Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,045,676 | 0 | T | C | 36.7% | 78.0 / 69.7 | 60 | M1M (ATG→GTG) † | ubiI | 2‑octaprenylphenol hydroxylase, FAD‑dependent |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/14); new base C (6/16); total (30/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.50e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.85e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
ACGCGCAGTTGTGGTGGTGCATTCGCCGCCAGAGGTTCCTGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTCCCCTGTAAGCCACAGGCAACCGCCAGCCCCACCATGCCGCCGCCAACAATGGCTACATCAACACTTTGCATTGTTTATTCCTTAAAACCGCCTTCAACGCGCCACCCAACCGAGGGTGCGCTGCGCCAGCACATCGCGTGCCGGGGTGAATAATTCCATCGTCATCAGCCCGATGTTGCGCCCGACAACCAGCGGTGCCCAACGGTTGGCAAAAAGATGTA > CP009273/3045528‑3045826 | ccgcgCAGTTGTGGTGGTGCATTCGCCGCCAGAGGTTCCTGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTCCCCTGTAAGCCACAGGCAACCGCCAGCCCCACCATGCCGCCGCCAACAATGGCTACATCAACACTTTGCACTg < 2:4506116/150‑1 (MQ=255) aCGCGCAGTTGTGGTGGTGCATTCGCCGCCAGAGGTTCCTGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTCCCCTGTAAGCCACAGGCAACCGCCAGCCCCACCATGCCGCCGCCAACAATGGCTACATCAACACTTTGCACTg < 2:3474226/151‑1 (MQ=255) cgcgCAGTTGTGGTGGTGCATTCGCCGCCAGATGTTCCTGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTCCCCTGTAAGCCACAGGCAACCGCCAGCCCCACCATGCCGCCGCCAACAATGGCTACATCAACACTTTGCACTga < 1:1931669/151‑2 (MQ=255) 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cgcAGTTGTGGTGGTGCATTCGCCGCCAGAGGTTCCTGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTCCCCTGTAAGCCACAGGCAACCGCCAGCCCCACCATGCCGCCGCCAACAATGGCTACATCAACACTTTGCACTgatg < 2:4977922/151‑4 (MQ=255) cgcAGTTGTGGTGGTGCATTCGCCGCCAGAGGTTCCTGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTCCCCTGTAAGCCACAGGCAACCGCCAGCCCCACCATGCCGCCGCCAACAATGGCTACATCAACACTTTGCACTgatg > 2:690682/1‑148 (MQ=255) cgcAGTTGTGGTGGTGCATTCGCCGCCAGAGGTTCCTGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTCCCCTGTAAGCCACAGGCAACCGCCAGCCCCACCATGCCGCCGCCAACAATGGCTACATCAACACTTTGCACTgatg < 1:260326/151‑4 (MQ=255) cgcAGTTGTGGTGGTGCATTCGCCGCCAGAGGTTCCTGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTCCCCTGTAAGCCACAGGCAACCGCCAGCCCCACCATGCCGCCGCCAACAATGGCTACATCAACACTTTGCACTgatg > 1:4405445/1‑148 (MQ=255) cgcAGTTGTGGTGGTGCATTCGCCGCCAGAGGTTCCTGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTCCCCTGTAAGCCACAGGCAACCGCCAGCCCCACCATGCCGCCGCCAACAATGGCTACATCAACACTTTGCACTgatg > 2:252599/1‑148 (MQ=255) 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cTTTGCATTGTTTATTCCTTAAAACCGCCTTCAACGCGCCACCCAACCGAGGGTGCGCTGCGCCAGCACATCGCGTGCCGGGGTGAATAATTCCATCGTCATCAGCCCGATGTTGCGCCCGACAACCAGCGGTGCCCAACGGTTGGCaaaa > 2:276424/1‑151 (MQ=255) cTTTGCATTGTTTATTCCTTAAAACCGCCTTCAACGCGCCACCCAACCGAGGGTGCGCTGCGCCAGCACATCGCGTGCCGGGGTGAATAATTCCATCGTCATCAGCCCGATGTTGCGCCCGACAACCAGCGGTGCCCAACGGTTGGCaaaa > 1:2528086/1‑151 (MQ=255) cTTTGCATTGTTTATTCCTTAAAACCGCCTTCAACGCGCCACCCAACCGAGGGTGCGCTGCGCCAGCACATCGCGTGCCGGGGTGAATAATTCCATCGTCATCAGCCCGATGTTGCGCCCGACAACCAGCGGTGCCCAACGGTTGGCaaaa < 1:2592324/151‑1 (MQ=255) cTTTGCATTGTTTATTCCTTAAAACCGCCTTCAACGCGCCACCCAACCGAGGGTGCGCTGCGCCAGCACATCGCGTGCCGGGGTGAATAATTCCATCGTCATCAGCCCGATGTTGCGCCCGACAACCAGCGGTGCCCAACGGTTGGCaaaa < 1:2592525/151‑1 (MQ=255) cTTTGCATTGTTTATTCCTTAAAACCGCCTTCAACGCGCCACCCAACCGAGGGAGCGCTGCGCCAGCACATCGCGTGCCGGGGTGAATAATTCCATCGTCATCAGCCCGATGTTGCGCCCGACAACCAGCGGTGCCCAACGGTTGGCaaaa > 2:5085410/1‑151 (MQ=255) 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aTTGTTTATTCCTTAAAACCGCCTTCAACGCGCCACCCAACCGAGGGTGCGCTGCGCCAGCACATCGCGTGCCGGGGTGAATAATTCCATCGTCATCAGCCCGATGTTGCGCCCGACAACCAGCGGTGCCCAACGGTTGGCAAAAAGATGt > 2:2034053/1‑151 (MQ=255) aTTGTTTAGTCCTTAAAACCGCCTTCAACGCGCCACCCAACCGAGGGTGCGCTGCGCCAGCACATCGCGTGCCGGGGTGAATAATTCCATCGTCATCAGCCCGATGTTGCGCCCGACAACCAGCGGTGCCCAACGGTTGGCTCAAAGATGt > 1:2974966/1‑151 (MQ=255) ttGTTTATTCCTTAAAACCGCCTTCAACGCGCCACCCAACCGAGGGTGCGCTGCGCCAGCACATCGCGTGCCGGGGTGAATAATTCCATCGTCATCAGCCCGATGTTGCGCCCGACAACCAGCGGTGCCCAACGGTTGGCAAAAAGATGTa < 2:1804585/151‑1 (MQ=255) ttGTTTATTCCTTAAAACCGCCTTCAACGCGCCACCCAACCGAGGGTGCGCTGCGCCAGCACATCGCGTGCCGGGGTGAATAATTCCATCGTCATCAGCCCGATGTTGCGCCCGACAACCAGCGGTGCCCAACGGTTGGCAAAAAGATGTa > 1:1515647/1‑151 (MQ=255) | ACGCGCAGTTGTGGTGGTGCATTCGCCGCCAGAGGTTCCTGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTCCCCTGTAAGCCACAGGCAACCGCCAGCCCCACCATGCCGCCGCCAACAATGGCTACATCAACACTTTGCATTGTTTATTCCTTAAAACCGCCTTCAACGCGCCACCCAACCGAGGGTGCGCTGCGCCAGCACATCGCGTGCCGGGGTGAATAATTCCATCGTCATCAGCCCGATGTTGCGCCCGACAACCAGCGGTGCCCAACGGTTGGCAAAAAGATGTA > CP009273/3045528‑3045826 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |