Predicted mutation | ||||||
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RA | CP009273 | 2,802,100 | T→C | pseudogene (426/1178 nt) | ygaY → | pseudogene, major facilitator transporter superfamily;putative transport; Not classified; putative transport protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 2,802,100 | 0 | T | C | 99.7% | 1537.0 / NA | 369 | pseudogene (426/1178 nt) | ygaY | pseudogene, major facilitator transporter superfamily;putative transport; Not classified; putative transport protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (189/179); minor base A (1/0); total (190/179) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 375 total aligned reads displayed.
CAGTCAGTCGCTGGCGATGATGATCCTCGGTACGGCATTAACCGGTTTATTCTCAGTCGTGGCACAAATTCTGGTTCCGCTGGCAGCGACGCTGGCTTCACCGGATAAACGCGGCAAAGTGGTTGGCACTATTATGAGCGGTCTGCTGTTGGGGATCTTGCTGGCACGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTGGGTTGCTTCGGTGTTAATGGCACTGATGGCGCTGGCATTATGGCGTGGTCTGCCACAAATGAAATCAGAAACCCACC > CP009273/2801952‑2802247 | gtcagtcGCTGGCGATGATGATCCTCGGTACGGCATTAACCGGTTTATTCTCAGTCGTGGCACAAATTCTGGTTCCGCTGGCAGCGACGCTGGCTTCACCGGATAAACGCGGCAAAGTGGTTGGCACTATTATGAGCGGTCTGCTGCTggg > 1:1428675/1‑151 (MQ=255) gtcagtcGCTGGCGATGATGATCCTCGGTACGGCATTAACCGGTTTATTCTCAGTCGTGGCACAAATTCTGGTTCCGCTGGCAGCGACGCTGGCTTCACCGGATAAACGCGGCAAAGTGGTTGGCACTATTATGAGCGGTCTGCTGCTgga < 1:2371613/151‑2 (MQ=255) cgtcGCTGGCGATGAAGATCCTCGGTACGGCATTAACCGGTTTTTTCTCAGTCGTGGCACATATTCTGGTTCCGCTGGCAGCGACGCTGGCTTCACCGGATAAACGCGGCAAAGTGGTTGGCACTATTATGAGCGGTCTGCTGCTGGGGAt < 2:3496842/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |