| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP022686 | 1,360,724 | G→T | 9.8% | intergenic (‑59/+265) | kgtP ← / ← rrf | alpha‑ketoglutarate permease/5S ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP022686 | 1,360,724 | 0 | G | T | 9.8% | 481.2 / 3.2 | 217 | intergenic (‑59/+265) | kgtP/rrf | alpha‑ketoglutarate permease/5S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (55/132); new base T (24/6); total (79/138) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.89e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
GCCCCAACAATTGCCCAAATGCGGCGACGAGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGG > NZ_CP022686/1360586‑1360861 | ccccACAAATTGCCCAAATGCGGCGAATAGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCAGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGt < 6:473606/140‑1 (MQ=255) ccccAACAATTGCCCAAATGCGGCGACGAGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGt < 7:694837/140‑1 (MQ=255) ccccAACAATTGCCCAAATGCGGCGACGAGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCAAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTTGTTATTTTTTGGt > 7:118955/1‑140 (MQ=255) ccccAACAATTGCCCAAATGCGGCGACGAGTATCACTACTTGTCAGTATGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCTTTATGGCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTTTTTATTTTTTggg > 5:822769/1‑139 (MQ=255) ccccAACAATTGCCCAAATGCGGCGACGAGTATCACTAATTGTCAGTTTGCTGCCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCAATGCAATTATGTCTCCGGCCGTAAACCAATGCTTTGGCCGGGCGCTTTTGTTTATTTTTTGGt < 8:867218/140‑1 (MQ=255) ccccAACAATTGCCAAAATGCGGCGACGAGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTg < 4:469581/138‑1 (MQ=255) ccccAAAAATTGCCCAAATGCGGCGACGAGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGGCGCTTTTGTTTATTTTTTg < 3:611074/138‑1 (MQ=255) ccAACAATTGCCCAAATGCGGCGACGAGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGt > 4:455013/1‑138 (MQ=255) acaaTTGCCCAAATGCGGCGACGAGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGGTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGaa < 6:995554/140‑1 (MQ=255) acaaATGCCGAATTGCGGCGACGAGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTAGAGTACTTTCAGCCCTGCCATTATGTCTCCTGCCGTTAACCAATGCTTTTGTCGGTCGGTTTTGTTTATTTTTTGGTatg < 1:80977/138‑3 (MQ=255) caaTTGCCCAAATGCGGCGACGAGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCGTTTGTTTATTTTTTGGTTAGa > 2:661294/1‑138 (MQ=255) aaTTGCCCAAATGCGGAGACGAGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATAATGTCTCCTGCCGTACTCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGaaaa < 6:721482/140‑1 (MQ=255) gCCCAAATGCGGCGACGAGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCACTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAAt > 3:737443/1‑138 (MQ=255) ccAAATGCGGCGACGAGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTta < 6:376728/140‑1 (MQ=255) aaTGCGGCGACGAGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTtat < 3:464854/138‑1 (MQ=255) tGCGGCGACGAGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCAGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCAGTTGTATATTATTTTGTTTCAAAAATGTtataa > 1:570403/1‑137 (MQ=255) 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ttGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAAcc < 6:100569/140‑1 (MQ=255) tCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCGTGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTTTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATAAAATTATGAAACCTTAACCATGa > 2:989866/1‑138 (MQ=255) tGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCGTTTGTTTTTTTTTTGGTAATAAAAATGTTATACCTTTTTTTAATATAATTATGGAACCTTAACCATGAAttt > 8:914755/1‑140 (MQ=255) cGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCGGTTTTTTTTTTTTTGGTTAGAAAAATGTTATAAATTTGTTTAATATAATTATGCAACCTTAAACATGAAattt > 1:1123213/1‑137 (MQ=255) tACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATttagtt < 4:604247/138‑1 (MQ=255) tACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGACGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATttagtt < 4:580338/138‑1 (MQ=255) gTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCa > 4:849994/1‑138 (MQ=255) tttCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGaa < 3:532469/138‑1 (MQ=255) ttCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGaaa < 4:113520/138‑1 (MQ=255) aGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATTTTATACATTTTTTGAATATAATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTATCAGGAAAAtt > 1:239214/1‑137 (MQ=255) gccatgccatTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCGTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTTCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGATAATGGtt > 6:242146/1‑140 (MQ=255) catgccatTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCGTTTGTTTATTTTTTTGTAAGAAAAATTTTATAAATTTTTTGCATATAATTATGCAACCATAACCATTAATTTAGTTAGCAGGAAAATTGtt > 1:1001243/1‑138 (MQ=255) tgccatTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTTTTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCAATATGCAACCTTAACCATGTATTTAGTTAGCAGGAAAATGGttatta > 8:162268/1‑140 (MQ=255) gccatTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATTGTTTTTaa > 8:282726/1‑140 (MQ=255) gccatTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGttatt < 4:1061162/138‑1 (MQ=255) gccatTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTaa < 5:950472/140‑1 (MQ=255) gccatTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTaa < 6:736632/140‑1 (MQ=255) ccatTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGttatta < 2:964054/138‑1 (MQ=255) ccatTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGttatta < 1:2963/138‑1 (MQ=255) ccatTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGttatta < 2:1036280/138‑1 (MQ=255) ccatTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAg < 8:943613/140‑1 (MQ=255) ccatTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACAATTGTTTCATATAATTATTCAACCTTAACCATGAATTTTATTATCAGGAAAAAGGttattt > 3:382681/1‑137 (MQ=255) ccatTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGGTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTTGTTAGGAGGAAAATGGgtttta > 4:680412/1‑138 (MQ=255) catTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAgg < 7:410833/140‑1 (MQ=255) 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tcgCTTTTTTTTATTTTTTGGTAAGAAAAAATTTATACATTTGTTGCATATAAATATGCAACCATAACCATGAATTTATTTATCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAAGATATATTTGTTGTAAGGAGGAAGTATgg > 6:357972/1‑140 (MQ=255) tttGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAg < 4:1028567/138‑1 (MQ=255) tGTTTATTTTTTTGTAAGAAAAATGTTATACATTTTTTGCATATCATTTATCAACCTTAACCATGAATTTAGTTATCAGGAAAATGGGTATTAAGGAGGTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGTAGTATGGAAGTggg < 7:95946/140‑1 (MQ=255) tATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAAt < 5:56344/140‑1 (MQ=255) aTTTTTTGTTAAGAAAAATTTTATACATTTGTTGGATATCATTATTCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCATGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAAtt < 7:554380/140‑1 (MQ=255) ttttttGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAAt < 2:353923/138‑1 (MQ=255) 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GCCCCAACAATTGCCCAAATGCGGCGACGAGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCAATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTGGTAAGAAAAATGTTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTAAGGAGCTTAAGGATAGATTTCTGGTAAGGAGGAAGTATGGAAGTGGGCAATTTGGGG > NZ_CP022686/1360586‑1360861 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |