Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,493,435 | (T)6→7 | intergenic (‑187/‑440) | insG ← / → yjhB | IS4 transposase/putative transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,493,429 | 1 | . | T | 97.5% | 1084.0 / 18.5 | 279 | intergenic (‑181/‑446) | insG/yjhB | IS4 transposase/putative transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/5); new base T (126/146); total (128/151) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.59e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 298 total aligned reads displayed.
GGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGC‑TT‑G‑TT‑TTTTGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGAACGGAC > CP009273/4493279‑4493574 | gATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGC‑TT‑G‑t > 1:855639/1‑151 (MQ=255) tCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGG‑TT‑G‑tt‑tt > 1:1239857/1‑151 (MQ=255) cTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGC‑TT‑G‑tt‑ttt > 2:4783562/1‑151 (MQ=255) tACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGC‑TT‑G‑tt‑ttttt < 2:2632765/151‑2 (MQ=255) acacAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGC‑TT‑G‑tt‑tttttg < 1:4636478/151‑3 (MQ=255) acacAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGC‑TT‑G‑tt‑tttttg < 1:4792723/151‑3 (MQ=255) acacAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGC‑TT‑G‑tt‑tttttg > 1:3383646/1‑149 (MQ=255) acaGCCACTGGATCGGTCAACAGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTCCAAAAATATGCTCAATTTGTGACCTCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGC‑TT‑G‑tt‑tttttgat < 2:1480313/151‑5 (MQ=255) caGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTCTGTGGATTGC‑TT‑G‑tt‑tttttgatc < 2:1620488/151‑6 (MQ=255) caGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGC‑TT‑G‑tt‑tttttgatc < 2:5189862/151‑6 (MQ=255) ccACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGC‑TT‑GTTT‑TTTTGATCTgg < 1:2697704/151‑1 (MQ=255) ccACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGC‑TT‑GTTT‑TTTTGATCTgg < 1:3097218/151‑1 (MQ=255) ccACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGC‑TT‑GTTT‑TTTTGATCTgg > 1:505200/1‑151 (MQ=255) cACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGC‑TT‑GTTT‑TTTTGATCTGGt > 2:1012949/1‑151 (MQ=255) ccTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATGAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAATAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGC‑TT‑GTTT‑TTTTGATCTGGta < 2:3124656/150‑1 (MQ=255) cTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCTATTTGTGACATCAGTAACATAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGC‑TT‑GTTT‑TTTTGATCTGGtat < 2:189917/151‑1 (MQ=255) gATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGC‑TT‑GTTT‑TTTTGATCTGGTATAAc < 1:1973926/151‑1 (MQ=255) ggacAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGATTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGC‑TT‑GTTT‑TTTTGATCTGGTATAACAGGt < 2:3265502/148‑1 (MQ=255) 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tAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGC‑TT‑GTTT‑TTTTGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAg < 2:3976893/151‑1 (MQ=255) tAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGC‑TT‑GTTT‑TTTTGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAg < 1:3969915/151‑1 (MQ=255) aaCTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGC‑TT‑GTTT‑TTTTGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGa > 1:3062894/1‑151 (MQ=255) aaCTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGC‑TT‑GTTT‑TTTTGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGa < 1:4832270/151‑1 (MQ=255) cTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGC‑TT‑GTTT‑TTTTGATCTGGTATAACAGTTATAAAGGTATACAGaaa > 2:4598995/1‑151 (MQ=255) 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gATTGC‑TT‑G‑TTATTTTGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGAAc < 1:3584683/151‑1 (MQ=255) ttGC‑TT‑GTTT‑TTTTGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGAACgg > 2:699052/1‑151 (MQ=255) | GGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGC‑TT‑G‑TT‑TTTTGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGAACGGAC > CP009273/4493279‑4493574 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |