Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,493,435 | (T)6→7 | intergenic (‑187/‑440) | insG ← / → yjhB | IS4 transposase/putative transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,493,429 | 1 | . | T | 98.2% | 1470.6 / 18.7 | 389 | intergenic (‑181/‑446) | insG/yjhB | IS4 transposase/putative transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (5/2); new base T (194/184); total (199/190) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.51e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
Only 100 of 428 total aligned reads displayed.
GATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTG‑T‑T‑T‑T‑TTGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGAACGGAC > CP009273/4493280‑4493574 | ttCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTG‑t‑t > 1:1797906/1‑150 (MQ=255) tCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTG‑t‑t‑t < 2:736484/150‑1 (MQ=255) tCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTG‑t‑t‑t < 1:1988247/150‑1 (MQ=255) cacaGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTG‑t‑t‑t‑t‑tttg > 2:4020375/1‑148 (MQ=255) acaGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCACTTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGAT‑T‑T‑T‑TTGa < 1:465345/150‑1 (MQ=255) acaGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTG‑t‑t‑t‑t‑tttga < 1:346399/150‑4 (MQ=255) cTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACCTCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑T‑T‑T‑TTGATCTGGta > 2:4899101/1‑150 (MQ=255) cTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑T‑T‑T‑TTGATCTGGta < 2:5161107/150‑1 (MQ=255) tGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑T‑T‑T‑TTGATCTGGtat > 1:1607127/1‑150 (MQ=255) aTCGGTCCACTGATCCTAAACGGCTCGGCATTAATCCCGGTTCAGGTGTTTGTAACAACCGATCAGCTACAAAAATATGCACACTTTGTGACATCAGTATCAAAACGCCTTTTGGTATGTGGATTGCGTGTT‑T‑T‑T‑TTGATCTGGTATAAc < 2:6075752/150‑1 (MQ=255) aTCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑T‑T‑T‑TTGATCTGGTATAAc > 1:3945638/1‑150 (MQ=255) aTCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑T‑T‑T‑TTGATCTGGTATAAc < 1:6336541/150‑1 (MQ=255) tCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑T‑T‑T‑TTGATCTGGTATAACa < 2:3192554/150‑1 (MQ=255) tCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑T‑T‑T‑TTGATCTGGTATAACa > 1:5517254/1‑150 (MQ=255) cGGTCAACTGATACTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑T‑T‑T‑TTGATCTGGTATAACAg < 2:4445558/150‑1 (MQ=255) ggTCACCTGATCCGAAACTGATCGGCCTTACTCTAGGTTCTGGAGTTTGTAACAAACTCTCAGCTACAAAAAGAGGCTCACTTGGTGACATCAGTAACACAACGCGTTTTGTTATGTGGCTTGCTTG‑TAT‑T‑T‑TTGATCTGGTATAACAgg < 2:6311437/150‑1 (MQ=255) ggTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑T‑T‑T‑TTGATCTGGTATAACAgg < 1:4952027/150‑1 (MQ=255) tCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTT‑T‑T‑T‑TTGATCTGGTATAACAGGta < 2:1824487/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |