| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_008463 | = 2053197 | 275 (0.550) | 16 (0.030) | 14/278 | 36.5 | 5.7% | intergenic (+48/‑1) | PA14_RS09545/PA14_RS09550 | tRNA‑Ala/tRNA‑Glu |
| ? | NC_008463 | 2053486 = | 276 (0.590) | intergenic (+44/‑3) | PA14_RS09555/PA14_RS09560 | tRNA‑Ala/tRNA‑Glu | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 279 total aligned reads displayed.
GAAGTGAAGCGATCCAGCGGTACTTTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCTTGCATGGCATGCAAGAGGTCGACGGTTCGATCCCGTCTAGCTCCACCAAATTGCCGGGAATACGCGGTTGGTTTTGCGGATTCCTACGAAGGTTTC‑‑‑GTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCACTTCATGTTCATCCGTCCCAGCAATGGATGAGCGTGTCGATGACCGGAAGGTTGTCGAAGCGATCGGAAGATC > NC_008463/2053048‑2053346 | gAAGTGAAGCGATCCAGCGGTACTTTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCTTGCATGGCATGCAAGAGGTCGACGGTTCGATCCCGTCTAGCTCCACCAAATTGCCGGGAATACGCGGTTGGTTTTGCGGATTCCTACGAAGGTTTc < 1:10443739/150‑1 (MQ=255) tGAAGCGATCCAGCGGTACTTTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCTTGCATGGCATGCAAGAGGTCGACGGTTCGATCCCGTCTAGCTCCACCAAATTGCCGGGAATACGCGGTTGGTTTTGCGGATTCCTACGAAGGTTTC‑‑‑GTcc < 2:9174474/150‑1 (MQ=255) aaGCGATCCAGCGGTACTTTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCTTGCATCGCAAGAGAGAGGTCGACGGATCGATCCACTCTAGCTCAACAAAAATCCCGGGACTACGCGGGTGGATTTGCGGATTCCTACGAAGGTTTC‑‑‑GTcccc > 2:10167338/1‑150 (MQ=25) cGATCCAGCGGTACTTTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCTTGCATGGCATGCAAGAGGTCGACGGTTCGATCCCGTCTAGCTCCACCAAATTGCCGGGAATACGCGGTTGGTTTTGCGGATTCCTACGAAGGTTTC‑‑‑GTCCCCTTc < 1:3116078/150‑1 (MQ=255) tACTTTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCTTGCATGGCATGCAAGAGGTCGACGGTTCGATCCCGTCTAGCTCCACCAAATTGCCGGGAATACGCGGTTGGTTTTGCGGATTCCTACGAAGGTTTC‑‑‑GTCCCCTTCGTCTAGTGGcc < 1:5595260/150‑1 (MQ=255) tttGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCTTGCATGGCATGCAAGAGGTCGACGGTTCGATCCCGTCTAGCTCCACCAAATTGCCGGGAATACGCGGTTGGTTTTGCGGATTCCTACGAAGGTTTC‑‑‑GTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAg < 2:9456683/150‑1 (MQ=255) tttGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCTTGCATGGCATGCAAGAGGTCGACGGTTCGATCCCGTCTAGCTCCACCAAATTCCCTGGCAAACGCTGTTGGTTTGGCGGATTCCTACGAACGTATA‑‑‑GTCCCCTACGTCTAATGGCCAAg > 2:6276053/1‑150 (MQ=18) ggggCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCTTGCATGGCATGCAAGAGGTCGACGGTTCGATCCCGTCTAGCTCCACCAAATTGCCGGGACTACGCGGTTGGGGTTGCGGATACCTACGAAGGTTTC‑‑‑GACCCATTCGTATAGTGGACTAGGac > 2:4075792/1‑150 (MQ=21) ggCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCTTGCATGGCATGCAAGAGGTCGACGGTTCGATCCCGTCTAGCTCCACCAAATGGCCGGGAATACGCGGTTGGTTTTGCGGATTCCTACGAAGGTTTC‑‑‑GTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGacac < 2:2077221/150‑1 (MQ=255) cTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCTTGCATGGCATGCAAGAGGTCGACGGTTCGATCCCGTCTAGCTCCACCAAATTGCCGGGAATACGCGGTTGGTTTTGCGGATTCCTACGAAGGTTTC‑‑‑GTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCg < 2:8973560/150‑1 (MQ=255) tataGCTCAGCTGGGAGAGCGCTTGCATGGCATGCAAGAGGTCGACGGTTCGATCCCGTCTAGCTCCACCAAATTGCCGGGAATACGCGGTTGGTTTTGCGGATTCCTACGAAGGTTTC‑‑‑GTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGc < 2:7342354/150‑1 (MQ=255) tataGCTCAGCTGGGAGAGCGCTTGCATGGCATGCAAGAGGTCGACGGTTCGATCCCGTCTAGCTCCACCAAATTGCCGGGAATACGCGGTTGGTTTTGCGGATTCCTACGAAGGTTTC‑‑‑GTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGc < 1:7691397/150‑1 (MQ=255) taGCTCAGCTGGGAGAGCGCTTGCATGGCATGCAAGAGGTCGACGGTTCGATCCCGTCTAGCTCCACCAAATTGCCTGGACTCCGCGGGTGGTGTTGCGGTTTCCTACTAGCGTTTC‑‑‑GGCCCCAGCGTCGAGGGCCCTAGGACACCGcgc > 2:6769507/1‑148 (MQ=17) gCTCAGCTGGGAGAGCGCTTGCATGGCATGCAAGAGGTCGACGGGTCGATCCCGTCTAGCTCCACCAAATTGCCGGGAATACGCGGGTGGTGTTGCGGATTCCTACGAAGGTTTC‑‑‑GTCCACTTCGGATAGTGGCATAGGACACCGCCCtt > 1:8207528/1‑150 (MQ=25) cTCAGCTGGGAGAGCGCTTGCATGGCATGCAAGAGGTCGACGGTTCGATCCCGTCTAGCTCCACCCAATTGCCGGGAATACGCGGTTGGTTTTGCGGATTCCTACGAAGGTTTC‑‑‑GTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCttt < 2:39197/150‑1 (MQ=255) tCAGCTGGGAGAGCGCTTGCATGGCATGCAAGAGGTCGACGGTTCGATCCCGTCTAGCTCCACCAAATTGCCGGGAATACGCGGTTGGTTTTGCGGATTCCTACGAAGGTTTC‑‑‑GTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTc < 1:9350952/150‑1 (MQ=255) tCAGCTGGGAGAGCGCTTGCATGGCATGCAAGAGGTCGACGGTTCGATCCCGTCTAGCTCCACCAAATTGCCGGGAATACGCGGTTGGTTTTGCGGATTCCTACGAAGGTTTC‑‑‑GTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTc < 2:4804927/150‑1 (MQ=255) gtgagCGCTTGCTTTTCTTGATAGAGGTCGACGGTTCGAGCCCGTCTAGCTCCACCCAATTGCCGGTTATCAGCGGTTGGTTTTGCTGATTCCTACGAATGTTTC‑‑‑GTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGt < 1:3752595/148‑1 (MQ=25) agagCGCTTGCATGGCATGCAAGAGGTCGACGGTTCGATCCCGTCTAGCTCCACCAAATTGCCGGGAATACGCGGTTGGTTTTGCGGATTCCTACGAAGGTTTC‑‑‑GTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTGTCACGGCGGTa > 2:5277004/1‑150 (MQ=255) agCGCTTGCATGGCATGCAAGAGGTCGACGGTTCGATCCCGTCTAGCTCCACCAAATTGCCGGGAATACGCGGTTGGTTTTGCGGATTCCTACGAAGGTTTC‑‑‑GTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAAc < 2:10140814/150‑1 (MQ=255) cTTGCATGGCATGCAAGAGGTCGACGGTTCGATCCCGTCTAGCTCCACCAAATTGCCGGGAATGCGCGGTTGGTTTTGCGGATTCCTACGAAGGTTTC‑‑‑GTCCCCTTCGTCTAGTGGCCGAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAggg > 1:5937660/1‑150 (MQ=255) ttGCATGGCATGCAAGAGGTCGACGGTTCGATCCCGTCTAGCTCCACCAAATTGCCGGGAATACGCGGTTGGTTTTGCGGATTCCTACGAAGGTTTC‑‑‑GTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAgggg < 1:5539583/150‑1 (MQ=255) gcatggcatgCAAGAGGTCGACGGTTCGATCCCGTCTAGCTCCACCAACTTGCCGGGAATACGCGGTTGGTTTTGCGGATTCCTACGAAGGTTTC‑‑‑GTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGtt < 2:4545388/150‑1 (MQ=255) gcatggcatgCAAGAGGTCGACGGTTCGATCCCGTCTAGCTCCACCAAATTGCCGGGAATACGCGGTTGGTTTTGCGGATTCCTACGAAGGTTTC‑‑‑GTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGtt < 1:9009025/150‑1 (MQ=255) gcatggcatgCAAGAGGTCGACGGTTCGATCCCGTCTAGCTCCACCAAATTCCCGGGACTCCTCGGTTGGTGTTGCGGATTCATAGGTAGGTTTC‑‑‑GACCACATGGTCGAGTGGAAGGGGACACCGCCCTTTCTCGGCGCTCACAgggggg > 2:6880965/1‑148 (MQ=16) atggcatgCAAGAGGTCGACGGTTCGATCCCGTCTAGCTCCACCAAATTGCCGGGAATACGCGGTTGGTTTTGCGGATTCCTACGAAGGTTTC‑‑‑GTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCg > 2:3117163/1‑150 (MQ=255) atggcatgCAAGAGGTCGACGGTTCGATCCCGTCTAGCTCCACCAAATTGCCGGGAATACGCGGTTGGTTTTGCGGATTCCTACGAAGGTTTC‑‑‑GTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCg < 1:2415038/150‑1 (MQ=255) atggcatgCAAGAGGTCGACGGTTCGATCCCGTCTAGCTCCACCAAATTGCCGGGAATACGCGGTTGGGTTTGCGGATTCCTACGAAGGTTTC‑‑‑GTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCg > 1:2632699/1‑150 (MQ=255) atggcatgCAAGAGGTCGACGGTTCGATCCCGGCTAGCTCCACCAAATTGCAGGGACTACGCGGTTGGTTTTGCGGATTCCTACGAAGGTTTCATTGTCCCCTTCGTCTAGAGGCCTCGGACACCGCCGGTTCACGGCGGTAACAggggg > 1:2525276/1‑149 (MQ=21) tggcatgCAAGAGGTCGACGGTTCGATCCCGTCTAGCTCCACCAAATTGCCGGGAATACGCGGTTGGTTTTGCGGATTCCTACGAAGGTTTC‑‑‑GTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGa < 2:7271578/150‑1 (MQ=255) tggcatgCAAGAGGTCGACGGTTCGATCCCGTCTAGCTCCACCAAATTGCCGGGAATACGCGGTTGGTTTTGCGGATTCCTACGAAGGTTTC‑‑‑GTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGa < 1:2163558/150‑1 (MQ=255) catgCAAGAGGTCGACGGTTCGATCCCGTCTAGCTCCACCAAATTGCCGGGAATACGCGGTTGGTTTTGCGGATTCCTACGAAGGTTTC‑‑‑GTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTc < 2:11015725/150‑1 (MQ=255) catgCAAGAGGTCGACGGTTCGATCCCGTCTAGCTCCACCAAATTGCCGGGAATAAGCGGTTGGTTTTGCGGATTCCTACGAAGGTTTC‑‑‑GTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTc < 2:795473/150‑1 (MQ=255) agagGTCGACGGTTCGATCCCGTCTAGCTCCACCAAATTGCCGGGAATACGCGGTTGGTTTTGCGGATTCCTACGAAGGTTTC‑‑‑GTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAg > 2:7768603/1‑150 (MQ=255) agagGTCGACGGTTCGATCCCGTCTAGCTCCACCAAATTGCCGGGAATACGCGGTTGGTTTTGCGGATTCCTACGAAGGTTTC‑‑‑GTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAg < 1:7139304/150‑1 (MQ=255) agagGTCGACGGTTCGATCCCGTCTAGCTCCACCAAATTGCCGGGAATACGCGGTTGGTTTTGCGGAGTCCTACGAAGGTTTC‑‑‑GTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGCCACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAg < 1:2057586/150‑1 (MQ=255) gagGTCGACGGTTCGATCCCGTCTAGCTCCACCAAATTGCCGGGAATACGCGGTTGGTTTTGCGGATTCCTACGAAGGTTTC‑‑‑GTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAgg > 1:7361373/1‑150 (MQ=255) gTCGACGGTTCGATCCCGTCTAGCTCCACCAAATTGCCGGGAATACGCGGTTGGTTTTGCGGATTCCTACGAAGGTTTC‑‑‑GTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGa < 1:6464978/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |