Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_008463 | 5,395,470 | Δ1 bp | intergenic (‑103/+50) | PA14_RS24730 ← / ← PA14_RS24735 | hypothetical protein/ATP‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_008463 | 5,395,467 | 0 | G | . | 96.5% | 1492.4 / 90.7 | 357 | intergenic (‑100/+53) | PA14_RS24730/PA14_RS24735 | hypothetical protein/ATP‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/12); new base . (167/162); total (167/190) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.12e-04 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 377 total aligned reads displayed.
CGCGTGGTCAGCCCCAGACAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGAGGGGCGGGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCCTTCTTCGCCGCGGCCTTGTCCTTCGCCGCGACGGTCTCTTTCTCCGCCGGCTTGTCCTTTTCCTTGTCGTCCTCTTCCATGCCGAG > NC_008463/5395318‑5395612 | cgcgTGGTCAGCCCCAGACAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGAg < 1:284750/150‑1 (MQ=255) gcgTGGTCAGCCCCAGACAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGAgg < 1:10025751/150‑1 (MQ=255) cgTGGTCAGCCCCAGACAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCAACCTCACGGGGGATACCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGAggg > 2:4767838/1‑150 (MQ=255) gTCAGCCCCAGACAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGAgggcggg > 2:694582/1‑146 (MQ=255) tCAGCCCCAGACAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGCgggg < 1:6097757/150‑1 (MQ=255) tCAGCCCCAGACAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGCgggg < 1:9644299/150‑1 (MQ=255) aGCCCCAGACAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGCggggct < 2:2120101/150‑3 (MQ=255) caccAGACAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATTGCGCCGGCGGGAACTTGTCCTCAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGCggggcttt < 1:1073731/148‑5 (MQ=255) cccAGACAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTc < 2:3716776/150‑1 (MQ=255) cAGACAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCa < 2:1453777/150‑1 (MQ=255) cAGACAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCa > 2:9138109/1‑150 (MQ=255) aCAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGcc > 1:7753895/1‑150 (MQ=255) cAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGccc < 1:5122703/150‑1 (MQ=255) aGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCg > 1:10708480/1‑150 (MQ=255) ggCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGcc < 2:6519381/150‑1 (MQ=255) gCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGccc < 2:8025720/150‑1 (MQ=255) gCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGccc > 2:9505298/1‑150 (MQ=255) ggctGAGGCAGACGTCACGCGGCATCGCGGCATCCACCCGGGGGTTCCCAGTTTGGAGCCTACACCAGCCGCCAGGGTCCGCAGAGCGCCGGCGGGAACTTGGCCACCGGGCTGCAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTc < 2:9865178/147‑1 (MQ=255) ggATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCAGAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTc < 2:5506359/150‑1 (MQ=255) gATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCg > 1:8811293/1‑150 (MQ=255) tGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGc > 2:6674486/1‑150 (MQ=255) tGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGc < 1:2075671/150‑1 (MQ=255) aGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAg < 2:4317187/150‑1 (MQ=255) 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gCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTGTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGcc > 2:3069252/1‑150 (MQ=255) cATGGCGGCATCCTCTCGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCAGAGCGCCGGCGGGACCTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCCGGGTCCGGCAACGCGCCg > 2:7022028/1‑150 (MQ=255) ggcggcATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGAc < 2:10765512/150‑1 (MQ=255) gcATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTTTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAg < 2:616185/150‑1 (MQ=255) gcATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGTCAACGCGCCGGACTCAg > 2:2420625/1‑150 (MQ=255) ccacACGGGGGTTCCCTGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGTTACCGAATAGCGCCGGGGGTAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACG‑TGGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCct < 1:5883114/147‑1 (MQ=255) tCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACGTGTCCACAGGGCTGAACCGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTACCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCcttc < 1:8252992/150‑1 (MQ=255) cACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCcttct < 2:2168069/150‑1 (MQ=255) ggggTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCCTTCTTcgc < 2:10538046/150‑1 (MQ=255) ggggTACCCAGTTTTGTGCCTACACCTGCCGCCTGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTCAACCGCACG‑CGGGC‑GGGGCTTACCCCCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCCTTCTTcgc < 1:3895226/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |