑TGATCTGGTATAACAGGtata > 1:6187641/1‑151 (MQ=255) aCTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑TTTT‑TGATCTGGTATAACAGGTATaaa > 1:3872326/1‑151 (MQ=255) cTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑TTTT‑TGATCTGGTATAACAGGTATAAAg > 1:4036396/1‑151 (MQ=255) cTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑TTTT‑TGATCTGGTATAACAGGTATAAAg < 2:1162508/151‑1 (MQ=255) aTCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑TTTT‑TGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGta < 1:842085/151‑1 (MQ=255) 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ttGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑TTTT‑TGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCttt > 1:3793296/1‑151 (MQ=255) ttGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑TTTT‑TGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCttt > 1:4329172/1‑151 (MQ=255) tgtgACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑TTTT‑TGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTc > 1:2036049/1‑151 (MQ=255) gtgACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑TTTT‑TGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTcc > 2:1039488/1‑151 (MQ=255) tCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑TTTT‑TGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCAttt < 2:4083646/151‑1 (MQ=255) tCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGAGTGCTTGTT‑TTTT‑TGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCAttg < 1:1101279/151‑2 (MQ=255) cAGTAACAAAACGCGTTTTTTTATGTGGATTGCTTGTT‑TTTT‑TGATCTGGTATAACAGTTATAAAGGTATACAGAAATGCAAAGAAATACTGCTAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTg < 2:3409329/151‑1 (MQ=255) aGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑TTTT‑TGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCATAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGa < 2:3087986/151‑1 (MQ=255) gTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑TTTT‑TGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGAc > 2:5011982/1‑151 (MQ=255) gTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑TTTT‑TGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGAc > 1:1930868/1‑151 (MQ=255) 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gATTGCTTGTT‑TTTT‑TGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGAAc < 2:4284417/151‑1 (MQ=255) gCTTGTT‑TTTT‑TGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGAACGGAc > 1:4512536/1‑151 (MQ=255) | GGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTG‑T‑TTTT‑TGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGAACGGAC > CP009273/4493279‑4493574 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |