| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_008463 | 1,280,717 | (C)6→5 | intergenic (‑46/+41) | PA14_RS06005 ← / ← PA14_RS06010 | DUF4345 domain‑containing protein/M23 family metallopeptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_008463 | 1,280,712 | 0 | C | . | 99.8% | 2593.6 / ‑3.5 | 524 | intergenic (‑41/+46) | PA14_RS06005/PA14_RS06010 | DUF4345 domain‑containing protein/M23 family metallopeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base . (315/208); minor base T (1/0); total (316/208) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 558 total aligned reads displayed.
CGCCGCTGGTGAGCAGGGAGGCGAGCGGGCCGGGGAAGAAGACGAAGCCCAGGCCGAGGACCACGAACAGTGCCGAGCACAGCCAGAGCAGGCGAAGCGGGTGAGTCATGCGGTGTCTCCCTTGGTCATGAAAGGGGCGCATCGACGCGCCCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGTTGCTCACTTCTCAGGGCTGGAAGGCACCGATGAAGATCGCCGGGTCGACCCGCGCGTCGTTCAGGCTGACGTTCCAGTGCATGTGCGGTCCGGTGGCCCTGCCGGTGGCG > NC_008463/1280563‑1280857 | cgccgcTGGTGAGCAGGGAGGCGAGCGGGCCGGGGAAGAAGACGAAGCCCAGGCCGAGGACCACGAACAGTGCCGAGCACAGCCAGAGCAGGCGAAGCGGGTGAGTCATGCGGTGTCTCCCTTGGTCATGAAAGGGGCGCATCGACgcgc < 2:5846823/150‑1 (MQ=255) gcTGGTGAGCAGGGAGGCGAGCGGGCCGGGGAAGAAGACGAAGCCCAGGCCGAGGACCACGAACAGTGCCGAGCACAGCCAGAGCAGGCGAAGCGGGTGAGTCATGCGGTGTCTCCCTTGGTCATGAAAGGGGCGCAACGACGCGcaccc > 1:5408992/1‑150 (MQ=255) ggTGAGCAGGGAGGCGAGCGGGCCGGGGAAGAAGACGAAGCCCAGGCCGAGGACCACGAACAGTGCCGAGCACAGCCAGAGCAGGCGAAGCGGGTGAGTCATGCGGTGTCTCCCTTGGTCATGAAAGGGGCGCATCGACGCGccccctgt < 1:3965104/150‑4 (MQ=255) gTGAGCAGGGAGGCGAGCGGGCCGGGGAAGAAGACGAAGCCCAGGCCGAGGACCACGAACAGTGCCGAGCACAGCCAGAGCAGGCGAAGCGGGTGAGTCATGCGGTGTCTCCCTTGGTCATGAAAGGGGCGCATCGACGCGccccctgtt < 1:6321639/150‑5 (MQ=255) gTGAGCAGGGAGGCGAGCGGGCCGGGGAAGAAGACGAAGCCCAGGCCGAGGACCACGAACAGTGCCGAGCACAGCCAGAGCAGGCGAAGCGGGTGAGTCATGCGGTGTCTCCCTTGGTCATGAAAGGGGCGCATCGACGCGccccctgtt < 1:985679/150‑5 (MQ=255) tGAGCAGGGAGGCGAGCGGGCCGGGGAAGAAGACGAAGCCCAGGCCGAGGACCACGAACAGTGCCGAGCACAGCCAGAGCAGGCGAAGCGGGTGAGTCATGCGGTGTCTCCCTTGGTCATGAAAGGGGCGCATCGACGCG‑CCCCCTGTTc > 2:3950919/1‑150 (MQ=255) aGCAGGGAGGCGAGCGGGCCGGGGAAGAAGACGAAGCCCAGGCCGAGGACCACGAACAGTGCCGAGCACAGCCAGAGCAGGCGAAGCGGGTGAGTCATGCGGTGTCTCCCTTGGTCATGAAAGGGGCGCATCGACGCG‑CCCCCTGTTCCt < 2:1115371/150‑1 (MQ=255) aGGGAGGCGAGCGGGCCGGGGAAGAAGACGAAGCCCAGGCCGAGGACCACGAACAGTGCCGAGCACAGCCAGAGCAGGCGAAGCGGGTGAGTCATGCGGTGTCTCCCTTGGTCATGAAAGGGGCGCATCGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCt < 1:1936471/150‑1 (MQ=255) 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ggAAGAAGACGAAGCCCAGGCCGAGGACCACGAACAGTGCCGAGCACAGCCAGAGCAGGCGAAGCGGGTGAGTCATGCGGTGTCTCCCTTGGTCATGAAAGGGGCGCATCGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCcgcg > 1:7046851/1‑150 (MQ=255) gaagaaGACGAAGCCCAGGCCGAGGACCACGAACAGTGCCGAGCACAGCCAGAGCAGGCGAAGCGGGTGAGTCATGCGGTGTCTCCCTTGGTCATGAAAGGGGCGCATCGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGt < 1:9463530/150‑1 (MQ=255) aagaagACGAAGCCCAGGCCGAGGACCACGAACAGTGCCGAGCACAGCCAGAGCAGGCGAAGCGGGTGAGTCATGCGGTGTCTCCCTTGGTCATGAAAGGGGCGCATCGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGtt > 1:6813101/1‑150 (MQ=255) agaagaCGAAGCCCAGGCCGAGGACCACGAACAGTGCCGAGCACAGCCAGAGCAGGCGAAGCGGGTGAGTCATGCGGTGTCTCCCTTGGTCATGAAAGGGGCGCATCGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGTTg < 2:10320429/150‑1 (MQ=255) agaCGAAGCCCAGGCCGAGGACCACGAACAGTGCCGAGCACAGCCAGAGCAGGCGAAGCGGGTGAGTCATGCGGTGTCTCCCTTGGTCATGAAAGGGGCGCATCGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGTTGCTc < 2:705552/150‑1 (MQ=255) 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gTCATGAAAGGGGCGCATCGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGTTGCTCACTTCTCAGGGCTGGAAGGCACCGATGAAGATCGCCGGGTCGACCCGCGCGTCGTTCAGGCTGACGTTCCAGTGCATGTGCGGTc < 1:450601/150‑1 (MQ=255) tCATGAAAGGGGCGCATCGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGTTGCTCACTTCTCAGGGCTGGAAGGCACCGATGAAGATCGCCGGGTCGACCCGCGCGTCGTTCAGGCTGACGTTCCAGTGCATGTGCGGTcc > 2:2925466/1‑150 (MQ=255) cATGAAAGGGGCGCATCGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGTTGCTCACTTCTCAGGGCTGGAAGGCACCGATGAAGATCGCCGGGTCGACCCGCGCGTCGTTCAGGCTGACGTTCCAGTGCATGTGCGGTCCg > 2:6143824/1‑150 (MQ=255) cATGAAAGGGGCGCATCGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGTTGCTCACTTCTCAGGGCTGGAAGGCACCGATGAAGATCGCCGGGTCGACCCGCGCGTCGTTCAGGCTGACGTTCCAGTGCATGTGCGGTCCg > 1:9291942/1‑150 (MQ=255) cATGAAAGGGGCGCATCGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGTTGCTCACTTCTCAGGGCTGGAAGGCACCGATGAAGATCGCCGGGTCGACCCGCGCGTCGTTCAGGCTGACGTTCCAGTGCATGTGCGGTCCg > 1:1073969/1‑150 (MQ=255) aTGAAAGGGGCGCATCGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGTTGCTCACTTCTCAGGGCTGGAAGGCACCGATGAAGATCGCCGGGTCGACCCGCGCGTCGTTCAGGCTGACGTTCCAGTGCATGTGCGGTCCgg > 2:6308147/1‑150 (MQ=255) aTGAAAGGGGCGCATCGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGTTGCTCACTTCTCAGGGCTGGAAGGCACCGACGAAGATCGCCGGGTCGACCCGCGCGTCGTTCAGGCTGACGTTCCAGTGCATGTGCGGTCCgg < 1:7629337/150‑1 (MQ=255) tGAAAGGGGCGCATCGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGTTGCTCACTTCTCAGGGCTGGAAGGCACCGATGAAGATCGCCGGGTCGACCCGCGCGTCGTTCAGGCTGCCGGTCCAGTGCATGTGCGGTCCGGt > 2:8741540/1‑150 (MQ=255) gAAAGGGGCGCATCGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGTTGCTCACTTCTCAGGGCTGGAAGGCACCGATTAAGATCGCCGGGTCGTCCCGCGCGTCGTTCAGGCTGACGTTCCAGTGCATGTGCGGTCCGGTg > 2:5364904/1‑150 (MQ=255) gAAAGGGGCGCATCGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGTTGCTCACTTCTCAGGGCTGGAAGGCACCGATGAAGATCGCCGGGTCGACCCGCGCGTCGTTCAGGCTGACGTTCCAGTGCATGTGCGGTCCGGTg > 2:2263837/1‑150 (MQ=255) 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cATCGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGTTGCTCACTTCTCAGGGCTGGAAGGCACCGATGAAGATCGCCGGGTCGACCCGCGCGTCGTTCAGGCTGACGTTCCAGTGCATGTGCGGTCCGGTGGCCCTGCCgg > 1:3425246/1‑150 (MQ=255) cGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGTTGCTCACTTCTCAGGGCTGGAAGGCACCGATGAAGATCGCCGGGTCGACCCGCGCGTCGTTCAGGCTGACGTTCCAGTGCATGTGCGGTCCGGTGGCCCTGCCGGTgg < 1:10448229/150‑1 (MQ=255) | CGCCGCTGGTGAGCAGGGAGGCGAGCGGGCCGGGGAAGAAGACGAAGCCCAGGCCGAGGACCACGAACAGTGCCGAGCACAGCCAGAGCAGGCGAAGCGGGTGAGTCATGCGGTGTCTCCCTTGGTCATGAAAGGGGCGCATCGACGCGCCCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGTTGCTCACTTCTCAGGGCTGGAAGGCACCGATGAAGATCGCCGGGTCGACCCGCGCGTCGTTCAGGCTGACGTTCCAGTGCATGTGCGGTCCGGTGGCCCTGCCGGTGGCG > NC_008463/1280563‑1280857 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |