Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_008463 | 5,461,135 | 0 | A | G | 34.0% | 568.5 / inf | 496 | D1240D (GAT→GAC) | PA14_RS25000 | MBG domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (146/175); new base G (80/85); total (231/265) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.65e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 499 total aligned reads displayed.
TGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTAAGCCAGGTCATAGTTACCGCTGACCAGACCCAGGCCACCCTGCTGAATCGCATAGTTGCCTACGTTTTCGCCGGAGACACGAACCAGGCCGCCGCC > NC_008463/5460986‑5461284 | ggTTGATGCCGTACACGCCGACGTTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGAAGACCTTGGTCTTGGCAt > 2:4775458/1‑150 (MQ=255) gTTGATGCCGTACACGCCGCCCTTCTCGCCAGCCTCGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCGTc < 1:2056287/150‑1 (MQ=255) tGATGCCGTACACGCCGACGTTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCgg > 2:9568238/1‑150 (MQ=21) gATGCCTTAGTCGCCGACGTTCTCGCCCGAGACCCGGCCCAGGCGGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTTTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGc < 1:6668211/150‑1 (MQ=11) tGCCGTACACGCCGACGTTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGa < 2:10060367/150‑1 (MQ=21) tGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCGTCGGCGa > 1:10006842/1‑150 (MQ=255) gCCGTACACGCCGACGTTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGAt < 1:9494142/150‑1 (MQ=21) gCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCGTCGGCGag > 2:8567491/1‑149 (MQ=255) cGTACACGCCGACGTTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCTCCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATca < 1:5721766/150‑1 (MQ=255) gTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCGTCGGCGATcac > 1:7726144/1‑150 (MQ=255) gCCGACGTTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTcag > 1:10064408/1‑150 (MQ=21) ccGACGTTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACAGGCGGTTTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTACGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGAAAATGGTCTTGTCAACGGCGATCACATTaagc > 1:3002796/1‑150 (MQ=11) ccGACATTCTCGCCATCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGAGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCAGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCGTCGGCGATCACATTcagc > 1:8460019/1‑150 (MQ=255) cGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCGTCGGCGATCACATTcagca < 1:2940675/150‑1 (MQ=255) gACGTTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTcagcag > 1:9636002/1‑150 (MQ=21) gACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCGTCGGCGATCACATTcagcag > 1:6369152/1‑150 (MQ=255) acgttCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCGTCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATGAAGCAGt > 1:5274253/4‑150 (MQ=11) cgttCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTg > 2:4540494/3‑150 (MQ=25) aTTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCGTCAGGCCGCTGACCGGGTAAGTCAGGCTCGGGGCGGCATCGCCGGAGACCTTGGTCTTGGCGTCGGCGATCGCAGTCAGCAGGGc > 2:8347109/1‑150 (MQ=14) ttCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGcc > 1:9335129/1‑150 (MQ=37) ttCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGCGcc > 2:9700218/1‑150 (MQ=17) ctctCCAGACACGCGTCTCAGGCTGCCTCCGTTTAGCACGGCTCCCGCGGTTTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCtt < 2:4100644/150‑1 (MQ=14) tcGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCGTCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTg > 1:3876305/1‑150 (MQ=255) 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aCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCGTCGGCGATCACATTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTa > 2:9368501/1‑150 (MQ=255) aCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCGTGGCGTCGGCGATCACAGTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTa > 2:6597676/1‑150 (MQ=255) ccGTTGAGCACGGCACCGGCGGTTTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCGTCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTaa < 2:5691550/150‑1 (MQ=255) ttGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGTTCGGCATCGCCTTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTagttc < 2:1967749/150‑5 (MQ=255) tGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCGTCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTAAGCCa < 1:3403531/150‑1 (MQ=255) 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1:11092218/1‑133 (MQ=37) cTGGTACGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTAAGCCAGGTCATAGTTACCGCTGACCAGACCCAGGCCACCCTGCTGAAt < 1:614948/150‑1 (MQ=21) cTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCGTCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTAAGCCAGGTCATAGTTACCGCTGACCAGACCCAGGCCACCCTGCTGAAt > 2:10804678/1‑150 (MQ=17) tGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCGTCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTAAGCCAGGTCATAGTTACCGCTGACCAGACCCAGGCCACCCTGCTGAATc < 1:3210408/150‑1 (MQ=17) tGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTAAGCCAGGTCATAGTTACCGCTGACCAGACCCAGGCCACCCTGCTGAATc < 1:827226/150‑1 (MQ=37) ggTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCGTCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCa > 1:2433684/1‑84 (MQ=18) ggTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCGTCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCa < 2:2433684/84‑1 (MQ=18) 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gTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTAAGCCAGGTCATAGTTACCGCTGACCAGACCCAGGCCACCCTGCTGAATCGCATAGTTGCCTACGtt < 2:5863799/150‑1 (MQ=32) tCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTATGCCAGGTCGTAGTTGCCGCTGTCCAGTCCCAGGCCACCCTGCTGGATCGCTTAGTGGCCTTCGttg > 1:187899/1‑149 (MQ=11) tCGGCATCGCCATAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTAAGCCAGGTCATAGTTACCGCTGACCAGACCCAGGCCACCCTGCTGAATCGCATAGTTGCCTACGttt < 2:7954769/150‑1 (MQ=17) gcgtcaccGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCATGGTAAGACAGGTCGTAGTTACCGCTGACCAGACCCAGGCCACCCTGCTGAATCCCATAGAGGCCGACGTTATCg > 1:378642/7‑150 (MQ=11) gCCTTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTAAGCCAGGTCATAGTTACCGCTGACCAGACCCAGGCCACCCTGCTGAATCGCATAGTTGCCTACGTTTTCGCCGga < 2:278464/150‑1 (MQ=17) gCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTAAGCCAGGTCATAGTTACCGCTGACCAGACCCAGGCCACCCTGCTGAATCGCATAGTTGCCTACGTTTTCGCCGga < 2:3793557/150‑1 (MQ=32) cGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTAAGCCAGGTCATAGTTACCGCTGACCAGACCCAGGCCACCCTGCTGAATCGCATAGTTGCCTACGTTTTCGCCGgaga < 2:4312913/150‑1 (MQ=32) gTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTAAGCCAGGTCATAGTTACCGCTGACCAGACCCAGGCCACCCTGCTGAATCGCATAGTTGCCTACGTTTTCGCCGGAGac < 1:7165451/150‑1 (MQ=32) tAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTAAGCCAGGTCATAGTTACCGCTGACCAGACCCAGGCCACCCTGCTGAATCGCATAGTTGCCTACGTTTTCGCCGGAGaca > 2:1020351/1‑150 (MQ=32) aGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTAAGCCAGGTCATAGTTACCGCTGACCAGACCCAGGCCACCCTGCTGAATCGCATAGTTGCCTACGTTTTCGCCGGAGacac < 1:5085319/150‑1 (MQ=32) aGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTAAGCCAGGTCATAGTTACCGCTGACCAGACCCAGGCCACCCTGCTGAATCGCATAGTTGCCTACGTTTTCGCCGGAGacac > 1:8014012/1‑150 (MQ=32) aGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTAAGCCAGGTCATAGTTACCGCTGACCAGACCCAGGCCACCCTGCTGAATCGCATAGTTGcc < 1:7047846/130‑1 (MQ=17) gACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTAAGCCAGGTCATAGTTACCGCTGACCAGACCCAGGCCACCCTGCTGAATCGCATAGTTGCCTACGTTTTCGCCGGAGACACg > 2:9201704/1‑150 (MQ=32) tGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTATGCCAGGTCATAGTTACCGCTGACCAGACCCAGGCCACCCTGCTGAATCGCATAGTTGCCTACGTTTTCGCCGGAGACACGAACCa < 2:7009623/150‑1 (MQ=17) ttGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTAAGCCAGGTCATAGTTACCGCTGACCAGACCCAGGCCACCCTGCTGAATCGCATAGTTGCCTACGTTTTCGCCGGAGACACGAACCAGgccg > 2:1173125/1‑150 (MQ=32) ggCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTAAGCCAGGTCATAGTTACCGCTGACCAGACCCAGGCCACCCTGCTGAATCGCATAGTTGCCTACGTTTTCGCCGGAGACACGAACCAGgccgcc < 1:4059368/150‑1 (MQ=32) | TGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTAAGCCAGGTCATAGTTACCGCTGACCAGACCCAGGCCACCCTGCTGAATCGCATAGTTGCCTACGTTTTCGCCGGAGACACGAACCAGGCCGCCGCC > NC_008463/5460986‑5461284 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |