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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP022686 | 3,348,342 | 0 | A | T | 11.2% | 621.7 / 20.5 | 298 | intergenic (‑158/‑42) | CIW80_RS16685/CIW80_RS26495 | inovirus Gp2 family protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (132/129); new base T (35/2); total (167/131) | |||||||||||
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Only 100 of 304 total aligned reads displayed.
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(MQ=14) aTTCCCGGCGTTG‑TTTTTTTTAATG‑TAAAAAACCGGTTACGGATAAGGCGTGGCGAGGGAGCTATCGTGATACGCAAAAAGAAGTGCAGGGACTGTGGTAACGCAATTACTCATAATACAGTTTGTTGCCCGTATTGTgg < 1:558829/140‑1 (MQ=255) tCCCGGCGTTG‑TTTTTTTTAATG‑TAAAAAACCGGTTACGGATAAGGCGTGGCGAGGGAGCTATCGTGATACGCAAAAAGAAGTGCAGGGACTGTGGTAACGCAATTACTCATAATACAGTTTGTTGCCCGTATTGTgg < 4:70653/138‑1 (MQ=255) ggCGTTG‑TTTTTTTTAAAG‑TAAAAAACCGGTTACGGCTAAGGCGGGGCGAGGGAGCAATCGTGAAACGCAAAAATAAGTGCAGGGACTGTGGTAACGAAATTAAAAATAATACAGTTTTTTTCCCGTATTGTGGCGCTGt > 2:1121981/1‑140 (MQ=14) cGTTG‑TTTTTTTTAATG‑TAAAAAACCGGTTACGGATAAGGCGTGGCGAGGGAGCTATCGTGATACGCAAAAAGAAGTGCAGGGACTGTGGTAACGCAATTACTCATAATACAGTTTGTTGCCCGTATTGTGGCGCTGTCg < 2:842182/140‑1 (MQ=255) gttt‑ttTTTTTTTATT‑TAAAATACCGGTTACGGATATGTCGTGGCGAGGGAGCTATCGTGATACGCAAAAAGAAGTGCAGGGACTGTGGTAACGCATTTACTCATAATACAGTTTGTTGCCCGTATTGTGGCGCTGTCGa < 8:416975/140‑1 (MQ=14) ttg‑ttTTTTTTAATG‑TAAAAAACCGGTTACGGATAAGGCGTGGCGAGGGAGCTATCGTGATACGCAAAAAGAAGTGCAGGGACTGTGGTAACGCAATTACTCATAATACAGTTTGTTGCCCGTATTGTGGCGCTGTCGAc < 6:363189/140‑1 (MQ=255) ttg‑ttTTTTTTAATG‑TAAAAAACCGGTTACGGATAAGGCGTGGCGAGGGAGCTATCGTGATACGCAAAAAGAAGTGCAGGGACTGTGGTAACGCAATTACTCATAATACAGTTTGTTGCCCGTATTGTGGCGCTGTCGAc < 6:930162/140‑1 (MQ=255) tttttttAATG‑TAAAAAACCGGTTACGGATAAGGCGTGGCGAGGGAGCTATCGTGATACGCAAAAAGAAGTGCAGGGACTGTGGTAACGCAATTACTCATAATACAGTTTGTTGCCCGTATTGTGGCGTTGTCGACCCCt < 1:78993/140‑1 (MQ=255) ttttttACTG‑TAAAAAACCGGTTACGTATAAGGCGTGGCGAGGGAGCTATCTTGATACGCAAAACGAAGTGCAGGGACTGTGGTAACGCAATTACTCATAATACAGTTTGTTGCCCGTATTGTGGCGCTGTCGACCCCtt < 7:18994/140‑1 (MQ=255) ttttttAATG‑TAAAAAACCGGTTACGGATAAGGCGTGGCGAGGGAGCTATCGTGATACGCAAAAAGAAGTGCAGGGACTGTGGTAACGCAATTACTCATAATACAGTTTGTTGCCCGTATTGTGGCGCTGTCGACCCCtt < 1:210424/140‑1 (MQ=255) ttttttAATG‑TAAAAAACCGGTTACGGATAAGGCGTGGCGAGGGAGCTATCGTGATACGCAAAAAGAAGTGCAGGGACTGTGGTAACGCAATTACTCATAATACAGTTTGTTGCCCGTATTGTGGCGCTGTAGACCCCtt < 2:616970/140‑1 (MQ=255) | TTCATACGGAATAGCCACGTCGTAAAAAATACGCAGAGTCCCTGAAGTGACCTCCGGCAGGACACTGTCTCAGGCACTCTGTGATAACCCGAACGGTCGTCTCCGGACTGACGATTGAATTCCCGGCGTTG‑TTTTTTTTAATG‑TAAAAAACCGGTTACGGATAAGGCGTGGCGAGGGAGCTATCGTGATACGCAAAAAGAAGTGCAGGGACTGTGGTAACGCAATTACTCATAATACAGTTTGTTGCCCGTATTGTGGCGCTGTCGACCCCTTCGG > NZ_CP022686/3348203‑3348478 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |