| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 776825 = | 194 (0.590) | 21 (0.060) +G |
16/298 | 20.8 | 8.7% | noncoding (1/76 nt) | lysZ | tRNA‑Lys |
| ? | CP009273 | = 2514486 | 251 (0.770) | noncoding (214/1345 nt) | IS186 | repeat region | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTCGGGCCGTTGCTAACGCAACGTTATCCTTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/776961‑776825‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCCCGCTGTGTGGAGTCGCAT < CP009273/2514486‑2514391 ||| TTCGGGCCGTTGATAACGAAACGTTACCCTCCACGTTCTCTACATTCAACCACCTTTAAACTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑‑GTGGTGGGTGATG < 2:1928159/151‑1 GCAACGTTATCCTTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑‑GAGGGGGGTTATGACGGGATCGTAACGCCG > 2:3118988/1‑151 AACGTTATCCTTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑‑GTGGTGG < 2:519525/126‑1 AACGTTATCCTTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑‑GTGGTGG > 1:519525/1‑126 TCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGT > 2:4526308/1‑151 CGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAG > 1:677933/1‑151 ACCAGTATCCACCTTTAAATTGGGGGGTCGTGCAGGTTTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAAATGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGA‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTG < 2:1345022/151‑1 CCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTA < 1:3403705/140‑1 CCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTA > 2:3403705/1‑140 CAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑‑GTGGTGGGTGATGACGG < 1:3215129/112‑1 CAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑‑GTGGTGGGTGATGACGG > 2:3215129/1‑112 ACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCA < 2:677933/151‑1 ttaAAATTGGGGGGTGGTGCTGGTTTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCCCTACCAACTGCGCTAACGACCCG‑‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAG < 1:3118988/148‑1 ATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑‑GTGGTGG > 1:4917895/1‑86 ATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑‑GTGGTGG < 2:4917895/86‑1 TTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATC < 1:1112081/151‑1 GTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑‑GTGGTGGGTGATGTAGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGTTGCTCTCCCAGCGGAGCTAATCACC > 2:3146666/1‑151 CGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑‑GTGGTGCGTGATGACGGGATAGAACCGCCGACCCCCTCCATGTAAGGGAGGAGCTCTCCCAGCAGAGCTAATCTCCCCatac > 1:928887/1‑147 TGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑‑GTGGTGGGTGATGACG < 1:5006868/83‑1 TGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCG‑‑GTGGTGGGTGATGACG > 2:5006868/1‑83 CTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCAACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCCCGCTGTGTGGAGTCGCAT < 1:3429756/151‑1 ||| TTCGGGCCGTTGCTAACGCAACGTTATCCTTCACGTTCTCTACCAGTAACCACCTTTAAATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/776961‑776825‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCCCGCTGTGTGGAGTCGCAT < CP009273/2514486‑2514391 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |