Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 297,897 | 0 | C | T | 62.5% | 1156.3 / inf | 883 | E130K (GAG→AAG) | paoA | PaoABC aldehyde oxidoreductase, 2Fe‑2S subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (152/178); new base T (280/270); total (433/450) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.86e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.18e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 895 total aligned reads displayed.
TGCCGTCCTGAATCTCTTTTAGCACCGCTACTGATGAGCAAATTTGCCCGGAGGTGCAGTAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCGAACCCAGGCCTTCAATGGTGGTGATCTCGGCCCCCTGATGCATGACTGCAAGCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCACTGTCCGTGATCGCAACCTTTCTTGGTACCGATCAAATGCAGATTTTCACGCAAAGTGTCCAGTAGCGTGGT > CP009273/297747‑298047 | gTCCTGAATCTCTTTTAGCACCGCTACTGATGAGCAAATTTGCCCGGAGGTGCAGTAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCGAACCCAGGCCTTCAATGGTGGTGATCTCGGcc > 2:4703933/1‑151 (MQ=255) gTCCTGAATCTCTTTTAGCACCGCTACTGATGAGCAAATTTGCCCGGAGGTGCAGTAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCGAACCCAGGCCTTCAATGGTGGTGATCTCGGcc > 1:5235033/1‑151 (MQ=255) tCCTGAATCTCTTTTAGCACCGCTACTGATGAGCAAATTTGCCCGGAGGTGCAGTAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCGAACCCAGGCCTTCAATGGTGGTGATCTTGGccc < 1:1434237/151‑1 (MQ=255) tCCTGAATCTCTTTTAGCACCGCTACTGATGAGCAAATTTGCCCGGAGGTGCAGTAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCGAACCCAGGCCTTCAATGGTGGTGATCTCGGccc > 1:3659230/1‑151 (MQ=255) ccTGAATCACTTTTAGCACCGCTACTGATGAGCAAATTTGCCCGGAGGTGCAGTAGACGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCGAACACAGGCCTTCAATGGTGGTGATCTTGGcccc < 1:201838/151‑1 (MQ=255) cTGAATCTCTTTTAGCACCGCTACTGATGAGCAAATTTGCCCGGAGGTGCAGTAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCGAACCCAGGCCTTCAATGGTGGTGATCTTGGccccc > 2:3352663/1‑151 (MQ=255) tGAATCTCTTTTAGCACCGCTACTGATGAGCAAATTTGCCCGGAGGTGCAGTAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAACGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCGAACCCAGGCCTTCAATGGTGGTGATCTTGGCCCCCt < 2:348634/151‑1 (MQ=255) aTCTCTTTTAGCACCGCTACTGATGAGCAAATTTGCCCGGAGGTGCAGTAGCCGCACTGGACGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCGAACCCAGGCCTTCAATGGTGGTGATCTCGGCCCCCTGAt > 2:2730309/1‑151 (MQ=255) tctcTTTTCGCACCGCTACTGATGAGCAAATTTGCCCGGAGGTGCAGTAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCGAACCCAGGCCTTCAATGGTGGTGATCTTGGCCCCCTGATg < 1:2462603/151‑1 (MQ=255) tctcTTTTAGCACCGCTACTGATGAGCAAATTTGCCCGGAGGTGCAGTAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCGACCCCAGGCCTTCAATGGTGGTGATCTTGCCCCCCTGATg > 2:244003/1‑151 (MQ=255) tctcTTTTAGCACCGCTACTGATGAGCAAATTTGCCCGGAGGTGCAGTAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCGAACCCAGGCCTTCAATGGTGGTGATCTTGGCCCCCTGATg < 2:359498/151‑1 (MQ=255) ctTTTAGCACCGCTACTGATGAGCAAATTTGCCCGGAGGTGCAGTAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCGAACCCAGGCCTTCAATGGTGGTGATCTTGGCCCCCTGATGCAt > 1:1725316/1‑151 (MQ=255) tttAGCACCGCTACTGATGAGCAAATTTGCCCGGAGGTGCAGTAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCGAACCCAGGCCTTCAATGGTGGTGATCTCGGCCCCCTGATGCATGa < 2:1126383/151‑1 (MQ=255) aGCACCGCTACTGATGAGCAAATTTGCCCGGAGGTGCAGTAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCGAACCCAGGCCTTCAATGGTGGTGATCTTGGCCCCCTGATGCATGACTg < 1:3399346/151‑1 (MQ=255) aCCGCTACTGATGAGCAAATTTGCCCGGAGGTGCAGTAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCGAACCCAGGCCTTCAATGGTGGTGTTCTTGGCCCCCTGATGCATGACTGCaa < 1:3815174/151‑1 (MQ=255) ccGCTACTGATGAGCAAATTTGCCCGGAGGTGCAGTAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCGAACCCAGGCCTTCAATGGTGGTGATCTTGGCCCCCTGATGCATGACTGCAAg < 2:5270570/151‑1 (MQ=255) ccGCTACTGATGAGCAAATTTGCCCGGAGGTGCAGTAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCGAACCCAGGCCTTCAATGGTGGTGATCTTGGCCCCCTGATGCATGACTGCAAg < 2:3762663/151‑1 (MQ=255) gCTACTGATGAGCAAATTTGCCCGGAGGTGCAGTAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCGAACCCAGGCCTTCAATGGTGGTGATCTTGGCCCCCTGATGCATGACTGCAAGCg < 1:770892/151‑1 (MQ=255) 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cGGAGGTGCAGTAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCGAACCCAGGCCTTCAATGGTGGTGATCTTGGCCCCCTGATGCATGACTGCAAGCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCg > 1:2258154/1‑151 (MQ=255) ggAGGTGCAGTAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCGAACCCAGGCCTTCAATGGTGGTGATCTTGGCCCCCTGATGCATGACTGCAAGCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGa > 2:3641886/1‑151 (MQ=255) aGGTGCAGTAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCGAACCCAGGCCTTCAATGGTGGTGATCTTGGCCCCCTGATGCATGACTGCAAGCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGAcc < 2:477859/151‑1 (MQ=255) tGCAGTAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCGAACCCAGGCCTTCAATGGTGGTGATCTCGGCCCCCTGATGCATGTCTGCAAGCGTCTGGCAGGCGTTAAGGGTGCggcggtt > 2:2101460/1‑145 (MQ=255) gCAGTAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCGAACCCAGGCCTTCAATGGTGGTGATCTTGGCCCCCTGATGCATGACTGCAAGCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTg > 1:1823351/1‑151 (MQ=255) 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catcatGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCGAACCCAGGCCTTCAATGGTGGTGATCTTGGCCCCCTGATGCATGACTGCAAGCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTcc < 1:2825178/151‑1 (MQ=255) tcatGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCGAACCCAGGCCTTCAATGGTGGTGATCTTGGCCCCCTGATGCATGACTGCAAGCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGc > 1:4540472/1‑151 (MQ=255) gCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCGAACCCAGGCCTTCAATGGTGGTGATCTTGGCCCCCTGATGCATGACTGCAAGCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCACTg < 2:2540515/151‑1 (MQ=255) cTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCGAACCCAGGCCTTCAATGGTGGTGATCTTGGCCCCCTGATGCATGACTGCAAGCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCACTGt < 2:2323197/151‑1 (MQ=255) cTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCGAACCCAGGCCTTCAATGGTGGTGATCTCGGCCCCCTGATGCATGACTGCAAGCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCACTGt > 1:5135794/1‑151 (MQ=255) 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tggtgATCTTGGCCCCCTGATGCATGACTGCAAGCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCACTGTCCGTGATCGCAACCTTTCTTGGTACCGATCAAATGCAGATTTTCACGCAAAGTGTCCAg < 2:4874498/151‑1 (MQ=255) tcttGGCCCCCTGATGCATGACTGCAAGCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCACTGTCCGTGATCGCAACCTTTCTTGGTACCGATCAAATGCAGATTTTCACGCAAAGTGTCCAGTAGCGt < 2:4209328/151‑1 (MQ=255) | TGCCGTCCTGAATCTCTTTTAGCACCGCTACTGATGAGCAAATTTGCCCGGAGGTGCAGTAGCCGCACTGGAAGCCATCATGCTTGATAAAGGCCGCCTGCATGGGGTGAAGATTATCTGGCGAACCCAGGCCTTCAATGGTGGTGATCTCGGCCCCCTGATGCATGACTGCAAGCGTCAGGCAGGCATTAAGCCTGCGACCATTGACCAGCACGGTACAGGCTCCGCACTGTCCGTGATCGCAACCTTTCTTGGTACCGATCAAATGCAGATTTTCACGCAAAGTGTCCAGTAGCGTGGT > CP009273/297747‑298047 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |