| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 776825 = | 228 (0.510) | 46 (0.100) +G |
23/296 | 34.0 | 13.2% | noncoding (1/76 nt) | lysZ | tRNA‑Lys |
| ? | CP009273 | = 2514486 | 379 (0.850) | noncoding (214/1345 nt) | IS186 | repeat region | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAACGCAACGTTATCCTTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/776969‑776825‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GTGGTGGGT‑GATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTC‑CCAGCTGAGCTAATCACCC < CP009273/2514486‑2514410 | TCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAACGCAACGTTATCCTTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGG > 1:1653648/1‑150 CTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAACGCAACGTTATCCTTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGg > 1:5389745/1‑149 CGTTGCTAACGCAACGTTATCCTTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTAACAAATGAGCTAACGACCCCGTGGTGGGT‑TATTACGGGA > 2:5083291/1‑150 GCTAACGCAACGTTATCCTTCACGTTCTCTACCAGTAAACACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAAACTGCGACCAAATGATTAAAAGTCAAAAGCTCTACCAAATTAGCAAACGACCCGGTGGTGGGTGGATGACGGttact > 1:228572/1‑145 CGCAACGTTATCCTTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGTGGGT‑GATGACGGGATCGAACCGC > 2:2090407/1‑150 GCAACTTTATCCTACACGTTCACTACCATTAACCACCTTTAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGTGGGT‑GATGACGGGATCGAACCGCC < 2:6376729/150‑1 AACGTTATCCTTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGTGGGT‑GATGACGGGATCGAACCGCCGA < 2:1450953/150‑1 AACGTTATCCTTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTCGGGGGT‑GATGACGGGATAGAAaagacga > 2:4247975/1‑143 CGTTATCCTTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGTGGGT‑GATGACGGGATCGAACCGCCGACC > 1:5571312/1‑150 TTATCCTTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGTGGGT‑GATGACGGGATCGAACCGCCGACCC > 1:2753425/1‑149 TTATCCTTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGTGGGT‑GATGACGGGATCGAACCGCCGACCC < 2:2753425/149‑1 CCTTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGTGGGT‑GATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCC < 2:5571312/150‑1 TTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGTGGGT‑GATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTT < 2:4379444/150‑1 TCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTGTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTCACGACCCGGGGGTGGGT‑GATGACGGGCTCGTTCCGCCGACCCCCTCCTTG > 2:6849519/1‑150 TTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGTGGGT‑GATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGG > 2:5531041/1‑150 CTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGTGGGT‑GATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGA > 2:1738901/1‑150 CCACCTTTAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGTGGGT‑GATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGT < 1:2970084/141‑1 CCACCTTTAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGTGGGT‑GATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGT > 2:2970084/1‑141 CTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGTGGGT‑GATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTC‑CCAGCTG < 1:5531041/150‑1 TTTACATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGTGGGT‑GATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTC‑CCAGCTGA > 1:113958/1‑150 TTTACATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGTGGGT‑GATGACGGGATCGAACCGC < 1:2162095/112‑1 TTTACATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGTGGGT‑GATGACGGGATCGAACCGC > 2:2162095/1‑112 TTTACATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGTGGGT‑GATGACGGGATCGAACCGC < 1:2162073/112‑1 TTTACATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGTGGGT‑GATGACGGGATCGAACCGC > 2:2162073/1‑112 TTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGTGGGT‑GATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTC‑CCAGCTGA > 1:5767933/1‑150 TTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGTGGG < 1:65657/92‑1 TTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGTGGG > 2:65657/1‑92 acATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGTGGGT‑GATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTC‑CCAGCTGAGCT < 1:4585877/148‑1 cATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGTGGGT‑GATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTC‑CCAGCTGAGCTA > 1:2097868/2‑150 gTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCCACTGAGCTAACGACCCGGTGGTGGGT‑GATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTC‑CCAGCTGAGCTAAT < 1:6849519/149‑1 TGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGTGGGT‑GATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTC‑CCAGCTGAGCTAATC > 1:7039917/1‑150 TGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGTGGGT‑GATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTC‑CCAGCTGAGCTAATC > 1:7161684/1‑150 TGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGCTTGTGGGT‑GATGAGGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGGAAGGGAGGTGATCTC‑ACAGCTGAGCTAATC > 1:7159138/1‑150 GGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGTTCGT‑GTGGACGGGATCGTACCGCCGACCCCCGCCTAGTCAGGGAGTAGCTCTC‑CCTGCTGAGATAATCg > 2:1668457/1‑149 GTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGTGGGT‑GATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTC‑CCAGCTGAGCTAATCAC > 2:306526/1‑150 TGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGTGGGT‑GATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTC‑CCAGCTGAGCTAATCACC > 1:1433399/1‑150 GGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGTGGGT‑GATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTC‑CCAGCTGAGCTAATCACCC > 1:64371/1‑150 GGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGTGGGT‑GATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTC‑CCAGCTGAGCTAATCACCC > 1:5919601/1‑150 GGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGTGGGT‑GATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTC‑CCAGCTGAGCTAATCACCC < 1:2901048/150‑1 GGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGTGGGT‑GATGACGGGATCGTACCGCCGCCCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCTCCAGCTGAGCTAATCACCC < 1:2902000/150‑1 GTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGTG > 1:6584224/1‑74 GTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGTG < 2:6584224/74‑1 AACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGTGGGT‑GATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTC‑CCAGCTGAGCTA > 2:3101774/1‑126 AACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTGGTGGGT‑GATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTC‑CCAGCTGAGCTA < 1:3101774/126‑1 CCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTG > 2:5053306/1‑50 CCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGGTG < 1:5053306/50‑1 | TCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAACGCAACGTTATCCTTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/776969‑776825‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GTGGTGGGT‑GATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTC‑CCAGCTGAGCTAATCACCC < CP009273/2514486‑2514410 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |