| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP022686 | 4,764,877 | T→G | 10.1% | intergenic (‑57/‑204) | ycfT ← / → lolC | acyltransferase family protein/lipoprotein‑releasing ABC transporter permease subunit LolC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP022686 | 4,764,877 | 0 | T | G | 10.1% | 275.9 / 3.2 | 168 | intergenic (‑57/‑204) | ycfT/lolC | acyltransferase family protein/lipoprotein‑releasing ABC transporter permease subunit LolC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (71/74); new base G (18/4); total (90/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.13e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 180 total aligned reads displayed.
AGGTAATGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTACAGTTCA > NZ_CP022686/4764739‑4765015 | aGGTAATGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCgtg < 6:148317/140‑1 (MQ=255) ggTAATGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCgtgg < 1:45080/140‑1 (MQ=255) tAATGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCgtggtg < 1:187097/140‑1 (MQ=255) tAATGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCgtggtg < 2:1110438/140‑1 (MQ=255) 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> 2:453276/1‑140 (MQ=255) aaTACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTAtttt < 1:637140/140‑1 (MQ=255) tAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGAt < 6:160149/140‑1 (MQ=255) aaCCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATa > 6:510235/1‑140 (MQ=255) aaCCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATAAGTCTGTATTTGGTTATTTTTAAtata > 5:421437/1‑140 (MQ=255) aaCCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATAAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTTTAATGCGTATCATTCTGTAATTTGTTATTTTTGAtata > 1:512915/1‑140 (MQ=255) 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gAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGTTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTa < 8:534648/140‑1 (MQ=255) gAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTa < 1:204724/140‑1 (MQ=255) gAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGGCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCCCATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTAGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTa < 7:798530/140‑1 (MQ=255) gAGGCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTa < 3:854205/140‑1 (MQ=255) gAGGCGCGGGGTGTAATGCGTTTCTGTCTTTATTTGGTTTTTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTCGCCCTGACGATCACTTa < 2:1035257/140‑1 (MQ=255) gtggtgTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCAGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTACAGTTCa < 3:444295/140‑1 (MQ=255) gtggtgTAATGCGGATCTGGCTTTATTTTGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGTCCACATTGCAGATGATAAAATGAGGCACTTTATCCGATTGATTTGCCGGTAATTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTACATTTCa < 4:703321/140‑1 (MQ=255) | AGGTAATGACCGAGTGATAAATCACCACCAGACAAATACATAACCCTTTGATCTGGTTAATCCATAGCTCTTTTTGTTTCATCAGGACAACACGCTCTTTTTATTTAACATGCGGTTGATCCTGCGGGGCGAGTCGCGTGGTGTAATGCGTATCTGTCTGTATTTGGTTATTTTTCAGATAAAGATCAGGCCACATGGCCGATGATAAAATGAGGCACTTTAGCCGATTGATTTGCCGGTACTTTTCAGATTAGCCCTGACGATCACTTACAGTTCA > NZ_CP022686/4764739‑4765015 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |